python_code
stringlengths 0
992k
| repo_name
stringlengths 8
46
| file_path
stringlengths 5
162
|
|---|---|---|
#!/usr/bin/python
# Copyright 2006-2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
import sys
import string
import unittest
import time
import types
import Numeric
# This is a prototype of the desired API for Pyrex atoms, bonds, and
# atom sets. See "Pyrex atoms and bonds" page on the wiki.
DEBUG = 0
class FailureExpected(Exception):
pass
genkeyCount = 1
def genkey():
global genkeyCount
n = genkeyCount
genkeyCount += 1
return n
def pointer(x):
if type(x) not in (types.IntType, types.LongType):
x = id(x)
x = long(x)
if x < 0:
x += 1 << 32
return hex(x)[:-1] # lose "L"
"""
http://docs.python.org/lib/module-struct.html
#define MAX_NUM_NEIGHBORS 8 // ask Damian for the real number
struct atom {
unsigned int key;
PyArrayObject *positionArray;
unsigned int positionIndex;
unsigned int numNeighbors;
unsigned int bondIndices[MAX_NUM_NEIGHBORS];
};
struct bond {
unsigned int atom1index;
unsigned int atom2index;
unsigned int bondorder;
};
int followbond(int fromAtom, struct bond *b)
{
if (b->atom1index == fromAtom || b->atom2index == fromAtom)
return b->atom1index + b->atom2index - fromAtom;
else return SOME_KINDA_ERROR_CODE;
}
"""
# Make sure that whatever we're getting, it will fit into the field of
# a struct.
def isSmallInteger(x):
return type(x) == types.IntType
def isNumericArray(x):
return type(x) == Numeric.ArrayType
class CStruct:
def __init__(self):
self.__struct__ = { }
def kids(self):
lst = [ ]
for k in self.STRUCTINFO.keys():
lst.append((k, getattr(self, k)))
return lst
def dumpInfo(self, index=None, indent=0):
ind = indent * " "
if index == None: index = ""
else: index = "%s " % index
r = ind + index + repr(self) + "\n"
for key, value in self.kids():
if isinstance(value, CStruct):
r += value.dumpInfo(key, indent + 1)
else:
r += ind + (" %s=%s\n" % (key, repr(value)))
if indent == 0:
print r
return r
def __setattr__(self, attr, value):
if DEBUG > 2: print "SET", attr, pointer(value)
if attr in self.STRUCTINFO.keys():
assert self.STRUCTINFO[attr](value), \
attr + " fails " + repr(self.STRUCTINFO[attr])
self.__struct__[attr] = value
return
self.__dict__[attr] = value
def __getattr__(self, attr):
if attr == "__repr__":
raise AttributeError, attr
if attr in self.STRUCTINFO.keys():
try:
value = self.__struct__[attr]
except KeyError:
value = 0
else:
value = self.__dict__[attr]
if DEBUG > 2: print "GET", attr, value
return value
class CStructWithKey(CStruct):
def __init__(self):
CStruct.__init__(self)
assert hasattr(self, "STRUCTINFO")
assert "key" in self.STRUCTINFO.keys()
self.key = genkey()
class AtomBase(CStructWithKey):
STRUCTINFO = {
"key": isSmallInteger,
"array": isNumericArray,
"arrayIndex": isSmallInteger,
"numNeighbors": isSmallInteger,
"neighbor1": isSmallInteger,
"neighbor2": isSmallInteger,
"neighbor3": isSmallInteger,
"neighbor4": isSmallInteger,
"neighbor5": isSmallInteger,
"neighbor6": isSmallInteger,
"neighbor7": isSmallInteger,
"neighbor8": isSmallInteger
}
def __init__(self):
CStructWithKey.__init__(self)
self.sets = [ ]
class BondBase(CStructWithKey):
STRUCTINFO = {
"key": isSmallInteger,
"atom1index": isSmallInteger,
"atom2index": isSmallInteger,
"order": isSmallInteger,
}
class AtomSetBase(CStruct):
STRUCTINFO = {
"key": isSmallInteger,
}
def __init__(self):
CStruct.__init__(self)
self._dct = { }
def kids(self):
lst = [ ]
for k in self.keys():
lst.append((k, self[k]))
return lst
def __setitem__(self, key, atom):
if key != atom.key:
raise KeyError
self._dct[key] = atom
atom.sets.append(self)
def __del__(self):
self.clear()
def __getitem__(self, key):
return self._dct[key]
def __delitem__(self, key):
self._dct[key].sets.remove(self)
del self._dct[key]
def __iter__(self):
class MyIterator:
def __init__(self, lst):
self.lst = lst
self.pointer = 0
def next(self):
if self.pointer == len(self.lst):
raise StopIteration
i = self.lst[self.pointer]
self.pointer += 1
return i
return MyIterator(self.values())
def keys(self):
return self._dct.keys()
def add(self, atom):
self[atom.key] = atom
def remove(self, atom):
del self[atom.key]
def update(self, other):
for k in other.keys():
self[k] = other[k]
def values(self):
lst = [ ]
for k in self.keys():
lst.append(self[k])
return lst
def items(self):
return self.values()
def clear(self):
for k in self.keys():
del self[k]
def filter(self, predicate):
other = AtomSetBase()
for k in self.keys():
if predicate(self[k]):
other.add(self[k])
return other
# should there also be methods for map and reduce?
def atomInfo(self):
ar = Numeric.zeros((len(self.keys()), 4), 'd')
i = 0
for k in self.keys():
atm = self[k]
ar[i] = atm.array[atm.arrayIndex]
i += 1
return ar
class Structure:
def __init__(self):
self.bondlist = [ ]
self.atomset = AtomSetBase()
self.atomArray = None # Numeric array
def __len__(self):
return len(self.atomArray)
def bondThese(self, atm1, atm2, order):
def addBond(atm, other):
attr = "neighbor" + repr(atm.numNeighbors + 1)
setattr(atm, attr, other)
atm.numNeighbors += 1
addBond(atm1, atm2.key)
addBond(atm2, atm1.key)
b = BondBase()
b.atom1index = atm1.key
b.atom2index = atm2.key
b.order = order
self.bondlist.append(b)
def bondThese(self, key1, key2, order):
def addBond(atm, other):
attr = "neighbor" + repr(atm.numNeighbors + 1)
setattr(atm, attr, other)
atm.numNeighbors += 1
atm1 = self.atomset[key1]
atm2 = self.atomset[key2]
addBond(atm1, key2)
addBond(atm2, key1)
b = BondBase()
b.atom1index = key1
b.atom2index = key2
b.order = order
self.bondlist.append(b)
#############################################################
def water():
w = Structure()
w.atomArray = Numeric.array(
((1.0, -0.983, -0.008, 0.000), # hydrogen
(8.0, 0.017, -0.008, 0.000), # oxygen
(1.0, 0.276, -0.974, 0.000))) # hydrogen
for i in range(len(w)):
a = AtomBase()
a.array = w.atomArray
a.arrayIndex = i
w.atomset.add(a)
w.bondThese(1, 2, 1)
w.bondThese(2, 3, 1)
if DEBUG > 1: w.atomset.dumpInfo()
return w
class PerformanceLog:
def __init__(self):
self.records = [ ]
def measure(self, name, fn, n=1):
tt = time.time
t1 = tt()
for i in range(n):
fn()
t2 = tt()
self.records.append("%s: %.2f nanoseconds per element"
% (name, (t2 - t1) / n))
def dump(self):
print "Performance information"
for x in self.records:
print x
PL = PerformanceLog()
class Tests(unittest.TestCase):
"""
atomset[atom.key] = atom
atomset.update( any dict from atom.key to atom )
atomset.update( atomset2 )
del atomset[atom.key]
atomset.keys() # sorted
atomset.values() # sorted by key
atomset.items() # sorted by key
"""
def setUp(self):
global genkeyCount
genkeyCount = 1
def test_atomset_basic(self):
atom1 = AtomBase()
atomset = AtomSetBase()
atomset[atom1.key] = atom1
try:
atomset[atom1.key+1] = atom1 # this should fail
raise FailureExpected
except KeyError:
pass
def test_atomset_keysSorted(self):
atomset = AtomSetBase()
# create them forwards
atom1 = AtomBase()
atom2 = AtomBase()
atom3 = AtomBase()
atom4 = AtomBase()
atom5 = AtomBase()
# add them backwards
atomset.add(atom5)
atomset.add(atom4)
atomset.add(atom3)
atomset.add(atom2)
atomset.add(atom1)
# they better come out forwards
assert atomset.keys() == [ 1, 2, 3, 4, 5 ]
assert atomset.values() == [
atom1, atom2, atom3, atom4, atom5
]
def test_atomset_gracefulRemoves(self):
atom1 = AtomBase()
atom2 = AtomBase()
atom3 = AtomBase()
atomset = AtomSetBase()
atomset.add(atom1)
atomset.add(atom2)
atomset.add(atom3)
assert atom1.sets == [ atomset ]
assert atom2.sets == [ atomset ]
assert atom3.sets == [ atomset ]
atomset.clear()
assert atom1.sets == [ ]
assert atom2.sets == [ ]
assert atom3.sets == [ ]
def test_bondlist(self):
b = water().bondlist
assert b[0].order == 1
assert b[0].atom1index == 1
assert b[0].atom2index == 2
assert b[0].key == 4
assert b[1].order == 1
assert b[1].atom1index == 2
assert b[1].atom2index == 3
assert b[1].key == 5
def test_atomset_updateFromAnotherAtomlist(self):
alst = [ ]
for i in range(5):
alst.append(AtomBase())
atomset = AtomSetBase()
for a in alst:
atomset.add(a)
assert atomset.keys() == [ 1, 2, 3, 4, 5 ]
atomset2 = AtomSetBase()
atomset2.update(atomset)
assert atomset2.keys() == [ 1, 2, 3, 4, 5 ]
def test_atomset_updateFromDict(self):
adct = { }
for i in range(5):
a = AtomBase()
adct[a.key] = a
atomset = AtomSetBase()
atomset.update(adct)
assert atomset.keys() == [ 1, 2, 3, 4, 5 ]
def test_atomset_removeFromEmpty(self):
atomset = AtomSetBase()
a = AtomBase()
try:
atomset.remove(a)
raise FailureExpected
except KeyError:
pass
# I think we'll want this to make OpenGL run fast.
def test_atomset_atomInfo(self):
w = water()
h1 = w.atomset[1]
ox = w.atomset[2]
h2 = w.atomset[3]
atomset = AtomSetBase()
atomset.add(h1)
atomset.add(h2)
atominfo2 = atomset.atomInfo()
assert atominfo2.tolist() == [
[1.0, -0.983, -0.008, 0.000],
[1.0, 0.276, -0.974, 0.000]
]
def test_atomset_dumpInfo(self):
w = water()
if DEBUG > 0: w.dumpInfo()
# needs to be visually inspected for reasonableness
def test_atomset_filter(self):
w = water()
def isHydrogen(atom):
e, x, y, z = atom.array[atom.arrayIndex]
return e == 1
atomset = w.atomset.filter(isHydrogen)
atominfo = atomset.atomInfo()
assert atominfo.tolist() == [
[1.0, -0.983, -0.008, 0.000],
[1.0, 0.276, -0.974, 0.000]
]
def test_atomset_map(self):
w = water()
def transmute(atom):
e, x, y, z = atom.array[atom.arrayIndex]
if e == 8:
# change oxygen to carbon
atom.array[atom.arrayIndex][0] = 6
map(transmute, w.atomset)
atominfo = w.atomset.atomInfo()
assert atominfo.tolist() == [
[1.0, -0.983, -0.008, 0.000],
[6.0, 0.017, -0.008, 0.000], # carbon
[1.0, 0.276, -0.974, 0.000]
]
def test():
suite = unittest.makeSuite(Tests, 'test')
#suite = unittest.makeSuite(Tests, 'test_atomset_atomInfo')
runner = unittest.TextTestRunner()
runner.run(suite)
PL.dump()
if __name__ == "__main__":
for x in sys.argv[1:]:
if x.startswith("debug="):
DEBUG = string.atoi(x[6:])
test()
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/pyrex-atoms-bonds/prototype.py |
#!/usr/bin/python
# Copyright 2006-2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
# $Id$
import string, types, sys, re
from ighelp import *
####################################################
class Program:
def __init__(self):
self.opcodes = [ ]
self.symtab = { }
def run(self):
while active_threads() > 0:
step(1000)
def __len__(self):
return len(self.opcodes)
def __getitem__(self, i):
return self.opcodes[i]
def __setitem__(self, i, v):
self.opcodes[i] = v
def append(self, x):
self.opcodes.append(x)
def setSymbol(self, k, v):
self.symtab[k] = v
def getSymbol(self, k):
return self.symtab[k]
def hasSymbol(self, k):
return self.symtab.has_key(k)
def thread(self, func, mem=None):
T = thread(self.opcodes, mem)
T.pc = self.symtab[func]
return T
def compile(self, str):
def is_a_number(str):
try: string.atof(str); return 1
except ValueError: return 0
my_stack = [ ]
M = string.split(str)
start = len(self)
i = 0
while i < len(M):
x = M[i]
if x == '/*':
# handle comments, no rocket science here
while M[i] != '*/':
i = i + 1
elif x == 'spawn':
i = i + 1
spawned = M[i]
if self.hasSymbol(spawned):
# spawn a thread running an existing definition
self.append(verbs['spawn'])
self.append(self.getSymbol(spawned))
else:
# set up a forward reference
self.append('spawn:' + spawned)
self.append(None)
elif x == 'if':
# build unresolved forward branch
my_stack.append(len(self))
self.append(verbs['zjump'])
self.append(0)
elif x == 'else':
x = my_stack.pop()
# build unresolved forward branch
my_stack.append(len(self))
self.append(verbs['jump'])
self.append(0)
# resolve forward branch
self[x+1] = len(self)
elif x == 'endif':
# resolve forward branch
x = my_stack.pop()
self[x+1] = len(self)
elif x == 'begin':
# set up destination for future backward jump
my_stack.append(len(self))
elif x == 'until':
# build and resolve backward branch
self.append(verbs['zjump'])
self.append(my_stack.pop())
elif x == 'forever':
# like 'until' except unconditional
self.append(verbs['jump'])
self.append(my_stack.pop())
elif x == 'do':
# like 'until' except unconditional
self.append(verbs['do'])
my_stack.append(len(self))
elif x == 'loop':
# like 'until' except unconditional
self.append(verbs['loop'])
self.append(my_stack.pop())
elif x[-1:] == ':':
# the start of a definition, put it in the symbol table
self.setSymbol(x[:-1], len(self))
elif verbs.has_key(x):
# a primitive
self.append(verbs[x])
elif self.hasSymbol(x):
# calling an existing definition
self.append(verbs['call'])
self.append(self.getSymbol(x))
elif is_a_number(x):
# a number
self.append(verbs['lit'])
self.append(string.atof(x))
else:
# if we can't identify it, assume it's a forward
# reference, which we represent as a string followed by a
# don't-care
self.append(x)
self.append(None)
i = i + 1
finish = len(self)
i = start
# clean up the forward references
while i < finish:
x = self[i]
# there are two kinds of forward references, calls and spawns
if type(x) == types.StringType:
if x[:6] == 'spawn:':
self[i] = verbs['spawn']
self[i+1] = self.getSymbol(x[6:])
else:
self[i] = verbs['call']
self[i+1] = self.getSymbol(x)
i = i + 1
def explain(self):
def reverseDict(d):
v = { }
for k in d.keys():
v[d[k]] = k
return v
v = reverseDict(verbs)
s = reverseDict(self.symtab)
i = 0
r = ''
for x in self.opcodes:
try:
u = s[i]
r = r + u + ':\n'
except KeyError:
pass
try:
u = v[x]
r = r + ' ' + `i` + ' ' + u + '\n'
except KeyError:
try:
g = ' (' + s[x] + ')'
except KeyError:
g = ''
r = r + ' ' + `i` + ' ' + `x` + g + '\n'
i = i + 1
print r
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/pyrex-atoms-bonds/iguana/iguana.py |
# Copyright 2006-2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
# $Id$
import iguana
import unittest
baseline_code = """
+!:
<atomic
/* x p */
dup fetch /* x p (*p) */
rot + swap /* (*p)+x p */
store
atomic> exit
foo:
rand exit
bar:
2.718 exit
quux:
ouch exit
/* this requires we set up some data memory */
tryloop:
0 0 store
600 0 do
i 0 +!
loop
exit
tryloop2:
0
600 0 do
i +
loop
exit
quickloop:
600 0 do loop exit
"""
class IguanaTests(unittest.TestCase):
def setUp(self):
self.prog = prog = iguana.Program()
prog.compile(baseline_code)
def test_loop1(self):
self.prog.compile("main: tryloop exit")
mem = 3 * [ 0.0 ]
self.prog.thread("main", mem)
self.prog.run()
assert mem[0] == (600.0 * 599) / 2
assert mem[1] == 0.0
assert mem[2] == 0.0
# this is quite slow, because we're doing lots of "fetch" and "store" operations
def test_loop1_many_threads(self):
self.prog.compile("main: tryloop exit")
mem = 3 * [ 0.0 ]
for i in range(1000):
self.prog.thread("main", mem)
self.prog.run()
assert mem[0] == 1000 * (600.0 * 599) / 2
assert mem[1] == 0.0
assert mem[2] == 0.0
def test_loop2(self):
self.prog.compile("main: tryloop2 exit")
T = self.prog.thread("main")
self.prog.run()
assert T.pop() == (600.0 * 599) / 2
def test_loop2_many_threads(self):
self.prog.compile("main: tryloop2 exit")
threads = [ ]
for i in range(1000):
threads.append(self.prog.thread("main"))
self.prog.run()
for i in range(1000):
assert threads[i].pop() == (600.0 * 599) / 2
def test_quickloop(self):
self.prog.compile("main: quickloop exit")
T = self.prog.thread("main")
self.prog.run()
def test_quux(self):
T = self.prog.thread("quux")
try:
self.prog.run()
assert False, "this should have failed"
except iguana.IguanaError:
pass
def test_bar(self):
T = self.prog.thread("bar")
self.prog.run()
assert T.pop() == 2.718
def __test_foo(self):
for i in range(20):
T = self.prog.thread("foo")
self.prog.run()
print T.pop()
def test():
suite = unittest.makeSuite(IguanaTests, 'test')
#suite = unittest.makeSuite(Tests, 'test_atomset_atomInfo')
runner = unittest.TextTestRunner()
runner.run(suite)
if __name__ == "__main__":
test()
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/pyrex-atoms-bonds/iguana/iguanatest.py |
#!/usr/bin/python
# Copyright 2006-2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
# $Id$
import string, os, sys, re
variableName = re.compile("^[_a-zA-Z][_a-zA-Z0-9]*$")
class Op:
def __init__(self, str):
lst = string.split(str, '#')
self.name = string.split(lst.pop(0))
self.cname = self.name[0]
self.name = self.name[len(self.name) - 1]
self.inputs = string.split(lst.pop(0))
self.inputs.reverse() # because we're popping them
self.outputs = string.split(lst.pop(0))
self.tests = ""
if lst:
blanks = ' \t\r\n'
tests = lst.pop(0)
while tests[:1] in blanks:
tests = tests[1:]
while tests[-1:] in blanks:
tests = tests[:-1]
self.tests = tests
assert len(lst) == 0
def cfunction(self):
r = (("static int igverb_%s (iguana_thread_object" +
" *self, int pc)\n{\n") % self.cname)
vars = [ ]
for x in self.inputs + self.outputs:
if variableName.search(x) and x not in vars:
vars.append(x)
for x in vars:
r = r + " double %s;\n" % x
if self.inputs:
r = r + " CHECK_UNDERFLOW(%d);\n" % len(self.inputs)
if self.outputs:
r = r + " CHECK_OVERFLOW(%d);\n" % len(self.outputs)
for x in self.inputs:
r = r + " self->dspointer--;\n"
r = r + " %s = self->data_stack[self->dspointer];\n" % x
if self.tests:
r = r + " " + self.tests + "\n"
for x in self.outputs:
r = r + " self->data_stack[self->dspointer] = %s;\n" % x
r = r + " self->dspointer++;\n"
return r + " return pc;\n}\n\n"
print """#include "Python.h"
#include "ighelp.h"
#define EVILRETURN -1
extern PyObject *IguanaError;
"""
oplist = [ ]
for L in open("ops.b").readlines():
if len(string.split(L, '#')) > 1:
op = Op(L)
oplist.append(op)
print op.cfunction()
print """
void add_more_verbs(PyObject *verb_dict)
{"""
for op in oplist:
print (""" PyDict_SetItemString(verb_dict, "%s",
PyInt_FromLong((long) igverb_%s));"""
% (op.name, op.cname))
print "}"
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/pyrex-atoms-bonds/iguana/procops.py |
#!/usr/bin/python
# Copyright 2006-2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
from PyQt4.Qt import *
from PyQt4 import QtCore, QtGui
# Hunt for the icons directory
icons = 'icons'
for i in range(3):
import os
if os.path.exists(icons + '/MainWindowUI_image1.png'):
break
icons = '../' + icons
iconlist = map(lambda x: x[:-1],
os.popen("/bin/ls " + icons + " | grep -v CVS").readlines())
#iconlist = filter(lambda x: x.startswith("MainWindowUI"), iconlist)
iconlist.sort()
n = len(iconlist)
numRows = int((n ** 0.5) + 1)
class MainWindow(QMainWindow):
def __init__(self):
QMainWindow.__init__(self)
#centralwidget = QScrollArea()
#w = QWidget(self)
#centralwidget.setWidget(w)
#self.setCentralWidget(centralwidget)
#self.layout = QGridLayout(w)
centralwidget = QWidget(self)
self.layout = QGridLayout(centralwidget)
if False:
scroller = QScrollArea()
scroller.setWidget(centralwidget)
scroller.show()
scroller.setFocus()
scroller.ensureVisible(640,480,10,10)
centralwidget = scroller
self.setCentralWidget(centralwidget)
self.layout.setMargin(0)
self.layout.setSpacing(0)
row, col = 0, 0
for icon in iconlist:
w = QWidget()
lo = QVBoxLayout(w)
lbl = QLabel(w)
lbl.setPixmap(QPixmap(icons + '/' + icon))
lo.addWidget(lbl)
lbl = QLabel(w)
lbl.setText(icon)
lo.addWidget(lbl)
self.layout.addWidget(w, row, col)
col += 1
if col == 5:
row += 1
col = 0
if __name__ == "__main__":
import sys
app = QtGui.QApplication(sys.argv)
mainWin = MainWindow()
#mainWin = ScanList()
mainWin.show()
sys.exit(app.exec_())
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/basic-qt-app/see-icons.py |
#!/usr/bin/python
# Copyright 2006-2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
from PyQt4.Qt import *
from PyQt4 import QtCore, QtGui
# Hunt for the icons directory
icons = 'icons'
for i in range(3):
import os
if os.path.exists(icons + '/MainWindowUI_image1.png'):
break
icons = '../' + icons
partWindowBaseClass = QWidget
# partWindowBaseClass = QGroupBox
class PartWindow(partWindowBaseClass):
def __init__(self, parent=None):
partWindowBaseClass.__init__(self)
self.parent = parent
self.setWindowTitle("My Part Window")
self.setSizePolicy(QSizePolicy.MinimumExpanding, QSizePolicy.MinimumExpanding)
layout = QtGui.QHBoxLayout(self)
layout.setMargin(0)
layout.setSpacing(0)
#########################
holder = QWidget()
holder.setMaximumWidth(200)
sublayout = QVBoxLayout(holder)
sublayout.setMargin(0)
sublayout.setSpacing(0)
layout.addWidget(holder)
dismissButton = QPushButton()
dismissButton.setIcon(QIcon(icons + '/GrapheneGeneratorDialog_image3.png'))
sublayout.addWidget(dismissButton)
self.connect(dismissButton,SIGNAL("clicked()"),self.dismiss)
###
self.propertyManager = QtGui.QTabWidget()
self.propertyManager.setCurrentIndex(0)
self.propertyManager.setMaximumWidth(200)
self.modelTreeTab = QtGui.QWidget()
self.propertyManager.addTab(self.modelTreeTab, "Model Tree")
modelTreeTabLayout = QtGui.QVBoxLayout(self.modelTreeTab)
modelTreeTabLayout.setMargin(0)
modelTreeTabLayout.setSpacing(0)
self.tab2 = QtGui.QWidget()
self.propertyManager.addTab(self.tab2, "Second tab")
sublayout.addWidget(self.propertyManager)
###
self.modelTree = QtGui.QTreeWidget()
self.modelTree.setColumnCount(2)
self.modelTree.setHeaderLabels(['', 'Thingy'])
self.populateModelTree()
modelTreeTabLayout.addWidget(self.modelTree)
self.glpane = GLPane()
layout.addWidget(self.glpane)
def populateModelTree(self):
abc = QTreeWidgetItem()
abc.setIcon(0, QIcon(icons + '/NanotubeGeneratorDialog_image1.png'))
abc.setText(1, 'abc')
self.modelTree.addTopLevelItem(abc)
defg = QTreeWidgetItem(abc)
defg.setIcon(0, QIcon(icons + '/MainWindowUI_image125.png'))
defg.setText(1, 'defg')
hi = QTreeWidgetItem(abc)
hi.setIcon(0, QIcon(icons + '/MainWindowUI_image138.png'))
hi.setText(1, 'hi')
jkl = QTreeWidgetItem(defg)
jkl.setIcon(0, QIcon(icons + '/MainWindowUI_image38.png'))
jkl.setText(1, 'jkl')
mno = QTreeWidgetItem(defg)
mno.setIcon(0, QIcon(icons + '/GrapheneGeneratorDialog_image7.png'))
mno.setText(1, 'mno')
pqr = QTreeWidgetItem(defg)
pqr.setIcon(0, QIcon(icons + '/MainWindowUI_image90.png'))
pqr.setText(1, 'pqr')
stu = QTreeWidgetItem(hi)
stu.setIcon(0, QIcon(icons + '/UserPrefsDialog_image0.png'))
stu.setText(1, 'stu')
vwx = QTreeWidgetItem(hi)
vwx.setIcon(0, QIcon(icons + '/MainWindowUI_image40.png'))
vwx.setText(1, 'vwx')
def setRowCol(self, row, col):
self.row, self.col = row, col
def dismiss(self):
self.parent.removePartWindow(self)
########################################################################
class GLPane(QGLWidget):
def __init__(self, master=None):
glformat = QGLFormat()
glformat.setStencil(True)
QGLWidget.__init__(self, glformat, master)
self.setSizePolicy(QSizePolicy.MinimumExpanding, QSizePolicy.MinimumExpanding)
##########################################################################
class GridPosition:
def __init__(self):
self.row, self.col = 0, 0
self.availableSlots = [ ]
self.takenSlots = { }
def next(self, widget):
if len(self.availableSlots) > 0:
row, col = self.availableSlots.pop(0)
else:
row, col = self.row, self.col
if row == col:
# when on the diagonal, start a new self.column
self.row = 0
self.col = col + 1
elif row < col:
# continue moving down the right edge until we're about
# to hit the diagonal, then start a new bottom self.row
if row == col - 1:
self.row = row + 1
self.col = 0
else:
self.row = row + 1
else:
# move right along the bottom edge til you hit the diagonal
self.col = col + 1
self.takenSlots[widget] = (row, col)
return row, col
def removeWidget(self, widget):
rc = self.takenSlots[widget]
self.availableSlots.append(rc)
del self.takenSlots[widget]
# MAIN_WINDOW_SIZE = (1024, 768)
MAIN_WINDOW_SIZE = (800, 600)
class MainWindow(QMainWindow):
def __init__(self):
QMainWindow.__init__(self)
self.setWindowTitle("My Main Window")
self.setMinimumWidth(MAIN_WINDOW_SIZE[0])
self.setMinimumHeight(MAIN_WINDOW_SIZE[1])
self.statusbar = QtGui.QStatusBar(self)
self.statusbar.showMessage("Status message")
self.setStatusBar(self.statusbar)
self.menubar = self.menuBar()
# Any menu action makes the status bar message disappear
fileMenu = QtGui.QMenu(self.menubar)
fileMenu.setTitle("File")
self.menubar.addAction(fileMenu.menuAction())
newAction = QtGui.QAction("New", self)
newAction.setIcon(QtGui.QIcon(icons + '/GroupPropDialog_image0.png'))
fileMenu.addAction(newAction)
openAction = QtGui.QAction("Open", self)
openAction.setIcon(QtGui.QIcon(icons + "/MainWindowUI_image1"))
fileMenu.addAction(openAction)
saveAction = QtGui.QAction("Save", self)
saveAction.setIcon(QtGui.QIcon(icons + "/MainWindowUI_image2"))
fileMenu.addAction(saveAction)
for otherMenuName in ('Edit', 'View', 'Display', 'Select', 'Modify', 'NanoHive-1', 'Help'):
otherMenu = QtGui.QMenu(self.menubar)
otherMenu.setTitle(otherMenuName)
self.menubar.addAction(otherMenu.menuAction())
self.setMenuBar(self.menubar)
self.connect(newAction,SIGNAL("activated()"),self.newFile)
self.connect(openAction,SIGNAL("activated()"),self.openFile)
self.connect(saveAction,SIGNAL("activated()"),self.saveFile)
centralwidget = QWidget()
self.setCentralWidget(centralwidget)
layout = QVBoxLayout(centralwidget)
layout.setMargin(0)
layout.setSpacing(0)
middlewidget = QWidget()
self.bigButtons = QWidget()
bblo = QHBoxLayout(self.bigButtons)
bblo.setMargin(0)
bblo.setSpacing(0)
self.bigButtons.setMinimumHeight(50)
self.bigButtons.setSizePolicy(QSizePolicy.Fixed, QSizePolicy.Fixed)
for name in ('Features', 'Sketch', 'Build', 'Dimension', 'Simulator'):
btn = QPushButton(self.bigButtons)
btn.setMaximumWidth(80)
btn.setMinimumHeight(50)
btn.setText(name)
self.bigButtons.layout().addWidget(btn)
self.bigButtons.hide()
layout.addWidget(self.bigButtons)
self.littleIcons = QWidget()
self.littleIcons.setMinimumHeight(30)
self.littleIcons.setMaximumHeight(30)
lilo = QHBoxLayout(self.littleIcons)
lilo.setMargin(0)
lilo.setSpacing(0)
pb = QPushButton(self.littleIcons)
pb.setIcon(QIcon(icons + '/GroupPropDialog_image0.png'))
self.connect(pb,SIGNAL("clicked()"),self.newFile)
lilo.addWidget(pb)
for x in "1 2 4 5 6 7 8 18 42 10 43 150 93 94 97 137".split():
pb = QPushButton(self.littleIcons)
pb.setIcon(QIcon(icons + '/MainWindowUI_image' + x + '.png'))
lilo.addWidget(pb)
layout.addWidget(self.littleIcons)
layout.addWidget(middlewidget)
self.layout = QGridLayout(middlewidget)
self.layout.setMargin(0)
self.layout.setSpacing(0)
self.gridPosition = GridPosition()
self.numParts = 0
def removePartWindow(self, pw):
self.layout.removeWidget(pw)
self.gridPosition.removeWidget(pw)
self.numParts -= 1
if self.numParts == 0:
self.bigButtons.hide()
def newFile(self):
if self.numParts == 0:
self.bigButtons.show()
self.numParts += 1
pw = PartWindow(self)
row, col = self.gridPosition.next(pw)
self.layout.addWidget(pw, row, col)
def openFile(self):
print "Let's pretend we're opening a file"
def saveFile(self):
print "Let's pretend we're saving a file"
if __name__ == "__main__":
import sys
app = QtGui.QApplication(sys.argv)
mainWin = MainWindow()
mainWin.show()
sys.exit(app.exec_())
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/basic-qt-app/modelTree.py |
#!/usr/bin/python
# Copyright 2006-2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""This is a demonstration of some very simple Qt ideas. Qt is so
complicated that you can't just sit down and write a GUI like you
could in Java or Tkinter. You need to start in Qt Designer.
Use designer-qt3 to tweak cruft.ui. Then run
pyuic cruft.ui > cruft.py or just make cruft.py
to produce a class that gets inherited by Crufty.
Qt Designer won't do everything you want. You sometimes need to
manually edit the XML in cruft.ui to accomplish things that it can't
do.
"""
import sys
from cruft import Ui_Cruft
from PyQt4.Qt import *
class Crufty(QWidget, Ui_Cruft):
def __init__(self):
QWidget.__init__(self, None)
self.setupUi(self)
self.connect(self.pushButton1, SIGNAL('clicked()'), self.pushButton1_clicked)
self.textBrowser.setPlainText('hello')
self.show()
def pushButton1_clicked(self):
print self.textBrowser.toPlainText()
self.close()
def main():
app = QApplication(sys.argv)
cr = Crufty()
app.exec_()
if __name__ == "__main__":
main()
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/basic-qt-app/crufty.py |
# Copyright 2006-2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
import sys
from PyQt4.Qt import *
class Ticker(QObject):
def __init__(self):
QObject.__init__(self)
self.timer = timer = QTimer(self)
#timer.setSingleShot(True)
self.connect(self.timer, SIGNAL("timeout()"), self.hello)
timer.start(1000)
def hello(self):
print 'hi it works'
return 4
x=Ticker()
if __name__ == '__main__':
app = QApplication(sys.argv)
win = QMainWindow()
win.show()
app.exec_()
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/basic-qt-app/ticker.py |
#! /usr/bin/env python
"""
This file, and some of the files in the same directory and/or its subdirs,
are copied and modified from delta_v-r3/run_game.py and/or other programs
by Alex H., author of pyglet. Each such file says so inside it.
"""
import sys
import optparse
import pyglet
from demoapp.ui.DemoAppWindow import DemoAppWindow
if __name__ == '__main__':
op = optparse.OptionParser()
op.add_option('-W', '--width', dest='width', type='int', default = 800,
help='width of window')
op.add_option('-H', '--height', dest='height', type='int', default = 600,
help='height of window')
op.add_option('-f', '--fullscreen', dest='fullscreen', default = False,
action='store_true', help='use an entire screen')
options, args = op.parse_args()
# In case the user doesn't run in -O
## pyglet.options['gl_error_check'] = False
if options.fullscreen:
window = DemoAppWindow( fullscreen = options.fullscreen)
else:
window = DemoAppWindow(
width = options.width,
height = options.height,
)
## state = mainmenu.MainMenu()
## window.push_state(state)
pyglet.app.run()
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/demoapp_0.1/main.py |
# or maybe store this on the children, as child.size, child.pos, or child.rect, etc?
# since the children sometimes need to know it too (incl when drawing).
def find_child(self, x, y):
for child, (cx,cy,w,h) in self._layout.iteritems(): # maps children -> rects
if (cx <= x < cx + w and
cy <= y < cy + h):
return child
return None
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/demoapp_0.1/outtakes/layout-outtakes.py |
class MouseBehavior_OBS(object): #### REVIEW: might be no longer used, and/or renamed to ToolStateBehavior
# REVIEW: how are MouseBehavior and Tool related in a class hierarchy? guess: Tool's a subclass.
"""
Abstract class for simple mouse behaviors that are temporarily pushed
as handlers onto a pane (by client code after it creates us).
The pane is arg 1 of the constructor; the other args depend on the subclass.
To implement its "exit condition", a subclass instance should call self.done(),
which removes itself from pane's handlers, from within one or more of its
event handler methods. It can then return None or EVENT_HANDLED depending
on whether the exposed handlers should also handle the same event.
It can even dispatch some other event (or more than one), then return EVENT_HANDLED,
effectively replacing one event with another.
"""
### REVISE subs to call our init method
def __init__(self, pane):
"subclasses typically have more init args"
self.pane = pane
def done(self):
self.pane.remove_handlers(self)
pass
class Tool_OBS(object): ### REVISE super to MouseBehavior...
# or make this an option of mousebehavior? or "wrap" an MB to be a Tool? YES. THEN IT CAN PUSH multiple handlers when it starts.
"""
A Tool can act like a toggle button when in a pallette,
or like a set of event handlers when applied to a pane or widget.
A tool instance can be abstract, or be active within a specific pane,
self.pane.
"""
def __init__(self, pane): #k more args?
self.pane = pane
pass
#e check for CMD_RETVAL in the args... is this just "symbol replacement"? treating arg as "expr for a literal value"?
assert 0, "nim"
#### PROBLEM which CMD_RETVAL solves: state needs arg returned when command is run!!!
# simplest soln: always store cmd retval in a standard attribute...
# and have a name for that to use in the transition, CMD_RETVAL ### IMPLEM
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/demoapp_0.1/outtakes/MouseBehavior-outtakes.py |
class TrivalentGraphDrawingTool_OBS(Tool): # REVIEW: can it turn into HuntForNode with node = None to save coding?
#doc - Active means we know the parent (pane or widget) as self.pane;
# the pane is also what distributes events... it does so through the tool, on its event handler stack
# handlers for when we're applied to a pane
def on_mouse_press(self, x, y, button, modifiers):
# todo: care about button, modifiers
# todo: if an edge is being drawn, complete it? no, some other handler did that, then returned None to pass event to us.
pane = self.pane
model = pane.model #k
obj = pane.find_object(x, y) # TODO: move this into COMMON CODE with an on_draw_handle method
node = None # node we hit or made
if not obj:
# empty space
node = model.cmd_addNode(x, y)
elif isinstance(obj, model.Node):
node = obj
elif isinstance(obj, model.Edge):
node = model.cmd_addNodeOnEdge(x, y, obj)
# drag this node around, while mouse is down,
# then (in some cases) draw an edge from it when mouse is up
should_draw_edge = len(node.edges) < 3
# todo: better: if hit node you are already indirectly connected to, draw edge and stop;
# otherwise draw edge and continue.
## handler = DragNodeThenHuntForNode(node, x, y)
# define handlers here in order in which they execute in time:
handler1 = DragNode(pane, node, x, y)
if should_draw_edge:
handler2 = HuntForNode(pane, node)
pane.push_handlers(handler2)
pane.push_handlers(handler1) # this runs, then pops to uncover other one
#k: what if 1st one changes mind about running 2nd one?
