Upload README.md with huggingface_hub
Browse files
README.md
ADDED
@@ -0,0 +1,70 @@
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
|
1 |
+
---
|
2 |
+
license: apache-2.0
|
3 |
+
tags:
|
4 |
+
- medical
|
5 |
+
- segmentation
|
6 |
+
- monai
|
7 |
+
- 3d-unet
|
8 |
+
- pytorch
|
9 |
+
pipeline_tag: image-segmentation
|
10 |
+
---
|
11 |
+
|
12 |
+
# 3D U-Net для медицинской сегментации
|
13 |
+
|
14 |
+
Эта модель представляет собой 3D U-Net, обученную на медицинских данных для задач сегментации.
|
15 |
+
|
16 |
+
## Архитектура модели
|
17 |
+
|
18 |
+
- **Тип**: 3D U-Net (MONAI)
|
19 |
+
- **Входные каналы**: 1
|
20 |
+
- **Выходные каналы**: 2 (фон + целевой класс)
|
21 |
+
- **Каналы**: (16, 32, 64, 128, 256, 512)
|
22 |
+
- **Размер патча**: 256x256x256
|
23 |
+
- **Функция потерь**: Dice Loss
|
24 |
+
|
25 |
+
## Использование
|
26 |
+
|
27 |
+
```python
|
28 |
+
import torch
|
29 |
+
from monai.networks.nets import UNet
|
30 |
+
from huggingface_hub import hf_hub_download
|
31 |
+
|
32 |
+
# Загрузка модели
|
33 |
+
model = UNet(
|
34 |
+
spatial_dims=3,
|
35 |
+
in_channels=1,
|
36 |
+
out_channels=2,
|
37 |
+
channels=(16, 32, 64, 128, 256, 512),
|
38 |
+
strides=(2, 2, 2, 2, 2, 2),
|
39 |
+
num_res_units=2,
|
40 |
+
dropout=0.2
|
41 |
+
)
|
42 |
+
|
43 |
+
# Загрузка весов
|
44 |
+
model_path = hf_hub_download(repo_id="your-username/your-model-name", filename="best_metric_model.pth")
|
45 |
+
model.load_state_dict(torch.load(model_path, map_location='cpu'))
|
46 |
+
model.eval()
|
47 |
+
```
|
48 |
+
|
49 |
+
## Предобработка данных
|
50 |
+
|
51 |
+
Модель ожидает входные данные в следующем формате:
|
52 |
+
- Нормализация интенсивности: [-1000, 4000] -> [0, 1]
|
53 |
+
- Размер входа: (1, 256, 256, 256)
|
54 |
+
- Тип данных: torch.float32
|
55 |
+
|
56 |
+
## Обучение
|
57 |
+
|
58 |
+
Модель была обучена с использованием:
|
59 |
+
- Оптимизатор: Adam (lr=1e-4, weight_decay=1e-5)
|
60 |
+
- Scheduler: ReduceLROnPlateau
|
61 |
+
- Аугментации: случайные отражения, повороты, изменения интенсивности
|
62 |
+
- Метрика: Dice Score
|
63 |
+
|
64 |
+
## Требования
|
65 |
+
|
66 |
+
```
|
67 |
+
torch
|
68 |
+
monai
|
69 |
+
numpy
|
70 |
+
```
|