Update app.py

app.py

@@ -5,6 +5,7 @@ import pandas as pd
 import matplotlib.pyplot as plt
 import io
 import base64
+import os
 
 # دالة لحساب خصائص ADMET
 def get_admet(smiles):
@@ -21,25 +22,26 @@ def get_admet(smiles):
     return pd.Series([mw, logp, tpsa, hba, hbd, rotb, lipinski],
                      index=["MW", "LogP", "TPSA", "HBA", "HBD", "RotB", "Lipinski"])
 
-# دالة المعالجة الرئيسية
+# المعالجة الرئيسية
 def analyze_smiles(file):
     try:
-        # قراءة محتوى الملف باستخدام .read() ثم decode
-        content = file.read().decode("utf-8")
+        # قراءة المحتوى باستخدام os
+        file_path = file.name if hasattr(file, "name") else file
+        with open(file_path, "r", encoding="utf-8") as f:
+            content = f.read()
+
         smiles_list = [line.strip() for line in content.splitlines() if line.strip()]
-        
-        # إنشاء DataFrame وتحليل ADMET
         df = pd.DataFrame({"SMILES": smiles_list})
         admet_df = df["SMILES"].apply(get_admet)
         final_df = pd.concat([df, admet_df], axis=1)
 
-        # إنشاء ملف Excel
+        # Excel file
         excel_buffer = io.BytesIO()
         final_df.to_excel(excel_buffer, index=False, engine="openpyxl")
         excel_data = excel_buffer.getvalue()
         excel_b64 = base64.b64encode(excel_data).decode()
 
-        # رسم LogP
+        # Plot image
         plot_df = final_df.dropna(subset=["LogP"])
         plt.figure(figsize=(10, 6))
         plt.barh(plot_df["SMILES"], plot_df["LogP"], color="skyblue")
@@ -53,7 +55,7 @@ def analyze_smiles(file):
         img_b64 = base64.b64encode(img_buffer.read()).decode()
         plt.close()
 
-        # جدول Markdown
+        # Markdown table
         table_md = final_df.to_markdown(index=False)
 
         return (
@@ -68,8 +70,8 @@ def analyze_smiles(file):
 
 # واجهة Gradio
 with gr.Blocks() as demo:
-    gr.Markdown("## 🧪 تحليل ADMET من قائمة SMILES")
-    
+    gr.Markdown("## 🧪 تحليل ADMET من ملف SMILES (.txt)")
+
     with gr.Row():
         smiles_file = gr.File(label="📄 ارفع ملف .txt يحتوي على SMILES", file_types=[".txt"])
         run_btn = gr.Button("🚀 تحليل ADMET")
@@ -79,10 +81,6 @@ with gr.Blocks() as demo:
     download = gr.HTML()
     image = gr.HTML()
 
-    run_btn.click(
-        fn=analyze_smiles,
-        inputs=[smiles_file],
-        outputs=[status, table, download, image]
-    )
+    run_btn.click(fn=analyze_smiles, inputs=[smiles_file], outputs=[status, table, download, image])
 
 demo.launch()