#e clearly we need some sort of expr for a state diagram for things to run in pane...
return EVENT_HANDLED
def on_mouse_motion(self, x, y, dx, dy):
# todo: highlight
pass
pass
###k syntax for this "command description" (DragNode, CMD_RETVAL) (a class with some init args)
# DECIDE: should we just return something like tool.DragNode(self.node) instead?
# that's already an instance, but it's inactive until put into the right place...
# but as optim, note that this is usually discarded (during mouse motion)...
# otoh that class would not be too slow to instantiate.
# BUT it can't say self.node, it needs CMD_RETVAL and later subst of that...
# so nevermind for now.
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/demoapp_0.1/outtakes/TGDT-outtakes.py |
outtakes:
def set_tip(self, tip, obj):
#print "set_tip:", tip, obj # works, except should be a better message when cmd is NOOP, and appearance/location
self.tip.text = tip or ""
self.tip_player = obj
def unset_tip(self):
self.set_tip("", None)
## def on_mouse_motion_FROM_SOUNDSPACE(self, x, y, dx, dy): #### port me [already done?]
## handle, offset = self.hit_test(x, y)
## if handle:
## self.tip.text = handle.tip # string constant describing what the handle adjusts
## pos = self.player_transform(handle.player) # bks cmt: is this line needed?
## self.tip_player = handle.player # the obj the handle is controlling
## else:
## self.tip.text = ''
# tooltip [modified from soundspace.py; comments by bks, some are about the old context of the code]
if self.tip_player: # the player that the tip should be near
player_pos = self.player_transform(self.tip_player) # get transform for this player, for placing the tip
# note: some other code has set tip.text... and has maintained tip_player ###k
self.tip.x = player_pos[0]
self.tip.y = player_pos[1] - 15
self.tip.draw()
def player_transform(self, obj): ### RENAME, get pos of obj for purpose of placing the tip
try:
return obj.pos
except:
print "tip needs pos from %r, nim" % (obj,)
return None
pass
self.tip_player = None
# the player object that the tip should be near; set in window on_mouse_motion [bks cmt]
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/demoapp_0.1/outtakes/pane-text-stuff.py |
"""
layout.py - widget layout helpers
$Id$
"""
# semiobs:
# layout alg: leaves send min size up, extra or deficient size allocated down...
# everyone sets their min size, maybe their max size...
# in theory every size-dim has a goodness func which is piecewise linear w/ a few poss slopes...
# so children might pass up sizevars and slope, and we sort these,
# then go through the list handing out size in order of most good.
# it's pretty incremental... and with few slopes, can be summarized at levels.
# utility values of having various kinds of pixels visible
# (only order matters, I think)
##ESSENTIAL_CONTROLS_TINY = 200
ESSENTIAL_CONTROLS_NORMAL = 100
VIEWS_MINIMAL = 60
VIEWS_COMFORTABLE = 20
def desired_size_data_for_view_dimension(min_size = 10, max_size = 4000):
"use once for each dimension"
return desired_size_data([(VIEWS_MINIMAL, min_size), (VIEWS_COMFORTABLE, max_size - min_size)])
def desired_size_data_for_view(min_size = (10,10), max_size = (4000,4000)):
res = [desired_size_data_for_view_dimension(min_size = min_size[i],
max_size = max_size[i])
for i in (0,1) ]
return res
def desired_size_data_for_control(size = (20,20)):
res = [desired_size_data([(ESSENTIAL_CONTROLS_NORMAL, size[i])])
for i in (0,1) ]
return res
# expect panes to maintain: size, pos; and for some kinds, min_size, max_size
def _merge_runs(data):
res = []
for price, number in data:
if data and data[-1][0] == price:
lprice, lnumber = data.pop()
assert lprice == price # just compared
number += lnumber
res.append( (price, number) )
return res
class desired_size_data(object):
"""
how many pixels we want at each price
"""
# self._data will be a sorted list of (price, number) pairs
def __init__(self, price, number = None):
if number is not None:
assert isinstance(number, int)
assert isinstance(price, tuple(int, float))
self._data = [(price, number)]
else:
# arg1 is really a list of same format as self._data
# fast version:
self._data = list(price)
self._data.sort()
self._data.reverse() # possible optim: store negative price?
# todo: slow version: harder to code (does all checks)
return
def __repr__(self):
return "layout(%r)" % (self._data,)
def __add__(self, other):
# assume other is same class
biglist = self._data + other._data
biglist.sort()
biglist.reverse()
biglist = _merge_runs(biglist)
# optim: merge the lists and compress runs, same time;
# use an alg which can also be used to split what's available later
return self.__class__(biglist)
def max(self, other): # __max__ is not used, so just call it max
# for each cumsum of pixels, what is max slope of either curve?
def changepoints(data):
res = {} # maps total number of pixels to
# marginal price just as we reach it
# (after that, price will be lower)
total = 0
for price, number in data:
total += number
res[total] = price
return res
cp1 = changepoints(self._data)
cp2 = changepoints(other._data)
bothpoints = dict(cp1)
bothpoints.update(cp2) # values meaningless (favor cp2)
bothpoints_items = bothpoints.items()
bothpoints_items.sort()
tentative = [] # (total, oldprice), but only for decreasing oldprice
for total, oldprice in bothpoints_items:
# oldprice favors cp2 -- let cp1 influence it too
oldprice = max(oldprice, cp1.get(total, oldprice))
# this is wrong, if cp1 has nothing there but something later;
# so add to tentative, but first drop any lower or equal prices on it
while tentative and tentative[-1][1] <= oldprice:
del tentative[-1]
tentative.append( (total, oldprice) )
# now convert to desired form
data = []
prior_total = 0
for total, oldprice in tentative:
data.append( (oldprice, total - prior_total) )
prior_total = total
# review: more efficient to keep total??
return self.__class__(data)
pass
def _allocate(summands, amount):
"""
allocate some of amount to each of the summands
(which are desired_size_data objects)
""" # ?
requests = {} # maps price to list of (number, index) pairs
for ind in range(len(summands)):
summand = summands[ind]._data
for price, number in summand:
requests.setdefault(price, [])
requests[price].append( (number, ind) )
requests_items = requests.items()
requests_items.sort()
requests_items.reverse()
results = [0] * len(summands) # added to below
for price, pairs in requests_items:
total = sum([number for number, index in pairs])
if total <= amount:
# all requests at this price can be satisfied
for number, ind in pairs:
results[ind] += number
amount -= total
else:
# Have to divy up the remainder, among requests for various numbers
# of pixels at the same price (and then break out of this loop).
#
# Note: if price curve was truly piecewise constant as our math assumes,
# we could divy it up arbitrary, but in fact, we assume the price
# curve is slightly convex so we should divy it up fairly.)
#
# Policy: hand pixels out equally until we run dry; note that some
# requests might be smaller and fully satified, which makes the alg
# not as simple as handing out equal shares. Also, if at the end
# we'd hand out fractional pixels, instead we give a one-pixel
# remainder to the first few remaining objects.
pairs.sort() # smaller requests first
while pairs and pairs[0][0] * len(pairs) <= amount:
# we can fully satisfy the first request by handing out
# the same number to everyone
this_share = pairs[0][0]
newpairs = []
for number, ind in pairs:
results[ind] += this_share
amount -= this_share
number -= this_share
if number:
newpairs.append( (number, ind) )
assert len(newpairs) < len(pairs) # since first one used up
pairs = newpairs
if amount:
# even the first request can't be fully satisfied;
# at this point we don't care how much the remaining ones request;
# we just divy up the rest as equally as we can.
assert pairs # otherwise we fully satisfied them all, so earlier test was wrong
this_share = int( amount / len(pairs) ) # integer division desired
for number, ind in pairs:
results[ind] += this_share
amount -= this_share
ind = 0
while amount:
results[ind] += 1
amount -= 1
ind += 1
pass
break
continue
return results
# == test code
def _test():
lp1 = desired_size_data([(100, 3), (200, 4)])
lp2 = desired_size_data([(100, 5), (150, 2), (250, 2)])
print lp1
print lp2
print "sum, in both directions, 2 should be same:"
# should be: [(250, 2), (200, 4), (150, 2), (100, 8)];
# is: [(250, 2), (200, 4), (150, 2), (100, 8)] -- correct!
print lp1 + lp2
print lp2 + lp1
assert (lp1 + lp2)._data == (lp2 + lp1)._data == [(250, 2), (200, 4), (150, 2), (100, 8)]
print "max, in both directions, 2 should be same:"
# should be: [(250, 2), (200, 2), (100, 5)], I think;
# is: [(250, 2), (200, 2), (100, 5)] -- correct!
print lp1.max(lp2)
print lp2.max(lp1)
assert lp1.max(lp2)._data == lp2.max(lp1)._data == [(250, 2), (200, 2), (100, 5)]
## print max(lp1, lp2) # this just returns a copy of lp2... not sure how it's computed... maybe by std sort order?
print _allocate([lp1, lp2], 4) # should be: [2, 2] -- correct!
assert _allocate([lp1, lp2], 4) == [2, 2]
print "tests passed"
if __name__ == '__main__':
_test()
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/demoapp_0.1/scratch/layout.py |
# splitter directions
SPLITTER_H = 1 # cares about y coordinate == pos[1]
SPLITTER_V = 0 # cares about x coordinate == pos[0]
class Splitter(PaneWithChildren):
"abstract class for HSplitter and VSplitter"
direction = None # SPLITTER_H or SPLITTER_V in subclasses
def __init__(self, children):
assert children # must have children at birth, for now
self._main_children = children # WRONG, not updated if anyone calls addChild... is that allowed?
for child in children:
self.addChild(child) # or super addChild?
for child1, child2 in zip(children[:-1], children[1:]):
self.addChild(_SplitterBar(self, child1, child2))
self._recompute_layout()
def _recompute_layout(self):
"set child.rect from self.rect, non-incrementally"
# btw what is self.rect for a Window? it has get_size, properties width, height.
# stub - distribute size evenly
amount = self.size[direction]
num_children = len(self._main_children)
total = amount + BAR_SIZE
for i in range(num_children):
child = self._main_children[i]
child.size =
## def subpanes_for_draw(self):
## "yield sequence of (region, transform, subpane)"
## # or equiv objects? something that filters/transforms events...
## for child in
## def subpanes_for_hit_test(self):
## return self.subpanes_for_draw()
## def pane_children(...)
pass
class VSplitter(Splitter):
direction = SPLITTER_V
class HSplitter(Splitter):
direction = SPLITTER_H
class _SplitterBar(object):#k super? it's a control, has handlers, gets drawn...
def __init__(self, splitter, child1, child2):
self.splitter = splitter
self.children = [child1, child2] # in order of increasing coordinate values...
def want_size(self, w, h):
"w and h is available, how much do you want?" # guess... need to see parent alg
available = [w, h]
available[self.splitter.direction] = 5
return available
def on_mouse_drag(self, x, y, dx, dy, buttons, modifiers):
direction = self.splitter.direction
delta = (dx, dy)[direction] # desired effect on child1 size
smaller_child = self.children[delta > 0]
available = smaller_child.size - smaller_child.min_size[direction]
if delta > available:
delta = available
elif delta < - available:
delta = - available
full_delta = [0,0]
full_delta[direction] = delta
full_delta = A(full_delta)
child1, child2 = self.children
child1.size += full_delta
child2.size -= full_delta
return EVENT_HANDLED
def draw(self):
pass # draw a couple of lines; get pos from children; or draw nothing if children have rectframes
pass
class MyPane(Pane): # example use of VSplitter
def _cmenu_splitV(self, pos):
"add a vertical split at this point"
# contents is some sort of view on some sort of model;
# replace it with two copies of view on same model
child1 = self.view.copy() # does view contain model?
child2 = self.view.copy()
self.view = VSplitter([child1, child2], [pos])
# hmm, if we did this in untransformed coords,
# we'd get one possible desired effect re the two views,
# where they initially show adjacent parts, same as before.
pass
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/demoapp_0.1/scratch/Splitter.py |
def rect_contains(rect, pos): #e refile, and use in an if test i have somewhere that inlines it
x, y = pos
x0, y0, w, h = rect
return (x0 <= x < x0 + w and
y0 <= y < y0 + h)
class ChildPane(object):
# for window, use get_size
# but for my own panes, store it...
# and pos
# default values of instance variables
# pos and size can be set to move and resize child pane
# within its parent;
# event coords passed to child are relative to child's
# bottom-left corner (so moving child within parent doesn't
# require moving its subchildren).
pos = V(0, 0)
size = V(10, 10)
def get_rect(self):
x, y = self.pos
w, h = self.size
return x, y, w, h
rect = property(get_rect)
def get_x(self):
return self.pos[0]
x = property(get_x)
def get_y(self):
return self.pos[1]
y = property(get_y)
pass
class PaneWithChildren(Pane):
def __init__(self, *args):
Pane.__init__(self, args)
self.children = [] # each child should inherit from ChildPane
self._event_distributor = EventDistributorToChildren(self.find_child)
self.push_handlers( self._event_distributor)
def addChild(self, child):
self.children.append(child)
def draw(self):
for child in self.children:
child.draw()
def find_child(self, x, y):
for child in self.children:
if rect_contains(child.rect, (x,y)):
return child
pass
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/demoapp_0.1/scratch/Pane.py |
NanoCAD-master | cad/src/experimental/demoapp_0.1/demoapp/__init__.py |
|
"""
DemoAppWindow.py
$Id$
"""
import pyglet
from pyglet.gl import *
from pyglet import font
from demoapp.tools.TrivalentGraphDrawingTool import TrivalentGraphDrawingTool
from demoapp.tools.DeleteNodeTool import DeleteNodeTool
from demoapp.models.TrivalentGraphModel import TrivalentGraphModel
from demoapp.widgets.controls import TextButton
from demoapp.widgets.ChildHolder import EventDistributorToChildren
from pyglet.window import key
from demoapp.geometry.vectors import A, V
# ==
class AppWindow(pyglet.window.Window): ## REFILE
# tooltip text object [modified from soundspace.py]
# todo: on main window only, not every pane
# todo: put text into a nice rectangle with translucent bg color
# todo: user pref to position it, rel to object or in std corner of screen or in user-movable window
_tip_text_object = font.Text(font.load('', 10),
'',
color = (0, 0, 0, 1),
halign = 'center',
valign = 'top' )
# note: self._tip_text_object.text gets reset by other code as needed;
# tip .x .y get reset as part of drawing it
def draw_tip_and_highlight(self, stuff, instance):
try:
if type(stuff) == type([]):
for thing in stuff:
self.draw_tip_and_highlight(thing, instance)
elif type(stuff) == type(()):
# a drawing cmd desc...
## name, args = stuff[0], stuff[1:]
name, args = stuff ## nonstandard structure, args already a tuple... change? put in a class? #####DECIDE
method = getattr(instance, name)
## print "draw_tip_and_highlight got method %r for args %r len %d" % (method, args, len(args))
method(*args)
# this can indirectly call e.g. self.draw_tooltip_text
return
except:
print "following exception is in x.draw_tip_and_highlight(%r, %r):" % \
(stuff, instance)
raise
pass
def draw_tooltip_text( self, text, pos, size):
#doc
# todo: use size
text_object = self._tip_text_object
if text_object.text != text:
text_object.text = text
text_object.x, text_object.y = pos + V(10, -20) # assume LL corner of text
# GUESS and stub;
# maybe be smarter, let caller pass offset directions to avoid;
# future: transform from model to pane coords
text_object.draw()
pass
class ToolPane(pyglet.event.EventDispatcher):
x = y = 0 # KLUGE, hides some bugs -- opengl and tooltip drawing need transforms #####
model = None
event_types = list(pyglet.window.Window.event_types) # kluge?
_last_tool = None
def __init__(self, parent):
self.parent = parent
def find_object(self, x, y, excluding = ()):
for obj in self.model.hit_test_objects():
if obj.hit_test(x, y) and not obj in excluding:
return obj
return None
def draw_tip_and_highlight(self, stuff, instance):
return self.parent.draw_tip_and_highlight(stuff, instance)
def draw_tooltip_text(self, text, pos, size):
return self.parent.draw_tooltip_text(text, pos, size)
def set_tool(self, tool):
if self._last_tool:
self._last_tool.deactivate()
self._last_tool = tool
tool.activate()
pass
ToolPane.register_event_type('on_draw_handle')
class DemoAppWindow(AppWindow):
GUI_WIDTH = 400
GUI_HEIGHT = 40
GUI_PADDING = 4
GUI_BUTTON_HEIGHT = 16
def __init__(self, *args, **kws):
super(DemoAppWindow, self).__init__(*args, **kws)
toolpane = ToolPane(self)
toolpane.model = TrivalentGraphModel()
self.tool1 = TrivalentGraphDrawingTool(toolpane)
self.tool2 = DeleteNodeTool(toolpane)
self._tool_button_table = [
# todo: refactor to external name->class table
# todo: make button width adapt to text changes -- for now,
# the hardcoded width requires the text to be this short
("Tool1", self.tool1),
("Tool2", self.tool2),
]
self._current_tool_index = 0
self.toolpane = toolpane
self.children_besides_controls = [toolpane] # not counting self.controls... (kluge)
self._event_distributor = EventDistributorToChildren(self.find_child) # finds both kinds of children
self.push_handlers( self._event_distributor)
# view transform [modified from soundspace.py] ###@@@ USE ME
self.zoom = 40 # pixels per unit
self.tx = self.width/2 #k review: 2.0?
self.ty = self.height/2
# from controls.py test code, aka media_player.py pyglet example code
self.change_tool_button = TextButton(self)
self.change_tool_button.x = self.GUI_PADDING
self.change_tool_button.y = self.GUI_PADDING
self.change_tool_button.height = self.GUI_BUTTON_HEIGHT
self.change_tool_button.width = 45
self.change_tool_button.on_press = self.change_to_next_tool
win = self
self.window_button = TextButton(self)
self.window_button.x = self.change_tool_button.x + \
self.change_tool_button.width + self.GUI_PADDING
self.window_button.y = self.GUI_PADDING
self.window_button.height = self.GUI_BUTTON_HEIGHT
self.window_button.width = 90
self.window_button.text = 'Windowed'
self.window_button.on_press = lambda: win.set_fullscreen(False)
self.controls = [
# self.slider,
self.change_tool_button, # demo
self.window_button, # useful
]
x = self.window_button.x + self.window_button.width + self.GUI_PADDING
i = 0
for screen in self.display.get_screens():
screen_button = TextButton(self)
screen_button.x = x
screen_button.y = self.GUI_PADDING
screen_button.height = self.GUI_BUTTON_HEIGHT
screen_button.width = 80
screen_button.text = 'Screen %d' % (i + 1)
screen_button.on_press = \
(lambda s: lambda: win.set_fullscreen(True, screen=s))(screen)
self.controls.append(screen_button)
i += 1
x += screen_button.width + self.GUI_PADDING
break ### KLUGE -- avoid bug, 2nd screen button on my silver mac gets this when tried:
# CarbonException: invalid drawable
self.gui_update_state()
def find_child(self, x, y):
if 1:
# this was causing a bug with drags:
# - the controls already got these events from their capture_events pushed handler [fix: it's disabled]
# - which failed to return EVENT_HANDLED [fixed]
# - then this makes EventDistributor give them the events [still true], but with transformed coords [fixed]
# which they don't want (maybe that should be an option for children, F for them).
# BUT this is required for them to feel the press in front of the tool. [080616 714p; fixed 930p]
for control in self.controls:
if control.hit_test(x, y):
return control
#e could test y, no real need; should generalize the following
assert len(self.children_besides_controls) == 1
return self.children_besides_controls[0]
def gui_update_state(self):
current_tool_data = self._tool_button_table[ self._current_tool_index]
label, tool = current_tool_data
self.change_tool_button.text = label
self.toolpane.set_tool( tool)
def on_key_press(self, symbol, modifiers):
if symbol == key.SPACE:
self.change_to_next_tool()
elif symbol == key.ESCAPE:
self.dispatch_event('on_close')
def on_close(self):
self.close()
def change_to_next_tool(self):
"""
change to the next tool
"""
self._current_tool_index += 1
self._current_tool_index %= len( self._tool_button_table)
self.gui_update_state()
def on_draw(self):
glClearColor(0.95, 0.95, 0.95, 1)
## glClearColor(1, 1, 1, 1) # see if this fixes button text color -- nope.
self.clear()
## self.model.draw()
for child in self.children_besides_controls:
child.model.draw() ### BUG: WRONG COORDS ### REFACTOR, child.draw do this
child.dispatch_event('on_draw_handle') # my own event, to draw the handle rubberbands etc for the ones that need that
## call the drawing functions of the handlers on the stack?? have a "draw overlay event" they can pass down?
# issue: they probably want to call the behind-stuff recursively...
for control in self.controls:
control.draw()
return
pass
# end
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/demoapp_0.1/demoapp/ui/DemoAppWindow.py |
NanoCAD-master | cad/src/experimental/demoapp_0.1/demoapp/ui/__init__.py |
|
NanoCAD-master | cad/src/experimental/demoapp_0.1/demoapp/tools/__init__.py |
|
"""
DeleteNodeTool.py - tool for deleting nodes
$Id$
"""
from demoapp.foundation.MouseBehavior import Tool, Transition
from demoapp.tools.HuntForClickAction_ToolStateBehavior import HuntForClickAction_ToolStateBehavior
from demoapp.models.TrivalentGraph_Graphics import TrivalentGraph_HighlightGraphics
# ==
class _HuntForNode(HuntForClickAction_ToolStateBehavior): # rename?
"""
Clicking on nodes deletes them.
"""
def on_mouse_press_would_do(self, x, y, button, modifiers):
"""
"""
model = self.model
obj = self.pane.find_object(x, y) # might be None
hh = self.tool._f_HighlightGraphics_descriptions
if isinstance(obj, model.Node):
# click on any node: delete it
return Transition(
indicators = [hh.tip_text("click to DELETE this node", obj),
hh.highlight_delete(obj),
],
command = ("cmd_deleteNode", obj,),
next_state = (_HuntForNode,) # todo: use SAME_STATE here
)
return None # for anything we don't understand, use handler below us
pass
# ==
class DeleteNodeTool(Tool):
_default_state = (_HuntForNode,)
HighlightGraphics_class = TrivalentGraph_HighlightGraphics
# instance ends up in self._f_HighlightGraphics_instance,
# but this code mostly uses self._f_HighlightGraphics_descriptions instead.
pass
# end
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/demoapp_0.1/demoapp/tools/DeleteNodeTool.py |
"""
ConglomerateDrawingTool.py - shows user good positions for adding new items
(or subassemblies) to "conglomerates" (of objects with lots of attachment and
shape restrictions). Makes it easy to add or move items to nice positions.
$Id$
How it works:
hit test is expanded to cover all nearby objects, and possible modkey settings.
Resulting actions (potential command objects) are sorted/filtered for relevance
and non-excessive-overlap, and drawn to indicate how good they are and how close
the mouse is to picking each one (better affects color, closer means less transparent,
"the one we'd do" has plateau of opacity and special color or appearance, maybe a halo).
requires better hit tests, fast overlap detection in both model space (for what's
possible) and window space (for what's not confusing to show together or mousehit
unambiguously), first-class potential command objects that know various ways
to highlight themselves depending on ui prefs etc (e.g. different tooltip-contrib
if modkeys for this are current or not)...
in future, when objects are slightly flexible, also benefits from constrained motion
understandings (SimBody?), and closeness of fit when overlap prevents exact fit.
"""
# refile:
# tip should be able to be more explicit: click to ...
# and might cover alternatives
# "click here to ...
# or anywhere to ...;
# shift-click to ...
# "
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/demoapp_0.1/demoapp/tools/ConglomerateDrawingTool.py |
tip_text(text, obj or pos)
rubber_edge(thing, thing or pos)
rubber_node(pos)
highlight_refusal(thing)
highlight_connect_to(thing)
highlight_insert_into(edge)
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/demoapp_0.1/demoapp/tools/tool_highlighting.py |
"""
HuntForReleaseAction_ToolStateBehavior.py - help subclasses highlight the same
thing they will do, for releasing the mouse (during a drag) on various objects or spaces
$Id$
"""
# refile into another directory?
from demoapp.foundation.MouseBehavior import parse_command, parse_transition, CMD_RETVAL, ToolStateBehavior
class HuntForReleaseAction_ToolStateBehavior(ToolStateBehavior): # rename?
"""
Abstract class for one common kind of ToolStateBehavior,
for use when the user is moving the mouse around during a drag,
to hunt for some action they can do by releasing the mouse at
specific points.
@see: HuntForClickAction_ToolStateBehavior, for similar behavior during mouse motion
(tip & highlight for places where mouse *down* has certain effects).
"""
# instance variables
_tip_and_highlight_info = None
def on_mouse_drag(self, x, y, dx, dy, buttons, modifiers):
# todo: only let this event "count" if we moved far enough? maybe let this be a param within transition??
button, modifiers = 0, 0 # see caveats/bugs in HuntForClickAction_ToolStateBehavior comment
transition = self.on_mouse_release_would_do(x, y, button, modifiers) ##### WRONG: button == 0 (but ignored by current code)
tip, command, next_state, handled = parse_transition( transition)
self._tip_and_highlight_info = tip
del command, next_state
return handled
## def on_mouse_leave(self, x, y):
## self._tip_and_highlight_info = None
## return None # in case other handlers want to know about this event
##
## def on_mouse_enter(self, x, y):
## return self.on_mouse_motion(x, y, 0, 0) #semi-guess
def on_mouse_release(self, x, y, button, modifiers):
"""
Do whatever self.on_mouse_release_would_do() says to do, for this state.
"""
transition = self.on_mouse_release_would_do(x, y, button, modifiers)
# pyglet API issue: if other mouse buttons are still pressed, do we have enough info??
tip, command, next_state, handled = parse_transition( transition)
del tip
self._tip_and_highlight_info = None # or something to say we're doing it, in case redraws occur during that?
self._cmd_retval = self._doit(command) # this value is used for CMD_RETVAL
assert self._cmd_retval or not command, "error: %r returns %r in %r" % \
(command, self._cmd_retval, self)
# not ok in general, but will help catch bugs for now ###
self.transition_to(next_state)
return handled
def _doit(self, command): # rename to mention "command"?
name, args = parse_command(command)
if not name:
return
# note: we don't use dispatch_event for model commands -- for one thing,
# it discards their return value (after using it for its own purposes).
retval = getattr(self.model, name)(*args) ### REFACTOR, should be self.model.do_command or so
assert retval # wrong in general, good for now ###
return retval
def on_draw_handle(self): #e rename?
"""
"""
if self._tip_and_highlight_info:
self.pane.draw_tip_and_highlight(
self._tip_and_highlight_info,
self.tool._f_HighlightGraphics_instance )
return
pass
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/demoapp_0.1/demoapp/tools/HuntForReleaseAction_ToolStateBehavior.py |
"""
TrivalentGraphDrawingTool.py - tool for drawing new nodes and edges into a trivalent graph
$Id$
bugs, fri eve 080613:
- sometimes app seemingly can get stuck; not seen recently
- might be fixed:
can't drag an existing node i click in when no edge will be drawn by that click
- not sure i like the lack of drag of node i connect edge to, either;
but at least, if i click and it doesn't connect and has no rubberedge, i should be able to drag.
- lack of tip when it starts or just does an action is inconsistent;
otoh the tip we want then might be better in a fixed bottom place
than next to the cursor. plus we need prefs to turn off "empty space tips" and/or other tips.
need to classify tips, then have pref for each kind, off or bottom or cursor.
- mitigated by removing emoty space tips since rubber objs are sufficient
- should prohibit recconnecting two nodes that are already directly connected
(ie making new edge identical to old one)
- since latest chg, has visual glitches (briefly seen tips that are now mostly gone)
sat aft:
- mouse leave doesn't stop showing the gray rubber node -- i guess we need to bind that event directly
- "drag this node" is wrong, you can also add an edge to it, or both... so fix tip,
also fix behavior so if you do drag it, you're done, i.e. "drag it *or* add edge to it". tip: "drag or add edge".
- yellow *around* dragnode is distracting, should change it to *be* yellow.
- should make all these lines thickness 2
nfr:
- drag one node over another -> merge nodes (if let go)
- node cmenu command to dissolve node, merging edges, when node has exactly 2 edges
- want other tools, e.g. one for only making nodes, only dragging, only making edges, etc
"""
from pyglet.event import EVENT_HANDLED
from demoapp.foundation.MouseBehavior import Tool, CMD_RETVAL, ToolStateBehavior, Transition ##, SAME_STATE
from demoapp.tools.HuntForClickAction_ToolStateBehavior import HuntForClickAction_ToolStateBehavior
from demoapp.tools.HuntForReleaseAction_ToolStateBehavior import HuntForReleaseAction_ToolStateBehavior
from demoapp.geometry.vectors import A, V
from demoapp.models.TrivalentGraph_Graphics import TrivalentGraph_HighlightGraphics
# ==
class HuntForNode(HuntForClickAction_ToolStateBehavior): # rename: HuntForNodeFromNode?
"""
Mouse motion draws out a new edge from a given node (if that's not None),
and looks for places where clicks could create new nodes (almost anywhere).
"""
# instance variables
# (in superclass: _tip_and_highlight_info)
node = None
_ever_moved_off_self_node = False
def __init__(self, tool, node):
super(HuntForNode, self).__init__(tool)
if node and not node.new_edge_ok():
node = None
self.node = node # last-clicked node, start of rubber edge to a new node
def on_mouse_press_would_do(self, x, y, button, modifiers):
"""
Click makes new node or finds existing one,
and makes an edge to it from the last-clicked or last-made node if any.
"""
model = self.model
obj = self.pane.find_object(x, y) # might be None
if self.node and obj is not self.node:
self._ever_moved_off_self_node = True
hh = self.tool._f_HighlightGraphics_descriptions
if self.node and obj is self.node:
if self._ever_moved_off_self_node:
return Transition(
indicators = [hh.tip_text("click to stop drawing edges", obj), #e clarify text
hh.highlight_refusal(obj)
],
command = None,
next_state = (HuntForNode, None)
)
else:
return Transition(
indicators = None,
command = None,
next_state = (HuntForNode, None)
)
elif isinstance(obj, model.Node):
# click on another node: connect our node to it, if both nodes permit
if self.node and obj.new_edge_ok_to(self.node):
return Transition(
indicators = [hh.tip_text("click to connect to this node", obj),
hh.highlight_connect_to(obj),
hh.rubber_edge(self.node, obj)
],
command = ("cmd_addEdge", obj, self.node),
next_state = (HuntForNode, obj)
### TODO: sometimes, pass to HuntForNode None instead of obj,
# in order to "stop drawing edges" after making this connection,
# e.g. if it "closed a loop".
)
elif self.node and obj.connected_to(self.node):
return Transition(
indicators = [hh.tip_text("(already connected to this node)", obj),
hh.highlight_refusal(obj)
],
command = None,
next_state = (DragNode, obj, (x,y))
)
elif self.node:
return Transition(
indicators = [hh.tip_text("(can't connect to this node)", obj),
hh.highlight_refusal(obj)
],
command = None,
next_state = (DragNode, obj, (x,y))
)
elif obj.new_edge_ok():
return Transition(
indicators = [hh.tip_text("drag this node, or click to connect it to other nodes", obj),
hh.highlight_drag(obj)
],
command = None,
next_state = (DragNode, obj, (x,y))
)
else:
return Transition(
indicators = [hh.tip_text("drag this node", obj),
hh.highlight_drag(obj)
],
command = None,
next_state = (DragNode, obj, (x,y))
)
elif obj is None:
# click in empty space [todo: make sure not too near an existing node];
# create a new node here [todo: depends on type of background object]
# and maybe connect to it.
if self.node: # todo: and not too close to any existing node
return Transition(
indicators = [ # tip_text is not needed due to rubber objects:
## hh.tip_text("click to create new node and connect to it", (x,y)),
hh.rubber_edge(self.node, (x,y)),
hh.rubber_node((x,y))
],
command = ("cmd_addNodeAndConnectFrom", x, y, self.node), # todo: model coords
next_state = (DragNode, CMD_RETVAL, (x,y))
)
else:
return Transition(
indicators = [ # tip_text is not needed due to rubber objects:
## hh.tip_text("click to create new node (and start drawing edges)", (x,y)),
hh.rubber_node((x,y))
],
command = ("cmd_addNode", x, y),
next_state = (DragNode, CMD_RETVAL, (x,y))
)
elif isinstance(obj, model.Edge):
# click on edge: make a node there, then act as if we clicked on it
if self.node and self.node not in obj.nodes:
return Transition(
indicators = [hh.tip_text("click to insert new node into this edge, and connect to it", (x,y)),
hh.highlight_insert_into(obj),
hh.rubber_node((x,y)),
hh.rubber_edge(self.node, (x,y)),
# fix: not quite correct position
# (we want same corrected pos for tip and both highlights),
# and doesn't indicate change to old edge
],
command = ("cmd_addNodeOnEdgeAndConnectFrom", x, y, obj, self.node),
next_state = (DragNode, CMD_RETVAL, (x,y))
)
elif not self.node:
return Transition(
indicators = [hh.tip_text("click to insert new node into this edge", (x,y)),
hh.highlight_insert_into(obj),
hh.rubber_node((x,y))
# fix: not quite correct position (same as in above case)
],
command = ("cmd_addNodeOnEdge", x, y, obj),
next_state = (DragNode, CMD_RETVAL, (x,y))
)
else:
# self.node is one of the endpoints of this edge (obj)
return None
return None # for anything we don't understand, do nothing and use the handler below us...
# (e.g. this lets us highlight and click buttons even if they are "behind" us,
# in the general case -- but not in current code, since even empty space has an action
# for us. For this state's code the buttons had better be in front or in another pane.)
pass
# ==
class DragNode(HuntForReleaseAction_ToolStateBehavior): # works, except for bugs in merging operation (doesn't delete enough edges)
def __init__(self, tool, node, dragstart_pos):
super(DragNode, self).__init__(tool)
self.node = node
# todo: assert isinstance(node, Node), "DragNode needs a Node, not %r" % (node,)
# for now:
assert node, "DragNode needs a Node, not %r" % (node,) # only checks existence, not class
### ISSUE: are node.pos and dragstart_pos in same coords? probably not. need model to pane, vice versa. #####
self.dragstart_pos = A(dragstart_pos)
self.node_offset = node.pos - self.dragstart_pos
def on_mouse_release_would_do(self, x, y, button, modifiers):
model = self.model
obj = self.pane.find_object(x, y,
excluding = [self.node] + list(self.node.edges)
) # might be None
hh = self.tool._f_HighlightGraphics_descriptions
if isinstance(obj, model.Node):
return Transition(
indicators = [hh.tip_text("merge with existing node", obj),
hh.highlight_merge(self.node, obj),
],
command = ("cmd_MergeNodes", self.node, obj),
next_state = (HuntForNode, None)
)
elif V(x, y) != self.dragstart_pos:
# it moved; don't draw edges from it during subsequent mouse motion
# (future: small motions should not count, for this or for dragging;
# could be done here, or by caller not sending drag events at first)
return Transition( None, None, (HuntForNode, None) )
else:
# it didn't move; do perhaps draw edges from it during subsequent motion
return Transition( None, None, (HuntForNode, self.node) )
#### review: should this state DragNode be "called" and at this point "return",
# rather than being jumped to and hardcoding what to jump back out to?
# if so, how to pass None or self.node?
def on_mouse_drag(self, x, y, dx, dy, buttons, modifiers):
"[extends superclass version]"
self.node.pos = self.node_offset + V(x, y)
res = super(DragNode, self).on_mouse_drag(x, y, dx, dy, buttons, modifiers)
# superclass method handles tip & highlighting specific to this potential release-point
return res
def on_mouse_release(self, x, y, button, modifiers):
"[extends superclass version]"
self.node.pos = self.node_offset + V(x, y)
res = super(DragNode, self).on_mouse_release(x, y, button, modifiers)
return res
### REVIEW: what about on_draw_handle? (to highlight this node to indicate we're dragging it)
# different look for could drag or is dragging? text tip "dragging"?
pass
# ==
class TrivalentGraphDrawingTool(Tool):
_default_state = (HuntForNode, None)
HighlightGraphics_class = TrivalentGraph_HighlightGraphics
# instance ends up in self._f_HighlightGraphics_instance,
# but this code mostly uses self._f_HighlightGraphics_descriptions instead.
pass
# end
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/demoapp_0.1/demoapp/tools/TrivalentGraphDrawingTool.py |
"""
GraphSelectionTool.py
$Id$
"""
from demoapp.geometry.vectors import V
from pyglet.event import EVENT_HANDLED
from demoapp.graphics.drawing import drawline2d
from demoapp.foundation.MouseBehavior import Tool, MouseBehavior, parse_command, NOOP
from demoapp.graphics.colors import thin_rubberband_color
# ==
class GraphSelectionTool(Tool):
"""
Clicks on nodes select them (in node sel mode)
or all their edges (in edge sel mode),
or modify selection using standard modifier key effects.
Clicks on edges select them or both their nodes,
depending on node vs edge sel mode. (Or modify selection.)
Clicks on empty space deselect all
(if no add-to-sel or toggle-sel modifier keys),
then initiate region selection for their drags.
States:
- bare motion (param: modkeys -- possible?)
- in region sel drag (substates: not yet a region, rect region, poly region; also the param: original modkeys)
- during a click on something, not yet a drag
- click on something and drag from it... not yet big enough, or big enough, and if so, doing what (substates/subhandlers)
"""
pass
# end
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/demoapp_0.1/demoapp/tools/GraphSelectionTool.py |
"""
HuntForClickAction_ToolStateBehavior.py - help subclasses highlight the same
thing they will do, for a mouse click or drag on various objects or spaces
$Id$
"""
# refile into another directory?
from demoapp.foundation.MouseBehavior import parse_command, parse_transition, CMD_RETVAL, ToolStateBehavior
class HuntForClickAction_ToolStateBehavior(ToolStateBehavior): # rename?
