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1 |
+
# Instale as dependências necessárias
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2 |
+
!pip install pydicom nibabel numpy gradio matplotlib
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3 |
+
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4 |
+
import os
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5 |
+
import tempfile
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6 |
+
import pydicom
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7 |
+
import nibabel as nib
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8 |
+
import numpy as np
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9 |
+
import matplotlib.pyplot as plt
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10 |
+
import gradio as gr
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11 |
+
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12 |
+
def dicom_to_nifti_and_display(dicom_file):
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13 |
+
"""
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14 |
+
Converte um arquivo DICOM para NIfTI e exibe as imagens antes e depois da conversão.
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15 |
+
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16 |
+
:param dicom_file: Arquivo DICOM carregado pelo usuário.
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17 |
+
:return: Tupla contendo a imagem DICOM original e a imagem NIfTI convertida.
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18 |
+
"""
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19 |
+
try:
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20 |
+
# Ler o arquivo DICOM
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21 |
+
dicom_data = pydicom.dcmread(dicom_file.name)
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22 |
+
dicom_image = dicom_data.pixel_array
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23 |
+
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24 |
+
# Criar um objeto NIfTI
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25 |
+
nifti_image = nib.Nifti1Image(dicom_image, affine=np.eye(4))
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26 |
+
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27 |
+
# Salvar temporariamente o arquivo NIfTI
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28 |
+
with tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".nii", delete=False) as temp_nifti:
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29 |
+
nib.save(nifti_image, temp_nifti.name)
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30 |
+
nifti_path = temp_nifti.name
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31 |
+
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32 |
+
# Carregar o arquivo NIfTI para exibição
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33 |
+
nifti_loaded = nib.load(nifti_path).get_fdata()
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34 |
+
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35 |
+
# Exibir as imagens usando Matplotlib
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36 |
+
fig, axes = plt.subplots(1, 2, figsize=(10, 5))
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37 |
+
axes[0].imshow(dicom_image, cmap="gray")
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38 |
+
axes[0].set_title("Imagem DICOM Original")
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39 |
+
axes[0].axis("off")
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40 |
+
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41 |
+
axes[1].imshow(nifti_loaded[:, :, nifti_loaded.shape[2] // 2], cmap="gray") # Slice central do NIfTI
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42 |
+
axes[1].set_title("Imagem NIfTI Convertida")
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43 |
+
axes[1].axis("off")
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44 |
+
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45 |
+
# Salvar a figura em um buffer temporário
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46 |
+
with tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".png", delete=False) as temp_image:
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47 |
+
plt.savefig(temp_image.name, bbox_inches="tight")
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48 |
+
plt.close(fig)
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49 |
+
return temp_image.name, nifti_path
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50 |
+
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51 |
+
except Exception as e:
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52 |
+
raise gr.Error(f"Erro ao processar o arquivo: {e}")
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53 |
+
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54 |
+
# Interface Gradio
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55 |
+
with gr.Blocks() as demo:
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56 |
+
gr.Markdown("# Conversor DICOM para NIfTI com Visualização")
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57 |
+
gr.Markdown("Faça upload de um arquivo DICOM, visualize a imagem original, converta para NIfTI e veja o resultado.")
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58 |
+
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59 |
+
with gr.Row():
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60 |
+
input_dicom = gr.File(label="Upload de Arquivo DICOM")
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61 |
+
output_images = gr.Image(label="Imagens DICOM e NIfTI")
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62 |
+
output_nifti = gr.File(label="Download do Arquivo NIfTI")
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63 |
+
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64 |
+
convert_button = gr.Button("Converter e Visualizar")
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65 |
+
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66 |
+
def process_and_display(dicom_file):
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67 |
+
image_path, nifti_path = dicom_to_nifti_and_display(dicom_file)
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68 |
+
return image_path, nifti_path
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69 |
+
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70 |
+
convert_button.click(
|
71 |
+
process_and_display,
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72 |
+
inputs=input_dicom,
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73 |
+
outputs=[output_images, output_nifti]
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74 |
+
)
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75 |
+
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76 |
+
# Executar a interface
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77 |
+
demo.launch()
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