Spaces:
Sleeping
Sleeping
| import os | |
| import tempfile | |
| import pydicom | |
| import nibabel as nib | |
| import numpy as np | |
| import matplotlib.pyplot as plt | |
| import gradio as gr | |
| def dicom_to_nifti_and_display(dicom_file): | |
| """ | |
| Converte um arquivo DICOM para NIfTI e exibe as imagens antes e depois da conversão. | |
| :param dicom_file: Arquivo DICOM carregado pelo usuário. | |
| :return: Tupla contendo a imagem DICOM original e a imagem NIfTI convertida. | |
| """ | |
| try: | |
| # Ler o arquivo DICOM | |
| dicom_data = pydicom.dcmread(dicom_file.name) | |
| dicom_image = dicom_data.pixel_array | |
| # Extrair o slice central da imagem DICOM | |
| if len(dicom_image.shape) == 3: | |
| largest_axis = np.argmax(dicom_image.shape) | |
| slice_index = dicom_image.shape[largest_axis] // 2 | |
| if largest_axis == 0: | |
| dicom_slice = dicom_image[slice_index, :, :] | |
| elif largest_axis == 1: | |
| dicom_slice = dicom_image[:, slice_index, :] | |
| else: | |
| dicom_slice = dicom_image[:, :, slice_index] | |
| else: | |
| dicom_slice = dicom_image # Se for 2D, use a imagem diretamente | |
| # Criar um objeto NIfTI | |
| nifti_image = nib.Nifti1Image(dicom_image, affine=np.eye(4)) | |
| # Salvar temporariamente o arquivo NIfTI | |
| with tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".nii", delete=False) as temp_nifti: | |
| nib.save(nifti_image, temp_nifti.name) | |
| nifti_path = temp_nifti.name | |
| # Carregar o arquivo NIfTI para exibição | |
| nifti_loaded = nib.load(nifti_path).get_fdata() | |
| # Extrair o slice central da imagem NIfTI | |
| if len(nifti_loaded.shape) == 3: | |
| largest_axis = np.argmax(nifti_loaded.shape) | |
| slice_index = nifti_loaded.shape[largest_axis] // 2 | |
| if largest_axis == 0: | |
| nifti_slice = nifti_loaded[slice_index, :, :] | |
| elif largest_axis == 1: | |
| nifti_slice = nifti_loaded[:, slice_index, :] | |
| else: | |
| nifti_slice = nifti_loaded[:, :, slice_index] | |
| else: | |
| nifti_slice = nifti_loaded # Se for 2D, use a imagem diretamente | |
| # Exibir as imagens usando Matplotlib | |
| fig, axes = plt.subplots(1, 2, figsize=(12, 6), constrained_layout=True) | |
| # Imagem DICOM (slice central) | |
| axes[0].imshow(dicom_slice, cmap="gray", aspect="auto") | |
| axes[0].set_title("Imagem DICOM Original", fontsize=14, color="blue") | |
| axes[0].axis("off") | |
| # Imagem NIfTI (slice central) | |
| axes[1].imshow(nifti_slice, cmap="gray", aspect="auto") | |
| axes[1].set_title("Imagem NIfTI Convertida", fontsize=14, color="green") | |
| axes[1].axis("off") | |
| # Salvar a figura em um buffer temporário | |
| with tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".png", delete=False) as temp_image: | |
| plt.savefig(temp_image.name, bbox_inches="tight", dpi=300) # Alta resolução | |
| plt.close(fig) | |
| return temp_image.name, nifti_path | |
| except Exception as e: | |
| raise gr.Error(f"Erro ao processar o arquivo: {e}") | |
| # Interface Gradio | |
| with gr.Blocks() as demo: | |
| gr.Markdown("# Conversor DICOM para NIfTI com Visualização") | |
| gr.Markdown("Faça upload de um arquivo DICOM, visualize a imagem original, converta para NIfTI e veja o resultado.") | |
| with gr.Row(): | |
| input_dicom = gr.File(label="Upload de Arquivo DICOM") | |
| output_images = gr.Image(label="Visualização das Imagens", interactive=False) | |
| output_nifti = gr.File(label="Download do Arquivo NIfTI") | |
| convert_button = gr.Button("Converter e Visualizar") | |
| def process_and_display(dicom_file): | |
| image_path, nifti_path = dicom_to_nifti_and_display(dicom_file) | |
| return image_path, nifti_path | |
| convert_button.click( | |
| process_and_display, | |
| inputs=input_dicom, | |
| outputs=[output_images, output_nifti] | |
| ) | |
| # Executar a interface | |
| demo.launch() |