"""
Abstract class for one common kind of ToolStateBehavior,
for use when the user is moving the mouse around to hunt for
some action they can do by clicking or dragging. Provides for
integrated code in the subclasses for what a click on something
would do, used both for highlighting/tooltips during mouse motion
and for actually doing it on mouse press.
@see: other classes for fancier kinds of highlighting behavior
(e.g. when the user might want to compare several possible
actions and see highlighting for all of them).
@see: other classes for similar behavior during a drag
(tip & highlight for places where mouse *up* has certain effects),
e.g. HuntForReleaseAction_ToolStateBehavior.
"""
# instance variables
_tip_and_highlight_info = None
def on_mouse_motion(self, x, y, dx, dy):
# todo: only let this event "count" if we moved far enough? maybe let this be a param within transition??
button, modifiers = 0, 0 ### GUESS AT TYPE (not checked by current code, either)
#### FIX: use current ones, not constant 0; get them from modkey press/release;
# and call the following updater then too; later, worry about multiple buttons pressed at once
transition = self.on_mouse_press_would_do(x, y, button, modifiers)
tip, command, next_state, handled = parse_transition( transition)
self._tip_and_highlight_info = tip
del command, next_state
return handled # guess at correct behavior; this lets background handlers highlight things too...
# could be confusing, but not usually mixed with a real tip from ourselves.
# (If that did happen, we might need a way to let background tip turn off ours or vice versa,
# e.g. a tip priority system for tips near each other.)
def on_mouse_leave(self, x, y):
self._tip_and_highlight_info = None
return None # in case other handlers want to know about this event
def on_mouse_enter(self, x, y):
return self.on_mouse_motion(x, y, 0, 0) #semi-guess
def on_mouse_press(self, x, y, button, modifiers):
"""
Do whatever self.on_mouse_press_would_do() says to do, for this state.
"""
transition = self.on_mouse_press_would_do(x, y, button, modifiers)
# pyglet API issue: if other buttons pressed, do we have enough info??
tip, command, next_state, handled = parse_transition( transition)
del tip
self._tip_and_highlight_info = None # or something to say we're doing it, in case redraws occur during that?
self._cmd_retval = self._doit(command) # this value is used for CMD_RETVAL
assert self._cmd_retval or not command, "error: %r returns %r in %r" % \
(command, self._cmd_retval, self)
# not ok in general, but will help catch bugs for now ###
self.transition_to(next_state)
return handled
def _doit(self, command): # rename to mention "command"?
name, args = parse_command(command)
if not name:
return
# note: we don't use dispatch_event for model commands -- for one thing,
# it discards their return value (after using it for its own purposes).
retval = getattr(self.model, name)(*args) ### REFACTOR, should be self.model.do_command or so
assert retval # wrong in general, good for now ###
return retval
def on_draw_handle(self): #e rename?
"""
"""
if self._tip_and_highlight_info:
self.pane.draw_tip_and_highlight(
self._tip_and_highlight_info,
self.tool._f_HighlightGraphics_instance )
return
pass
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/demoapp_0.1/demoapp/tools/HuntForClickAction_ToolStateBehavior.py |
from demoapp.graphics.colors import thin_rubberband_color
from demoapp.geometry.vectors import A, get_pos, pos_and_size_from_obj_or_pos
class HighlightGraphics: # maybe rename
"""
Subclasses implement the kinds of tooltip and highlight graphics needed by
specific kinds of tools.
"""
# subclasses can override these constants
_default_obj_size = 5
rubber_object_color = thin_rubberband_color
def __init__(self, tool):
self.tool = tool
def _draw_tooltip_text(self, text, pos, size):
"""
text is meant to be near an object (existing or potential)
which is at position pos with size size
"""
self.tool.pane.draw_tooltip_text( text, pos, size)
def tip_text(self, text, obj_or_pos):
pos, size = pos_and_size_from_obj_or_pos( obj_or_pos, default_size = self._default_obj_size)
self._draw_tooltip_text( text, pos, size)
pass
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/demoapp_0.1/demoapp/foundation/tool_graphics.py |
"""
Description.py
$Id$
A description is a first-class object whose main purpose is to describe
the structure of another object that could potentially exist or be created.
Specific classes of description can describe specific kinds of objects,
for example, computational processes (or their concrete instantiations),
mathematical objects, sets of configuration settings or preference values,
model database contents, commands or operations that might be done
on specific targets, possible appearances for something graphical, .... ###
Specific classes of description can also help think in certain ways
about the objects they describe, answer questions about them, optimize
them, etc. (E.g. for a description of a process, to be instantiated as
an instance of a target class, some classes of description might use a
simple direct transformation from description structure to process structure,
while others might analyze the process so they can optimize the instances
of it which they create. This is analogous to having compilers of different
quality process the same source code, except that a single object comprises
both the compiler (as description class) and the source code
(as instance-specific data).
This means there can be more than one class of description applicable to
describing any given class of target object. In this case we hope that there
are also transformations between these different description classes. In fact,
providing those is routine, so another way of thinking of this is that a simple
description can be "understood" by transforming it into a complex description,
a.k.a. into an "understanding", of the same target object. Different specialized
understandings can be used for different purposes.
The most concrete operation on a description is to instantiate it, which means,
to create an actual target object which is in fact described accurately by
the description. (Note that this often doesn't fully constrain the target object.
E.g. when compiling the same source code, more than one object program would
count as "correct output" of the compiler.)
Another operation is to transform one description into an equivalent one
(which describes the same set of possible target objects), either of the same
or a different description class (e.g. to "simplify" or "translate" a
description, or more mundanely, to save it in a file or load it from a file).
Instantiation can be thought of as a kind of transformation, but this is not a
precise analogy, since it is allowed to make the description "more specific"
in an irreversible way, by making decisions about things that have to be definite
in any specific instance.
The instantiation function must vary depending on the intended environment and/or
interface for the new instance object.
For an external instantiation function (as opposed to the standard one
provided by the description class, if any), the function has ultimate control
over how to instantiate a particular description; but a typical instantiation
function will let large subclasses of descriptions (which are sufficiently
"tame but general") effectively "instantiate themselves", by calling constructor
methods supplied by the environment in a pattern corresponding to the structure
of the described object (which is often also the structure of the description,
but needn't be in general).
==
Similar things can be said about other kinds of transformations or operations
on descriptions, like copying/saving them, comparing them, or some ways of
analyzing them.
One important but relatively complex kind of transformation on a description
is using the description of some data as "scaffolding for a computation"
which follows the structure of the data but adds arbitrary processing
depending on the data and on its structure. This can be thought of as
transforming a data description into a structurally analogous process
description, which is then instantiated (executed) as it's constructed.
(Note that since the input is a description of data, the output might depend
on which particular description of the same data was used.)
Many processes on complexly structured input data can usefully be expressed
that way; for example:
- the model -> view transformation for a "model tree" or "graphical display"
of structured data (including the offered editing operations as part of the view)
- compiling source code
- handling events from a user interface (the structured input data is the
sequence of user events in time; the messages to event handlers in the
running interactive program are that data's way of describing its own structure
to that program; what the program does can be built on the same structure
(in set-of-objects-space and time) as the input data, but can extend that
as needed with more operations and structure provided by the program). [###CLARIFY]
==
One reason to describe something at a higher level is to avoid bothering its
designers with lower-level details which worsen the complexity burden of
understanding the design. Any higher-level language is an example of that,
whether for programs, user interfaces, math, or anything else.
###
"""
# still to include:
# - description of a process involving changing input data within a structure,
# and propogation of changes to create changing output data,
# but optimizing this;
# - a changing description
# - instantiation of changing description => changing target object
# (a new kind of instantiation, more complex than before)
# - instantation, and its input description, as part of a described process
# (so a description describes something involving another description);
# - putting all that together, describe the continuous instantiation
# of a changing description (note that this is no weirder than any other
# changing application of a complex transformation function)
# applications in this app:
# - descriptions of potential commands, tooltips, highlightpolicies,
# and state transitions, returned from on_mouse_press_would_do
# - descriptions of graphical appearance of whatevers, as function of their params
# - descriptions of UI structure
# - content of model files (high-level part, above the data tables)
# - description of model data types
# (note: see StringProperty etc, in Google App Engine)
# maybe: a class is a kind of description, since it knows how to be instantiated.
# but it doesn't necessarily obey the "description api"... maybe we can make some
# classes do that? or wrap any class so it does that?
# similarly, any "constructor function" for an instance might be a kind of description...
# applicable to States for use in Tools...
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/demoapp_0.1/demoapp/foundation/Description.py |
NanoCAD-master | cad/src/experimental/demoapp_0.1/demoapp/foundation/__init__.py |
|
"""
MouseBehavior.py
$Id$
TODO:
split into other files, one for class Tool*,
one for parse_command (rename to avoid confusion w/ user command package?), etc
"""
from pyglet.event import EVENT_HANDLED
from demoapp.foundation.description_utils import description_maker_for_methods_in_class
DEBUG_TRANSITIONS = False
# ==
class PlaceHolder(object): #refile
"""
For singleton symbol-like instances which can be found and replaced
wherever they occur in other values, and are never confused
with ordinary values.
"""
def __init__(self, name):
self.name = name
def __repr__(self):
return self.name
pass
CMD_RETVAL = PlaceHolder('CMD_RETVAL')
SAME_STATE = PlaceHolder('SAME_STATE')
# ==
NOOP = 'NOOP' # stub
# unlike None, this means we stop at this object, never calling lower handlers
def parse_command(command): ### REFACTOR into this returning name, args, parse_tip, and parse_transition
"return (name, args) for any command"
#### DECIDE: what actually this is retval? event name???? in pane or model? which coords? (guess: model, model coords)
# TODO: improve to have more return options, be a first class object -- really an expr (description of what to do)
if type(command) is tuple:
name, args = command[0], command[1:]
elif command is None:
return None, ()
else:
# any command with no args
name, args = command, ()
assert isinstance(name, type("")) #e improve
return name, args
# ==
class Transition(object): # use superclass Description??
"""
Describe a potential state transition, for use by something
which might actually do it or might just indicate something
about it in the UI.
Note: callers are encouraged to supply these as named arguments for clarity,
and to always supply them in this order, and to supply all of them
(except for handled) even when they have their default values.
@param indicators: tooltip and highlighting indicators, to show the user
what would happen if this transition was taken.
@type indicators: sequence of HighlightGraphics_descriptions objects ###doc more
@param command: what to do to the model when this transition is taken.
Can be None for "no operation".
@type command: ('command name', *parameters )
@param next_state: next state to go into, when this transition is taken.
Can be SAME_STATE to remain in the same state with the
same parameters. Can include CMD_RETVAL when the command
return value is needed as a parameter of the new state.
@type next_state: ( state_class, *parameters)
@param handled: whether a mouse event resulting in this transition being
indicated or taken has been fully handled (true) or needs
further handling by background event handlers (false)
@type handled: boolean
"""
def __init__(self,
indicators = (),
command = None,
next_state = None,
handled = True ):
self.indicators = indicators
self.command = command
self.next_state = next_state
self.handled = handled and EVENT_HANDLED ## technically: or None
#e todo: also save file and line of caller, if a debug option is set,
# and print this in tracebacks when processing this transition
# (perhaps using a feature to store extra info in frames to be printed then?)
pass
def parse_transition(transition):
t = transition
if t is None:
return None, None, SAME_STATE, False # guesses, 080616 night
return t.indicators, t.command, t.next_state, t.handled
def parse_state( state_desc):
"return class, args"
# maybe: use parse_description_tuple?
# maybe optim: replacements at same time (as this or as instantiate_state)?
if state_desc is None:
return None, ()
try:
return state_desc[0], state_desc[1:]
except:
print "following exception was in parse_state(%r):" % (state_desc,)
raise
pass
def replace_symbols_in(desc, **replacements): # maybe: grab code from exprs for Symbols, to generalize
res = desc
if type(desc) is type(()):
res = tuple([replace_symbols_in(x, **replacements) for x in desc])
elif type(desc) is PlaceHolder:
if desc.name in replacements:
res = replacements[desc.name]
pass
# todo: dicts, lists
# maybe: if res == desc: return desc
return res
# ==
class ToolStateBehavior(object):
#doc; related to MouseBehavior (is name ok? ToolState by itself seemed ambiguous...)
"""
"""
_cmd_retval = None
def __init__(self, tool):
"subclasses typically have more init args"
self.tool = tool
self.pane = tool.pane # convenience for subclasses
self.model = tool.pane.model
return
def transition_to(self, next_state):
if next_state is not SAME_STATE:
if DEBUG_TRANSITIONS:
print "%r transto %r" % (self, next_state) ##### DEBUG
self.tool.transition_to( next_state,
CMD_RETVAL = self._cmd_retval )
# maybe: might decide tool can grab it from self if needed (passed as an arg)
pass
# ==
class Tool(object):
"""
Subclasses are specific tools, not being used.
Instances of subclases are uses of specific tools in specific panes.
"""
# per-subclass constants
_default_state = None
HighlightGraphics_class = None
# instance variables
_current_handlers = None
_f_HighlightGraphics_instance = None # (could probably be per-class)
_f_HighlightGraphics_descriptions = None # (could probably be per-class)
def __init__(self, pane):
"""
@note: doesn't do self.activate()
"""
self.pane = pane
# optim (minor): the following could probably be cached per-class
if self.HighlightGraphics_class:
tool = self
self._f_HighlightGraphics_instance = self.HighlightGraphics_class(tool)
self._f_HighlightGraphics_descriptions = description_maker_for_methods_in_class( self.HighlightGraphics_class)
pass
def activate(self, initial_state = None):
"""
@note: doesn't deactivate other tools on self.pane
"""
self.transition_to(initial_state or self._default_state)
return
def deactivate(self):
self.remove_state_handlers()
return
def remove_state_handlers(self):
if self._current_handlers:
self.pane.remove_handlers(self._current_handlers)
self._current_handlers = None
return
def transition_to(self, next_state, **replacements):
self.remove_state_handlers()
next_state = replace_symbols_in( next_state, **replacements )
new_handlers = self.instantiate_state( next_state)
self.push_state_handlers( new_handlers)
# review: would this be better if it could call a new
# replace_handlers method on EventDispatcher
# (so as to insert them at the same stack level as before)?
# not sure whether this ever matters in practice...
# yes, it does matter -- I tried putting some controls on top
# of the tool area, but that fails from the start, since the
# first toolstate ends up on top of them.
return
def push_state_handlers(self, new_handlers):
self.pane.push_handlers(new_handlers)
self._current_handlers = new_handlers
return
def instantiate_state(self, state):
try:
assert state, "state must not be %r" % (state,)
state_class, state_args = parse_state(state)
assert issubclass( state_class, ToolStateBehavior ), \
"%r should be a subclass of ToolStateBehavior" % (state_class,)
res = state_class( self, *state_args)
return res
except:
print "following exception is in %r.instantiate_state(%r):" % (self, state)
raise
pass
pass
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/demoapp_0.1/demoapp/foundation/MouseBehavior.py |
class _fakemethod_class(object):
def __init__(self, name):
self.name = name
def fakemethod(self, *args):
return self.name, args
pass
class Description_Making_Methods(object): #e rename; also let it assertfail if attr not recognized
"#doc"
def __getattr__(self, attr):
if attr.startswith('_'):
raise AttributeError, attr
#e assert attr in some list, perhaps generated from filtering dir(some subclass of HighlightGraphics)
fakemethod = _fakemethod_class(name = attr).fakemethod
# note: using a local function didn't seem to work re storing name --
# e.g. the arg signature (*args, _name = attr) was not allowed.
setattr(self, attr, fakemethod) # cache it for efficiency
return fakemethod
pass
def description_maker_for_methods_in_class( cls):
del cls
return Description_Making_Methods() # kluge: use dir(cls) as in comment above
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/demoapp_0.1/demoapp/foundation/description_utils.py |
"""
TrivalentGraph_Graphics.py
$Id$
"""
from pyglet.gl import *
from demoapp.graphics.colors import red, black, green, yellow
from demoapp.graphics.drawing import drawcircle2d, drawline2d
from demoapp.geometry.vectors import get_pos
from demoapp.foundation.tool_graphics import HighlightGraphics
# ==
NODE_RADIUS = 5
def draw_Node(pos, radius, numedges = 0, highlight_color = None, color = None):
if color is None:
if numedges < 3:
color = green
elif numedges == 3:
color = black
else:
color = red
x, y = pos
glColor3f(*color)
drawcircle2d(radius, x, y)
if highlight_color:
glColor3f(*highlight_color)
drawcircle2d(radius + 1, x, y)
drawcircle2d(radius + 2, x, y)
return
class TrivalentGraph_HighlightGraphics( HighlightGraphics):
def rubber_edge(self, node_or_pos_1, node_or_pos_2):
drawline2d( self.rubber_object_color,
get_pos(node_or_pos_1),
get_pos(node_or_pos_2) ) # draw_Edge = drawline2d?
def rubber_node(self, pos):
draw_Node(pos, NODE_RADIUS, color = self.rubber_object_color)
pass
def highlight_refusal(self, obj):
obj.draw( highlight_color = red) # bug: only implemented for nodes
pass
def highlight_connect_to(self, node):
node.draw( highlight_color = yellow)
pass
def highlight_merge(self, node1, node2):
node1.draw( highlight_color = yellow)
node2.draw( highlight_color = yellow)
pass
def highlight_insert_into(self, edge):
#todo
pass
def highlight_drag(self, node):
node.draw( highlight_color = yellow)
pass
def highlight_delete(self, obj):
pos = obj.pos
draw_Node(pos, NODE_RADIUS, color = red)
draw_Node(pos, NODE_RADIUS + 1, color = red)
pass
pass
# move all imports of the above
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/demoapp_0.1/demoapp/models/TrivalentGraph_Graphics.py |
"""
TrivalentGraphModel.py
$Id$
bug: rubber edges stopped working...
"""
from demoapp.geometry.vectors import V, dot, vlen, unitVector, rotate2d_90
import pyglet
from demoapp.graphics.colors import black
from demoapp.graphics.drawing import drawline2d
from demoapp.models.TrivalentGraph_Graphics import NODE_RADIUS, draw_Node
# ==
class ModelComponent(object): #refile
def hit_test(self, x, y):
return False
class Node(ModelComponent):
radius = NODE_RADIUS
def __init__(self, model, x, y):
self.model = model
self.x = x
self.y = y
self.edges = [] # sequence or set of our edges
def destroy(self):
for e in self.edges[:]:
e.destroy()
self.edges = []
del self.model.nodes[self]
def new_edge_ok(self):
return len(self.edges) < 3
def new_edge_ok_to(self, node):
return self.new_edge_ok() and not self.connected_to(node)
def connected_to(self, node):
for edge in self.edges:
if node in edge.nodes:
return True
return False
def draw(self, highlight_color = None):
draw_Node( self.pos,
self.radius,
numedges = len(self.edges),
highlight_color = highlight_color)
def get_pos(self):
return V(self.x, self.y)
def set_pos(self, pos):
self.x, self.y = pos
pos = property(get_pos, set_pos)
def hit_test(self, x, y): # modified from soundspace.py; made 2d; could improve using vectors.py functions
dx, dy = [a - b for a, b in zip(self.pos, (x, y))]
if dx * dx + dy * dy < self.radius * self.radius:
return -dx, -dy, # return relative position within object
pass
class Edge(ModelComponent):
def __init__(self, model, n1, n2):
assert isinstance(n1, Node)
assert isinstance(n2, Node)
assert n1 is not n2
assert not n1.connected_to(n2)
assert not n2.connected_to(n1)
self.model = model
self.nodes = (n1, n2) # sequence or set of our nodes
for n in self.nodes:
n.edges.append(self)
def destroy(self): # (what about undo?)
del self.model.edges[self]
for n in self.nodes:
n.edges.remove(self)
self.nodes = ()
def draw(self):
drawline2d(black, self.n1.pos, self.n2.pos) # refactor, use in rubber_edge: draw_Edge
@property
def n1(self):
return self.nodes[0]
@property
def n2(self):
return self.nodes[1]
def other(self, node):
if self.nodes[0] is node:
return self.nodes[1]
else:
assert self.nodes[1] is node
return self.nodes[0]
pass
def hit_test(self, x, y):
HALO_RADIUS = 2 # or maybe 1?
p1 = self.nodes[0].pos
p2 = self.nodes[1].pos
direction_along_edge = unitVector(p2 - p1)
unit_normal_to_edge = rotate2d_90(direction_along_edge)
vec = V(x,y) - p1
distance_from_edge_line = abs(dot(vec, unit_normal_to_edge))
if distance_from_edge_line > HALO_RADIUS:
return False
distance_along_edge_line = dot(vec, direction_along_edge)
if HALO_RADIUS <= distance_along_edge_line <= vlen(p2 - p1) - HALO_RADIUS:
# For our purposes, exclude points too near the endpoints --
# matches to a rectangle centered on the edge and not within
# halo radius (along the edge) of the endpoints. (If node radius
# is larger, near-endpoint behavior won't matter anyway, since we
# treat nodes as being in front of edges.)
return True
return False
pass
class TrivalentGraphModel(object):
# REVISE: rename, then split out superclass Model
"""
model for a partial or complete trivalent graph
"""
Node = Node
Edge = Edge
def __init__(self):
self.nodes = {}
self.edges = {}
def cmd_addNode(self, x, y):
n = self.Node(self, x, y)
self.nodes[n] = n
#print "added", n
return n
def cmd_deleteNode(self, n):
for e in list(n.edges):
e.destroy()
del self.nodes[n]
return True # only needed due to an assert that is wrong in general
def cmd_addEdge(self, n1, n2):
e = self.Edge(self, n1, n2)
self.edges[e] = e
#print "added", e
return e
def cmd_addNodeAndConnectFrom(self, x, y, node):
# 'From' in cmdname is because node order within edge
# might matter someday, for a directed graph
node2 = self.cmd_addNode(x, y)
self.cmd_addEdge(node, node2)
return node2
def cmd_addNodeOnEdge(self, x, y, edge):
node2 = self.cmd_addNode(x, y) # todo: position it exactly on edge? if so, worry if mouse still over it re KLUGE elsewhere
n1, n3 = list(edge.nodes) # seq or set; in order, if that matters
edge.destroy()
self.cmd_addEdge(n1, node2)
self.cmd_addEdge(node2, n3)
return node2
def cmd_addNodeOnEdgeAndConnectFrom(self, x, y, edge, node):
node2 = self.cmd_addNodeOnEdge(x, y, edge)
self.cmd_addEdge(node, node2)
return node2
def cmd_MergeNodes(self, node1, node2):
"merge node1 with node2 (retaining properties of node2, e.g. .pos)"
node1_neighbors = [e.other(node1) for e in node1.edges] # might include node2
node1.destroy()
for n in node1_neighbors:
if n is not node2 and not n.connected_to(node2):
self.cmd_addEdge(n, node2)
return True
def hit_test_objects(self): # front to back
for node in self.nodes.itervalues():
yield node
for edge in self.edges.itervalues():
yield edge
def drawn_objects(self):
return self.hit_test_objects() #stub
def draw(self):
for obj in self.drawn_objects():
obj.draw()
pass
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/demoapp_0.1/demoapp/models/TrivalentGraphModel.py |
NanoCAD-master | cad/src/experimental/demoapp_0.1/demoapp/models/__init__.py |
|
import array
import math
class A(object):
# not sure if we could successfully subclass array.array;
# at least we'd have to modify __new__ I guess?
def __init__(self, sequence):
self._data = array.array('f', sequence)
return
# these are only needed since we're not subclassing array.array
def __len__(self):
return len(self._data)
def __getitem__(self, i):
return self._data[i]
def __eq__(self, other):
try:
lenother = len(other)
except:
print "fyi: can't get len(%r)" % (other,)
return False
if len(self) != lenother:
print "fyi: diff lens"
return False
bad = [i for i in range(lenother) if self[i] != other[i]]
## if bad:
## print "fyi: bad = ", bad
return not bad
def __ne__(self, other):
return not (self == other)
def __repr__(self):
# either is correct: "V%r" or "A(%r)"
return "V%r" % (tuple(self._data),)
# these would be needed even if we subclassed array.array
def __add__(self, other):
assert len(self._data) == len(other)
return self.__class__( [self[i] + other[i] for i in range(len(self))] )
def __sub__(self, other):
assert len(self._data) == len(other)
return self.__class__( [self[i] - other[i] for i in range(len(self))] )
def __mul__(self, scalar):
return self.__class__( [self[i] * scalar for i in range(len(self))] )
__rmul__ = __mul__
def __div__(self, scalar):
return self.__class__( [self[i] / scalar for i in range(len(self))] )
def dot(self, other):
assert len(self._data) == len(other)
return sum( [self[i] * other[i] for i in range(len(self))] )
def is_zero(self):
return self.dot(self) == 0
def vlen(self):
return math.sqrt(self.dot(self))
pass
def V(*args):
return A(args)
def dot(v1, v2):
return v1.dot(v2)
def vlen(v):
return v.vlen()
def vector_is_zero(v):
return v.is_zero()
def cross(v1, v2):
x1, y1, z1 = v1
x2, y2, z2 = v2
assert 0, "cross is nim"
def unitVector(v):
length = vlen(v)
if length == 0.0:
return v
return v / length
def rotate2d_90(vec_2d):
x, y = vec_2d
return V( -y, x )
# ==
def get_pos(obj_or_pos): # not sure if these belong here
try:
pos = obj_or_pos.pos
except:
pos = obj_or_pos
return A(pos)
def pos_and_size_from_obj_or_pos(obj_or_pos, default_size = 5): # rename, get_pos_and_size?
pos = get_pos(obj_or_pos)
size = default_size # stub
return pos, size
# ==
def _test():
v = V(1,2,3)
v2 = A([4,6,9])
assert v == A((1,2,3))
assert v == A([1,2,3])
assert v == A(array.array('i', [1,2,3]))
assert array.array('i', [1,2,3]) == array.array('f', [1,2,3])
assert v.dot(v2) == 1*4 + 2*6 + 3*9
assert dot(v,v2) == v.dot(v2)
assert v.vlen() == math.sqrt(1*1 + 2*2 + 3*3)
assert vlen(v) == v.vlen()
assert v == v
assert not (v != v)
assert V(1,1,0) != V(1,0,0)
assert not (V(1,1,0) == V(1,0,0))
assert v + v == v * 2
assert v * 2 == 2 * v
assert v / 2 == v * 0.5
assert vector_is_zero(v - v)
assert unitVector(V(3,4)) == V(3,4)/5.0
assert rotate2d_90(V(100,3)) == V(-3,100)
print "tests done"
if __name__ == '__main__':
_test()
# end
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/demoapp_0.1/demoapp/geometry/vectors.py |
NanoCAD-master | cad/src/experimental/demoapp_0.1/demoapp/geometry/__init__.py |
|
# drawing primitives (renamed from some taken from soundspace.py); inefficient
from pyglet.gl import *
import math
# ==
def drawdisc2d(r, x, y, slices=20, start=0, end=2*math.pi):
"use after glColor3f; filled"
d = (end - start) / (slices - 1)
s = start
points = [(x, y)] + [(x + r * math.cos(a*d+s), y + r * math.sin(a*d+s)) \
for a in range(slices)]
points = ((GLfloat * 2) * len(points))(*points)
glPushClientAttrib(GL_CLIENT_VERTEX_ARRAY_BIT)
glEnableClientState(GL_VERTEX_ARRAY)
glVertexPointer(2, GL_FLOAT, 0, points)
glDrawArrays(GL_TRIANGLE_FAN, 0, len(points))
glPopClientAttrib()
def drawcircle2d(r, x, y, slices=20):
"use after glColor3f; not filled"
d = 2 * math.pi / slices
points = [(x + r * math.cos(a*d), y + r * math.sin(a*d)) \
for a in range(slices)]
points = ((GLfloat * 2) * len(points))(*points)
glPushClientAttrib(GL_CLIENT_VERTEX_ARRAY_BIT)
glEnableClientState(GL_VERTEX_ARRAY)
glVertexPointer(2, GL_FLOAT, 0, points)
glDrawArrays(GL_LINE_LOOP, 0, len(points))
glPopClientAttrib()
def drawline2d(color, p1, p2): # modified from drawcircle2d
glColor3f(*color)
points = [(p1[0], p1[1]), (p2[0], p2[1])] # the inner things have to be tuples for this to work, it seems
points = ((GLfloat * 2) * len(points))(*points)
glPushClientAttrib(GL_CLIENT_VERTEX_ARRAY_BIT)
glEnableClientState(GL_VERTEX_ARRAY)
glVertexPointer(2, GL_FLOAT, 0, points)
glDrawArrays(GL_LINE_LOOP, 0, len(points))
glPopClientAttrib()
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/demoapp_0.1/demoapp/graphics/drawing.py |
NanoCAD-master | cad/src/experimental/demoapp_0.1/demoapp/graphics/__init__.py |
|
"""
colors.py
$Id$
"""
black = (0,0,0)
red = (1,0,0)
green = (0,1,0)
blue = (0,0,1)
white = (1,1,1)
thin_rubberband_color = (0.5, 0.5, 0.5)
yellow = (1,1,0)
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/demoapp_0.1/demoapp/graphics/colors.py |
#!/usr/bin/env python
# ----------------------------------------------------------------------------
# pyglet
# Copyright (c) 2006-2008 Alex Holkner
# All rights reserved.
#
# Redistribution and use in source and binary forms, with or without
# modification, are permitted provided that the following conditions
# are met:
#
# * Redistributions of source code must retain the above copyright
# notice, this list of conditions and the following disclaimer.
# * Redistributions in binary form must reproduce the above copyright
# notice, this list of conditions and the following disclaimer in
# the documentation and/or other materials provided with the
# distribution.
# * Neither the name of pyglet nor the names of its
# contributors may be used to endorse or promote products
# derived from this software without specific prior written
# permission.
#
# THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY THE COPYRIGHT HOLDERS AND CONTRIBUTORS
# "AS IS" AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT
# LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS
# FOR A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL THE
# COPYRIGHT OWNER OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT,
# INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING,
# BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES;
# LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTION) HOWEVER
# CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT
# LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE) ARISING IN
# ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE
# POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.
# ----------------------------------------------------------------------------
# [note: this is a modified portion of the pyglet example file media_player.py.]
import sys
from pyglet.gl import *
import pyglet
from pyglet.window import key
from pyglet.event import EVENT_HANDLED
def draw_rect(x, y, width, height):
glBegin(GL_LINE_LOOP)
glVertex2f(x, y)
glVertex2f(x + width, y)
glVertex2f(x + width, y + height)
glVertex2f(x, y + height)
glEnd()
class Control(pyglet.event.EventDispatcher):
x = y = 0
width = height = 10
relative = False ### bruce change
event_types = list(pyglet.window.Window.event_types) # kluge? [bruce addition]
def __init__(self, parent):
super(Control, self).__init__()
self.parent = parent
def hit_test(self, x, y):
return (self.x < x < self.x + self.width and
self.y < y < self.y + self.height)
def capture_events(self):
pass ## self.parent.push_handlers(self)
def release_events(self):
pass ## self.parent.remove_handlers(self)
class Button(Control):
charged = False
def draw(self):
if self.charged: # i.e. running something [bks cmt]
glColor3f(1, 0, 0)
else:
## glColor3f(1, 1, 1) #bks, maybe not needed
glColor3f(0, 0, 0)
draw_rect(self.x, self.y, self.width, self.height)
## glColor3f(1, 1, 1)
glColor3f(0, 0, 0)
self.draw_label()
def on_mouse_press(self, x, y, button, modifiers):
self.capture_events()
self.charged = True
return EVENT_HANDLED #bruce
def on_mouse_drag(self, x, y, dx, dy, buttons, modifiers):
self.charged = self.hit_test(x, y)
return EVENT_HANDLED #bruce
def on_mouse_release(self, x, y, button, modifiers):
self.release_events()
if self.hit_test(x, y):
self.dispatch_event('on_press')
self.charged = False
return EVENT_HANDLED #bruce
Button.register_event_type('on_press')
class TextButton(Button):
def __init__(self, *args, **kwargs):
super(TextButton, self).__init__(*args, **kwargs)
self._text = pyglet.text.Label('', anchor_x = 'center', anchor_y = 'center',
color = (0, 0, 0, 255) #bruce -- note that 255 is required, 1 doesn't work
)
def draw_label(self):
self._text.x = self.x + self.width / 2
self._text.y = self.y + self.height / 2
## glColor3f(0, 0, 0) ### should not be needed; doesn't work anyway -- aha, Label has a color option [bruce]
self._text.draw()
def set_text(self, text):
self._text.text = text
text = property(lambda self: self._text.text,
set_text)
class Slider(Control): # not yet ported to this context
THUMB_WIDTH = 6
THUMB_HEIGHT = 10
GROOVE_HEIGHT = 2
min = 0. # bks
max = 100. # bks
value = 50. #bks
def draw(self):
center_y = self.y + self.height / 2
draw_rect(self.x, center_y - self.GROOVE_HEIGHT / 2,
self.width, self.GROOVE_HEIGHT)
pos = self.x + self.value * self.width / (self.max - self.min)
draw_rect(pos - self.THUMB_WIDTH / 2, center_y - self.THUMB_HEIGHT / 2,
self.THUMB_WIDTH, self.THUMB_HEIGHT)
def coordinate_to_value(self, x):
return float(x - self.x) / self.width * (self.max - self.min) + self.min
def on_mouse_press(self, x, y, button, modifiers):
value = self.coordinate_to_value(x)
self.capture_events()
self.dispatch_event('on_begin_scroll')
self.dispatch_event('on_change', value)
return EVENT_HANDLED #bruce
def on_mouse_drag(self, x, y, dx, dy, buttons, modifiers):
value = min(max(self.coordinate_to_value(x), self.min), self.max)
self.dispatch_event('on_change', value)
return EVENT_HANDLED #bruce
def on_mouse_release(self, x, y, button, modifiers):
self.release_events()
self.dispatch_event('on_end_scroll')
return EVENT_HANDLED #bruce
def on_change(self, value): #bks
self.value = value
return EVENT_HANDLED #bruce
Slider.register_event_type('on_begin_scroll')
Slider.register_event_type('on_end_scroll')
Slider.register_event_type('on_change')
# == test code (modified from the rest of the pyglet example, media_player.py)
class PlayerWindow(pyglet.window.Window):
GUI_WIDTH = 400
GUI_HEIGHT = 40
GUI_PADDING = 4
GUI_BUTTON_HEIGHT = 16
def __init__(self, player):
super(PlayerWindow, self).__init__(caption = 'test controls',
visible = False,
resizable = True)
self.player = player
self.slider = Slider(self)
self.slider.x = self.GUI_PADDING
self.slider.y = self.GUI_PADDING * 2 + self.GUI_BUTTON_HEIGHT
## self.slider.on_begin_scroll = lambda: player.pause()
## self.slider.on_end_scroll = lambda: player.play()
## self.slider.on_change = lambda value: player.seek(value)
self.play_pause_button = TextButton(self)
self.play_pause_button.x = self.GUI_PADDING
self.play_pause_button.y = self.GUI_PADDING
self.play_pause_button.height = self.GUI_BUTTON_HEIGHT
self.play_pause_button.width = 45
self.play_pause_button.on_press = self.on_play_pause
win = self
self.window_button = TextButton(self)
self.window_button.x = self.play_pause_button.x + \
self.play_pause_button.width + self.GUI_PADDING
self.window_button.y = self.GUI_PADDING
self.window_button.height = self.GUI_BUTTON_HEIGHT
self.window_button.width = 90
self.window_button.text = 'Windowed'
self.window_button.on_press = lambda: win.set_fullscreen(False)
self.controls = [
self.slider,
self.play_pause_button,
self.window_button,
]
x = self.window_button.x + self.window_button.width + self.GUI_PADDING
i = 0
for screen in self.display.get_screens():
screen_button = TextButton(self)
screen_button.x = x
screen_button.y = self.GUI_PADDING
screen_button.height = self.GUI_BUTTON_HEIGHT
screen_button.width = 80
screen_button.text = 'Screen %d' % (i + 1)
screen_button.on_press = \
(lambda s: lambda: win.set_fullscreen(True, screen = s))(screen)
self.controls.append(screen_button)
i += 1
x += screen_button.width + self.GUI_PADDING
def gui_update_state(self):
if self.player.playing:
self.play_pause_button.text = 'Pause'
else:
self.play_pause_button.text = 'Play'
def set_default_video_size(self):
'''Make the window size just big enough to show the current
video and the GUI.'''
width = self.GUI_WIDTH
height = self.GUI_HEIGHT
video_width, video_height = self.get_video_size()
width = max(width, video_width)
height += video_height
self.set_size(int(width), int(height))
def on_resize(self, width, height):
'''Position and size video image.'''
super(PlayerWindow, self).on_resize(width, height)
self.slider.width = width - self.GUI_PADDING * 2
height -= self.GUI_HEIGHT
if height <= 0:
return
video_width, video_height = self.get_video_size()
if video_width == 0 or video_height == 0:
return
display_aspect = width / float(height)
video_aspect = video_width / float(video_height)
if video_aspect > display_aspect:
self.video_width = width
self.video_height = width / video_aspect
else:
self.video_height = height
self.video_width = height * video_aspect
self.video_x = (width - self.video_width) / 2
self.video_y = (height - self.video_height) / 2 + self.GUI_HEIGHT
def get_video_size(self):
return 0, 0
def on_mouse_press(self, x, y, button, modifiers):
for control in self.controls:
if control.hit_test(x, y):
control.on_mouse_press(x, y, button, modifiers)
def on_key_press(self, symbol, modifiers):
if symbol == key.SPACE:
self.on_play_pause()
elif symbol == key.ESCAPE:
self.dispatch_event('on_close')
def on_close(self):
self.close()
def on_play_pause(self):
if self.player.playing:
self.player.playing = False
print "pause"
else:
self.player.playing = True
print "play"
self.gui_update_state()
def on_draw(self):
self.clear()
## self.slider.value = 17 ## self.player.time
for control in self.controls:
control.draw()
def _test():
class _player(object):
playing = False
value = 50.
def seek(self, value):
self.value = value
player = _player() ## pyglet.media.Player()
window = PlayerWindow(player)
window.gui_update_state()
window.set_default_video_size()
window.set_visible(True)
window.gui_update_state()
pyglet.app.run()
if __name__ == '__main__':
_test()
# end
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/demoapp_0.1/demoapp/widgets/controls.py |
NanoCAD-master | cad/src/experimental/demoapp_0.1/demoapp/widgets/__init__.py |
|
from pyglet.event import EVENT_HANDLED
def _rx(child, x):
if getattr(child, 'relative', False):
### WARNING: not yet true for any class!
### todo: always define it, so no getattr needed;
# or better, make a method on child to transform x or y.
return x - child.x
else:
return x
pass
def _ry(child, y):
if getattr(child, 'relative', False):
return y - child.y
else:
return y
pass
class EventDistributorToChildren(object):
"""
Pass events onto the appropriate child out of a collection of children,
known to us only via find_child passed to our constructor,
assuming each child has a correctly set .size and .pos.
