Update app.py

app.py

@@ -6,7 +6,7 @@ import matplotlib.pyplot as plt
 import io
 import base64
 
-# تحليل ADMET
+# دالة لحساب خصائص ADMET
 def get_admet(smiles):
     mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
     if not mol:
@@ -21,23 +21,25 @@ def get_admet(smiles):
     return pd.Series([mw, logp, tpsa, hba, hbd, rotb, lipinski],
                      index=["MW", "LogP", "TPSA", "HBA", "HBD", "RotB", "Lipinski"])
 
-# المعالجة الرئيسية
-def analyze_smiles(file):
+# دالة رئيسية لتحليل الملف
+def analyze_smiles(uploaded_file):
     try:
-        with open(file.name, "r", encoding="utf-8") as f:
-            content = f.read()
+        # قراءة محتوى الملف مباشرة
+        content = uploaded_file.decode("utf-8")
         smiles_list = [line.strip() for line in content.splitlines() if line.strip()]
+        
+        # بناء جدول البيانات
         df = pd.DataFrame({"SMILES": smiles_list})
         admet_df = df["SMILES"].apply(get_admet)
         final_df = pd.concat([df, admet_df], axis=1)
 
-        # Excel file
+        # حفظ ملف Excel
         excel_buffer = io.BytesIO()
         final_df.to_excel(excel_buffer, index=False, engine="openpyxl")
         excel_data = excel_buffer.getvalue()
         excel_b64 = base64.b64encode(excel_data).decode()
 
-        # Plot image
+        # رسم مخطط LogP
         plot_df = final_df.dropna(subset=["LogP"])
         plt.figure(figsize=(10, 6))
         plt.barh(plot_df["SMILES"], plot_df["LogP"], color="skyblue")
@@ -51,7 +53,7 @@ def analyze_smiles(file):
         img_b64 = base64.b64encode(img_buffer.read()).decode()
         plt.close()
 
-        # Markdown table
+        # تحويل النتائج إلى جدول Markdown
         table_md = final_df.to_markdown(index=False)
 
         return (
@@ -67,9 +69,9 @@ def analyze_smiles(file):
 # واجهة Gradio
 with gr.Blocks() as demo:
     gr.Markdown("## 🧪 تحليل ADMET من قائمة SMILES")
-
+    
     with gr.Row():
-        smiles_file = gr.File(label="📄 ارفع ملف .txt يحتوي على SMILES")
+        smiles_file = gr.File(label="📄 ارفع ملف .txt يحتوي على SMILES", file_types=[".txt"])
         run_btn = gr.Button("🚀 تحليل ADMET")
 
     status = gr.Textbox(label="📢 الحالة")
@@ -77,6 +79,10 @@ with gr.Blocks() as demo:
     download = gr.HTML()
     image = gr.HTML()
 
-    run_btn.click(fn=analyze_smiles, inputs=[smiles_file], outputs=[status, table, download, image])
+    run_btn.click(
+        fn=lambda file: analyze_smiles(file.read()),
+        inputs=[smiles_file],
+        outputs=[status, table, download, image]
+    )
 
 demo.launch()