"""
# note: see class pyglet.window.event.WindowEventLogger for defs of all window events
child_with_mouse = None
child_with_drag = None
def __init__(self, find_child):
self.find_child = find_child # call with (x,y), returns child or None
def on_mouse_enter(self, x, y):
child = self.find_child(x, y)
self._set_child_with_mouse(child, x, y)
if child:
return EVENT_HANDLED
def _set_child_with_mouse(self, child, x, y):
"""
Maintain self.child_with_mouse, and send enter/leave events to children
when it changes.
@param child: the child with the last unpressed mouse position in it,
or None if that position is not in one of our children
@return: whether this call changed the value of self.child_with_mouse
"""
if child is not self.child_with_mouse:
if self.child_with_mouse:
self.child_with_mouse.dispatch_event('on_mouse_leave',
_rx(self.child_with_mouse, x),
_ry(self.child_with_mouse, y) )
if child:
child.dispatch_event('on_mouse_enter', _rx(child, x), _ry(child, y))
self.child_with_mouse = child
return True # different child
def on_mouse_press(self, x, y, button, modifiers):
child = self.find_child(x, y)
if child:
child.dispatch_event('on_mouse_press', _rx(child, x), _ry(child, y), button, modifiers)
self.child_with_drag = child ##k only appropriate for some children??
return EVENT_HANDLED
def on_mouse_drag(self, x, y, dx, dy, buttons, modifiers):
if self.child_with_drag:
## maybe todo: also only send this if distance gets high enough to count as a drag
self.child_with_drag.dispatch_event('on_mouse_drag',
_rx(self.child_with_drag, x),
_ry(self.child_with_drag, y),
dx, dy, buttons, modifiers )
return EVENT_HANDLED
def on_mouse_release(self, x, y, button, modifiers):
if self.child_with_drag:
self.child_with_drag.dispatch_event('on_mouse_release',
_rx(self.child_with_drag, x),
_ry(self.child_with_drag, y),
button, modifiers )
self.on_mouse_enter(x, y) # seems correct, though perhaps a kluge
# REVIEW: what if x,y not in self, is this still correct?
return EVENT_HANDLED
def on_mouse_motion(self, x, y, dx, dy):
child = self.find_child(x, y)
if self._set_child_with_mouse(child, _rx(child, x), _ry(child, y)):
# different child -- no motion event needed within one,
# leave/enter events cover it
pass
else:
# same child -- tell it about the motion
if child:
child.dispatch_event('on_mouse_motion', _rx(child, x), _ry(child, y), dx, dy)
if child:
return EVENT_HANDLED #k not sure this is accurate in all cases
def on_mouse_leave(self, x, y):
self._set_child_with_mouse(None, -1, -1)
#todo:
def on_mouse_scroll(self, *args):
pass
def on_resize(self, *args):
pass # even when we respond, in this case return None to let window respond too
pass
class ChildHolder(object): # not yet used?
"abstract class"
pass
class SimpleChildHolder(EventDistributorToChildren, ChildHolder): # not yet used?
def __init__(self):
EventDistributorToChildren.__init__(self, self._find_child) # kluge?
def _find_child(self, x, y):
pass # nim
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/demoapp_0.1/demoapp/widgets/ChildHolder.py |
# Copyright 2006-2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""
Generated code that stores a molecular model in Numeric Python arrays
suitable for passing to the quux test renderer
"""
import Numeric
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[1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0],
'i')
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'f'), Numeric.array((-5.833, 9.514, -150.306), 'f'), Numeric.array((-6.080, 12.353, -149.921), 'f'), Numeric.array((-4.340, 11.359, -151.377), 'f'), Numeric.array((-5.547, 14.524, -150.963), 'f'), Numeric.array((-7.353, 14.955, -150.739), 'f'), Numeric.array((-4.533, 13.724, -152.399), 'f'), Numeric.array((-3.785, 13.542, -152.460), 'f'), Numeric.array((-5.317, 13.914, -152.335), 'f'), Numeric.array((-5.547, 14.524, -150.963), 'f'), Numeric.array((-5.317, 13.914, -152.335), 'f'), Numeric.array((-4.340, 11.359, -151.377), 'f'), Numeric.array((-4.072, 10.654, -152.628), 'f'), Numeric.array((-1.114, 12.665, -148.810), 'f'), Numeric.array((0.051, 10.968, -148.248), 'f'), Numeric.array((0.055, 11.780, -148.971), 'f'), Numeric.array((-1.999, 10.980, -150.305), 'f'), Numeric.array((-2.179, 11.963, -151.376), 'f'), Numeric.array((-3.517, 12.583, -151.285), 'f'), Numeric.array((-1.114, 12.665, -148.810), 'f'), Numeric.array((-1.954, 14.058, -149.861), 'f'), Numeric.array((-2.616, 14.361, -149.810), 'f'), Numeric.array((-1.206, 13.715, -149.920), 'f'), Numeric.array((-3.517, 12.583, -151.285), 'f'), Numeric.array((-2.616, 14.361, -149.810), 'f'), Numeric.array((-2.788, 15.296, -150.961), 'f'), Numeric.array((-4.491, 16.058, -150.764), 'f'), Numeric.array((-2.788, 15.296, -150.961), 'f'), Numeric.array((-5.615, 11.408, -148.811), 'f'), Numeric.array((-5.732, 9.352, -148.248), 'f'), Numeric.array((-6.156, 10.044, -148.971), 'f'), Numeric.array((-5.615, 11.408, -148.811), 'f'), Numeric.array((-5.618, 13.034, -149.862), 'f'), Numeric.array((-5.209, 13.637, -149.811), 'f'), Numeric.array((-6.080, 12.353, -149.921), 'f'), Numeric.array((-3.517, 12.583, -151.285), 'f'), Numeric.array((-3.984, 10.426, -150.306), 'f'), Numeric.array((-4.340, 11.359, -151.377), 'f'), Numeric.array((-4.491, 16.058, -150.764), 'f'), Numeric.array((-5.547, 14.524, -150.963), 'f'), Numeric.array((-5.209, 13.637, -149.811), 'f'), Numeric.array((-5.547, 14.524, -150.963), 'f'), Numeric.array((-2.111, 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Numeric.array((-3.423, 12.246, -148.811), 'f'), Numeric.array((-3.915, 10.247, -148.248), 'f'), Numeric.array((-4.205, 11.005, -148.971), 'f'), Numeric.array((-3.544, 12.677, -147.820), 'f'), Numeric.array((-3.423, 12.246, -148.811), 'f'), Numeric.array((0.000, -0.006, -143.981), 'f'), Numeric.array((0.000, -0.006, -148.981), 'f'), Numeric.array((0.000, -0.006, -148.981), 'f'), Numeric.array((0.000, -0.006, -148.981), 'f'), Numeric.array((0.000, -0.006, -148.981), 'f'), Numeric.array((0.000, -0.006, -148.981), 'f'), Numeric.array((0.000, -0.006, -148.981), 'f'), Numeric.array((0.000, -0.006, -148.981), 'f'), Numeric.array((0.000, -0.006, -148.981), 'f'), Numeric.array((0.000, -0.006, -148.981), 'f'), Numeric.array((0.000, -0.006, -148.981), 'f'), Numeric.array((0.000, -0.006, -148.981), 'f'), Numeric.array((0.000, -0.006, -148.981), 'f'), Numeric.array((0.000, -0.006, -148.981), 'f'), Numeric.array((0.000, -0.006, -148.981), 'f'), Numeric.array((0.000, -0.006, -148.981), 'f'), 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cylinderPos2 = Numeric.array(( Numeric.array((-16.542, -7.869, -155.052), 'f'), Numeric.array((-16.542, -7.869, -155.052), 'f'), Numeric.array((-16.063, -6.985, -154.444), 'f'), Numeric.array((-16.063, -6.985, -154.444), 'f'), Numeric.array((-17.031, -6.724, -155.052), 'f'), Numeric.array((-17.031, -6.724, -155.052), 'f'), Numeric.array((-19.241, -8.354, -155.560), 'f'), Numeric.array((-19.241, -8.354, -155.560), 'f'), Numeric.array((-19.200, -8.337, -154.416), 'f'), Numeric.array((-19.200, -8.337, -154.416), 'f'), Numeric.array((-18.719, -7.431, -156.240), 'f'), Numeric.array((-18.706, -7.357, -156.242), 'f'), Numeric.array((-18.719, -7.431, -156.240), 'f'), Numeric.array((-18.565, -6.598, -156.262), 'f'), Numeric.array((-19.151, -6.096, -156.240), 'f'), Numeric.array((-19.207, -6.048, -156.238), 'f'), Numeric.array((-19.151, -6.096, -156.240), 'f'), Numeric.array((-18.159, -6.454, -156.904), 'f'), Numeric.array((-18.159, -6.454, -156.904), 'f'), Numeric.array((18.724, -7.430, -156.235), 'f'), Numeric.array((18.710, -7.357, -156.237), 'f'), Numeric.array((18.724, -7.430, -156.235), 'f'), Numeric.array((18.570, -6.598, -156.258), 'f'), Numeric.array((19.155, -6.095, -156.236), 'f'), Numeric.array((19.212, -6.047, -156.234), 'f'), Numeric.array((19.155, -6.095, -156.236), 'f'), Numeric.array((18.164, -6.454, -156.901), 'f'), Numeric.array((18.164, -6.454, -156.901), 'f'), Numeric.array((19.244, -8.353, -155.554), 'f'), Numeric.array((19.244, -8.353, -155.554), 'f'), Numeric.array((19.202, -8.335, -154.410), 'f'), Numeric.array((19.202, -8.335, -154.410), 'f'), Numeric.array((15.010, -7.161, -153.805), 'f'), Numeric.array((15.010, -7.161, -153.805), 'f'), Numeric.array((16.068, -6.983, -154.442), 'f'), Numeric.array((16.068, -6.983, -154.442), 'f'), Numeric.array((15.466, -6.086, -153.804), 'f'), Numeric.array((15.466, -6.086, -153.804), 'f'), Numeric.array((16.064, -6.982, -153.160), 'f'), Numeric.array((16.064, -6.982, -153.160), 'f'), Numeric.array((15.965, -8.979, -152.552), 'f'), Numeric.array((15.965, -8.979, -152.552), 'f'), Numeric.array((17.442, -9.036, -153.795), 'f'), Numeric.array((16.538, -7.866, -152.549), 'f'), Numeric.array((16.538, -7.866, -152.549), 'f'), Numeric.array((16.657, -8.632, -152.546), 'f'), Numeric.array((16.790, -11.035, -151.350), 'f'), Numeric.array((16.857, -11.003, -151.352), 'f'), Numeric.array((16.790, -11.035, -151.350), 'f'), Numeric.array((17.915, -10.898, -152.026), 'f'), Numeric.array((17.915, -10.898, -152.026), 'f'), Numeric.array((17.525, -9.909, -151.351), 'f'), Numeric.array((17.521, -9.834, -151.349), 'f'), Numeric.array((17.525, -9.909, -151.351), 'f'), Numeric.array((17.998, -10.949, -150.791), 'f'), Numeric.array((17.998, -10.949, -150.791), 'f'), Numeric.array((17.036, -6.724, -155.049), 'f'), Numeric.array((17.036, -6.724, -155.049), 'f'), Numeric.array((17.449, -5.535, -155.053), 'f'), Numeric.array((17.449, -5.535, -155.053), 'f'), Numeric.array((17.673, -6.280, -155.051), 'f'), 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0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 0.300, 2.000, 0.500, 0.500, 0.500, 0.500, 0.500, 0.500, 0.500, 0.500, 0.500, 0.500, 0.500, 0.500, 0.500, 0.500, 0.500, 0.500, 0.500), 'f')
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/pyrex-opengl/bearing_data.py |
# Copyright 2006-2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
import sys
from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
try:
from Pyrex.Distutils import build_ext
except:
print "Problem importing Pyrex"
sys.exit(1)
if sys.platform == "darwin":
extra_compile_args = [ "-O", "-DMACOSX",
"-I/System/Library/Frameworks/AGL.Framework/Headers" ]
extra_link_args = [
# the "-L" appears to not help with the bus error
"-L/System/Library/Frameworks/OpenGL.framework/Versions/A/Libraries",
"-lGL" ]
else:
extra_compile_args = [
# "-I/usr/share/doc/nvidia-7676/GL", # Will's box
"-I/usr/X11R6/include/GL",
]
extra_link_args = [ "-L/usr/X11R6/lib", "-lGL" ]
setup(name = 'quux',
ext_modules=[Extension("quux", ["quux.pyx", "bradg.cpp", "vector.c", "glextensions.cpp"],
depends = ["quux_help.c"],
extra_compile_args = extra_compile_args,
extra_link_args = extra_link_args
),
],
cmdclass = {'build_ext': build_ext})
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/pyrex-opengl/setup.py |
#!/usr/bin/python
# Copyright 2006-2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
import os, sys, string
from math import *
sys.path.append("/home/wware/polosims/cad/src")
from geometry.VQT import A, V, vlen
class AtomType:
def __init__(self, symbol, number, rcovalent):
self.symbol = symbol
self.number = number
self.rcovalent = rcovalent
def __repr__(self):
return '<' + self.symbol + '>'
periodicTable = [
AtomType('X', 0, 0.0),
AtomType('H', 1, 0.31),
AtomType('C', 6, 0.77),
AtomType('N', 7, 0.73),
AtomType('O', 8, 0.69),
AtomType('P', 15, 1.08),
]
def lookupAtomType(num):
for at in periodicTable:
if at.number == num:
return at
raise Exception("AtomType not found, num=" + repr(num))
class Atom:
def __init__(self, mmpline):
if mmpline != None:
mmpline = mmpline.rstrip()
self.mmpline = mmpline
fields = mmpline.split()
self.key = string.atoi(fields[1])
self.style = fields[6]
self.hybridization = None
self.base = None
self.atomtype = lookupAtomType(string.atoi(fields[2][1:-1]))
self.x = 0.001 * string.atoi(fields[3][1:-1])
self.y = 0.001 * string.atoi(fields[4][:-1])
self.z = 0.001 * string.atoi(fields[5][:-1])
else:
self.mmpline = None
self.key = 0
self.style = None
self.hybridization = None
self.base = None
self.atomtype = lookupAtomType(0)
self.x = 0.0
self.y = 0.0
self.z = 0.0
self.bonds = [ ]
def is_singlet(self):
return self.atomtype.symbol == 'X'
def clone(self):
a = Atom(self.mmpline)
for attr in ('key', 'style', 'hybridization', 'base', 'atomtype',
'x', 'y', 'z', 'bonds'):
setattr(a, attr, getattr(self, attr))
return a
def hybridize(self, hybrids={
'C': { 4: 'sp3',
3: 'sp2',
2: 'sp',
},
'O': { 2: 'sp3',
1: 'sp2',
},
'N': { 3: 'sp3',
2: 'sp2',
1: 'sp',
}
}):
try:
self.hybridization = hybrids[self.atomtype.symbol][len(self.bonds)]
except KeyError:
self.hybridization = None
def posn(self):
return V(self.x, self.y, self.z)
def __repr__(self):
r = "<%s %d (%g, %g, %g)" % \
(self.atomtype.symbol, self.key, self.x, self.y, self.z)
r += " %s" % self.style
if self.hybridization != None:
r += " %s" % self.hybridization
if self.base != None:
r += " (base %d)" % self.base
if self.bonds:
r += " ["
for b in self.bonds:
r += " " + repr(b)
r += " ]"
return r + ">"
class Bondpoint(Atom):
def __init__(self, owner, v):
Atom.__init__(self, mmpline=None)
self.style = owner.style
self.base = owner.base
self.x = v[0]
self.y = v[1]
self.z = v[2]
self.bonds = [ owner.key ]
def __repr__(self):
r = "<%s %d (%g, %g, %g)" % \
(self.atomtype.symbol, self.key, self.x, self.y, self.z)
r += " %s" % self.style
if self.base != None:
r += " (base %d)" % self.base
if self.bonds:
r += " ["
for b in self.bonds:
r += " " + repr(b)
r += " ]"
return r + ">"
class MakeBondpoint(Exception):
pass
class Base:
def __init__(self, strand, key):
self.key = key
self.atomlist = [ ]
self.phosphorusZcoord = 0.
self.strand = strand
atm0 = strand.atoms[key]
self.style = atm0.style
self.addAtom(atm0)
def __cmp__(self, other):
return -cmp(self.phosphorusZcoord, other.phosphorusZcoord)
def keys(self):
return map(lambda a: a.key, self.atomlist)
def __len__(self):
return len(self.atomlist)
def addAtom(self, a):
k = a.key
if a not in self.atomlist:
if a.style == self.style:
a.base = self.key
self.atomlist.append(a)
if a.atomtype.symbol == 'P':
self.phosphorusZcoord = a.z
else:
raise MakeBondpoint
def addLayer(self):
atoms = self.strand.atoms
newguys = [ ]
for a in self.atomlist:
for k in a.bonds:
if k not in newguys and k not in self.keys():
newguys.append(k)
atoms[k].buddy = a
newAtoms = 0
for k in newguys:
a2 = atoms[k]
a = a2.buddy
try:
self.addAtom(a2)
newAtoms += 1
except MakeBondpoint:
# don't make this bondpoint if it's already been made
if not hasattr(a, 'gotBondpoint'):
p1, p2 = a.posn(), a2.posn()
r1, r2 = a.atomtype.rcovalent, a2.atomtype.rcovalent
p = (r2 * p1 + r1 * p2) / (r1 + r2)
bpt = Bondpoint(a, p)
# pick up a new key
self.strand.addAtom(bpt)
self.addAtom(bpt)
a.gotBondpoint = True
return newAtoms
def grow(self):
while True:
if self.addLayer() == 0:
return
class Strand:
def __init__(self, filename=None):
self.atoms = { }
self.nextKey = 1
self.bases = [ ]
if filename != None:
for L in open(filename).readlines():
if L.startswith("atom"):
self.addAtom(Atom(L))
def addAtom(self, a):
a.key = key = self.nextKey
self.nextKey += 1
self.atoms[key] = a
def transform(self, t):
if t.func_code.co_argcount == 1:
for a in self.atoms.values():
v = V(a.x, a.y, a.z)
a.x, a.y, a.z = tuple(t(v))
else:
for a in self.atoms.values():
a.x, a.y, a.z = t(a.x, a.y, a.z)
def addAtomFromMmp(self, mmpline):
self.addAtom(Atom(mmpline))
def inferBonds(self):
maxBondLength = 2.5
def quantize(vec, maxBondLength=maxBondLength):
return (int(vec[0] / maxBondLength),
int(vec[1] / maxBondLength),
int(vec[2] / maxBondLength))
def bond_atoms(a1, a2):
if a1.key not in a2.bonds:
a2.bonds.append(a1.key)
if a2.key not in a1.bonds:
a1.bonds.append(a2.key)
buckets = { }
for atom in self.atoms.values():
atom.bonds = [ ] # clear existing bonds
# put this atom in one of the buckets
key = quantize(atom.posn())
try:
buckets[key].append(atom)
except KeyError:
buckets[key] = [ atom ]
def region(center):
lst = [ ]
x0, y0, z0 = quantize(center)
for x in range(x0 - 1, x0 + 2):
for y in range(y0 - 1, y0 + 2):
for z in range(z0 - 1, z0 + 2):
key = (x, y, z)
try:
lst += buckets[key]
except KeyError:
pass
return lst
for atm1 in self.atoms.values():
for atm2 in region(atm1.posn()):
bondLen = vlen(atm1.posn() - atm2.posn())
idealBondLen = atm1.atomtype.rcovalent + atm2.atomtype.rcovalent
a = 0.2
if (1-a) * idealBondLen < bondLen < (1+a) * idealBondLen:
bond_atoms(atm1, atm2)
atm1.hybridize()
def assignBases(self):
self.inferBonds()
remainingKeys = self.atoms.keys()
while len(remainingKeys) > 0:
baseKey = remainingKeys[0]
print "Base", baseKey
base = Base(self, baseKey)
self.bases.append(base)
remainingKeys = remainingKeys[1:]
base.grow()
for key in base.keys():
if key in remainingKeys:
remainingKeys.remove(key)
def baseSort(self):
self.bases.sort()
self.renumberAtoms(lambda a1, a2: cmp(a1.base, a2.base))
def renumberAtoms(self, sortfunc=None):
# Renumber their keys, and recompute bonds with new keys
atomlist = self.atoms.values()
if sortfunc != None:
atomlist.sort(sortfunc)
self.atoms = { }
self.nextKey = 1
for i in range(len(atomlist)):
self.addAtom(atomlist[i])
self.inferBonds()
def filter(self, filt):
s = Strand()
for a in self.atoms.values():
if filt(a):
s.addAtom(a.clone())
s.inferBonds()
return s
def writeManyMmps(self, specs, tfm0, tfm):
# discard tiny "bases" and any atoms in them
tinybases = filter(lambda b: len(b) < 6, self.bases)
for b in tinybases:
for a in b.atomlist:
del self.atoms[a.key]
self.bases.remove(b)
# sort bases in order of decreasing phosphorus z coord
self.baseSort()
for index, groupname, filename in specs:
basekey = self.bases[index].key
base = self.filter(lambda a: a.base == basekey)
def tfm2(x, y, z, tfm0=tfm0, tfm=tfm, index=index):
v = V(x,y,z)
v = tfm0(v)
while index:
v = tfm(v)
index -= 1
return tuple(v)
base.transform(tfm2)
base.writeMmp(filename, groupname)
mmptext = """mmpformat 050920 required; 060421 preferred
kelvin 300
group (View Data)
info opengroup open = True
csys (HomeView) (1.000000, 0.000000, 0.000000, 0.000000) (10.000000) (0.000000, 0.000000, 0.000000) (1.000000)
csys (LastView) (1.000000, 0.000000, 0.000000, 0.000000) (8.153929) (0.000000, 0.000000, 0.000000) (1.000000)
egroup (View Data)
group (%(groupname)s)
info opengroup open = True
%(text)s
egroup (%(groupname)s)
end1
group (Clipboard)
info opengroup open = False
egroup (Clipboard)
end molecular machine part %(groupname)s
"""
def writeMmp(self, filename, groupname=None):
s = ""
thisgroup = None
for a in self.atoms.values():
if groupname == None:
if thisgroup != a.base:
s += "mol (Strand %d) def\n" % a.base
thisgroup = a.base
s += ("atom %d (%d) (%d, %d, %d) def\n" %
(a.key, a.atomtype.number,
int(1000 * a.x), int(1000 * a.y), int(1000 * a.z)))
if a.hybridization != None:
s += "info atom atomtype = " + a.hybridization + "\n"
bstr = ""
for b in a.bonds:
if b < a.key:
bstr += " " + repr(b)
if bstr:
s += "bond1" + bstr + "\n"
if groupname != None:
s = "mol (" + groupname + ") def\n" + s
outf = open(filename, "w")
outf.write(self.mmptext % {"groupname": groupname, "text": s[:-1]})
outf.close()
########################################
g = Strand('strund1.mmp')
g.assignBases()
g.baseSort()
if True:
specs = [
(0, 'cytosine', 'cytosine-inner.mmp'),
(1, 'guanine', 'guanine-outer.mmp'),
(3, 'adenine', 'adenine-outer.mmp'),
(4, 'adenine', 'adenine-inner.mmp'),
(6, 'thymine', 'thymine-inner.mmp'),
(7, 'thymine', 'thymine-outer.mmp'),
(9, 'cytosine', 'cytosine-outer.mmp'),
(10, 'guanine', 'guanine-inner.mmp'),
]
k = [ 0 ]
def tfm0(v, k=k):
k[0] = 0
return V(v[0], v[1], v[2] - 20.2)
def tfm(v, k=k):
angle = pi / 6
x, y, z = tuple(v)
c, s = cos(angle), sin(angle)
x, y = c * x + s * y, -s * x + c * y
if (k[0] & 1) == 0:
zdiff = 1.67
else:
zdiff = 5.76
k[0] += 1
return V(x, y, z + zdiff)
g.writeManyMmps(specs, tfm0, tfm)
else:
g.writeMmp('groups.mmp', None)
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/zdna-bases/prepare.py |
#!/usr/bin/python
# Copyright 2006-2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
import os, sys, threading, time, types, jobqueue
bitrate = 6.0e6
framelimit = None
povray_pretty = True
class Dimensions:
def __init__(self, w, h):
def even(x):
return int(x) & -2
self.width = even(w)
self.height = even(h)
def __add__(self, other):
return Dimensions(self.width + other.width,
self.height + other.height)
def __sub__(self, other):
return Dimensions(self.width - other.width,
self.height - other.height)
def __rmul__(self, other):
numtypes = (types.IntType, types.FloatType)
if type(other) in numtypes:
return Dimensions(other * self.width,
other * self.height)
elif type(other) is types.TupleType and \
len(other) is 2 and \
type(other[0]) in numtypes and \
type(other[1]) in numtypes:
return Dimensions(other[0] * self.width,
other[1] * self.height)
else:
raise TypeError(other)
def povray(self):
return ' +W%d +H%d ' % (self.width, self.height)
def geometry(self):
return ' -geometry %dx%d ' % (self.width, self.height)
def exactGeometry(self):
return ' -geometry %dx%d! ' % (self.width, self.height)
def resizeFrom(self, wider):
ar = self.aspectRatio()
if wider.aspectRatio() > ar:
# original format is wider, so crop horizontally
w2 = int(ar * wider.height)
return (' -crop %dx%d+%d+0 -geometry %dx%d! ' %
(w2, wider.height, (wider.width - w2) / 2,
self.width, self.height))
else:
# original format is taller, so crop vertically
h2 = int(wider.width / ar)
return (' -crop %dx%d+0+%d -geometry %dx%d! ' %
(wider.width, h2, (wider.height - h2) / 2,
self.width, self.height))
def border(self):
return ' -bordercolor black -border %dx%d ' % (self.width, self.height)
def __repr__(self):
return "<Dimensions %d %d>" % (self.width, self.height)
def aspectRatio(self):
return 1.0 * self.width / self.height
def even(self):
return (self.width & -2, self.height & -2)
def setScale(scale):
global povray, video, border, clipped
# Dimensions for recommended povray rendering, gotten from the first line
# of any of the *.pov files.
povray = scale * Dimensions(751, 459)
video = scale * Dimensions(600, 450)
# When outside of frame is 600x450, viewable area is 520x410
border = (0.0666, 0.0444) * video
clipped = video - 2 * border
setScale(1.0)
class SubframePovrayJob(jobqueue.Job):
def shellScript(self):
if povray_pretty:
povray_options = '+A -V -D +X'
else:
povray_options = '-A +Q0 -V -D +X'
script = ""
# Worker machine renders a bunch of pov files to make jpeg files
for pov, jpeg in map(None, self.inputfiles, self.outputfiles):
tga = pov[:-4] + '.tga'
script += ('povray +I%s +O%s +FT %s %s 2>/dev/null\n' %
(pov, tga, povray_options, povray.povray()))
script += ('convert %s %s %s\n' %
(tga, clipped.resizeFrom(povray), jpeg))
return script
class MotionBlurJob(jobqueue.Job):
def shellScript(self):
num_inputs = len(self.inputfiles)
num_outputs = len(self.outputfiles)
script = ""
i = 0
for outfile in self.outputfiles:
script += 'convert -average'
for j in range(num_inputs / num_outputs):
script += ' ' + self.inputfiles[i]
i += 1
script += ' ' + outfile + '\n'
return script
####################
# #
# MPEG STUFF #
# #
####################
params = """MPEG-2 Test Sequence, 30 frames/sec
%(sourcefileformat)s /* name of source files */
- /* name of reconstructed images ("-": don't store) */
- /* name of intra quant matrix file ("-": default matrix) */
- /* name of non intra quant matrix file ("-": default matrix) */
stat.out /* name of statistics file ("-": stdout ) */
1 /* input picture file format: 0=*.Y,*.U,*.V, 1=*.yuv, 2=*.ppm */
%(frames)d /* number of frames */
0 /* number of first frame */
00:00:00:00 /* timecode of first frame */
15 /* N (# of frames in GOP) */
3 /* M (I/P frame distance) */
0 /* ISO/IEC 11172-2 stream */
0 /* 0:frame pictures, 1:field pictures */
%(width)d /* horizontal_size */
%(height)d /* vertical_size */
2 /* aspect_ratio_information 1=square pel, 2=4:3, 3=16:9, 4=2.11:1 */
5 /* frame_rate_code 1=23.976, 2=24, 3=25, 4=29.97, 5=30 frames/sec. */
%(bitrate)f /* bit_rate (bits/s) */
112 /* vbv_buffer_size (in multiples of 16 kbit) */
0 /* low_delay */
0 /* constrained_parameters_flag */
4 /* Profile ID: Simple = 5, Main = 4, SNR = 3, Spatial = 2, High = 1 */
8 /* Level ID: Low = 10, Main = 8, High 1440 = 6, High = 4 */
0 /* progressive_sequence */
1 /* chroma_format: 1=4:2:0, 2=4:2:2, 3=4:4:4 */
2 /* video_format: 0=comp., 1=PAL, 2=NTSC, 3=SECAM, 4=MAC, 5=unspec. */
5 /* color_primaries */
5 /* transfer_characteristics */
4 /* matrix_coefficients */
%(width)d /* display_horizontal_size */
%(height)d /* display_vertical_size */
0 /* intra_dc_precision (0: 8 bit, 1: 9 bit, 2: 10 bit, 3: 11 bit */
1 /* top_field_first */
0 0 0 /* frame_pred_frame_dct (I P B) */
0 0 0 /* concealment_motion_vectors (I P B) */
1 1 1 /* q_scale_type (I P B) */
1 0 0 /* intra_vlc_format (I P B)*/
0 0 0 /* alternate_scan (I P B) */
0 /* repeat_first_field */
0 /* progressive_frame */
0 /* P distance between complete intra slice refresh */
0 /* rate control: r (reaction parameter) */
0 /* rate control: avg_act (initial average activity) */
0 /* rate control: Xi (initial I frame global complexity measure) */
0 /* rate control: Xp (initial P frame global complexity measure) */
0 /* rate control: Xb (initial B frame global complexity measure) */
0 /* rate control: d0i (initial I frame virtual buffer fullness) */
0 /* rate control: d0p (initial P frame virtual buffer fullness) */
0 /* rate control: d0b (initial B frame virtual buffer fullness) */
2 2 11 11 /* P: forw_hor_f_code forw_vert_f_code search_width/height */
1 1 3 3 /* B1: forw_hor_f_code forw_vert_f_code search_width/height */
1 1 7 7 /* B1: back_hor_f_code back_vert_f_code search_width/height */
1 1 7 7 /* B2: forw_hor_f_code forw_vert_f_code search_width/height */
1 1 3 3 /* B2: back_hor_f_code back_vert_f_code search_width/height */
"""
def textlist(i):
return [ ]
# Where will I keep all my temporary files? On Mandriva, /tmp is small
# but $HOME/tmp is large.
mpeg_dir = '/home/wware/tmp/mpeg'
def remove_old_yuvs():
# you don't always want to do this
jobqueue.do("rm -rf " + mpeg_dir + "/yuvs")
jobqueue.do("mkdir -p " + mpeg_dir + "/yuvs")
class MpegSequence:
SECOND = 30 # NTSC frame rate
def __init__(self):
self.frame = 0
#self.width = mpeg_width
#self.height = mpeg_height
#self.size = (self.width, self.height)
def __len__(self):
return self.frame
def yuv_format(self):
# Leave off the ".yuv" so we can use it for the
# mpeg2encode parameter file.
return mpeg_dir + '/yuvs/foo.%06d'
def yuv_name(self, i=None):
if i is None:
i = self.frame
return (self.yuv_format() % i) + '.yuv'
def titleSequence(self, titlefile, frames=450):
assert os.path.exists(titlefile)
if framelimit is not None: frames = min(frames, framelimit)
first_yuv = self.yuv_name()
jobqueue.do('convert %s %s %s %s' %
(titlefile, border.border(), video.exactGeometry(), first_yuv))
self.frame += 1
for i in range(1, frames):
import shutil
shutil.copy(first_yuv, self.yuv_name())
self.frame += 1
def previouslyComputed(self, fmt, frames, begin=0):
assert os.path.exists(titlefile)
if framelimit is not None: frames = min(frames, framelimit)
for i in range(frames):
import shutil
src = fmt % (i + begin)
shutil.copy(src, self.yuv_name())
self.frame += 1
def rawSubframes(self, srcdir, dstdir, povfmt, howmany, povray_res=None):
if framelimit is not None: howmany = min(howmany, framelimit)
assert povfmt[-4:] == '.pov'
jpgfmt = povfmt[:-4] + '.jpg'
q = jobqueue.JobQueue()
batchsize = 40
i = 0
while i < howmany:
num = min(batchsize, howmany - i)
assert num > 0
ifiles = [ ]
ofiles = [ ]
for j in range(num):
ifiles.append(povfmt % (i + j))
ofiles.append(jpgfmt % (i + j))
got_them_all = True
for ofile in ofiles:
if not os.path.exists(os.path.join(dstdir, ofile)):
got_them_all = False
break
if not got_them_all:
job = SubframePovrayJob(srcdir, dstdir, ifiles, ofiles)
q.append(job)
i += num
q.start()
q.wait()
def textBottom(self, jpgfmt, start, incr, frames, avg, divider, rgb, titleImage):
"""You've got some text near the bottom of the screen and you
want to set a dividing height, and take the lower portion of
the screen, where the text is, and fade it toward light blue
so you have good contrast for the text. Above the division you
have normal chrominance for the sequence.
"""
# avg is how many subframes are averaged to produce each frame
# ratio is the ratio of subframes to frames
if framelimit is not None: frames = min(frames, framelimit)
tmpimage = '/tmp/foo.jpg'
tmpimage2 = '/tmp/foo2.jpg'
averages = [ ]
averages2 = [ ]
# Stick the averages in a bunch of GIF files
assert jpgfmt[-4:] == '.jpg'
srcdir, fil = os.path.split(jpgfmt)
jpgfmt = fil
dstdir = srcdir
avgfmt = jpgfmt[:-4] + '.gif'
if avg > 1:
# parallelize the averaging because it's the slowest operation
# each job will be five frames
q = jobqueue.JobQueue()
i = 0
while i < frames:
frames_this_job = min(5, frames - i)
ifiles = [ ]
ofiles = [ ]
for j in range(frames_this_job):
P = start + (i + j) * incr
for k in range(avg):
ifiles.append(jpgfmt % (P + k))
ofile = avgfmt % P
averages.append(ofile)
ofiles.append(ofile)
job = MotionBlurJob(srcdir, dstdir, ifiles, ofiles)
q.append(job)
i += frames_this_job
q.start()
q.wait()
else:
averages = map(lambda i: jpgfmt % (start + i * incr),
range(frames))
for i in range(frames):
fnum = start + incr * i
yuv = (self.yuv_format() % self.frame) + '.yuv'
jobqueue.do('convert %s %s %s' %
(os.path.join(dstdir, averages[i]),
clipped.exactGeometry(), tmpimage))
# tmpimage is now in clipped dimensions
if titleImage is not None:
w, h = clipped.width, clipped.height
jobqueue.do(('mogrify -region +0+%d -fill \"rgb(%d,%d,%d)\" -colorize 75 %s') %
(divider, rgb[0], rgb[1], rgb[2], tmpimage))
jobqueue.do('composite %s %s %s %s' % (titleImage,
clipped.exactGeometry(),
tmpimage, tmpimage))
jobqueue.do('convert %s %s %s %s' % (tmpimage, border.border(),
video.exactGeometry(), yuv))
self.frame += 1
return start + incr * frames
def motionBlur(self, jpgfmt, start, incr, frames, avg,
textlist=None, fadeTo=None, titleImage=None):
# avg is how many subframes are averaged to produce each frame
# ratio is the ratio of subframes to frames
if framelimit is not None: frames = min(frames, framelimit)
tmpimage = '/tmp/foo.jpg'
tmpimage2 = '/tmp/foo2.jpg'
averages = [ ]
averages2 = [ ]
# Stick the averages in a bunch of GIF files
assert jpgfmt[-4:] == '.jpg'
srcdir, fil = os.path.split(jpgfmt)
jpgfmt = fil
dstdir = srcdir
avgfmt = jpgfmt[:-4] + '.gif'
if fadeTo is not None:
assert fadeTo[-4:] == '.jpg'
fadesrcdir, fadeTo = os.path.split(fadeTo)
avgfadefmt = fadeTo[:-4] + '.gif'
fadedstdir = fadesrcdir
if avg > 1:
# parallelize the averaging because it's the slowest operation
# each job will be five frames
q = jobqueue.JobQueue()
i = 0
while i < frames:
frames_this_job = min(5, frames - i)
ifiles = [ ]
ofiles = [ ]
for j in range(frames_this_job):
P = start + (i + j) * incr
for k in range(avg):
ifiles.append(jpgfmt % (P + k))
ofile = avgfmt % P
averages.append(ofile)
ofiles.append(ofile)
job = MotionBlurJob(srcdir, dstdir, ifiles, ofiles)
q.append(job)
i += frames_this_job
if fadeTo is not None:
i = 0
while i < frames:
frames_this_job = min(5, frames - i)
ifiles = [ ]
ofiles = [ ]
for j in range(frames_this_job):
P = start + (i + j) * incr
for k in range(avg):
ifiles.append(fadeTo % (P + k))
ofile = avgfadefmt % P
averages2.append(ofile)
ofiles.append(ofile)
job = MotionBlurJob(fadesrcdir, fadedstdir, ifiles, ofiles)
q.append(job)
i += frames_this_job
q.start()
q.wait()
else:
averages = map(lambda i: jpgfmt % (start + i * incr),
range(frames))
if fadeTo is not None:
averages2 = map(lambda i: fadeTo % (start + i * incr),
range(frames))
for i in range(frames):
fnum = start + incr * i
yuv = (self.yuv_format() % self.frame) + '.yuv'
jobqueue.do('convert %s %s %s' %
(os.path.join(dstdir, averages[i]),
clipped.exactGeometry(), tmpimage))
# tmpimage is now in clipped dimensions
if fadeTo is not None:
jobqueue.do('convert %s %s %s' %
(os.path.join(fadedstdir, averages2[i]),
clipped.exactGeometry(), tmpimage2))
# perform a cross-fade
inputs = ''
for j in range(frames):
if j < i:
inputs += ' ' + tmpimage2
else:
inputs += ' ' + tmpimage
jobqueue.do('convert -average %s %s' % (inputs, tmpimage))
if titleImage is not None:
jobqueue.do('convert %s -average lightblue.jpg lightblue.jpg lightblue.jpg %s %s' %
(clipped.exactGeometry(), tmpimage, tmpimage))
jobqueue.do('composite %s %s %s %s' % (titleImage,
clipped.exactGeometry(),
tmpimage, tmpimage))
elif textlist is not None:
texts = textlist(i)
cmd = 'convert ' + tmpimage + ' -font Courier-Bold -pointsize 30 '
for j in range(len(texts)):
cmd += ' -annotate +10+%d "%s"' % (30 * (j + 1), texts[j])
cmd += ' ' + tmpimage
jobqueue.do(cmd)
jobqueue.do('convert %s %s %s %s' % (tmpimage, border.border(),
video.exactGeometry(), yuv))
self.frame += 1
return start + incr * frames
def simpleSequence(self, drawOne, frames, step=1, repeat_final_frame=1):
if framelimit is not None: frames = min(frames, framelimit)
frames = int(frames)
step = int(step)
repeat_final_frame = int(repeat_final_frame)
for i in range(0, frames+1, step):
yuv = self.yuv_name()
self.frame += 1
t = 1.0 * i / frames
drawOne(t, yuv)
for i in range(repeat_final_frame - 1):
import shutil
shutil.copy(yuv, self.yuv_name())
self.frame += 1
def encode(self):
parfil = mpeg_dir + "/foo.par"
outf = open(parfil, "w")
outf.write(params % {'sourcefileformat': self.yuv_format(),
'frames': len(self),
'height': video.height,
'width': video.width,
'bitrate': bitrate})
outf.close()
# encoding is an inexpensive operation, do it even if not for real
jobqueue.do('mpeg2encode %s/foo.par %s/foo.mpeg' % (mpeg_dir, mpeg_dir))
jobqueue.do('rm -f %s/foo.mp4' % mpeg_dir)
jobqueue.do('ffmpeg -i %s/foo.mpeg -sameq %s/foo.mp4' % (mpeg_dir, mpeg_dir))
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/animations/animate.py |
# Copyright 2004-2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""\
jobqueue.py
$Id$
Python code for parallelizing various kinds of jobs on a cluster of
Linux/Unix/Mac machines. Initially being used for raytracing jobs, but
should be useful for other things, perhaps parallel simulations some
day.
"""
import os, sys, types, threading, time, string
worker_list = [ 'localhost' ]
DEBUG = 0
if os.environ.has_key("DEBUG"):
DEBUG = string.atoi(os.environ["DEBUG"])
all_workers_stop = False
def do(cmd):
print cmd
if os.system(cmd) != 0:
raise Exception(cmd)
class Worker(threading.Thread):
def __init__(self, jobqueue, machine, workdir):
threading.Thread.__init__(self)
self.machine = machine
self.jobqueue = jobqueue
self.workdir = workdir
if machine in ('localhost', '127.0.0.1'):
self.do = do
self.get = self._local_get
self.put = self._local_put
else:
self.do = self._remote_do
self.get = self._remote_get
self.put = self._remote_put
def _remote_do(self, cmd):
do('ssh ' + self.machine + ' ' + cmd)
def _local_put(self, filelist, srcdir):
# Transfer files from host to worker, NON DESTRUCTIVELY
do('for x in %s; do cp %s/$x %s; done' %
(" ".join(filelist), srcdir, self.workdir))
def _local_get(self, filelist, dstdir):
# Transfer files from host to worker
do('for x in %s; do mv %s/$x %s; done' %
(" ".join(filelist), self.workdir, dstdir))
def _remote_put(self, filelist, srcdir):
# Transfer files from host to worker
do('(cd %s; tar cf - %s) | gzip | ssh %s "(cd %s; gunzip | tar xf -)"' %
(srcdir, " ".join(filelist), self.machine, self.workdir))
def _remote_get(self, filelist, dstdir):
# Transfer files from host to worker
do('ssh %s "(cd %s; tar cf - %s)" | gzip | (cd %s; gunzip | tar xf -)' %
(self.machine, self.workdir, " ".join(filelist), dstdir))
# Each worker grabs a new jobs as soon as he finishes the previous
# one. This allows mixing of slower and faster worker machines;
# each works at capacity.
def run(self):
global all_workers_stop
self.do('mkdir -p ' + self.workdir)
while not all_workers_stop:
job = self.jobqueue.get()
if job is None:
return
try:
job.go(self)
self.do('rm -rf ' + self.workdir)
self.do('mkdir -p ' + self.workdir)
except:
all_workers_stop = True
raise
_which_job = 0
class Job:
def __init__(self, srcdir, dstdir, inputfiles, outputfiles):
global _which_job
self.index = index = _which_job
_which_job += 1
self.srcdir = srcdir
self.dstdir = dstdir
self.inputfiles = inputfiles
self.outputfiles = outputfiles
def shellScript(self):
raise Exception, 'overload me'
def preJob(self, worker):
pass
def postJob(self, worker):
pass
def go(self, worker):
self.preJob(worker)
scriptname = 'job_%08d.sh' % self.index
longname = os.path.join(self.srcdir, scriptname)
script = ("(cd " + worker.workdir + "\n" +
(self.shellScript()) + ")\n")
if DEBUG >= 1:
print worker.machine + ' <<<\n' + script + '>>>'
outf = open(longname, 'w')
outf.write(script)
outf.close()
os.system('chmod +x ' + longname)
worker.put(self.inputfiles + [ scriptname ], self.srcdir)
worker.do(os.path.join(worker.workdir, scriptname))
worker.get(self.outputfiles, self.dstdir)
self.postJob(worker)
class JobQueue:
def __init__(self, _worker_list=None):
if _worker_list is None:
_worker_list = worker_list
self.worker_pool = worker_pool = [ ]
self.jobqueue = [ ]
self._lock = threading.Lock()
for macdir in _worker_list:
try:
machine, workdir = macdir
except:
machine = macdir
assert type(machine) is types.StringType
workdir = '/tmp/jobqueue'
worker = Worker(self, machine, workdir)
worker_pool.append(worker)
def append(self, job):
self._lock.acquire() # thread safety
self.jobqueue.append(job)
self._lock.release()
def get(self):
self._lock.acquire() # thread safety
try:
r = self.jobqueue.pop(0)
except IndexError:
r = None
self._lock.release()
return r
def start(self):
for worker in self.worker_pool:
worker.start()
def wait(self):
busy_workers = self.worker_pool[:]
while True:
busy_workers = filter(lambda x: x.isAlive(),
busy_workers)
if len(busy_workers) == 0:
break
if all_workers_stop:
raise Exception('somebody stopped')
time.sleep(0.5)
def runjobs(mydir, infiles, outfiles, script):
"""Here is a simple usage, if each job takes one input file and
produces one output file, and if we use the same directory for
srcdir and dstdir.
"""
q = JobQueue(worker_list)
for ifile, ofile in map(None, infiles, outfiles):
class MyJob(Job):
def shellScript(self, script=script, ifile=ifile, ofile=ofile):
return script % { 'ifile': ifile,
'ofile': ofile }
q.append(MyJob(mydir, mydir, [ifile], [ofile]))
q.start()
q.wait()
# ============================================================
if __name__ == "__main__":
worker_list = [ 'localhost' ] # , 'server', 'mac', 'laptop' ]
mydir = '/tmp/tryit'
os.system('rm -rf ' + mydir)
os.system('mkdir -p ' + mydir)
N = 20
inputfiles = [ ]
outputfiles = [ ]
for i in range(N):
ifile = 'input%03d' % i
ofile = 'output%03d' % i
inputfiles.append(ifile)
outputfiles.append(ofile)
outf = open(os.path.join(mydir, ifile), 'w')
outf.write('hello\n')
outf.close()
runjobs(mydir, inputfiles, outputfiles,
"""sleep 20
if [ -f %(ifile)s ]; then
cp %(ifile)s %(ofile)s
else
echo BAD > %(ofile)s
fi
""")
# verify correct outputs, and clean up
for ofile in outputfiles:
assert open(os.path.join(mydir, ofile)).read() == 'hello\n'
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/animations/jobqueue.py |
#!/usr/bin/python
# Copyright 2006-2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
import os
# Make up a DVD that tests the borders on a television, to find out
# how big the borders need to be. Start with a black field and a white
# horizontal rectangle, and a text display of the number of border
# pixels as the white rectangle grows horizontally. Then do a vertical
# rectangle. The whole thing should be a ten-second animation maybe.
# Start with black.jpg, a 600x450 black image.
# The outcome of this test, with my television and my DVD player, is
# that a 600x450 graphic should have a border that shrinks it to
# 520x420 in order to keep things visible.
def do(cmd):
print cmd
if os.system(cmd) != 0:
raise Exception
def fillHorizontal(border, filename):
left = border / 2
right = 600 - left
cmd = 'convert'
cmd += ' -fill white'
cmd += ' -draw "rectangle %d,250 %d,350"' % (left, right)
cmd += (' -font courier -pointsize 24 -draw' +
' "text 200, 110 \'Border test\'"')
cmd += (' -font courier -pointsize 24 -draw' +
' "text 200, 150 \'%d/600 pixels\'"'
% (right - left))
cmd += ' black.jpg ' + filename
do(cmd)
def fillVertical(border, filename):
top = border / 2
bottom = 450 - top
cmd = 'convert'
cmd += ' -fill white'
cmd += ' -draw "rectangle 350,%d 450,%d"' % (top, bottom)
cmd += (' -font courier -pointsize 24 -draw' +
' "rotate 90 text 130, -200 \'%d/450 pixels\'"'
% (bottom - top))
cmd += ' black.jpg ' + filename
do(cmd)
yuv_num = 0
def oneSecond(func, param, yuvname):
global yuv_num
func(param, yuvname)
for j in range(1, 30):
do('cp %s %s' % (yuvname, 'foo.%06d.yuv' % yuv_num))
yuv_num += 1
for i in range(0, 100, 10):
yuvname = 'foo.%06d.yuv' % yuv_num
yuv_num += 1
oneSecond(fillHorizontal, i, yuvname)
for i in range(0, 100, 10):
yuvname = 'foo.%06d.yuv' % yuv_num
yuv_num += 1
oneSecond(fillVertical, i, yuvname)
do('mpeg2encode foo.par foo.mpeg')
do('rm -f foo.00*.yuv')
do('ffmpeg -i foo.mpeg -sameq foo.mp4')
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/animations/borders.py |
#!/usr/bin/python
# Copyright 2006-2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
import os, sys, animate, string, jobqueue
jobqueue.worker_list = [
('localhost', '/tmp/mpeg'),
('server', '/tmp/mpeg'),
# ('laptop', '/tmp/mpeg'),
# ('mac', '/Users/wware/tmp')
]
rendering = False
# Comment out stuff that's already done
for arg in sys.argv[1:]:
if arg.startswith('debug='):
jobqueue.DEBUG = string.atoi(arg[6:])
elif arg == 'ugly':
animate.povray_pretty = False
animate.setScale(0.25)
elif arg == 'clean':
dirs = ('slowjpeg', 'slow_cpk_jpeg', 'fastjpeg', 'fast_cpk_jpeg')
for d in dirs:
jobqueue.do('rm -rf ' + os.path.join(animate.mpeg_dir, d))
jobqueue.do('mkdir -p ' + os.path.join(animate.mpeg_dir, d))
elif arg == 'rendering':
rendering = True
elif arg.startswith('framelimit='):
animate.framelimit = string.atoi(arg[11:])
#################################
struct_name = 'wwrot'
# struct_name = 'simp'
animate.remove_old_yuvs()
m = animate.MpegSequence()
if rendering:
print 'RENDERING...'
# First step, generate all the subframes we'll need
m.rawSubframes(os.path.join(animate.mpeg_dir, 'fastpov'),
os.path.join(animate.mpeg_dir, 'fastjpeg'),
struct_name + '.%06d.pov',
2160+1)
m.rawSubframes(os.path.join(animate.mpeg_dir, 'fast_cpk_pov'),
os.path.join(animate.mpeg_dir, 'fast_cpk_jpeg'),
struct_name + '.%06d.pov',
2160+1)
n = 8120
m.rawSubframes(os.path.join(animate.mpeg_dir, 'slowpov'),
os.path.join(animate.mpeg_dir, 'slowjpeg'),
struct_name + '.%06d.pov',
n+1,
povray_res=(832, 594))
m.rawSubframes(os.path.join(animate.mpeg_dir, 'slow_cpk_pov'),
os.path.join(animate.mpeg_dir, 'slow_cpk_jpeg'),
struct_name + '.%06d.pov',
n+1,
povray_res=(832, 594))
raise SystemExit
def drawOneFrame(t, filename):
def move(t, start, finish):
return start + t * (finish - start)
# t varies from 0.0 to 1.0 over the course of the sequence
preamble_xpos = 80
preamble_ypos = move(t, -90, 180)
nanorex_xpos = 50
nanorex_ypos = move(t, 460, 140)
cmd = (('composite -geometry +%d+%d ' % (nanorex_xpos, nanorex_ypos)) +
'Nanorex_logos/nanorex_logo_text_outline_medium.png black.jpg /tmp/foo.jpg')
jobqueue.do(cmd)
# Fonts are in /usr/lib/openoffice/share/psprint/fontmetric/
preamble = "Presented by"
cmd = ('convert -fill white -font Helvetica-Bold -pointsize 48 -draw' +
' "text %d,%d \'%s\'" /tmp/foo.jpg %s' %
(preamble_xpos, preamble_ypos, preamble, filename))
jobqueue.do(cmd)
####################################################################
if False:
# EXPERIMENT
m.textBottom(os.path.join(animate.mpeg_dir,
'slow_cpk_jpeg/' + struct_name + '.%06d.jpg'),
start=0, incr=10, frames=8*m.SECOND, avg=10,
divider=250, rgb=(153,206,240),
titleImage='Titles_22_Sep_2006/5SmallBearingPages-17.gif')
m.encode()
sys.exit(0)
####################################################################
"""
Motion blur works by averaging some number of subframes to get each
frame. Frames are presented at 30 frames per real second, the NTSC
standard for video."fs" is femtoseconds.
Segments at 6 ps per second: frame is 200 fs, subframe is 20 fs,
average 10 at a time.
Segments at 0.6 ps per second: frame is 20 fs, subframe is 5 fs,
average 4 at a time.
Segments at 0.15 ps per second: frame is 5 fs, averaging 1, subframe
also 5 fs.
I'll need 162 picoseconds of slow simulation using 20 fs subframes, or
8100 subframes.
I'll need 10.8 picoseconds of fast simulation using 5 fs subframes, or
2160 subframes.
"""
# Textlists are interpreted in the motionBlur method in animate.py. The argument
# to the textlist_xxx function is a subframe index
def textlist_6ps(framenumber):
# 200 fs is 200.0e-6 nanoseconds
# motor rotations are once per 0.2 nanoseconds
nsecs = framenumber * 200.0e-6
return [
'%.3f nanoseconds' % nsecs,
'%.3f rotations' % (nsecs / 0.2)
]
def textlist_0_6ps(framenumber):
nsecs = framenumber * 20.0e-6
return [
'%.3f nanoseconds' % nsecs,
'%.3f rotations' % (nsecs / 0.2)
]
def textlist_0_15ps(framenumber):
nsecs = framenumber * 5.0e-6
return [
'%.3f nanoseconds' % nsecs,
'%.3f rotations' % (nsecs / 0.2)
]
FAST_CPK = os.path.join(animate.mpeg_dir, 'fast_cpk_jpeg/' + struct_name + '.%06d.jpg')
SLOW_CPK = os.path.join(animate.mpeg_dir, 'slow_cpk_jpeg/' + struct_name + '.%06d.jpg')
FAST_TUBES = os.path.join(animate.mpeg_dir, 'fastjpeg/' + struct_name + '.%06d.jpg')
SLOW_TUBES = os.path.join(animate.mpeg_dir, 'slowjpeg/' + struct_name + '.%06d.jpg')
def slow_cpk_with_title(titleImage, real_seconds, start=0, avg=10):
# Background animation with title, 6 ps/s blurred CPK
# Use "avg=1" to make it jumpy
return m.motionBlur(SLOW_CPK,
start=start, incr=10, frames=real_seconds*m.SECOND, avg=avg,
titleImage=titleImage)
def slow_cpk(real_seconds, start=0, avg=10):
# Background animation with title, 6 ps/s blurred CPK
# Use "avg=1" to make it jumpy
return m.motionBlur(SLOW_CPK,
start=start, incr=10, frames=real_seconds*m.SECOND, avg=avg,
textlist=textlist_6ps)
def slow_tubes_with_title(titleImage, real_seconds, start=0, avg=10):
# Background animation with title, 6 ps/s blurred, tubes
# Use "avg=1" to make it jumpy
return m.motionBlur(SLOW_TUBES,
start=start, incr=10, frames=real_seconds*m.SECOND, avg=avg,
titleImage=titleImage)
def slow_tubes_with_low_title(titleImage, real_seconds, start=0, avg=10, divider=300):
# Like slow_tubes_with_title, but we only apply light-blue averaging to a
# rectangular portion of the image lying along the bottom edge, with the upper
# edge of the averaged image defined by "divider".
return m.textBottom(SLOW_TUBES,
start=start, incr=10, frames=real_seconds*m.SECOND, avg=avg,
divider=divider, rgb=(153,206,240),
titleImage=titleImage)
def slow_tubes(real_seconds, start=0, avg=10):
# Background animation with title, 6 ps/s blurred, tubes
# Use "avg=1" to make it jumpy
return m.motionBlur(SLOW_TUBES,
start=start, incr=10, frames=real_seconds*m.SECOND, avg=avg,
textlist=textlist_6ps)
def medium_tubes_with_title(titleImage, real_seconds, start=0):
# Background animation with title, 0.6 ps/s blurred, tubes
return m.motionBlur(FAST_TUBES,
start=start, incr=4, frames=real_seconds*m.SECOND, avg=4,
titleImage=titleImage)
def medium_tubes(real_seconds, start=0):
# Background animation with title, 0.6 ps/s blurred, tubes
return m.motionBlur(FAST_TUBES,
start=start, incr=4, frames=real_seconds*m.SECOND, avg=4,
textlist=textlist_0_6ps)
def medium_cpk_with_title(titleImage, real_seconds, start=0):
# Background animation with title, 0.6 ps/s blurred, cpk
return m.motionBlur(FAST_CPK,
start=start, incr=4, frames=real_seconds*m.SECOND, avg=4,
titleImage=titleImage)
def medium_cpk(real_seconds, start=0):
# Background animation with title, 0.6 ps/s blurred, cpk
return m.motionBlur(FAST_CPK,
start=start, incr=4, frames=real_seconds*m.SECOND, avg=4,
textlist=textlist_0_6ps)
def fast_tubes_with_title(titleImage, real_seconds, start=0):
# Background animation with title, 0.15 ps/s blurred, tubes
return m.motionBlur(FAST_TUBES,
start=start, incr=1, frames=real_seconds*m.SECOND, avg=1,
titleImage=titleImage)
def fast_tubes(real_seconds, start=0):
# Background animation with title, 0.15 ps/s blurred, tubes
return m.motionBlur(FAST_TUBES,
start=start, incr=1, frames=real_seconds*m.SECOND, avg=1,
textlist=textlist_0_15ps)
def fast_cpk_with_title(titleImage, real_seconds, start=0):
# Background animation with title, 0.15 ps/s blurred, cpk
return m.motionBlur(FAST_CPK,
start=start, incr=1, frames=real_seconds*m.SECOND, avg=1,
titleImage=titleImage)
def fast_cpk(real_seconds, start=0):
# Background animation with title, 0.15 ps/s blurred, cpk
return m.motionBlur(FAST_CPK,
start=start, incr=1, frames=real_seconds*m.SECOND, avg=1,
textlist=textlist_0_15ps)
def cross_fade(real_seconds, from_filespec, to_filespec, start=0, avg=10, textlist=textlist_6ps):
# We only do cross-fades at 0.6 and 6 ps/sec
return m.motionBlur(from_filespec,
start=start, incr=avg, frames=real_seconds*m.SECOND,
avg=avg, textlist=textlist, fadeTo=to_filespec)
if False:
# EXPERIMENT
z = 0
# divider=365 looks perfect
z = slow_tubes_with_low_title('Titles_22_Sep_2006/7SmallBearingPages-17.gif',
5, start=z, avg=1, divider=365)
z = slow_tubes_with_low_title('Titles_22_Sep_2006/8SmallBearingPages-17.gif',
5, start=z, avg=1, divider=365)
m.encode()
sys.exit(0)
####################################################################
# Start with the Nanorex logo sequence
m.simpleSequence(drawOneFrame, 0.5*m.SECOND, step=1, repeat_final_frame=1.5*m.SECOND)
####################################################################
# Medium simulation: 23 real seconds, 13.8 simulated psecs, 690 frames, 2760 subframes at 5 fs each
# I don't have enough frames! Restart the animation on the second title page (start=0, not z)
# Medium simulation: 8 real seconds, 4.8 simulated psecs, 240 frames, 960 subframes at 5 fs each
z = medium_cpk_with_title('Titles_22_Sep_2006/1SmallBearingPages-17.gif', 8, start=0)
# Medium simulation: 13 real seconds, 9.0 simulated psecs, 450 frames, 1800 subframes at 5 fs each
z = medium_cpk_with_title('Titles_22_Sep_2006/2SmallBearingPages-17.gif', 15, start=0)
####################################################################
# Medium animation: 10.5 real seconds, 6.3 sim psecs, 315 frames, 1260 subframes at 5 fs each
z = medium_cpk(5, start=0)
z = cross_fade(0.5, FAST_CPK, FAST_TUBES, start=z, avg=4, textlist=textlist_0_6ps)
z = medium_tubes(5, start=z)
####################################################################
# Fast simulation: 18 seconds, 10.8 sim psecs, 540 subframes
z = fast_tubes_with_title('Titles_22_Sep_2006/3SmallBearingPages-17.gif', 8, start=0)
z = fast_tubes(10, start=z)
####################################################################
# Medium simulation: 18 seconds, 10.8 sim psecs, 540 frames, 2160 subframes
z = medium_tubes_with_title('Titles_22_Sep_2006/4SmallBearingPages-17.gif', 8, start=0)
z = medium_tubes(10, start=z)
####################################################################
# Slow simulation: 18 real seconds, 5400 subframes, 108 psecs
z = slow_tubes_with_title('Titles_22_Sep_2006/5SmallBearingPages-17.gif', 8, start=0)
z = slow_tubes(10, start=z)
####################################################################
# Slow animation: 25 real seconds, 7500 subframes, 150 psecs
# Jumpy with explanation of jumpiness
# PARTIAL contrast-graying (textBottom) apply to 7Small... and 8Small...
z = slow_tubes_with_title('Titles_22_Sep_2006/6SmallBearingPages-17.gif', 15, start=0, avg=1)
z = slow_tubes_with_low_title('Titles_22_Sep_2006/7SmallBearingPages-17.gif', 5, start=z, avg=1, divider=365)
z = slow_tubes_with_low_title('Titles_22_Sep_2006/8SmallBearingPages-17.gif', 5, start=z, avg=1, divider=365)
####################################################################
# Slow simulation: 10.5 real seconds, 3150 subframes, 63 psecs
# Jumpy
z = slow_tubes(5, start=0, avg=1)
z = cross_fade(0.5, SLOW_TUBES, SLOW_CPK, start=z, avg=1)
z = slow_cpk(5, start=z, avg=1)
####################################################################
# Slow simulation: 27 real seconds, 8100 subframes, 162 psecs
z = slow_cpk_with_title('Titles_22_Sep_2006/9SmallBearingPages-17.gif', 12, start=0)
z = slow_cpk_with_title('Titles_22_Sep_2006/10SmallBearingPages-17.gif', 15, start=z)
m.encode()
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/animations/example.py |
#!/usr/bin/python
# Copyright 2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
import sys, os
WHERE = '/home/wware/tmp/mpeg'
JUST_CHECK_FOR_INPUTS = False
REALLY = False
def do(cmd):
print cmd
if REALLY: os.system(cmd)
for i in range(1, 9):
outdir = os.path.join(WHERE, "seq%d" % i)
do("rm -rf " + outdir)
do("mkdir " + outdir)
# For the moment, don't worry yet about the nsecs/rots stuff,
# that can be added later.
def testExists(f):
inf = open(f) # raises an IOError if it doesn't exist
#r = inf.read()
#assert len(r) > 10000
inf.close()
def average(outdir, srcdir, step, avg, seconds, startSrc=0, startResult=0):
outdir = os.path.join(WHERE, outdir)
for i in range(seconds * 30 + 1):
result = os.path.join(outdir, "frame.%06d.png" % (i + startResult))
if avg == 1:
if JUST_CHECK_FOR_INPUTS:
testExists(os.path.join(WHERE, srcdir,
"wwrot.%06d.png" % (step * i + startSrc)))
else:
do("cp " + os.path.join(WHERE, srcdir,
"wwrot.%06d.png" % (step * i + startSrc)) +
" " + result)
else:
sources = [ ]
for j in range(avg):
idx = step * i + j + startSrc
sources.append(os.path.join(WHERE, srcdir,
"wwrot.%06d.png" % idx))
if JUST_CHECK_FOR_INPUTS:
for f in sources:
testExists(f)
else:
do("convert -average " + " ".join(sources) + " " + result)
def crossFade(outdir, srcdir1, srcdir2, step, avg):
average(outdir, srcdir1, step, avg, 5)
# kill the last frame produced from that sequence
do("rm -f " + os.path.join(WHERE, outdir, "frame.000150.png"))
print "Doing the crossfade"
for index in range(15):
outputFrame = index + 150
result = os.path.join(WHERE, outdir, "frame.%06d.png" % outputFrame)
inputFrameStart = outputFrame * step
if avg == 1:
if JUST_CHECK_FOR_INPUTS:
testExists(os.path.join(WHERE, srcdir1,
"wwrot.%06d.png" % inputFrameStart))
testExists(os.path.join(WHERE, srcdir2,
"wwrot.%06d.png" % inputFrameStart))
else:
# Every cross-fade is a half-second, or 15 frames, so average N frames from srcdir1
# with (15-N) frames from srcdir2
cmd = "convert -average"
inframe1 = os.path.join(WHERE, srcdir1,
"wwrot.%06d.png" % inputFrameStart)
inframe2 = os.path.join(WHERE, srcdir2,
"wwrot.%06d.png" % inputFrameStart)
else:
sources1 = [ ]
for j in range(avg):
idx = inputFrameStart + j
sources1.append(os.path.join(WHERE, srcdir1,
"wwrot.%06d.png" % idx))
sources2 = [ ]
for j in range(avg):
idx = inputFrameStart + j
sources2.append(os.path.join(WHERE, srcdir2,
"wwrot.%06d.png" % idx))
if JUST_CHECK_FOR_INPUTS:
for f in sources1 + sources2:
testExists(f)
else:
do("convert -average " + " ".join(sources1) + " /tmp/blurred1.png")
do("convert -average " + " ".join(sources2) + " /tmp/blurred2.png")
inframe1 = "/tmp/blurred1.png"
inframe2 = "/tmp/blurred2.png"
if not JUST_CHECK_FOR_INPUTS:
sources = ((15 - index) * [inframe1,]) + (index * [inframe2,])
do("convert -average " + " ".join(sources) + " " + result)
# after cross fade, start at frame 5.5*30 = 165
average(outdir, srcdir2, step, avg, 5, 165 * step, 165)
pass
###################################################
# (1) Titles 1 & 2: Medium speed, CPK, 18 seconds
average("seq1", "fast_cpk_png", 4, 4, 18)
# (2) Cross fade: 5 secs medium CPK, half-second fade, 5 secs medium B+S
crossFade("seq2", "fast_cpk_png", "fastpng", 4, 4)
# (3) Title 3: 18 seconds fast B+S (8 secs with title, 10 secs without)
average("seq3", "fastpng", 1, 1, 18)
# (4) Title 4: 18 seconds medium B+S (8 secs with title, 10 secs without)
average("seq4", "fastpng", 4, 4, 18)
# (5) Title 5: 18 seconds fast B+S (8 secs with title, 10 secs without)
average("seq5", "slowpng", 10, 10, 18)
# (6) Titles 6 - 8: 25 seconds, fast jumpy B+S
average("seq6", "slowpng", 10, 1, 25)
# (7) Cross fade: 5 secs slow jumpy B+S, half-second fade, 5 secs slow jumpy CPK
crossFade("seq2", "slowpng", "slow_cpk_png", 10, 1)
# (8) Titles 9 & 10: 27 secs slow CPK (not jumpy)
average("seq8", "slow_cpk_png", 10, 10, 27)
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/animations/foo.py |
#!/usr/bin/python
# Copyright 2006-2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
from animate import *
from jobqueue import *
preamble = "Presented by"
def drawOneFrame(t, filename):
def move(t, start, finish):
return start + t * (finish - start)
# t varies from 0.0 to 1.0 over the course of the sequence
preamble_xpos = 80
preamble_ypos = move(t, -90, 180)
nanorex_xpos = 50
nanorex_ypos = move(t, 460, 140)
cmd = (('composite -geometry +%d+%d ' % (nanorex_xpos, nanorex_ypos)) +
'Nanorex_logos/nanorex_logo_text_outline_medium.png black.jpg /tmp/foo.jpg')
do(cmd)
# Fonts are in /usr/lib/openoffice/share/psprint/fontmetric/
cmd = ('convert -fill white -font Helvetica-Bold -pointsize 48 -draw' +
' "text %d,%d \'%s\'" /tmp/foo.jpg %s' %
(preamble_xpos, preamble_ypos, preamble, filename))
do(cmd)
m = MpegSequence()
m.simpleSequence(drawOneFrame, 0.5*m.SECOND, step=1, repeat_final_frame=1.5*m.SECOND)
m.encode()
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/animations/presented_by.py |
#!/usr/bin/python
# Copyright 2006-2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""This class should represent an MMP file as an abstract data object.
We can read it in from a conventional *.mmp text file, and if we wish,
write it out in some kind of XML format.
XML has many flaws, but it's got some big benefits. It's popular and
there are parsers and generators in every language. XML files are
unambiguous; once you have a DTD or schema their validity is never in
question. We might be smart to define a DTD or schema for the XML
version of the MMP file, and keep it under CVS control.
"""
import types
DEBUG = False
RecordTypes = ( )
class Mismatch(Exception):
pass
class Record:
def __init__(self):
self.children = [ ]
def __repr__(self, depth=0):
r = self.__class__.__name__
if hasattr(self, "name"):
r += " " + self.name
for c in self.children:
r += "\n" + ((depth + 1) * " ") + c.__repr__(depth+1)
return r
def matches(self, line, pattern):
if not line.startswith(pattern):
raise Mismatch, pattern + ":::" + line
return line[len(pattern):]
def processFirstLine(self, line):
pass
def read(self, lines, depth=0):
lines = self.readFirstLine(lines, depth)
if DEBUG:
print (depth * " ") + self.keyword
if hasattr(self, "bairns"):
return self.readRemainingLines(lines, depth)
else:
return lines
def readFirstLine(self, lines, depth):
#if DEBUG: print self, "FIRST LINE", lines[0][:-1]
if len(lines) < 1:
raise Mismatch, "no lines left"
firstline = lines[0]
firstline = self.matches(firstline,
self.keyword + " ")
self.processFirstLine(firstline)
return lines[1:]
def readRemainingLines(self, lines, depth):
while lines:
#if DEBUG: print self, "NEXT LINE", lines[0][:-1]
if hasattr(self, "endline"):
if lines[0].startswith(getattr(self, "endline")):
return lines[1:]
found = False
for rtype in self.bairns:
try:
newRecord = rtype()
lines = newRecord.read(lines, depth+1)
self.children.append(newRecord)
found = True
break
except Mismatch:
pass
if not found:
if depth == 0:
print "?", lines[0]
lines = lines[1:]
else:
return lines
class TemperatureRecord(Record):
keyword = "kelvin"
pass
class GroupRecord(Record):
keyword = "group"
def processFirstLine(self, line):
self.name = line.strip()
pass
class InformationRecord(Record):
keyword = "info"
pass
class CoordinateSystemRecord(Record):
keyword = "csys"
pass
class MoleculeRecord(Record):
keyword = "mol"
def processFirstLine(self, line):
self.name = line.strip()
pass
class AtomRecord(Record):
keyword = "atom"
pass
class Bond1Record(Record):
keyword = "bond1"
pass
class MmpFile(Record):
keyword = "mmpformat"
MmpFile.bairns = (TemperatureRecord,
GroupRecord)
MmpFile.endline = "end molecular machine part"
GroupRecord.bairns = (InformationRecord,
CoordinateSystemRecord,
MoleculeRecord)
GroupRecord.endline = "egroup"
MoleculeRecord.bairns = (AtomRecord,)
AtomRecord.bairns = (Bond1Record,)
examples = [
"../../../partlib/bearings/BigBearing.mmp",
"../../../partlib/bearings/BuckyBearing.mmp",
"../../../partlib/bearings/HCBearing.mmp",
"../../../partlib/bearings/SmallBearing.mmp",
"../../../partlib/bearings/ThrustBearing.mmp"
]
for e in examples:
print "#############"
print e
lines = open(e).readlines()
m = MmpFile()
m.read(lines)
print m
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/xml-mmp/MmpFile.py |
# -*- coding: utf_8 -*-
# This file was created using a text editor that displayed unicode
# characters using their native format. The characters in the
# shelfname string below are taking from a Korean newspaper.
# I have no idea what they mean.
shelfname = u"C:\\Documents and Settings\\배드민턴\\Nanorex"
print "ShelfName = %r" % shelfname.encode("utf_8")
print "ShelfName = " + shelfname.encode("utf_8")
print shelfname.encode("utf_8")
print "ShelfName = %s".encode("utf_8") % shelfname.encode("utf_8")
try:
shelfname = "C:\\Documents and Settings\\배드민턴\\Nanorex"
print "ShelfName = %s" % shelfname.encode("utf_8")
except:
pass
| NanoCAD-master | cad/src/experimental/language_test/language1.py |
#!/usr/bin/env python
# Copyright 2008 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""
Transform coordinates from one basis set to another.
The original purpose of this program is to transform standard DNA
coordinates, such as those used by the 3DNA program, into coefficients
for creating GROMACS virtual sites. It should be general enough to be
able to transform any 3D coordinate frame into another 3D frame.
You need to specify the translation of the origin from one frame to
the other, and the coordinates of the three basis vectors of one frame
in terms of the other.
For the DNA case, the vectors are all 2D, so we ignore Z.
The source frame is a rectalinear frame (basis vectors are
orthonormal). The origin sits on the central axis of the DNA duplex,
at the location which would be occupied by an Ax3 pseudo-atom.
Positive X points towards the Gv5 major groove pseudo atom. Positive
Y is orthogonal to X, in the plane of the two Ss5 pseudo atoms, and on
the side of the Ss5 pseudo atom which is closer to it's brother in the
neighboring base pair.
In the neighboring base pair, this frame would be rotated around Z
(based on the duplex twist), and rotated 180 degrees around X, so the
Z axes of the neighboring frames are anti-parallel.
The destination frame is neither orthogonal nor normalized. The
origin is at the Gv5 pseudo atom. The basis vectors will be called P
and Q. Each extends from the origin to one of the Ss5 pseudo atoms in
the same base pair. P in the negative Y direction, and Q in the
positive Y direction.
Q
\
\
y \
ox O
/
/
/
P
or, after translating the origins to be coincident:
Q
\ y
\ |
\|
O--x
/
/
/
P
"""
import sys
# Coordinates of the destination origin in the source frame
origin = [ 0.4996, 0.0, 0.0 ]
x_g = 0.75075
y_m = 0.53745
# Coordinates of the source vector (1,0,0) in the destination frame
e1 = [ -0.5/x_g, -0.5/x_g, 0.0 ]
# Coordinates of the source vector (0,1,0) in the destination frame
e2 = [ -0.5/y_m, 0.5/y_m, 0.0 ]
# Coordinates of the source vector (0,0,1) in the destination frame
e3 = [ 0.0, 0.0, 1.0 ]
while True:
line = sys.stdin.readline()
if (not line):
break
splitLine = line.split()
xi = float(splitLine[0])
yi = float(splitLine[1])
#zi = float(splitLine[2])
zi = 0
x = xi - origin[0]
y = yi - origin[1]
z = zi - origin[2]
p = x * e1[0] + y * e2[0] + z * e3[0]
q = x * e1[1] + y * e2[1] + z * e3[1]
r = x * e1[2] + y * e2[2] + z * e3[2]
#print "(%f %f %f) -> (%f %f %f) -> (%f %f %f)" % (xi, yi, zi, x, y, z, p, q, r)
print "(%f %f) -> (%f %f) -> (%f %f)" % (xi, yi, x, y, p, q)
| NanoCAD-master | cad/src/tools/ChangeOfBasis.py |
#!/usr/bin/env python
# Copyright 2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""
fixNewlines.py - standardize newlines in each input file, nondestructively
(by producing differently named output files). Also print details of
what kind of newlines were found.
@author: Bruce
@version: $Id$
@copyright: 2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
Usage: fixNewlines <filename>...
1. prints a table of counts of the different kinds of line-endings (\n, \r, etc)
OR SEQUENCES OF LINE-ENDINGS in the file. I.e. a unix blank line, \n\n, is treated as a
different kind of line-ending-sequence, so the program needs no knowledge or ability
to parse \r\n into one lineending but \n\r into two.
2. replaces \r with \n and makes a new file with a modified name.
"""
import sys, os
def process(pat, found):
n = found.get(pat,0)
found[pat] = n+1
pass
def printres(found):
items_to_sort = []
for pat, count in found.items():
items_to_sort += [(len(pat), pat, count),]
items_to_sort.sort()
for len1, pat, count in items_to_sort:
print "%d %s" % (count,pat)
if len(items_to_sort) == 0:
# nothing was printed above, so...
print("no \\n or \\r found in that file!")
pass
def dofile1(file):
found = {}
pat = ""
while 1:
char1 = file.read(1)
if len(char1) < 1:
break
if char1 == "\r":
pat += '\\r' # this is two chars, \ and r, so it prints like \r
elif char1 == "\n":
pat += '\\n'
else:
if pat:
process(pat,found)
pat = ""
if pat:
process(pat,found)
printres(found)
def dofile2(file, fileoutname, bakname = None, fileinname = None):
"""
turn any kind of newline (incl \r\n) into \n,
and if there were any changes,
write modified file to new file
"""
output = ""
char1 = ""
fixed = 0
while 1:
if output and (len(output) % 100000 == 0):
print "did %d so far" % len(output)
char0 = char1
char1 = file.read(1)
# Note: this seems to be fast enough -- it must be more buffered
# than it looks. But the accumulation of output by string concat
# is quadratic time (I guess), so for 10^5 chars it took a minute
# or so. (It does this even if dofile1 found no \rs -- we should
# fix that too.)
if len(char1) < 1:
break
if char1 == "\r": # might be lone \r or start of \r\n
output += '\n' # either way, we have a newline here, and we're changing the file
fixed = 1
elif char1 == "\n":
if char0 != '\r':
output += char1 # lone \n
else:
fixed = 1 # \n after \r; skip it, thus output differs from file here
else:
output += char1 # most chars get included unchanged
# (it doesn't matter whether the last char in the file was \r or not)
if (fixed):
print("writing to \"%s\"\n" % fileoutname)
fileout = open(fileoutname, 'wb')
fileout.write(output)
fileout.close()
if (bakname):
print("moving that over original file \"%s\", backed up into \"%s\"\n" % (fileinname,bakname))
# caller still has it open for reading, but that should not matter provided it immediately closes it
os.rename(fileinname, bakname)
os.rename(fileoutname, fileinname)
else:
print("not writing to \"%s\"\n" % fileoutname)
pass
table_header_line = "count newline-sequence-type\n----- ----------" # only for dofile1()
# following code calls dofile1 and dofile2 on named files
def do_filename(filename):
print('\nfile: "%s"' % filename)
print(table_header_line)
try:
file = open(filename, 'rb')
dofile1(file)
file.close()
except:
print "exception while doing1 that file:", \
sys.exc_info()[0], sys.exc_info()[1]
sys.stdout.flush()
try:
file = open(filename, 'rb')
dofile2(file, filename + "-fixed", bakname = filename + "-badnls", fileinname = filename)
file.close()
except:
print "exception while doing2 that file:", \
sys.exc_info()[0], sys.exc_info()[1]
sys.stdout.flush()
pass
##def do_stdin():
## print("\nsys.stdin:")
## try:
## file = sys.stdin
## dofile2(file, "stdin" + "-fixed")
## except:
## print "exception while doing2 sys.stdin:", \
## sys.exc_info()[0], sys.exc_info()[1]
## sys.stdout.flush()
## pass
if __name__ == "__main__":
filenames = sys.argv[1:]
program = os.path.basename(sys.argv[0])
if not filenames:
msg = "usage: %s <files> [no stdin reading supported for now]" % (program,)
print >> sys.stderr, msg
sys.exit(1)
for filename in filenames:
do_filename(filename)
pass
# end
| NanoCAD-master | cad/src/tools/fixNewlines.py |
#!/usr/bin/env python
# Copyright 2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""
FindPythonGlobals.py
This is a standalone program for static analysis of python source
files. For each file given as an argument, it writes a list of all
of the global symbols defined by the file, each accompanied by the
name of the file. The resulting list can be sorted and used to
locate a source file given a symbol name. Symbols which are defined
in multiple files can be identified as well.
The program relies on the internal python parser. As such, it must
be targeted to a specific version of python. The initial code was
written for the python2.5 parser. Even a small change to the python
grammar could change the way symbols in the parse tree need to be
handled. Turning on the verbose flag prints the complete parse tree
of the input file, which can be used to determine how to search the
tree for global definitions.
To find global symbols, the search routine looks at top level
statements, and inside of if, for, while, and try statements,
recursively. Within these contexts, it looks for def and class
statements (which it does not look inside of). It also looks for
expressions of the form "NAME = ...".
Note: this will not find globals defined in assignments with
multiple =, like "a = b = False". The global b would be missed
in this case.
@author: Eric Messick
@version: $Id$
@copyright: 2007 Nanorex, Inc.
@license: GPL
"""
import sys
import string
import parser
import symbol
import token
verbose = False
#verbose = True
"""Set to true to print entire parse tree."""
s_fileName = ""
"""File currently being parsed."""
traverseTheseTokens = [
symbol.encoding_decl,
symbol.file_input,
symbol.stmt,
symbol.simple_stmt,
symbol.small_stmt,
symbol.compound_stmt,
symbol.testlist,
symbol.test,
symbol.or_test,
symbol.and_test,
symbol.not_test,
symbol.comparison,
symbol.expr,
symbol.xor_expr,
symbol.and_expr,
symbol.shift_expr,
symbol.arith_expr,
symbol.term,
symbol.factor,
symbol.power,
]
"""
Parse tree nodes of these types should have their contents searched
when they are encountered. These are the intervening nodes that
show up between the top level node in the parse tree (file_input)
and the actual definition nodes that we're looking for. They
mostly describe components of expressions.
"""
suiteTokens = [
symbol.if_stmt,
symbol.for_stmt,
symbol.while_stmt,
symbol.try_stmt,
]
"""
Parse tree nodes which contain suite nodes, each of which we wish
to traverse. These are generally the introducers of compound
statements.
"""
def printToken(tok, level):
"""
Print the symbolic name for a token or symbol from a python
parse tree.
@param tok: token to be printed.
@type tok: integer, values defined in symbol or token modules
@param level: recursion depth, specified as a string of spaces.
@type level: string
"""
if (token.ISTERMINAL(tok)):
print level + token.tok_name[tok]
else:
print level + symbol.sym_name[tok]
def printParseTree(tree, level):
"""
Print the whole parse tree beneath the current node.
@param tree: the top level node being printed.
@type tree: list, first elements of which are integer tokens
@param level: recursion depth, specified as a string of spaces.
@type level: string
"""
printToken(tree[0], level)
for element in tree[1:]:
if (isinstance(element, list)):
printParseTree(element, level + ".")
else:
print level + repr(element)
# print level + "end"
def lookAt(tree):
"""
Visit a node in the parse tree looking for a global symbol
definition.
@param tree: the parse node being visited.
@type tree: list, first elements of which are integer tokens
"""
nodeType = tree[0]
if (verbose):
printToken(nodeType, "looking at: ")
# Look inside nodes of these types.
if (nodeType in traverseTheseTokens):
for element in tree[1:]:
lookAt(element)
# Look inside of assignment statements (name = ...).
elif (nodeType == symbol.expr_stmt):
if (len(tree) > 2):
if (tree[2][0] == token.EQUAL):
lookAt(tree[1])
# Look inside suites of statements within block introducers like
# if and while.
elif (nodeType in suiteTokens):
for outerElement in tree[1:]:
if (outerElement[0] == symbol.suite):
for suiteElement in outerElement[1:]:
if (suiteElement[0] == symbol.stmt):
lookAt(suiteElement)
# What we're actually looking for: def, class, and atoms.
elif (nodeType == symbol.funcdef):
functionName = tree[2]
print functionName[1] + ": " + s_fileName
elif (nodeType == symbol.classdef):
className = tree[2]
print className[1] + ": " + s_fileName
elif (nodeType == symbol.atom):
atomName = tree[1]
if (atomName[0] == token.NAME):
print atomName[1] + ": " + s_fileName
elif (verbose):
printToken(nodeType, "ignoring: ")
def parsePythonFile(filename):
"""
Read a python source file and print the global symbols defined
in it.
The named file is opened and read. Newlines are canonicalized.
The whole file is handed to the internal python parser, which
generates an Abstract Syntax Tree. This is converted into a
list form which is then scanned by lookAt() for global symbol
definitions.
@param filename: name of a python source file.
@type filename: string
"""
file = open(filename)
codeString = file.read()
codeString = string.replace(codeString, "\r\n", "\n")
codeString = string.replace(codeString, "\r", "\n")
if codeString and codeString[-1] != '\n' :
codeString = codeString + '\n'
# print "file: %s" % codeString
file.close()
try:
ast = parser.suite(codeString)
except SyntaxError:
return
parseTree = parser.ast2list(ast)
if (verbose):
printParseTree(parseTree, "")
lookAt(parseTree)
if (__name__ == '__main__'):
for s_fileName in sys.argv[1:]:
# print >>sys.stderr, "processing " + s_fileName
parsePythonFile(s_fileName)
| NanoCAD-master | cad/src/tools/FindPythonGlobals.py |
#!/usr/bin/env python
# Copyright 2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""
UpdateCopyright.py
This is a standalone python script intended to maintain the copyright
notices in all NE1 code. It's intended to be used before each release
in the following way:
First, make sure you have a clean copy of all source trees. That
means up to date with no local changes. The 'cvs update' command
should not report any modified files.
Next, run this script with the --check option. This will print lists
of files that meet certain criteria. In particular, you might want to
examine the files listed as containing other copyrights. These may
need to be verified, and perhaps updated manually. You can make any
necessary edits now or later.
Next, run the script with the --modify option. This will take some
time, as it runs a 'cvs log' command on each file to determine the
years in which it was modified. New copyright lines will be written
to the files, and the changes made will be printed as context diffs.
Examine the diffs to make sure the script has done the right thing.
Finally, commit the changes to CVS.
Other options available are:
--dry-run
Produces the diff output, but does not modify the original files.
--no-cvs
Speeds up the run by omitting the cvs log commands for each file.
Files are assumed to be modified in the current year only. Old
copyright dates are still merged into the new copyright strings, so
this option could be used once all copyrights have been generated by
a run without --no-cvs. Note, however, that this will add the
current year to a copyright line even if no checkins have occurred on
this file in the current year.
@copyright: 2007 Nanorex, Inc.
"""
import sys
import os
import os.path
import re
import time
# command line flags
OptionCheck = False
OptionModify = False
OptionDryRun = False
OptionNoCVS = False
pathsToExclude = [
"./src/reindent.py", # cad, public domain
]
# These files must not require special comment characters.
pathsToInclude = [
"./src/MergingParameterFiles", # sim
"./src/merge.parameters",
"./src/branch", # both
"./src/INSTALL", # cad
"./src/README-Pyrex",
"./src/README-cvs-branching",
]
directoriesToExclude = [
"/CVS",
"/bin", # in cad
# "/doc", # in cad ######################################################## temp
"/doc/old_doc", # in cad
"/licenses-common", # in cad
"/licenses-Linux", # in cad
"/licenses-Mac", # in cad
"/licenses-Windows", # in cad
"/src/tests", # in sim. including could impact test comparisons
"/src/parameters", # in sim. lots of strange files - do by hand
]
# List of filename extensions to process. Each extension is followed
# by the strings which should start and end any comment lines inserted
# into the file.
commentStringMapping = [
"sim-params.txt", "#", "",
".py", "#", "", # python source
".pyx", "#", "", # pyrex source
".desc", "#", "", # plugin parameter description
".htm", "<!--", "-->", # html
".html", "<!--", "-->", # html
".dwt", "<!--", "-->", # html
".c", "//", "", # c source
".cpp", "//", "", # c++ source
".h", "//", "", # c source
".sh", "#", "", # unix shell
".txt", "", "", # text
"BUGS", "", "",
"NOTES", "", "",
"README", "", "",
"Doxyfile", "#", "", # project description
"Makefile", "#", "",
"/makethemall", "#", "", # sh script
"/jbranch", "#", "", # sh script
"/rungms", "#", "", # sh script
"/runmac", "#", "", # sh script
]
# If we're printing a message for each file we DON'T process, then we
# don't want to print such a message for any of these files.
excludeQuietly = [
".bmp", # binary image
".db", # binary database
".doc", # binary word document
".gif", # binary image
".gz", # binary archive
".ico", # binary image
".inp", # gamess input file
".java",# java source file (original CoNTub source)
".jpg", # binary image
".js", # javascript -- generated by epydoc
".mmp", ###############
".moi", # ascii fragment of coordinates, no known comment structure
".o", # binary
".parms", # ascii sim parameters intermediate -- could probably use # comment
".pdb", # ascii atom format -- may have comment, not sure of format
".png", # binary image
".psp", # binary image -- paint shop pro
".pyc", # binary compiled python
".so", # binary shared library
".sxc", # binary -- sun xml calc
".ui", # generated xml file
".xls", # binary spreadsheet
".zip", # binary archive
".~", # cvs backup file
]
# Files which start with any of these strings should have a copyright
# inserted at the beginning, rather than after line 1 or 2.
badFirstLineStrings = [
'"""',
"'''",
"/*",
"#define",
"#if",
"#include",
"//",
"from",
"import",
"cdef",
]
# Extract year of modification from the output of "cvs log file".
cvsLogDateRegexp = re.compile(r'^date: (\d\d\d\d)-\d\d-\d\d')
# The date list regex embedded in the following regexes looks like
# this: dddd ( ,|- dddd )* a list of groups of up to four digits,
# separated by commas or dashes.
# This regex recognizes existing copyright lines, including an
# optional (c), which will be removed.
copyrightRegex = re.compile(r'Copyright\s+(?:\(c\))?\s*(\d{1,4}(\s*(\,|\-)\s*\d{1,4})*)\s+Nanorex\,\s+Inc\.')
# This regex recognizes the @copyright: epydoc field.
epydocCopyrightRegex = re.compile(r'^(.*\@copyright\:\s*)(\d{1,4}(\s*(\,|\-)\s*\d{1,4})*)(\s+Nanorex\,\s+Inc\..*)')
# This is used to extract parts of the above date range lists. Group
# 1 is the first date, group 2 is the separator, group 3 is the
# remainder. If there's no separator, then the whole string should
# just be the year.
dateRangeRegex = re.compile(r'(\d{1,4})\s*(\,|\-)\s*(.*)')
blankLineRegex = re.compile(r'^\s*$')
anyCopyrightRegex = re.compile(r'copyright', re.IGNORECASE)
def printExcluding(path):
for extension in excludeQuietly:
if (path.endswith(extension)):
return
FileSetExcluded.add(path)
def visitFilesRecursively(path, functionToApply):
extensionsToInclude = commentStringMapping[::3]
for (path, dirs, files) in os.walk(path):
skipDirectory = False
for excludeDir in directoriesToExclude:
if (path.endswith(excludeDir)):
skipDirectory = True
break
if (skipDirectory):
del dirs[:]
continue
for file in files:
# ignore hidden files, which start with .
if (file.startswith(".")):
continue
filename = "%s%s%s" % (path, os.sep, file)
exclude = False
for exclusion in pathsToExclude:
if (filename == exclusion):
printExcluding(filename)
exclude = True
break
if (exclude):
continue
exclude = True
for extension in extensionsToInclude:
if (filename.endswith(extension)):
functionToApply(filename)
exclude = False
break
if (exclude):
printExcluding(filename)
for filename in pathsToInclude:
if (os.path.exists(filename)):
FileSetExcluded.remove(filename)
functionToApply(filename)
# Returns a set of years in which modification to the given file were
# performed, according to the output of "cvs log path".
def determineModificationYears(path):
if (OptionNoCVS):
return set([ThisYear])
dir = os.path.dirname(path)
file = os.path.basename(path)
cvsCommand = "cvs log %s" % file
os.chdir(dir)
results = os.popen(cvsCommand)
os.chdir(WorkingDirectory)
# If the file has not been checked in, cvs will complain, and this
# routine will return an empty set. When yearSetToYearRanges is
# passed this empty set, it will add ThisYear, which should be
# correct.
years = set()
for line in results:
match = re.match(cvsLogDateRegexp, line)
if (match):
year = match.group(1)
years.add(year)
results.close()
return years
# helper function factored out of yearSetToYearRanges()
def appendDate(s, start, previous, current):
# We've seen a range of dates from start to previous, then a gap,
# followed by current (which will become start on the next call).
# If start == previous, there was only one date before the first
# gap, so we don't generate the range. If current == previous,
# the list ends with a range, so we don't generate the gap.
if (previous > start):
s = s + "-"
s = s + str(previous)
if (current > previous):
s = s + ", "
s = s + str(current)
return s
# Given a set of years, returns a string representing that set. Years
# in the result are sorted, ranges are indicated by "YYYY-ZZZZ", gaps
# between ranges are indicated by "YYYY, ZZZZ". Typical output might
# be "2001-2003, 2005, 2007".
def yearSetToYearRanges(yearSet):
yearList = list(yearSet)
yearList.sort()
if (len(yearList) == 0):
return ThisYear
result = yearList[0]
start = int(yearList[0])
previous = start
current = start
for i in range(1, len(yearList)):
current = int(yearList[i])
if (current == previous + 1):
previous = current
# keep accumulating more of this range
continue
result = appendDate(result, start, previous, current)
start = current
previous = current
result = appendDate(result, start, previous, current)
return result
def daterangeToSet(dateRange):
years = set()
lastSeparator = ','
lastYear = 2007
while (True):
match = re.search(dateRangeRegex, dateRange)
if (match):
nextYear = int(match.group(1))
nextSeparator = match.group(2)
remainder = match.group(3)
else:
nextYear = int(dateRange)
if (nextYear < 100):
if (nextYear > 50):
nextYear = nextYear + 1900
else:
nextYear = nextYear + 2000
if (lastSeparator == ','):
years.add(str(nextYear))
else:
for year in range(lastYear, nextYear):
years.add(str(year+1))
if (match):
lastYear = nextYear
lastSeparator = nextSeparator
dateRange = remainder
else:
return years
# Given a path name for a file, looks up the extension in
# commentStringMapping, and returns the beginning and end of line
# comment strings for that file type.
def getCommentStrings(path):
for i in range(0, len(commentStringMapping), 3):
if (path.endswith(commentStringMapping[i])):
return (commentStringMapping[i+1], commentStringMapping[i+2])
return ("", "")
def writeCopyrightLine(f, path, dateString):
(commentStart, commentEnd) = getCommentStrings(path)
f.write("%s Copyright %s Nanorex, Inc. See LICENSE file for details. %s\n" % (commentStart, dateString, commentEnd))
def processFile(path):
newFilename = path + ".new"
years = determineModificationYears(path)
finalDateRange = yearSetToYearRanges(years)
file = open(path, 'r')
line = file.readline()
if (not line):
# empty file
return
newFile = open(newFilename, 'w')
if (not re.search(copyrightRegex, line)):
firstLineOK = True
for bad in badFirstLineStrings:
if (line.startswith(bad)):
firstLineOK = False
break
if (firstLineOK):
newFile.write(line)
line = file.readline()
if (not re.search(copyrightRegex, line)):
if (re.search(blankLineRegex, line)):
newFile.write(line)
line = file.readline()
match = re.search(copyrightRegex, line)
if (match):
daterange = match.group(1)
years = years | daterangeToSet(daterange)
finalDateRange = yearSetToYearRanges(years)
writeCopyrightLine(newFile, path, finalDateRange)
else:
writeCopyrightLine(newFile, path, finalDateRange)
newFile.write(line)
line = file.readline()
while (line):
match = re.search(epydocCopyrightRegex, line)
if (match):
line = match.group(1) + finalDateRange + match.group(match.lastindex) + "\n"
newFile.write(line)
line = file.readline()
file.close()
newFile.close()
os.system("diff -c %s %s" % (path, newFilename))
if (OptionDryRun):
os.remove(newFilename)
else:
os.rename(newFilename, path)
def checkFile(path):
newFilename = path + ".new"
file = open(path, 'r')
line = file.readline()
if (not line):
FileSetEmpty.add(path)
return
if (not re.search(copyrightRegex, line)):
firstLineOK = True
for bad in badFirstLineStrings:
if (line.startswith(bad)):
firstLineOK = False
break
if (firstLineOK):
line = file.readline()
if (not re.search(copyrightRegex, line)):
if (re.search(blankLineRegex, line)):
line = file.readline()
match = re.search(copyrightRegex, line)
if (match):
FileSetHasInitialCopyright.add(path)
else:
FileSetNeedsInitialCopyright.add(path)
line = file.readline()
while (line):
match = re.search(epydocCopyrightRegex, line)
if (match):
FileSetHasEpydocCopyright.add(path)
else:
match = re.search(anyCopyrightRegex, line)
if (match):
FileSetHasOtherCopyright.add(path)
line = file.readline()
file.close()
def printFileSet(headerString, fileSet):
fileList = list(fileSet)
if (len(fileList) == 0):
return
fileList.sort()
print headerString
for file in fileList:
print " " + file + " \\"
print ""
if (__name__ == '__main__'):
ThisYear = time.strftime("%Y")
for i in range(1, len(sys.argv)):
if (sys.argv[i] == "--check"):
OptionCheck = True
elif (sys.argv[i] == "--modify"):
OptionModify = True
elif (sys.argv[i] == "--dry-run"):
OptionDryRun = True
elif (sys.argv[i] == "--no-cvs"):
OptionNoCVS = True
else:
print >>sys.stderr, "UpdateCopyright.py: unrecognized option: " + sys.argv[i]
sys.exit(1)
optionCount = 0
if (OptionCheck):
optionCount += 1
if (OptionModify):
optionCount += 1
if (OptionDryRun):
optionCount += 1
if (optionCount != 1):
print >>sys.stderr, "UpdateCopyright.py:"
print >>sys.stderr, " you must specify exactly one of:"
print >>sys.stderr, " --check, --modify, --dry-run"
sys.exit(1)
WorkingDirectory = os.getcwd()
FileSetExcluded = set()
if (OptionCheck):
FileSetEmpty = set()
FileSetHasInitialCopyright = set()
FileSetNeedsInitialCopyright = set()
FileSetHasEpydocCopyright = set()
FileSetHasOtherCopyright = set()
visitFilesRecursively(".", checkFile)
printFileSet("Excluded files:", FileSetExcluded)
printFileSet("Empty files:", FileSetEmpty)
printFileSet("Has initial copyright:", FileSetHasInitialCopyright)
printFileSet("Needs initial copyright:", FileSetNeedsInitialCopyright)
printFileSet("Has Epydoc copyright:", FileSetHasEpydocCopyright)
printFileSet("Has other copyright:", FileSetHasOtherCopyright)
if (OptionModify or OptionDryRun):
visitFilesRecursively(".", processFile)
| NanoCAD-master | cad/src/tools/UpdateCopyright.py |
# Copyright 2007-2008 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""
packageData.py -- data about modules and packages, for PackageDependency.py
@author: Eric M, Bruce
@version: $Id$
@copyright: 2007-2008 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
# NFRs for packageDependency.py: @@@
# unrecognized modules should be classified as alone in a package,
# so they are very visible in the graph
# and so the arcs you see help you classify them properly.
# classification can be "layer|topic", e.g. "model|GAMESS",
# with options to use either or both parts (before/after the '|') as part of the package name;
# if no "|" then assume it's just the layer;
# the layers are what we have now (ui, model, etc)
# but note that in the current table [bruce 071217 2pm] I've also used ui/whatever in the layer
# in an experimental way re finer layer divisions.
#
# layer = general type of code;
# topic = topic of feature re user point of view (ie "which plugin it would be part of")
#
# interaction with colors: just use the layer in the color table, i think.
# (at least do that if the whole thing, layer|topic, is not listed there;
# might fall back to topic for color lookup if necessary)
#
# interaction with good/bad arcs (packageLevel): ideally we have a separate table of levels
# for layer and topic, and each one is a partial order or specific DAG.
# But for now, numerical scheme only makes sense for layer, not for topic, so just use layer for this.
# lower priority: warnings based on the "disallowed" tables below
"""
# disallowed names
# NIM: warn or enforce the non-use of the following names (case-insensitively?)
# We don't list every possible disallowed name,
# just the ones that we might be tempted to use otherwise.
#
# Note: on Mac, python import seems to be case-sensitive even though you can't
# have two filesystem-directory entries differing only by case.
#
# If we can rely
# on this, we can change the rules which use the names below to permit a package
# named opengl, even though OpenGL is an extension module.
# Unfortunately, we'd still have
# to rule out a toplevel package named Build, since build is a reserved
# directory name -- import might not be confused, but the code which wants
# to locally create and use the "build" subdirectory would be.
# Package names we can't use at the top level:
disallowedToplevelPackageNames = {
"build" : "temporary directory for compiling some .pyx files", # can this be renamed? (see setup*.py or extensions.py)
"ui" : "name of subdirectory for icons/images", # should be renamed, but hard to do
"main" : "reserved for main.py",
}
# Package names we can't use at any level:
disallowedPackageNames = {
"globals" : "python built-in function",
"global" : "python keyword",
"CVS" : "name of CVS control directory",
"scratch" : "our convention for a scratch-file directory",
"outtakes" : "our convention for an outtakes directory",
"experimental" : "our convention for an experimental-code directory",
"sim" : "import sim is reserved for sim.so/dll, even if it's missing",
"OpenGL" : "extension module",
"Numeric" : "extension module",
"Image" : "extension module",
"math" : "Python library module",
}
# Module names we can't use at the top level:
disallowedToplevelModuleNames = {
}
# Module names we can't use at any level:
# NOTE: It turns out we also can't use any toplevel package name
# as a module name. [bruce 080202]
disallowedModuleNames = {
"globals" : "python built-in function",
"global" : "python keyword",
"sim" : "import sim is reserved for sim.so/dll, even if it's missing",
"OpenGL" : "extension module",
"Numeric" : "extension module",
"Image" : "extension module",
"math" : "Python library module",
}
# ===
# status of packageMapping as of 071210:
# virtual packages named below but not yet listed above:
# "?" - unclassified [maybe none at present]
# "operation" - tentative, for ops on model, could be model or controller
# "tools"
# names of existing Python packages (in theory all should appear above)
# - appearing above: exprs, PM, utilities, model
# - not yet appearing above: startup, dna_model, dna_updater, gui
# modules listed below but no longer output at toplevel by AllPyFiles.sh:
# assembly - now in model/
# whatsthis - now in gui/
# plans for specific classifications:
# ne1 package, for overall layout of ne1, as opposed some other app made from same pieces incl ui pieces
# (eg a small app for testing or script-running)
# simulation or analysis package, subdirs for GROMACS, GAMESS, ND-1(?), general? runsim too. some io code not separated.
# replaces some "operations" classifications; essentially a type of ops and io combined.
# levels: sim over ops over model, but we expect arcs in all directions in there, for now.
# update, 071217 2pm:
# the layer|topic is only used in a few entries; the others are "layer" with topic mentioned in the comment.
# look for @@@ to see a few things to review, and the place i got to in my overall scan.
# when done i need to review all at once the "simulation", *mode*, "ui", and *dialog entries.
packageColors = { # needs geometry, platform, and whatever new classifications we add below
"ui" : "#8050ff",
"PM" : "#8070ff",
"graphics" : "#80a0ff",
"geometry" : "#8040ff",
"model" : "#80ff50",
"foundation" : "#80ff70",
"exprs" : "#80ffa0",
"commands" : "#80ff20",
"io" : "#ffff80",
"utilities" : "#ffa080",
"platform" : "#ffc080",
"prototype" : "#ffffff",
## "examples" : "#ff3030",
## "test" : "#ff3060",
"top_level" : "#ff3090",
"root" : "#ff3090",
"startup" : "#ff3090",
"top" : "#ff3090",
}
# ==
packageLevels = {
# plan: for each entry, review it, revise subclassifications. @@@
# put in basic topics like dna...
"top_level" : 7, # files that need to stay at top level for technical reasons (we'll put them at top of import graph)
"top" : 7, # files that need to stay at top level for technical reasons (we'll put them at top of import graph)
"root" : 7, # other files that belong at top of import graph (but that might be moved into subdirs)
"startup" : 7, # other files that belong at top of import graph (but that might be moved into subdirs)
## "test" : 7, ### none left!
## "examples" : 7, ### DEPRECATED as a layer, revise it (could be a topic but not sure if we have any yet) @@@
"ui" : 6, # has 137 instances - half the modules. (not counting new ones like command, unsplit_mode, simulation)
"commands" : 6,
"PM" : 6,
"io" : 5, #? hmm, so high?
"model" : 4, #k wants subdivision? not urgent...
"graphics" : 4,
"foundation" : 3,
"exprs" : 3,
"geometry" : 3,
"utilities" : 2,
"platform" : 1,
}
_levels_highest_first = [ # TODO: finish, then use this to compute the above; in future make it a general DAG (not urgent)
["top_level",
"root",
## "test",
## "examples",
],
["ui",
"PM",
],
["io",
],
# ... more
]
# ==
###doc these; anything with '?' is unfinalized; anything with '!' indicates an error in input
layer_aliases = {
# standardize to plural form
"graphics_behavior" : "graphics_behaviors",
"graphics_drawable" : "graphics_drawables",
"graphics_mode" : "graphics_modes",
"graphics_view" : "graphics_views", # should rename right here to graphics_display_styles
"graphics_widget" : "graphics_widgets",
"operation" : "operations",
"temporary_command" : "temporary_commands",
"widget" : "widgets",
}
topic_mapping = {
# default topics for layers
"graphics_behaviors": "graphics/behaviors",
"graphics_drawables": "graphics/drawables",
"graphics_drawing" : "graphics/drawing",
"graphics_images" : "graphics/images",
"graphics_io" : "graphics/io!", # deprecated, all to be refiled
"graphics_modes" : "graphics/modes!", # deprecated
"graphics_views" : "graphics/display_styles", ###
"graphics_widgets" : "graphics/widgets",
"ui/menu" : "ne1_ui/menus",
"ui/toolbar" : "ne1_ui/toolbars",
# layers which are deprecated when used directly for topics
"graphics" : "graphics!", # all have been refiled (I think)
"io" : "io!", # all have been refiled (I think)
"ui" : "ui!", # all have been refiled (I think)
"unsplit_mode" : "unsplit_mode!", # all have been refiled (I think)
# expand topic abbrevs into actual pathnames
"ESP" : "analysis/ESP", # refactoring: maybe io part (if more general) would be processes/NanoHive
"GAMESS" : "analysis/GAMESS",
"GROMACS" : "simulation/GROMACS",
"DnaSequenceEditor" : "dna/DnaSequenceEditor",
# add notes to certain topics -- for that see subdir_notes below
}
# ==
packageMapping_for_packages = {
# existing packages (in each case so far, all files now in them have the same fate)
# (in two cases, gui and startup, they should first just be renamed, then new files moved into them)
"dna_model" : "model|dna/model",
"dna_updater" : "model_updater|dna/updater", ###?? be consistent with what we do for other model_updater code
"exprs" : "exprs", # (someday will be refactored and split)
"gui" : "ui|ne1_ui", # along with other files (or into a whatsthis subpackage?)
"model" : "model", # along with other files
"PM" : "widgets|PM",
"startup" : "root|ne1_startup",
"utilities" : "utilities",
}
packageMapping_for_files = {
# files presently at toplevel (except for a few that are already moved)
# Note: of these modules, platform.py is in the way of proposed new package names,
# so it needs to be renamed, but it is listed here in the usual way.
# We also want to rename main.py -> ne1_main.py, but that's not urgent.
# For all other module renamings, we can wait a bit; see a wiki page about them.
"assembly" : "model", # (some foundation, but knows part.py which knows lots of ops & model constructors)
# (also: knows about selection, undo state, change counting, open file)
"Assembly_API" : "model_api|foundation", # since not legit to be used below foundation
"AtomGenerator" : "command|commands/BuildAtom",
"AtomGeneratorPropertyManager" : "ui/propmgr|commands/BuildAtom",
"atomtypes" : "model", # or chemistry?
"bonds" : "model", # Bond
"bonds_from_atoms" : "operation",
"bond_chains" : "operation",
"bond_constants" : "model",
"bond_drawer" : "graphics_drawing",
"bond_updater" : "model_updater",
"bond_utils" : "operation", # maybe also some ui
"BoundingBox" : "geometry", # mostly geometry, some graphics, some hardcoded distance constants from model
"BreakStrands_Command" : "command|dna/commands/BreakStrands", # plural BreakStrands to match featurename as of 080104
"BreakStrands_PropertyManager" : "ui/propmgr|dna/commands/BreakStrands",
"BuildAtomsPropertyManager" : "ui/propmgr|commands/BuildAtoms",
"BuildAtoms_Command" : "command|commands/BuildAtoms",
"BuildAtoms_GraphicsMode" : "graphics_mode|commands/BuildAtoms",
"BuildDna_EditCommand" : "command|dna/commands/BuildDna",
"BuildDna_GraphicsMode" : "graphics_mode|dna/commands/BuildDna",
"BuildDna_PropertyManager" : "ui/propmgr|dna/commands/BuildDna",
"build_utils" : "operation|commands/BuildAtoms", # AtomDepositionTool
"builtin_command_loaders" : "operations|commandSequencer",
"changedicts" : "foundation",
"changes" : "foundation",
"chem" : "model",
"chem_patterns" : "operation",
"chunk" : "model",
"ChunkProp" : "ui|commands/ChunkProperties?", #?? guess, probably wrong featurename
"ChunkPropDialog" : "ui|commands/ChunkProperties?",
"CommandToolbar_Constants" : "widget|commandToolbar", # see module docstring for why
"Command" : "command|command_support",
"CommandToolbar" : "widget|commandToolbar", # controls the main hierarchical toolbar
"CommandSequencer" : "operations|commandSequencer",
"Comment" : "model",
"CommentProp" : "ui/dialog|commands/CommentProperties?",
"CommentPropDialog" : "ui/dialog|commands/CommentProperties?",
"confirmation_corner" : "graphics_behavior",#? a MouseEventHandler; like a GraphicsMode or DragHandler; graphics_what?
"constants" : "utilities",
"CoNTubGenerator" : "command|commands/InsertHeterojunction",###?? @@@
"BuildCrystal_PropertyManager" : "ui|commands/BuildCrystal",
"BuildCrystal_Command" : "unsplit_mode|commands/BuildCrystal",
"BuildCrystal_PropertyManager" : "ui/propmgr|commands/BuildCrystal",
"CrystalShape" : "command|commands/BuildCrystal", # see docstring for reasons and caveats
"crossovers" : "operation|dna/operations",
"cursors" : "ui|ne1_ui",
"CylinderChunks" : "graphics_view", # a ChunkDisplayMode
"debug" : "utilities",
"DebugMenuMixin" : "ui|widgets", # standard debug menu, used by multiple widgets
"debug_prefs" : "utilities",
"depositMode" : "unsplit_mode|commands/BuildAtoms", # Build Atoms Command and GraphicsMode
"dimensions" : "graphics_drawing", # graphics output, not opengl-specific in principle
"DirectionArrow" : "graphics_drawable", # a kind of DragHandler (drawable with behavior)
"displaymodes" : "graphics_view", # ChunkDisplayMode
"DnaCylinderChunks" : "graphics_view", # a ChunkDisplayMode
"InsertDna_EditCommand" : "command|dna/commands/InsertDna",
"InsertDna_PropertyManager" : "ui/propmgr|dna/commands/InsertDna",
"DnaLineMode" : "temporary_command|dna/temporary_commands", #?
"DnaSegment_EditCommand" : "command|dna/commands/DnaSegment",
"DnaSegment_GraphicsMode" : "graphics_mode|dna/commands/DnaSegment",
"DnaSegment_PropertyManager" : "ui/propmgr|dna/commands/DnaSegment",
"DnaSegment_ResizeHandle" : "graphics_drawable|dna/commands/DnaSegment", # [bruce 080207 reclassified to stay with command]
"DnaSequenceEditor" : "widget|DnaSequenceEditor", # a major ui component, and maybe a widget (guess, didn't look at code)
"DnaStrand_EditCommand" : "command|dna/commands/DnaStrand",
"DnaStrand_GraphicsMode" : "graphics_mode|dna/commands/DnaStrand",
"DnaStrand_PropertyManager" : "ui/propmgr|dna/commands/DnaStrand",
"DnaStrand_ResizeHandle" : "graphics_drawable|dna/commands/DnaStrand",
"Dna_Constants" : "model|dna/model", # (since used by lots of files in several dna-related commands)
"DragHandler" : "graphics_drawable",
"drawNanotubeLadder" : "graphics_drawing",
"drawDnaRibbons" : "graphics_drawing",
"drawDnaLadder" : "graphics_drawing",
"drawing_globals" : "graphics_drawing",
"glprefs" : "graphics_drawing",
"setup_draw" : "graphics_drawing",
"shape_vertices" : "graphics_drawing",
"ColorSorter" : "graphics_drawing",
"CS_workers" : "graphics_drawing",
"c_renderer" : "graphics_drawing",
"CS_draw_primitives" : "graphics_drawing",
"drawers" : "graphics_drawing",
"draw_bond_vanes" : "graphics_drawing",
"draw_grid_lines" : "graphics_drawing",
"DynamicTip" : "graphics_widgets", # but some should be refactored into GraphicsMode
"EditCommand" : "command|command_support",
"EditCommand_PM" : "ui/propmgr|command_support",
"Elem" : "model", # chemistry?
"elementColors" : "ui/dialog|commands/ElementColors?",
"ElementColorsDialog" : "ui/dialog|commands/ElementColors?",
"elements" : "model", # class PeriodicTable, and our specific one??
"elementSelector" : "ui/dialog|commands/ElementSelector?",
"ElementSelectorDialog" : "ui/dialog|commands/ElementSelector?",
"elements_data" : "model", # model_data? like some constants?
"elements_data_PAM3" : "model|dna/model",
"elements_data_PAM5" : "model|dna/model",
"EndUser" : "utilities",
"env" : "foundation", # not utilities - only meant to be used from foundation or above
"ESPImage" : "model|ESP", # (but all ESPImage code should be refactored for more general images)
"ESPImageProp" : "ui/dialog|ESP", # question: is this a property manager? are ui/dialog and ui/propmgr the same?
"ESPImagePropDialog" : "ui/dialog|ESP",
"example_expr_command" : "command|prototype",
"ExecSubDir" : "top_level",
"extrudeMode" : "unsplit_mode|commands/Extrude",
"ExtrudePropertyManager" : "ui/propmgr|commands/Extrude",
"files_gms" : "io|GAMESS",
"files_mmp" : "io|files/mmp", # along with a sibling doc file, files_mmp_format_version.txt
"files_mmp_registration" : "foundation|files/mmp",
"files_mmp_writing" : "io|files/mmp",
"files_nh" : "io|ESP",
"files_pdb" : "io|files/pdb",
"Font3D" : "graphics_drawing",
"FuseChunks_Command" : "command|commands/Fuse",
"FuseChunks_GraphicsMode" : "graphics_mode|commands/Fuse",
"fusechunksMode" : "unsplit_mode|commands/Fuse",
"FusePropertyManager" : "ui/propmgr|commands/Fuse",
"GamessJob" : "operations|GAMESS", # contains operations and io
"GamessProp" : "ui|GAMESS",
"GamessPropDialog" : "ui|GAMESS",
"GeneratorBaseClass" : "ui/propmgr|command_support",
# or as itself, so import implications are clearer in package import graph?
# todo in code: split subclasses so this can be superceded by EditCommand and EditCommand_PM
"GeneratorController" : "ui/propmgr|command_support", # code type is a guess, but doesn't matter for now
"generator_button_images" : "ui/dialog|command_support",
"geometry" : "geometry",
"GlobalPreferences" : "utilities", #? - imports debug_prefs & prefs_constants, dubious for utilities; or constants??
"global_model_changedicts" : "model",
"GLPane" : "graphics_widgets",
"GLPane_minimal" : "graphics_widgets",
"glselect_name_dict" : "graphics_drawing", #bruce 080223; really an "OpenGL drawing utility"
"gpl_only" : "platform",
"GrapheneGenerator" : "command|commands/InsertGraphene",
"GrapheneGeneratorPropertyManager" : "ui/propmgr|commands/InsertGraphene",
"GraphicsMode" : "graphics_mode|command_support",
"GraphicsMode_API" : "ui_api|command_support", # not legit to be needed by anything below ui, i think
"GridPlaneProp" : "ui/dialog|commands/GridPlaneProperties?",
"GridPlanePropDialog" : "ui/dialog|commands/GridPlaneProperties?",
"GROMACS" : "io|GROMACS", #? - old demo code. runs a GROMACS process. contains io.
"Group" : "foundation", # some model code?
"GroupButtonMixin" : "PM", # (deprecated, and its only callers should use things from PM instead)
"GroupProp" : "ui/dialog|commands/GroupProperties?",
"GroupPropDialog" : "ui/dialog|commands/GroupProperties?",
"Guides" : "graphics_drawing", # drawing code for rulers
"handles" : "graphics_drawable", # graphical handles (for Extrude, but could be general)
"help" : "ui/dialog|ne1_ui/help",
"HelpDialog" : "ui/dialog|ne1_ui/help",
"HistoryWidget" : "ui|history", # the history subsystem (should be split into several files)
"icon_utilities" : "io|utilities", #? - could be considered utilities, io, or platform, or maybe images
"ImageUtils" : "graphics_images", # graphics_images? images? graphics? graphics_io? (only use of graphics_images)
"_import_roots" : "top_level",
"Initialize" : "utilities",
"inval" : "foundation",
"jigmakers_Mixin" : "operations", # tells Part how to create & edit various Jigs (some ui?)
"JigProp" : "ui/propmgr|command_support", # used directly for simple jigs, but clearest if treated as class
"JigPropDialog" : "ui/propmgr|command_support", # (and pkg name/loc should not look like a command name)
"jigs" : "model", # class Jig, and a few subclasses
"jigs_measurements" : "model",
"jigs_motors" : "model",
"jigs_planes" : "model",
"jig_Gamess" : "model|GAMESS",
"JobManager" : "ui|GAMESS", # ui/operations/io; scratch; needs refactoring; job_manager package?
# note: this is in GAMESS only due to an import cycle issue. It should be in processes or in its own toplevel package.
"JobManagerDialog" : "ui|GAMESS", # same package as JobManager (wrong now, see its note for why)
"JoinStrands_Command" : "command|dna/commands/JoinStrands",
"JoinStrands_PropertyManager" : "ui/propmgr|dna/commands/JoinStrands",
"Line" : "model",
"LinearMotor_EditCommand" : "command|commands/LinearMotorProperties?",
"LinearMotorPropertyManager" : "ui/propmgr|commands/LinearMotorProperties?",
"Line_Command" : "temporary_command", #?? a temporary command and gm... apparently can be used directly?
"main" : "top_level", # someday to be renamed to ne1_main
"master_model_updater" : "model_updater",
"mdldata" : "graphics_io|graphics/rendering/mdl",
"menu_helpers" : "widgets",
"MinimizeEnergyProp" : "ui/dialog|commands/MinimizeEnergy",
"MinimizeEnergyPropDialog" : "ui/dialog|commands/MinimizeEnergy",
"ModelTree" : "model|modelTree", # a model which implems the api class for modelTreeGui (rename modelTree.py to modelTree/ModelTree.py)
"modelTreeGui" : "widget|modelTree", # a widget with view & maybe some control code
"modes" : "unsplit_mode|command_support",
"MotorPropertyManager" : "ui/propmgr|command_support", # and rename to EditMotor_PM.py? but we don't have EditMotor.py ...
"Move_Command" : "command|commands/Move",
"Move_GraphicsMode" : "graphics_mode|commands/Move",
"MovePropertyManager" : "ui/propmgr|commands/Move",
"movie" : "simulation", #? hold simparams, or open moviefile - internal model, some ui/control/ops/io
"moviefile" : "io|files/dpb_trajectory",
"movieMode" : "unsplit_mode|commands/PlayMovie",
"MoviePropertyManager" : "ui/propmgr|commands/PlayMovie",
"MWsemantics" : "ui|ne1_ui",
"NamedView" : "model", # was Csys
"NanoHive" : "ui|ESP", # ui/control/ops for running ESP (etc?) calcs using NanoHive. ui for now.
"NanoHiveDialog" : "ui|ESP",
"NanoHiveUtils" : "?|ESP", # Mostly control & io code. Some model & ui code (via assy arg & assy.w).
"NanoHive_SimParameters" : "model|ESP",
"NE1ToolBar" : "widget", # Variant of QToolBar
"NE1_QToolBar" : "widget", # New main toolbar class for the NE1 main window.
"Node_as_MT_DND_Target" : "controller|modelTree",
"node_indices" : "foundation",
"NodeWithAtomContents" : "foundation",
"objectBrowse" : "utilities", # debug
"ops_atoms" : "operations",
"ops_connected" : "operations",
"ops_copy" : "operations", # parts may be foundation
"ops_files" : "operations", # also has some io
"ops_motion" : "operations",
"ops_rechunk" : "operations",
"ops_select" : "operations", # for a selection package??
"ops_view" : "operations", # for a view package???
"ops_display" : "operations",
"ops_modify" : "operations",
"op_select_doubly" : "operations",
"PanMode" : "temporary_command",
"ParameterDialog" : "widget|command_support", #?
"parse_utils" : "utilities",
"part" : "model", #? - foundation (if clipboard is), but knows lots of model & operations too
"PartLibPropertyManager" : "ui/propmgr|commands/PartLibrary",
"PartLibrary_Command" : "command|commands/PartLibrary",
"PartProp" : "ui/dialog|commands/PartProperties?",
"PartPropDialog" : "ui/dialog|commands/PartProperties?",
"pastables" : "operations", # supports pasting operations
"PasteFromClipboard_Command" : "command|commands/Paste",
"PastePropertyManager" : "ui/propmgr|commands/Paste",
"pi_bond_sp_chain" : "model",
"Plane" : "model",
"Plane_EditCommand" : "command|commands/PlaneProperties?",
"PlanePropertyManager" : "ui/propmgr|commands/PlaneProperties?",
"PlatformDependent" : "platform", # ok, but really it's a mix of platform, utilities, io.
"PlotTool" : "ui/dialog|commands/Plot?",
"PlotToolDialog" : "ui/dialog|commands/Plot?",
"Plugins" : "ui|processes", # ui, operations or utility, and io;
# relates to "external processes" - we might add a classification for that
"povheader" : "graphics_io|graphics/rendering/povray",
"povray" : "graphics_io|graphics/rendering/povray", # also has ui code
"PovrayScene" : "model", # for povray package, maybe
"PovraySceneProp" : "ui/dialog|commands/PovraySceneProperties?", # for povray package, maybe
"PovrayScenePropDialog" : "ui/dialog|commands/PovraySceneProperties?", # for povray package, maybe
"preferences" : "foundation", # see module docstring for explanation
"prefs_constants" : "utilities", # or constants? see module docstring for explanation
"prefs_widgets" : "widgets", #? - might not work -- ### needs splitting, some goes in foundation
"Process" : "io|processes",
"ProteinChunks" : "graphics_view",
"PyrexSimulator" : "io|simulation",
"qt4transition" : "utilities",
"qutemol" : "graphics_io|graphics/rendering/qutemol",
"QuteMolPropertyManager" : "ui/propmgr|commands/QuteMol?", # commandname? (or, for a qutemol package??)
# it's a single-file Command, View->QuteMol, with a launch (external renderer) button and maybe some options...
# but what is the VerbNoun form? Does it have a featurename now? Wiki & whatsthis say Feature:QuteMol, so I went with that.
"ReferenceGeometry" : "model",
"reposition_baggage" : "operations",
"ResizeHandle" : "graphics_drawable", # (a DragHandler)
"RotaryMotor_EditCommand" : "command|commands/RotaryMotorProperties?", ###?? to fit VerbNoun, and not conflict with model class @@@
"RotaryMotorPropertyManager" : "ui/propmgr|commands/RotaryMotorProperties?",
"RotateMode" : "temporary_command",
"RotationHandle" : "graphics_drawable",#? needs reclassification?
"runSim" : "simulation", # includes perhaps ui, controller, io
"SelectAtoms_Command" : "command|commands/SelectAtoms", # even though only used as a superclass now
"SelectAtoms_GraphicsMode" : "graphics_mode|commands/SelectAtoms",
"SelectChunks_Command" : "command|commands/SelectChunks", # used directly, as well as as a superclass
"SelectChunks_GraphicsMode" : "graphics_mode|commands/SelectChunks",
"SelectChunks_GraphicsMode" : "unsplit_mode|commands/SelectChunks",
"Select_Command" : "command|commands/Select",
"Select_GraphicsMode" : "graphics_mode|commands/Select",
"Select_GraphicsMode_MouseHelpers_preMixin" : "graphics_mode|commands/Select",
"selectMode" : "unsplit_mode|commands/Select",
"Selobj" : "graphics_drawable", #bruce 080116/080202 revised this (would be _api if we had that)
"ServerManager" : "ui|processes", #? specific to GAMESS? maybe, but shouldn't. persistent db/UI for servers list
"ServerManagerDialog" : "ui|processes",
"shape" : "graphics_behavior", # tentative, maybe risky; see docstring
"Slab" : "geometry",
"SimJob" : "model|simulation", #? only subclass is GamessJob; unclear whether specific to GAMESS; io too
"SimServer" : "model|simulation", # hold attrs for a sim server (unclear whether specific to GAMESS); io too
"SimSetup" : "ui|simulation",
"SimSetupDialog" : "ui|simulation",
"Sponsors" : "ui|sponsors", # the Sponsors subsystem (lots of kinds of code; exports widgets)
"state_constants" : "foundation",
"state_utils" : "foundation", # note: utilities/Comparison.py and samevals.c might go with this too
"StatProp" : "ui/dialog|commands/ThermostatProperties?",
"StatPropDialog" : "ui/dialog|commands/ThermostatProperties?",
"StatusBar" : "widget", # used as a specific part of the NE1 main window, but general-purpose code
"SurfaceChunks" : "graphics_view",
"TemporaryCommand" : "temporary_commands", # or command_support??
"testdraw" : "graphics_mode|exprs", # (mostly prototype, but also has some exprs framework code)
"testmode" : "unsplit_mode|exprs", # (ditto)
"test_commands" : "command|prototype",
"test_commands_init" : "command|prototype",
"test_command_PMs" : "ui/propmgr|prototype",
"test_connectWithState" : "command|prototype",
"test_connectWithState_constants" : "command|prototype",
"test_connectWithState_PM" : "ui/propmgr|prototype",
"texture_fonts" : "graphics_drawing",
"texture_helpers" : "graphics_drawing", #? also graphics_io - split it?
"ThermoProp" : "ui/dialog|commands/ThermometerProperties?",
"ThermoPropDialog" : "ui/dialog|commands/ThermometerProperties?",
"ThumbView" : "graphics_widgets",
"Trackball" : "graphics_behavior",
"TranslateChunks_Command" : "command|commands/Translate",
"TranslateChunks_GraphicsMode" : "graphics_mode|commands/Translate",
"RotateChunks_Command" : "command|commands/Rotate",
"RotateChunks_GraphicsMode" : "graphics_mode|commands/Rotate",
# Note: many of the following (and of the other modules slated for ne1_ui)
# ought to get refactored, with some parts not remaining in ne1_ui.
# Also, some of them might be best off in specific subpackages of ne1_ui,
# but I'm not yet trying to classify anything in ne1_ui that finely,
# partly since some of them need too much refactoring for that
# to make sense just yet, and partly since I don't know them well,
# and Mark is presently doing some refactoring within them.
# The only exception is ne1_ui/help, which may not be complete,
# but seems obvious enough and worth doing.
# [bruce 080101]
"Ui_BuildAtomsPropertyManager" : "ui/propmgr|commands/BuildAtoms",
"Ui_BuildStructuresMenu" : "ui/menu",
"Ui_BuildStructuresToolBar" : "ui/toolbar",
"Ui_BuildToolsMenu" : "ui/menu",
"Ui_BuildToolsToolBar" : "ui/toolbar",
"Ui_CommandToolbar" : "ui/toolbar|ne1_ui/toolbars", # UI and content/layout for Command Toolbar
"Ui_BuildCrystal_PropertyManager" : "ui/propmgr|commands/BuildCrystal",
"Ui_DimensionsMenu" : "ui/menu",#?
"Ui_DisplayStylesToolBar" : "ui/toolbar|ne1_ui/toolbars",
"Ui_NanotubeFlyout" : "ui/toolbar|ne1_ui/toolbars", # I'm guessing this has to be in ne1_ui, not dna
"Ui_DnaFlyout" : "ui/toolbar|ne1_ui/toolbars", # I'm guessing this has to be in ne1_ui, not dna
"Ui_EditMenu" : "ui/menu",
"Ui_ExtrudePropertyManager" : "ui/propmgr|commands/Extrude",
"Ui_FileMenu" : "ui/menu",
"Ui_HelpMenu" : "ui/menu|ne1_ui/help", #??? ne1_ui/menus?
"Ui_InsertMenu" : "ui/menu",
"Ui_MainWindow" : "ui|ne1_ui",
"Ui_MainWindowWidgets" : "ui|ne1_ui",
"Ui_MainWindowWidgetConnections" : "ui|ne1_ui",
"Ui_MovePropertyManager" : "ui/propmgr|commands/Move",
"Ui_MoviePropertyManager" : "ui/propmgr|commands/PlayMovie",
"Ui_PartWindow" : "widget|ne1_ui", #?
"Ui_RenderingMenu" : "ui/menu",
"Ui_RenderingToolBar" : "ui/toolbar",
"Ui_ReportsDockWidget" : "widget|ne1_ui",
"Ui_SelectMenu" : "ui/menu",
"Ui_SelectToolBar" : "ui/toolbar",
"Ui_DnaSequenceEditor" : "widget|DnaSequenceEditor", # in dna/ ??
"Ui_SimulationMenu" : "ui/menu",
"Ui_SimulationToolBar" : "ui/toolbar",
"Ui_StandardToolBar" : "ui/toolbar",
"Ui_StandardViewsToolBar" : "ui/toolbar",
"Ui_ToolsMenu" : "ui/menu",
"Ui_ViewMenu" : "ui/menu",
"Ui_ViewOrientation" : "ui|ne1_ui",
"Ui_ViewToolBar" : "ui/toolbar",
"undo_internals" : "foundation",
"undo_archive" : "foundation",
"undo_manager" : "foundation",
"undo_UI" : "operations", # or operations/undo?
"UserPrefs" : "ui|ne1_ui",
"UserPrefsDialog" : "ui|ne1_ui",
"Utility" : "foundation", # some model code?
"version" : "utilities", # or constants? see docstring for caveats
"ViewOrientationWindow" : "widget|ne1_ui",
"VQT" : "geometry",
"whatsthis_utilities" : "foundation", #? or utilities?
# (imports of this file are foundation or above)
# this file imports env (for win; could be refactored to not do so, eg use an arg), nothing else high up.
"widget_helpers" : "widgets", # soon to be renamed to this from widgets.py
"widget_controllers" : "widgets",
"wiki_help" : "ui|foundation", # mostly ui, some io.
# conclusion, bruce 080101: if we have a help module outside ne1_ui, put it there;
# if we don't, it probably belongs in something like foundation.
# (Note: if we want a toplevel help package, we'd need to rename help.py first.
# Guess: for now just put this into foundation; probably "help" makes more sense
# as a subpackage of foundation than as something independent and toplevel, anyway.)
"ZoomToAreaMode" : "temporary_command",
"ZoomInOutMode" : "temporary_command",
}
# ==
# now combine those into one dict for use by current code in packageDependency.py
for package_name in packageMapping_for_packages.keys():
assert not packageMapping_for_files.has_key( package_name)
packageMapping = dict( packageMapping_for_files)
packageMapping.update( packageMapping_for_packages)
packageGroupMapping = {
"analysis.ESP" : "model",
"analysis.GAMESS" : "model",
"cnt.commands.BuildNanotube" : "commands",
"cnt.commands.NanotubeSegment" : "commands",
"cnt.commands.InsertNanotube" : "commands",
"cnt.model" : "model",
"cnt.temporary_commands" : "commands",
"cnt.updater" : "model",
"commands.BuildAtom" : "commands",
"commands.BuildAtoms" : "commands",
"commands.BuildCrystal" : "commands",
"commands.ChunkProperties" : "commands",
"commands.CommentProperties" : "commands",
"commands.ElementColors" : "commands",
"commands.ElementSelector" : "commands",
"commandSequencer" : "commands",
"commands.Extrude" : "commands",
"commands.Fuse" : "commands",
"commands.GridPlaneProperties" : "commands",
"commands.GroupProperties" : "commands",
"commands.InsertGraphene" : "commands",
"commands.InsertHeterojunction" : "commands",
"commands.InsertNanotube" : "commands",
"commands.InsertPeptide" : "commands",
"commands.LinearMotorProperties" : "commands",
"commands.MinimizeEnergy" : "commands",
"commands.Move" : "commands",
"commands.PartLibrary" : "commands",
"commands.PartProperties" : "commands",
"commands.Paste" : "commands",
"commands.PlaneProperties" : "commands",
"commands.PlayMovie" : "commands",
"commands.Plot" : "commands",
"commands.PovraySceneProperties" : "commands",
"commands.QuteMol" : "commands",
"commands.RotaryMotorProperties" : "commands",
"commands.Rotate" : "commands",
"commands.SelectAtoms" : "commands",
"commands.SelectChunks" : "commands",
"commands.Select" : "commands",
"commands.ThermometerProperties" : "commands",
"commands.ThermostatProperties" : "commands",
"commands.Translate" : "commands",
"command_support" : "commands",
"commandToolbar" : "commands",
"dna.commands.BreakStrands" : "commands",
"dna.commands.BuildDna" : "commands",
"dna.commands.InsertDna" : "commands",
"dna.commands.DnaSegment" : "commands",
"dna.commands.DnaStrand" : "commands",
"dna.commands.JoinStrands" : "commands",
"dna.DnaSequenceEditor" : "ui",
"dna.model" : "model",
"dna.operations" : "model",
"dna.temporary_commands" : "commands",
"dna.updater" : "model",
"exprs" : "exprs",
"files.dpb_trajectory" : "io",
"files.mmp" : "io",
"files.pdb" : "io",
"foundation" : "foundation",
"geometry" : "geometry",
"graphics.behaviors" : "graphics",
"graphics.display_styles" : "graphics",
"graphics.drawables" : "graphics",
"graphics.drawing" : "graphics",
"graphics.images" : "graphics",
"graphics.rendering" : "graphics",
"graphics.rendering.mdl" : "graphics",
"graphics.rendering.povray" : "graphics",
"graphics.rendering.qutemol" : "graphics",
"graphics.widgets" : "graphics",
"history" : "utilities",
"modelTree" : "ui",
"model_updater" : "model",
"ne1_startup" : "startup",
"ne1_ui.help" : "ui",
"ne1_ui.menus" : "ui",
"ne1_ui" : "ui",
"ne1_ui.toolbars" : "ui",
"operations" : "model",
"platform" : "platform",
"PM" : "ui",
"processes" : "ui",
"simulation.GROMACS" : "io",
"simulation" : "io",
"sponsors" : "ui",
"temporary_commands" : "commands",
"widgets" : "ui",
}
# ==
# these definitions are to make the listing done by packageData_checker more informative.
# lists of highly desirable renamings and/or refactorings, needed for understandability of classification
needs_renaming_for_clarity = { # just suggestions, not yet discussed/decided
"bond_utils" : "bond_menu_helpers",
"cursors" : "load_custom_cursors?",
"GROMACS" : "GROMACS_demo?", # temporary demo of atomic-level-DNA GROMACS simulation (maybe for outtakes?)
"help" : "Ne1HelpDialog or HelpDialog",
"HelpDialog" : "Ui_HelpDialog",
"Line" : "ReferenceLine?", # Line should be reserved for pure geometry
"main" : "ne1_main (hard, not urgent)",
"movie" : "what?", # it's an object for a set of sim params, and optionally the results file made by using them
"moviefile" : "files_dpb?",
"Plane" : "ReferencePlane?", # Plane should be reserved for pure geometry
"platform" : "debug_flags",
"Selobj" : "Selobj_API for now", # not urgent; not the correct new name
"shape" : "what?", # also needs_refactoring
"StatProp" : "ThermostatProperties?", # disambiguate Thermometer and Thermostat
"ThermoProp" : "ThermometerProperties?", # disambiguate Thermometer and Thermostat
"Utility" : "Node",
"qutemol" : "qutemol_io?",
# deprecated files
"GroupButtonMixin" : "GroupButtonMixin_deprecated?",
## # kluge: use fake renamings to add notes for the listing
## "JobManager" : "(should be processes or own package -- import cycle issue)",
## "JobManagerDialog" : "(should stay with JobManager)",
}
needs_refactoring = [
"GLPane", # needs splitting into several classes, some for general use and some for "main graphics area"
# (also needs to not be the same object as the CommandSequencer)
"HistoryWidget", # needs split into a few cooperating objects (archive, widget, io, storage ops)
"JobManager", # import cycle issue - GamessJob used in two places: value in jobType, constructor in __createJobs
"PlatformDependent", # needs split
"prefs_widgets", # needs connectWithState stuff (and more?) split out into foundation
"shape", # needs splitting
"version", # split/register: ne1_ui part to supply data, foundation part for access
]
# listing order for toplevel packages, outer to inner
# (will be related to permitted import order, when that's implemented, but not equal to it, e.g. "less important later")
# (a string here matches itself, or itself + " " + anything, to permit added notes in topic_mapping)
# (nfr: permit inserted note strings to be printed before sets of toplevel dirs?)
listing_order = [ ### should be complete, but not yet properly ordered
"ne1_startup",
"ne1_ui",
# commands
"command_support",
"commands",
"temporary_commands",
# major subsystems (order?)
"history",
"modelTree",
"commandSequencer",
"commandToolbar",
"sponsors",
# functional areas
"dna",
"simulation",
"analysis",
# kinds of operations
"model_updater",
"operations",
# other kinds of code (order?)
"model",
"graphics",
"widgets",
"processes",
"files",
"PM",
"exprs",
"foundation",
"geometry",
"platform",
"utilities",
# special kinds
"top_level",
"prototype",
]
# notes for specific subdirs, to include in the listing (with word-wrapping)
subdir_notes = {
"analysis/GAMESS" : "JobManager doesn't belong here, but is here for now "\
"to work around an import cycle issue. Probably easy to fix "\
"when it matters.",
"commands" : "command package names ending with '?' need discussion",
"files" : "should we de-abbreviate file extensions used in directory names, "\
"e.g. ProteinDataBank, MolecularMachinePart, DifferentialPositionBytes? [-- EricM]",
"graphics/rendering" : "(this is only about rendering by external programs; rename it?)",
"ne1_ui" : "could define more (or fewer, or different) subpackages if desired",
"ne1_ui/help" : "(not sure about Ui_HelpMenu being in here)",
"PM" : "should PM be renamed to PropertyManager? [-- EricM]",
"top_level" : "(these files can't presently be moved into subdirectories, for technical reasons)",
}
# ==
# some topics above:
# todo: review:
# - processes
# - io
# eg povray
# - simulation
# - exprs/prototype
# - prototype
# end
| NanoCAD-master | cad/src/tools/packageData.py |
#!/usr/bin/env python
# Copyright 2007-2008 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""
packageData_checker.py - script for checking and reporting on packageData.py
Note: some of this code might be moved into packageData
if all users of that data should use this code to canonicalize it
before making other use of it (eg for import graphing).
@author: Bruce
@version: $Id$
@copyright: 2007-2008 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""
import sys
import os
LIST_UNCLASSIFIED_FILES = True
#bruce 080107 temporary debug prints to find out why SEMBot run of this seems to do nothing
# print >> sys.stderr, "packageData_checker.py debug: starting import"
from packageData import packageMapping, layer_aliases, topic_mapping
from packageData import packageMapping_for_files
from packageData import packageMapping_for_packages
from packageData import needs_renaming_for_clarity
from packageData import needs_refactoring # use this someday?
from packageData import listing_order # use this? (it's not yet well ordered as of 080104)
from packageData import subdir_notes
# utils for looking at output of AllPyFiles, not yet used within this file
def source_path_parts(path):
p1 = path.split('/')
assert p1[0] == '.'
return p1[1:]
def topmodule(pathparts):
if not len(pathparts) == 1:
return None
module = pathparts[0]
assert module.endswith('.py')
return module[:-3]
#e should add routine to look for toplevel files not present in packageMapping
# ==
# flags for packageClassification
LAYER_ONLY = 'LAYER_ONLY'
TOPIC_ONLY = 'TOPIC_ONLY'
LAYER_AND_TOPIC = 'LAYER_AND_TOPIC'
def packageClassification(value, flags):
"""
@param value: a string value from the packageMapping global variable,
e.g. "ui/propmgr|commands/BuildSomething" or "widget" or ...
which has a layer and an optional |topic
both of which might be word or word/word etc
"""
parts = value.split('|')
assert len(parts) in (1,2)
if len(parts) == 1:
layer = parts[0]
topic = None
else:
layer, topic = parts
layer = canonicalize(layer, layer_aliases)
if topic is None:
topic = layer # or, "dflt_" + layer??
topic = canonicalize(topic, topic_mapping)
if flags == LAYER_ONLY:
return layer
elif flags == TOPIC_ONLY:
return topic
else:
# LAYER_AND_TOPIC
if layer == topic:
return layer
return layer + "|" + topic
pass
def canonicalize(value, dict1):
"""
Canonicalize value by repeatedly doing value = dict1[value],
but if this enters a cycle, report error and return original value.
"""
orig_value = value
prior_values = [value]
while dict1.has_key(value):
value = dict1[value]
if value in prior_values:
print >> sys.stderr, "error: canonicalize loop: %r" % (prior_values + [value])
return orig_value
prior_values.append(value)
return value
def check_basename(basename):
"""
Return an improved basename; fix and report errors.
"""
if ' ' in basename:
print >> sys.stderr, "error: basename should not contain %r: %r" % (' ', basename,)
assert 0 # can't handle this error
for suffix in (".py", "/"):
if basename.endswith( suffix):
print >> sys.stderr, "error: basename should not end with %r: %r" % (suffix, basename,)
basename = basename[:-len(suffix)]
print >> sys.stderr, " (using %r instead)" % basename
return basename
def summarize_packageMapping( flags):
counts = {}
for basename, value in packageMapping.items():
basename = check_basename(basename)
classification = packageClassification(value, flags)
countnow = counts.setdefault(classification, 0)
countnow += 1
counts[classification] = countnow
items = counts.items()
items.sort() # by classification
print
print "classication: count (for %s)" % (flags,)
print
for classification, count in items:
print "%s: %d" % (classification, count)
return
def summarize_packageMapping_using_default_flags():
## summarize_packageMapping( LAYER_ONLY)
summarize_packageMapping( TOPIC_ONLY)
return
# ==
T_MODULE = "module"
T_PACKAGE = "package"
T_SUBDIR_NOTE = "subdir note"
# sortorder values
ORDER_ERROR = -2
ORDER_SUBDIR_NOTE = -1
ORDER_INLINE_NOTE = 0
ORDER_MODULE = 1
ORDER_NEW_SUBPACKAGE = 2
class _VirtualSubdir(type({})):
def __init__(self, basename):
self.__basename = basename
super(_VirtualSubdir, self).__init__()
def print_listing(self, indent = "", skip_toplevel_indent = False):
if not skip_toplevel_indent:
print indent + self.__basename + "/" + " (%d)" % len(self)
subindent = indent + " "
else:
print indent + self.__basename + "/" + " (%d)" % len(self) + " contains:"
print
subindent = indent
items = [(sortorder, basename.lower(), basename, explan) for (basename, (sortorder, explan)) in self.items()]
items.sort()
last_sortorder = None
for sortorder, basename_tolower, basename, explan in items:
## if last_sortorder is not None and ...
if (sortorder != last_sortorder or sortorder == ORDER_NEW_SUBPACKAGE):
print subindent # blank line before subdirs or between types of item
last_sortorder = sortorder
if type(explan) == type(""):
print_with_word_wrapping(subindent, explan, 80)
else:
child = explan
# assert isinstance(child, _VirtualSubdir)
child.print_listing(subindent)
pass
def print_with_word_wrapping(indent, line, limit):
words = line.split()
sofar = indent # print this, or more
while words:
nextword = words[0]
words = words[1:]
# construct trial line
trial = sofar
if trial != indent:
trial += ' '
trial += nextword
if len(trial) > limit:
# nextword won't fit, print prior line and use nextword to start next line
print sofar
sofar = indent + nextword
else:
sofar = trial
continue
if sofar != indent:
print sofar
return
_toplevel_virtual_subdir = _VirtualSubdir("cad/src")
def get_virtual_subdir(parts, assert_already_there = False): # should be a method in _toplevel_virtual_subdir
"""
@param parts: list of 1 or more pathname components
"""
if len(parts) > 1:
parent = get_virtual_subdir(parts[:-1])
basename = parts[-1]
else:
parent = _toplevel_virtual_subdir
basename = parts[-1]
if parent.has_key(basename):
sortorder, child = parent[basename]
assert sortorder == ORDER_NEW_SUBPACKAGE
assert isinstance(child, _VirtualSubdir)
else:
assert not assert_already_there, "missing subdir: %r" % (parts,)
child = _VirtualSubdir(basename)
sortorder = ORDER_NEW_SUBPACKAGE
explan = child ### an object; for other sortorders, a string
parent[basename] = (sortorder, explan)
assert parent.has_key(basename)
return child
def collect_virtual_listing( packageDict, ftype ):
"""
@param packageDict: packageMapping_for_files or packageMapping_for_packages
@param ftype: T_MODULE or T_PACKAGE
"""
for basename, value in packageDict.items():
basename = check_basename(basename)
subdirname = packageClassification(value, TOPIC_ONLY)
parts = subdirname.split('/')
dir1 = get_virtual_subdir(parts) # also adds items for subdir into its parent dirs
if ftype == T_MODULE:
explan = "%s.py" % basename
if basename in needs_renaming_for_clarity:
explan += " (rename to %s)" % needs_renaming_for_clarity[basename]
sortorder = ORDER_MODULE
elif ftype == T_PACKAGE: # preexisting package
explan = " [ inlined contents of %s/ ]" % basename
# someday: add number of files in there, or even list the first 5 files as children
sortorder = ORDER_INLINE_NOTE
else:
explan = " [ error: unrecognized ftype %r, basename = %r]" % (ftype, basename)
sortorder = ORDER_ERROR
print >>sys.stderr, explan
assert not dir1.has_key(basename), "duplicate basename: %r" % (basename,)
dir1[basename] = (sortorder, explan)
return
def print_listings():
"""
"""
global packageMapping_for_files
if LIST_UNCLASSIFIED_FILES: #bruce 080223; usage: pass cad/src/*.py == ../*.py as arguments
packageMapping_for_files = dict(packageMapping_for_files)
for pyfile in sys.argv[1:]:
if pyfile.endswith('.py'):
basename_ext = os.path.basename(pyfile)
basename, ext = os.path.splitext(basename_ext)
if not packageMapping_for_files.has_key(basename):
packageMapping_for_files[basename] = " NOT YET CLASSIFIED: "
# print "missing file:", basename
else:
print "unrecognized argument: %r" % (pyfile,)
continue
collect_virtual_listing( packageMapping_for_files, T_MODULE)
collect_virtual_listing( packageMapping_for_packages, T_PACKAGE)
for subdirname, note in subdir_notes.items():
parts = subdirname.split('/')
dir1 = get_virtual_subdir(parts, assert_already_there = True)
FAKENAME_NOTE = " FAKENAME_NOTE " # not a valid basename, but a string (since .lower() gets called on it)
sort_order = ORDER_SUBDIR_NOTE
dir1[FAKENAME_NOTE] = (sort_order, note)
_toplevel_virtual_subdir.print_listing(skip_toplevel_indent = True)
return
# print >> sys.stderr, "packageData_checker.py debug: done with most of import"
if __name__ == '__main__':
# print >> sys.stderr, "packageData_checker.py debug: starting __main__ section"
## summarize_packageMapping_using_default_flags()
print_listings()
print
print "[end]"
# print >> sys.stderr, "packageData_checker.py debug: ending __main__ section"
# print >> sys.stderr, "packageData_checker.py debug: done with all of import"
# end
| NanoCAD-master | cad/src/tools/packageData_checker.py |
#!/usr/bin/env python
# Copyright 2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
# First argument is file containing output of FindPythonGlobals.py
#
# If second argument is --duplicates, prints a list of duplicate
# globals definitions found in the above file.
#
# If second argument is --check-import, takes a list of from...import
# statements and verifies that they are importing symbols from the
# locations they are actually defined at.
#
# Otherwise, reads the output of pychecker from stdin and prints a set
# of import statements which will resolve the globals it complains
# about.
import sys
import re
pycheckerNoGlobalRegex = re.compile(r'No global \((.*)\) found')
importLineRegex = re.compile(r'^([^:]+):\s*from\s+(\S+)\s+import\s+([^#]+)')
filesToIgnore = [
"./src/testdraw.py",
"./plugins/DNA/bdna-bases/prepare.py",
"./plugins/DNA/zdna-bases/prepare.py",
]
symbolsToIgnore = [
"retranslateUi",
"setupUi",
"do_what_MainWindowUI_should_do",
]
def readGlobalsFile(filename, changeToPackageFormat):
file = open(filename)
ret = {}
for line in file:
line = line.strip()
(globalSymbol, definitionFile) = line.split(": ", 1)
if (definitionFile.startswith("./src/experimental")):
continue
if (definitionFile.startswith("./tests")):
continue
if (definitionFile in filesToIgnore):
continue
if (ret.has_key(globalSymbol)):
fileSet = ret[globalSymbol]
else:
fileSet = set([])
ret[globalSymbol] = fileSet
if (changeToPackageFormat):
if (definitionFile.startswith("./")):
definitionFile = definitionFile[2:]
if (definitionFile.startswith("src/")):
definitionFile = definitionFile[4:]
if (definitionFile.startswith("plugins/")):
definitionFile = definitionFile[8:]
if (definitionFile.endswith(".py")):
definitionFile = definitionFile[:-3]
definitionFile = definitionFile.replace("/", ".")
fileSet.add(definitionFile)
return ret
def printDuplicateGlobals(globalsDict):
keys = globalsDict.keys()
keys.sort()
for key in keys:
if (key.startswith("_")):
continue
if (key in symbolsToIgnore):
continue
fileSet = globalsDict[key]
if (len(fileSet) > 1):
fileList = list(fileSet)
fileList.sort()
print "\n%s\n" % key
for filename in fileList:
print " %s \\" % filename
def toModule(filename):
if (filename.startswith("./src/")):
filename = filename[6:]
if (filename.startswith("./")):
filename = filename[2:]
if (filename.endswith(".py")):
filename = filename[:-3]
filename = filename.replace("/", ".")
return filename
def resolveSymbol(sym):
if (globalsDict.has_key(sym)):
fileSet = globalsDict[sym]
fileList = list(fileSet)
if (len(fileList) > 1):
print "ambiguous definitions of symbol %s:" % sym
fileList.sort()
for filename in fileList:
print " " + filename
else:
print "from %s import %s" % (toModule(fileList[0]), sym)
else:
print "import " + sym
def findPycheckerGlobals():
for line in sys.stdin:
m = pycheckerNoGlobalRegex.search(line)
if (m):
symbol = m.group(1)
resolveSymbol(symbol)
_s_symbolToModule = {}
_s_ignoreModuleSet = set([
"atombase",
"sim",
"qt_debug_hacks",
"MMKit",
"testmode",
"bearing_data",
"samevals",
"exprs",
"TreeView",
])
def checkOneImport(fileName, moduleName, symbolName, globalsDict):
if (symbolName == '*'):
print "import * in " + fileName
return
if (symbolName == '\\'):
print "import \\ in " + fileName
return
if (_s_symbolToModule.has_key(symbolName)):
previousModule = _s_symbolToModule[symbolName]
if (previousModule != moduleName):
if ((previousModule == "math" and moduleName == "Numeric") or
(previousModule == "Numeric" and moduleName == "math")):
pass
else:
print "%s importing %s from %s, elsewhere imported from %s" % (fileName, symbolName, moduleName, previousModule)
if (moduleName in _s_ignoreModuleSet):
return
_s_symbolToModule[symbolName] = moduleName
if (globalsDict.has_key(symbolName)):
moduleSet = globalsDict[symbolName]
if (not moduleName in moduleSet):
print "%s importing %s from %s, not defined there" % (fileName, symbolName, moduleName)
if (len(moduleSet) > 1):
if (len(moduleSet) == 2 and "math" in moduleSet and "Numeric" in moduleSet):
return
print "%s importing %s from %s, is available from:" % (fileName, symbolName, moduleName)
for mod in moduleSet:
print " " + mod
else:
print "can't check up on file %s symbol %s module %s" % (fileName, symbolName, moduleName)
def checkImportStatements(globalsDict):
"""
grep '^[[:space:]]*from.*import' *.py | tools/ResolveGlobals.py ../allglobalsymbols --check-import
"""
for line in sys.stdin:
m = importLineRegex.match(line)
if (m):
fileName = m.group(1)
moduleName = m.group(2)
symbolList = m.group(3).strip().split(',')
for symbolName in symbolList:
symbolName = symbolName.strip()
checkOneImport(fileName, moduleName, symbolName, globalsDict)
if (__name__ == '__main__'):
globalsFilename = sys.argv[1]
printDuplicates = False
checkImports = False
if (len(sys.argv) > 2 and sys.argv[2] == '--duplicates'):
printDuplicates = True
elif (len(sys.argv) > 2 and sys.argv[2] == '--check-import'):
checkImports = True
globalsDict = readGlobalsFile(globalsFilename, checkImports)
if (printDuplicates):
printDuplicateGlobals(globalsDict)
elif (checkImports):
checkImportStatements(globalsDict)
else:
findPycheckerGlobals()
| NanoCAD-master | cad/src/tools/ResolveGlobals.py |
#!/usr/bin/env python
"""
$Id$
parse messages like this
widgets/prefs_widgets.py:472: [W0511] TODO: try to make destroyable_Qt_connection a super of this class
widgets/prefs_widgets.py:39: [C0112, widget_destroyConnectionWithState] Empty docstring
and print them into files based on the W0511 part, named e.g. W0511.txt.
"""
import sys, os, time
files = {} ### REVIEW: can I have any number of open files at a time?
def open_file_for_message_type(mtype):
if not files.has_key(mtype):
filename = "%s.txt" % mtype
files[mtype] = open(filename, "w")
return files[mtype]
def close_files(): # maybe not needed, if normal exit does this??
for key, val in files.items():
val.close()
return
def writeit(line, current_message_type):
if current_message_type:
file1 = open_file_for_message_type(current_message_type)
file1.write(line)
return
current_message_type = None
for line in sys.stdin.readlines():
if not line[0].isspace():
words = line.split()
if len(words) >= 2 and words[1][0] == '[' and words[1][-1] in [ ']', ',' ]:
message_type = words[1][1:-1]
assert len(message_type) == 5
assert message_type[0] in "WCERF", "unrecognized message: %r" % (message_type,)
for char1 in message_type[1:]:
assert char1 in "0123456789"
current_message_type = message_type
writeit(line, current_message_type)
continue
# end
| NanoCAD-master | cad/src/tools/pylint-sort-msgs.py |
#!/usr/bin/env python
# Copyright 2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""
PackageDependency.py
$Id$
Takes a list of python files as arguments, writes a list of
packages that each imports on stdout. This information is in a
format suitable for use with the GraphViz package.
To use, run this on a list of all python files you're interested
in, redirecting stdout to a file like depend.dot. Stderr will
recieve a list of modules with in and out arc counts for that node
in the final graph.
The program first reduces the tree to the graph of cycles. It does
this by removing nodes with either no incoming arcs, or no outgoing
arcs, or those which only reference modules not in the argument
list. It performs this pruning repeatedly until no new exclusions
are produced by an iteration.
At that point, the output consists of only the cycles in the
dependency graph. This can be plotted with the dot program from
the GraphViz package.
http://www.graphviz.org
"""
import sys
import re
import os.path
from packageData import packageColors
from packageData import packageLevels
from packageData import packageGroupMapping
try:
set
except NameError:
# Define 'set', for versions of Python too old to define the builtin 'set',
# but which have an almost-compatible sets module in their standard library
# (which includes some versions we still run NE1 on, like 2.3). The only
# incompatibility that affects this script is the need for an explicit
# set(list2) coercion in set1.difference(set(list2)), when using sets.py.
from sets import Set as set
pass
fromImportLineRegex = re.compile(r'^\s*from\s+(\S+)\s+import\s+([^#]*)')
importLineRegex = re.compile(r'^\s*import\s+([^#]+)')
asRegex = re.compile(r'^(\S+)\s+as\s+')
pruneModules = []
"""
The pruneModules list are those modules which didn't import any
modules excluded in any of the module lists. These are
the leaves of the dependency tree. At each stage, you prune off
the leaves and expose a new layer of modules which no longer import
any non-excluded modules.
"""
unreferencedModules = []
"""
The unreferencedModules list are those which none of the
non-excluded modules import. These are roots of the dependency
tree.
"""
externalModules = []
"""
The externalModules list are those which are referenced, but are
not in the set of arguments.
"""
rootsToKeep = set([
"_import_roots",
])
libraryReferences = [
"os",
"os.path",
"re",
"sys",
"time",
"datetime",
"math",
"code",
"types",
"struct",
"string",
"pprint",
"random",
"inspect",
"traceback",
"exceptions",
"shutil",
"glob",
"socket",
"tokenize",
"cPickle",
"bsddb",
"shelve",
"bsddb3",
"bsddb3.dbshelve",
"doctest",
"base64",
"md5",
"threading",
"webbrowser",
"urllib",
"xml.dom.minidom",
"hotshot",
"profile",
"distutils.core",
"distutils.extension",
"Pyrex.Distutils",
"Pyrex",
"Numeric",
"LinearAlgebra",
"Image",
"ImageOps",
"PngImagePlugin",
"idlelib.Delegator",
"OpenGL.GL",
"OpenGL.GLU",
"OpenGL.GLE",
"OpenGL._GLE",
"PyQt4",
"PyQt4.Qt",
"PyQt4.QtGui",
"PyQt4.QtCore",
"sim",
"atombase",
"quux",
"xxx",
"bearing_data",
"samevals",
"psurface",
"zipfile",
"colorsys",
]
filesToProcess = []
optionPrintUnreferenced = False
optionPrintTables = False
optionJustCycles = False
optionByPackage = False
optionDontPrune = False
optionColorPackages = False
moduleNameToImportList = {}
# these four are set in initializeGlobals()
allProcessedModules = None
referencedModules = None
fromModuleCount = None
toModuleCount = None
def isPackage(moduleName):
possiblePackageName = moduleName.replace(".", "/")
if (os.path.isdir(possiblePackageName)):
return True
return False
def fileNameToModuleName(fileName):
if (fileName.startswith("./")):
fileName = fileName[2:]
if (fileName.startswith("src/")):
fileName = fileName[4:]
if (fileName.endswith(".py")):
fileName = fileName[:-3]
fileName = fileName.replace("/", ".")
return fileName
def dotReplacement(moduleName):
ret = moduleName.replace(".", "_")
ret = ret.replace("-", "_")
# node and edge are reserved words in .dot files
if (ret == "node"):
return "_node"
if (ret == "edge"):
return "_edge"
return ret
def moduleToDotNode(moduleName, returnPackageName):
if (returnPackageName):
if (moduleName in libraryReferences):
return "library"
if (isPackage(moduleName)):
if (packageGroupMapping.has_key(moduleName)):
return packageGroupMapping[moduleName]
return moduleName
mod = moduleName
while (True):
i = mod.rfind(".")
if (i < 0):
return "top"
mod = mod[:i]
if (isPackage(mod)):
if (packageGroupMapping.has_key(mod)):
return packageGroupMapping[mod]
return mod
return moduleName
def printPackage(fromPackageName, toPackageName, fromModuleName, toModuleName):
if (optionByPackage):
if (toPackageName != "library" and toPackageName != "tools"):
print >>sys.stderr, "%s -> %s, %s -> %s" % (fromPackageName, toPackageName, fromModuleName, toModuleName)
def importsInFile(fileName):
importSet = set([])
fromModuleName = fileNameToModuleName(fileName)
fromModule = moduleToDotNode(fromModuleName, optionByPackage)
continuationWarning = False
f = open(fileName)
for line in f:
m = fromImportLineRegex.match(line)
if (m):
if (continuationWarning or line.rstrip().endswith("\\")):
continuationWarning = True
if (isPackage(m.group(1))):
packageName = m.group(1)
moduleImportList = m.group(2).strip().split(',')
for toModuleName in moduleImportList:
toModuleName = toModuleName.strip()
m = asRegex.match(toModuleName)
if (m):
toModuleName = m.group(1)
toModuleName = packageName + "." + toModuleName
toModule = moduleToDotNode(toModuleName, optionByPackage)
if (toModule != fromModule):
importSet.add(toModule)
printPackage(fromModule, toModule, fromModuleName, toModuleName)
else:
toModule = moduleToDotNode(m.group(1), optionByPackage)
if (toModule != fromModule):
importSet.add(toModule)
printPackage(fromModule, toModule, fromModuleName, m.group(1))
continue
m = importLineRegex.match(line)
if (m):
if (continuationWarning or line.rstrip().endswith("\\")):
continuationWarning = True
toModuleList = m.group(1).strip().split(',')
for toModuleName in toModuleList:
toModuleName = toModuleName.strip()
m = asRegex.match(toModuleName)
if (m):
toModuleName = m.group(1)
toModule = moduleToDotNode(toModuleName, optionByPackage)
if (toModule != fromModule):
importSet.add(toModule)
printPackage(fromModule, toModule, fromModuleName, toModuleName)
f.close()
if (continuationWarning):
print >>sys.stderr, "WARNING: continued import statement in " + fileName
if (moduleNameToImportList.has_key(fromModule)):
# this happens if we're operating by package
importSet = importSet.union(moduleNameToImportList[fromModule])
importList = list(importSet)
importList.sort()
moduleNameToImportList[fromModule] = importList
nodeColors = {}
packageNodes = []
def createNode(name, fullModuleName):
if (not optionColorPackages or nodeColors.has_key(name)):
return
if (optionByPackage):
packageName = name
else:
packageName = moduleToDotNode(fullModuleName, True)
if (packageColors.has_key(packageName)):
nodeColors[name] = packageColors[packageName]
print ' %s [fillcolor="%s"];' % (name, nodeColors[name])
else:
print >>sys.stderr, "undefined package color: " + packageName
def getPackageLevel(packageName):
if (packageLevels.has_key(packageName)):
return packageLevels[packageName]
print >>sys.stderr, "undefined package level: " + packageName
return 9
def printEdge(fromNode, toNode):
fn = dotReplacement(fromNode)
tn = dotReplacement(toNode)
createNode(fn, fromNode)
createNode(tn, toNode)
if (optionByPackage and optionColorPackages):
fromLevel = getPackageLevel(fromNode)
toLevel = getPackageLevel(toNode)
if (fromLevel < toLevel):
color = "red"
else:
color = "black"
print " %s -> %s [color=%s];" % (fn, tn, color)
else:
print " %s -> %s;" % (fn, tn)
excludeFromEdges = [
"prototype",
]
excludeToEdges = [
"library",
"tools",
"top", # only excluded to prevent required relative imports and spurious library references from showing up
"prototype",
]
def dependenciesInFile(fromModuleName, printing):
if (fromModuleName in pruneModules or fromModuleName in unreferencedModules):
return None
allProcessedModules.add(fromModuleName)
importList = moduleNameToImportList[fromModuleName]
referencedModules.update(importList)
outCount = 0
for toModuleName in importList:
if (toModuleName in externalModules or toModuleName in pruneModules or toModuleName in unreferencedModules):
continue
if (printing and fromModuleName not in excludeFromEdges and toModuleName not in excludeToEdges):
printEdge(fromModuleName, toModuleName)
if (fromModuleCount.has_key(fromModuleName)):
fromModuleCount[fromModuleName] += 1
else:
fromModuleCount[fromModuleName] = 1
if (toModuleCount.has_key(toModuleName)):
toModuleCount[toModuleName] += 1
else:
toModuleCount[toModuleName] = 1
outCount = outCount + 1
if (outCount < 1):
return fromModuleName
return None
def scanForImports():
for sourceFile in filesToProcess:
importsInFile(sourceFile)
def initializeGlobals():
global allProcessedModules
global referencedModules
global fromModuleCount
global toModuleCount
allProcessedModules = set([])
referencedModules = set([])
fromModuleCount = {}
toModuleCount = {}
def pruneTree():
global pruneModules
global unreferencedModules
global externalModules
initializeGlobals()
pruneCount = 0
pruneModulesLen = 0
prunedModuleList = []
alreadyProcessed = []
for sourceFile in filesToProcess:
fromModuleName = moduleToDotNode(fileNameToModuleName(sourceFile), optionByPackage)
if (not fromModuleName in alreadyProcessed):
alreadyProcessed += [fromModuleName]
prunedModule = dependenciesInFile(fromModuleName, False)
if (prunedModule):
prunedModuleList += [prunedModule]
pruneModules += prunedModuleList
pruneCount += len(prunedModuleList)
unreferencedModulesList = allProcessedModules.difference(referencedModules)
if (optionPrintUnreferenced):
unreferencedModulesList = unreferencedModulesList.difference(rootsToKeep)
unreferencedModules += unreferencedModulesList
pruneCount += len(unreferencedModulesList)
externalModulesList = referencedModules.difference(allProcessedModules)
externalModulesList = externalModulesList.difference(set(externalModules))
externalModulesList = externalModulesList.difference(set(pruneModules))
externalModules += externalModulesList
pruneCount += len(externalModulesList)
return pruneCount
inThisCycle = set([])
inAnyCycle = set([])
visited = {}
debugCycle = False
def isInCycle(moduleName, cycleRoot, debugPrefix):
global visited
if (moduleName == cycleRoot):
if (debugCycle):
print debugPrefix + "Got to root"
return True
if (visited.has_key(moduleName)):
if (debugCycle):
print debugPrefix + "Already visited %s, returning %s" % (moduleName, visited[moduleName])
return visited[moduleName]
if (moduleName in pruneModules or moduleName in unreferencedModules or moduleName in externalModules):
if (debugCycle):
print debugPrefix + "Pruning " + moduleName
return False
importList = moduleNameToImportList[moduleName]
visited[moduleName] = False
for toModuleName in importList:
if (debugCycle):
print debugPrefix + "Descending to " + toModuleName
if (isInCycle(toModuleName, cycleRoot, debugPrefix + " ")):
visited[moduleName] = True
if (debugCycle):
print debugPrefix + "Part of cycle: %s -> %s" %(moduleName, toModuleName)
return True
if (debugCycle):
print debugPrefix + "Not in cycle: " + moduleName
return False
def scanForCycles(cycleRoot):
global visited
global debugCycle
# debugCycle = (cycleRoot == "pick a node")
if (moduleName in pruneModules or moduleName in unreferencedModules or moduleName in externalModules):
if (debugCycle):
print "returning right away"
return
removeArcs = []
importList = moduleNameToImportList[cycleRoot]
for toModuleName in importList:
visited = {}
if (debugCycle):
print "------- starting to scan: " + toModuleName
if (isInCycle(toModuleName, cycleRoot, "")):
if (debugCycle):
print "in cycle: " + toModuleName
pass
else:
removeArcs += [toModuleName]
if (debugCycle):
print "NOT in cycle: " + toModuleName
for toModuleName in removeArcs:
importList.remove(toModuleName)
moduleNameToImportList[moduleName] = importList
return
def printTree():
initializeGlobals()
print "digraph G {"
if (optionColorPackages):
print " node [style=filled];"
print ' node [fillcolor="#ff4040"];'
alreadyProcessed = []
for sourceFile in filesToProcess:
fromModuleName = moduleToDotNode(fileNameToModuleName(sourceFile), optionByPackage)
if (not fromModuleName in alreadyProcessed):
alreadyProcessed += [fromModuleName]
dependenciesInFile(fromModuleName, True)
print "}"
if (not optionByPackage):
for key in fromModuleCount.keys():
if (not toModuleCount.has_key(key)):
toModuleCount[key] = 0
print >>sys.stderr, "%06d %06d %s" % (toModuleCount[key], fromModuleCount[key], key)
if (__name__ == '__main__'):
for opt in sys.argv[1:]:
if (opt == "--noPrune"):
optionDontPrune = True
elif (opt == "--printUnreferenced"):
optionPrintUnreferenced = True
elif (opt == "--printTables"):
optionPrintTables = True
elif (opt == "--justCycles"):
optionJustCycles = True
elif (opt == "--byPackage"):
optionByPackage = True
elif (opt == "--colorPackages"):
optionColorPackages = True
else:
filesToProcess += [opt]
scanForImports()
if (not optionDontPrune):
while (pruneTree()):
pass
if (optionPrintUnreferenced):
unreferencedModules.sort()
for module in unreferencedModules:
if (not module.endswith("__init__")):
print module
elif (optionPrintTables):
print "\n Prune\n"
pruneModules.sort()
for module in pruneModules:
print module
print "\n Unreferenced\n"
unreferencedModules.sort()
for module in unreferencedModules:
print module
print "\n External\n"
externalModules.sort()
for module in externalModules:
print module
else:
if (optionJustCycles):
alreadyProcessed = []
for sourceFile in filesToProcess:
moduleName = moduleToDotNode(fileNameToModuleName(sourceFile), optionByPackage)
if (not moduleName in alreadyProcessed):
alreadyProcessed += [moduleName]
scanForCycles(moduleName)
while (pruneTree()):
pass
printTree()
| NanoCAD-master | cad/src/tools/PackageDependency.py |
#!/usr/bin/env python
# Copyright 2008 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""
Find the length of a vector, given the coordinates of the two ends.
The 2D vectors are offset by a constant Z amount, and one is rotated
by a constant angle.
"""
import sys
import math
dtheta = -36.0 * math.pi / 180.0
s = math.sin(dtheta)
c = math.cos(dtheta)
while True:
line = sys.stdin.readline()
if (not line):
break
splitLine = line.split()
x1 = float(splitLine[0])
y1 = float(splitLine[1])
x2i = float(splitLine[2])
y2i = float(splitLine[3])
x2 = x2i * c - y2i * s
y2 = x2i * s + y2i * c
dx = x1 - x2
dy = y1 - y2
dz = 0.318
length = math.sqrt(dx * dx + dy * dy + dz * dz)
print "(%f %f) -> (%f %f) %6.2f" % (x1, y1, x2, y2, length * 1000)
| NanoCAD-master | cad/src/tools/FindLength.py |
#!/usr/bin/env python
# Copyright 2007-2008 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""
@author: Bruce
@version: $Id$
@copyright: 2007-2008 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
Note: this produces several disconnected graphs in GraphViz
format. I don't know if the entire output
(when it contains more than one graph) is legal GraphViz input.
"""
_DEBUG = False
import sys
import os
def transclose( toscan, collector):
"""
This is a copy of def transclose from cad/src/state_utils.py as of 071028,
with unused options removed. See that version for documentation.
It's copied here so this script is self-contained and doesn't need to
fiddle with sys.path to run.
"""
seen = dict(toscan)
while toscan:
found = {}
len1 = len(toscan)
for obj in toscan.itervalues():
collector(obj, found)
len2 = len(toscan)
if len1 != len2:
print >> sys.stderr, \
"bug: transclose's collector %r modified dict toscan (id %#x, length %d -> %d)" % \
(collector, id(toscan), len1, len2)
# now "subtract seen from found"
new = {}
for key, obj in found.iteritems():
if not seen.has_key(key):
new[key] = obj
seen.update(new)
toscan = new
continue
return seen
def readDependDot_as_pairs(filename):
"""
Return a list of pairs (module1, module2)
for the dependency lines in the format " module1 -> module2;"
in the named file.
(Note: this is the format output by PackageDependency.py
into a file often called "depend.dot".)
"""
file = open(filename, "rU")
lines = file.readlines()
file.close()
res = []
for line in lines:
if '->' in line:
# assume line looks like " module1 -> module2;" plus optional whitespace
line = line.strip()
words = line.split()
module1 = words[0]
assert words[1] == '->'
assert words[2].endswith(';')
module2 = words[2][:-1]
if _DEBUG:
print "got %r -> %r" % (module1, module2)
res.append((module1,module2))
return res
def import_pairs_to_imports_dict(import_pairs):
imports_dict = {}
for (module1, module2) in import_pairs:
module2list = imports_dict.setdefault(module1, [])
module2list.append(module2)
return imports_dict
def extract_connected_set(dict1, module1):
"""
Assume dict1 maps modules to lists of modules they import,
and module1 is a key in dict1.
Find all modules reachable from module1 in dict1
and remove them from dict1
and return them in a list.
"""
def collector( module_x, dict_to_store_into):
module2list = dict1.pop(module_x)
for m2 in module2list:
dict_to_store_into[m2] = m2
return
seen = transclose( {module1: module1}, collector )
return seen.keys()
def sorted(list1):
copy = list(list1)
copy.sort()
return copy
def doit(filename):
import_pairs = readDependDot_as_pairs(filename)
imports_dict = import_pairs_to_imports_dict(import_pairs)
imports_dict_orig = dict(imports_dict)
# we now destructively extract maximal connected subsets from imports_dict
# (assuming it only contains cycles, so it's enough to follow imports
# in only one direction) and print them, until none are left
while imports_dict:
first_key = sorted(imports_dict.keys())[0]
cyclic_set = extract_connected_set( imports_dict, first_key) # a list
modules = sorted(cyclic_set)
# print this cyclic set
# I don't know if '#' starts a comment line in GraphViz input...
# and these lines are not that useful, so don't bother:
## print "# " + " ".join(modules)
print "digraph G_%s {" % first_key
for module1 in modules:
for module2 in sorted(imports_dict_orig[module1]):
print " %s -> %s;" % (module1, module2)
if module1 != modules[-1]:
print
print "}\n"
return
def print_usage():
program = sys.argv[0]
print >>sys.stderr, "Usage: %s [depend.dot-filename] ==> prints cyclic sets as separate digraphs"
return
def main(argv):
argc = len(argv)
if argc == 2:
filename = argv[1]
elif argc == 1:
filename = "depend.dot"
else:
print_usage()
sys.exit(1)
if not os.path.isfile(filename):
print_usage()
sys.exit(1)
doit(filename)
return
if __name__ == '__main__':
main(sys.argv)
sys.exit(0)
# end
| NanoCAD-master | cad/src/tools/splitDependDot.py |
#!/usr/bin/env python
"""
linelen.py - print max line length of each input file, assuming no tabs.
Also print line number of at least one line which is that long.
@author: Bruce
@version: $Id$
@copyright: 2007-2009 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""
import sys, os, time
# bruce 070304, added lineno 090126
def linelen(fn):
"""
Given filename fn,
return max line length (assuming no tabs and all lines \n-terminated),
and one of the line numbers it occurs on (the first one, in current implem).
"""
file = open(fn, 'rU')
lines = file.readlines()
file.close()
if not lines:
return 0, 0
rawlengths = map(len, lines)
maxlen = max(rawlengths) - 1 # -1 is for the terminating newline
###BUG if file ends non-\n
###BUG if file contains tabs
lineno = 1 + rawlengths.index(maxlen + 1)
return maxlen, lineno
# ==
if __name__ == '__main__':
filenames = sys.argv[1:]
program = os.path.basename(sys.argv[0])
if not filenames:
msg = "usage: %s <files> [no stdin reading supported for now]" % (program,)
print >> sys.stderr, msg
sys.exit(1)
for fn in filenames:
if os.path.isfile(fn):
maxlen, lineno = linelen(fn)
print "linelen(%r) = %d (line %d)" % (fn, maxlen, lineno)
else:
print "not found or not a plain file: %r" % fn
continue
print "done"
# end
| NanoCAD-master | cad/src/tools/linelen.py |
#!/usr/bin/env python
# Copyright 2008 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""
Reads a sequence of numbers from stdin, and calculates the mean and
standard deviation.
"""
import sys
from math import sqrt
def main():
numbers = []
line = sys.stdin.readline()
while (line):
numbers.append(float(line))
line = sys.stdin.readline()
samples = len(numbers)
mean = sum(numbers) / samples
if (samples < 2):
variance = 0
else:
sampleVariance = map(lambda x: (x - mean) * (x - mean), numbers)
variance = sum(sampleVariance) / (samples - 1)
print "samples: %d, mean: %f, standardDeviation: %f" % (samples, mean, sqrt(variance))
if (__name__ == '__main__'):
main()
| NanoCAD-master | cad/src/tools/MeanStandardDeviation.py |
#!/usr/bin/env python
# Copyright 2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""
SymbolsInPackage.py
Reads a list of package names from stdin, and writes to stdout a
list of all of the symbols defined in that package in the same
format as FindPythonGlobals.py does.
"""
import sys
if (__name__ == '__main__'):
for line in sys.stdin:
package = line.strip()
try:
exec "import " + package
globalSymbols = eval("dir(%s)" % package)
for sym in globalSymbols:
if (not sym.startswith("_")):
print "%s: %s" % (sym, package)
except:
print >>sys.stderr, "Failed to process " + package
| NanoCAD-master | cad/src/tools/SymbolsInPackage.py |
#!/usr/bin/env python
# Copyright 2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""
FindExternalImports.py
Takes a list of python files as arguments, writes a list of
packages that any of them import outside of the input list.
Suitable for feeding to SymbolsInPackage.py to create an expanded
global symbol list for use by ResolveGlobals.py.
"""
import sys
import re
fromImportLineRegex = re.compile(r'^\s*from\s+(\S+)\s+import\s')
importLineRegex = re.compile(r'^\s*import\s+([^#]+)')
asRegex = re.compile(r'^(\S+)\s+as\s+')
allProcessedModules = set([])
importedModules = set([])
def fileNameToModuleName(fileName):
if (fileName.startswith("./")):
fileName = fileName[2:]
if (fileName.startswith("src/")):
fileName = fileName[4:]
if (fileName.endswith(".py")):
fileName = fileName[:-3]
fileName = fileName.replace("/", ".")
return fileName
def collectImportedModules(fileName):
importSet = set([])
fromModuleName = fileNameToModuleName(fileName)
allProcessedModules.add(fromModuleName)
f = open(fileName)
for line in f:
m = fromImportLineRegex.match(line)
if (m):
toModuleName = m.group(1)
importSet.add(toModuleName)
continue
m = importLineRegex.match(line)
if (m):
toModuleList = m.group(1).strip().split(',')
for toModuleName in toModuleList:
toModuleName = toModuleName.strip()
m = asRegex.match(toModuleName)
if (m):
toModuleName = m.group(1)
importSet.add(toModuleName)
f.close()
importedModules.update(importSet)
if (__name__ == '__main__'):
for sourceFile in sys.argv[1:]:
collectImportedModules(sourceFile)
externalImports = importedModules.difference(allProcessedModules)
importList = list(externalImports)
importList.sort()
for moduleName in importList:
print moduleName
| NanoCAD-master | cad/src/tools/FindExternalImports.py |
#! /usr/bin/env python
# Released to the public domain, by Tim Peters, 03 October 2000.
"""reindent [-d][-r][-v] [ path ... ]
-d Dry run. Analyze, but don't make any changes to, files.
-r Recurse. Search for all .py files in subdirectories too.
-v Verbose. Print informative msgs; else no output.
Change Python (.py) files to use 4-space indents and no hard tab characters.
Also trim excess spaces and tabs from ends of lines, and remove empty lines
at the end of files. Also ensure the last line ends with a newline.
If no paths are given on the command line, reindent operates as a filter,
reading a single source file from standard input and writing the transformed
source to standard output. In this case, the -d, -r and -v flags are
ignored.
You can pass one or more file and/or directory paths. When a directory
path, all .py files within the directory will be examined, and, if the -r
option is given, likewise recursively for subdirectories.
If output is not to standard output, reindent overwrites files in place,
renaming the originals with a .bak extension. If it finds nothing to
change, the file is left alone. If reindent does change a file, the changed
file is a fixed-point for future runs (i.e., running reindent on the
resulting .py file won't change it again).
The hard part of reindenting is figuring out what to do with comment
lines. So long as the input files get a clean bill of health from
tabnanny.py, reindent should do a good job.
$Id$
"""
__version__ = "1"
import tokenize
import os
import sys
verbose = 0
recurse = 0
dryrun = 0
def errprint(*args):
sep = ""
for arg in args:
sys.stderr.write(sep + str(arg))
sep = " "
sys.stderr.write("\n")
def main():
import getopt
global verbose, recurse, dryrun
try:
opts, args = getopt.getopt(sys.argv[1:], "drv")
except getopt.error, msg:
errprint(msg)
return
for o, a in opts:
if o == '-d':
dryrun += 1
elif o == '-r':
recurse += 1
elif o == '-v':
verbose += 1
if not args:
r = Reindenter(sys.stdin)
r.run()
r.write(sys.stdout)
return
for arg in args:
check(arg)
def check(file):
if os.path.isdir(file) and not os.path.islink(file):
if verbose:
print "listing directory", file
names = os.listdir(file)
for name in names:
fullname = os.path.join(file, name)
if ((recurse and os.path.isdir(fullname) and
not os.path.islink(fullname))
or name.lower().endswith(".py")):
check(fullname)
return
if verbose:
print "checking", file, "...",
try:
f = open(file)
except IOError, msg:
errprint("%s: I/O Error: %s" % (file, str(msg)))
return
r = Reindenter(f)
f.close()
if r.run():
if verbose:
print "changed."
if dryrun:
print "But this is a dry run, so leaving it alone."
if not dryrun:
bak = file + ".bak"
if os.path.exists(bak):
os.remove(bak)
os.rename(file, bak)
if verbose:
print "renamed", file, "to", bak
f = open(file, "w")
r.write(f)
f.close()
if verbose:
print "wrote new", file
else:
if verbose:
print "unchanged."
def _rstrip(line, JUNK='\n \t'):
"""Return line stripped of trailing spaces, tabs, newlines.
Note that line.rstrip() instead also strips sundry control characters,
but at least one known Emacs user expects to keep junk like that, not
mentioning Barry by name or anything <wink>.
"""
i = len(line)
while i > 0 and line[i-1] in JUNK:
i -= 1
return line[:i]
class Reindenter:
def __init__(self, f):
self.find_stmt = 1 # next token begins a fresh stmt?
self.level = 0 # current indent level
# Raw file lines.
self.raw = f.readlines()
# File lines, rstripped & tab-expanded. Dummy at start is so
# that we can use tokenize's 1-based line numbering easily.
# Note that a line is all-blank iff it's "\n".
self.lines = [_rstrip(line).expandtabs() + "\n"
for line in self.raw]
self.lines.insert(0, None)
self.index = 1 # index into self.lines of next line
# List of (lineno, indentlevel) pairs, one for each stmt and
# comment line. indentlevel is -1 for comment lines, as a
# signal that tokenize doesn't know what to do about them;
# indeed, they're our headache!
self.stats = []
def run(self):
tokenize.tokenize(self.getline, self.tokeneater)
# Remove trailing empty lines.
lines = self.lines
while lines and lines[-1] == "\n":
lines.pop()
# Sentinel.
stats = self.stats
stats.append((len(lines), 0))
# Map count of leading spaces to # we want.
have2want = {}
# Program after transformation.
after = self.after = []
# Copy over initial empty lines -- there's nothing to do until
# we see a line with *something* on it.
i = stats[0][0]
after.extend(lines[1:i])
for i in range(len(stats)-1):
thisstmt, thislevel = stats[i]
nextstmt = stats[i+1][0]
have = getlspace(lines[thisstmt])
want = thislevel * 4
if want < 0:
# A comment line.
if have:
# An indented comment line. If we saw the same
# indentation before, reuse what it most recently
# mapped to.
want = have2want.get(have, -1)
if want < 0:
# Then it probably belongs to the next real stmt.
for j in xrange(i+1, len(stats)-1):
jline, jlevel = stats[j]
if jlevel >= 0:
if have == getlspace(lines[jline]):
want = jlevel * 4
break
if want < 0: # Maybe it's a hanging
# comment like this one,
# in which case we should shift it like its base
# line got shifted.
for j in xrange(i-1, -1, -1):
jline, jlevel = stats[j]
if jlevel >= 0:
want = have + getlspace(after[jline-1]) - \
getlspace(lines[jline])
break
if want < 0:
# Still no luck -- leave it alone.
want = have
else:
want = 0
assert want >= 0
have2want[have] = want
diff = want - have
if diff == 0 or have == 0:
after.extend(lines[thisstmt:nextstmt])
else:
for line in lines[thisstmt:nextstmt]:
if diff > 0:
if line == "\n":
after.append(line)
else:
after.append(" " * diff + line)
else:
remove = min(getlspace(line), -diff)
after.append(line[remove:])
return self.raw != self.after
def write(self, f):
f.writelines(self.after)
# Line-getter for tokenize.
def getline(self):
if self.index >= len(self.lines):
line = ""
else:
line = self.lines[self.index]
self.index += 1
return line
# Line-eater for tokenize.
def tokeneater(self, type, token, (sline, scol), end, line,
INDENT = tokenize.INDENT,
DEDENT = tokenize.DEDENT,
NEWLINE = tokenize.NEWLINE,
COMMENT = tokenize.COMMENT,
NL = tokenize.NL):
if type == NEWLINE:
# A program statement, or ENDMARKER, will eventually follow,
# after some (possibly empty) run of tokens of the form
# (NL | COMMENT)* (INDENT | DEDENT+)?
self.find_stmt = 1
elif type == INDENT:
self.find_stmt = 1
self.level += 1
elif type == DEDENT:
self.find_stmt = 1
self.level -= 1
elif type == COMMENT:
if self.find_stmt:
self.stats.append((sline, -1))
# but we're still looking for a new stmt, so leave
# find_stmt alone
elif type == NL:
pass
elif self.find_stmt:
# This is the first "real token" following a NEWLINE, so it
# must be the first token of the next program statement, or an
# ENDMARKER.
self.find_stmt = 0
if line: # not endmarker
self.stats.append((sline, self.level))
# Count number of leading blanks.
def getlspace(line):
i, n = 0, len(line)
while i < n and line[i] == " ":
i += 1
return i
if __name__ == '__main__':
main()
| NanoCAD-master | cad/src/tools/old/reindent.py |
#! /usr/bin/python
# Copyright 2004-2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""
checkui.py
$Id$
"""
import sys
from commands import getoutput
import re
from StringIO import StringIO
isdef = re.compile("\s*def (\w*)\(self,?\W*([^)]*)\):")
if __name__ == '__main__':
f = sys.argv[1]
if f[-2:] == 'ui':
foo = getoutput("pyuic " + sys.argv[1])
else:
foo = getoutput("cat " + sys.argv[1])
bar = StringIO(foo)
lis = []
for l in bar.readlines():
m = isdef.search(l)
if m and not '__' == m.group(1)[:2]:
if m.group(1) == 'languageChange':
continue
lis += [m.group(1) + '(' + m.group(2) + ')']
lis.sort()
for i in lis:
print i
# end
| NanoCAD-master | cad/src/tools/old/checkui.py |
#!/usr/bin/python
# Copyright 2006-2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
import re
import os
import xml.dom.minidom
def find_children(node, criterion=None):
kids = [ ]
for e in node.childNodes:
if (criterion is None or criterion(e)):
kids.append(e)
return kids
def first_text_node(node):
return find_children(node, lambda e: e.nodeType is e.TEXT_NODE)[0]
def find_elements(node, criterion=None):
def crit(e, criterion=criterion):
if e.nodeType is not e.ELEMENT_NODE:
return False
return criterion is None or criterion(e)
return find_children(node, crit)
def find_elements_by_localName(node, localName):
def crit(e, localName=localName):
if e.nodeType is not e.ELEMENT_NODE:
return False
return e.localName == localName
return find_children(node, crit)
def blab(node, level=0):
indent = level * ' '
print indent + repr(node)
for kid in find_children(node):
blab(kid, level + 1)
def main():
uifiles = map(lambda x: x[:-1],
os.popen('/bin/ls *.ui').readlines())
for f in uifiles:
rev = os.popen('cvs status ' + f).readlines()[3].split()[2]
branchpoint = '.'.join(rev.split('.')[:2])
print '==========================='
print f, ' ', rev
print '==========================='
r = os.popen('cvs up -p -r ' + branchpoint + ' ' + f).read()
doc = xml.dom.minidom.parseString(r)
ui = find_elements(doc)[0]
connections = find_elements_by_localName(ui, 'connections')[0]
for conn in find_elements_by_localName(connections, 'connection'):
sender = find_elements_by_localName(conn, 'sender')[0]
sender = first_text_node(sender).wholeText
receiver = find_elements_by_localName(conn, 'receiver')[0]
receiver = first_text_node(receiver).wholeText
signal = find_elements_by_localName(conn, 'signal')[0]
signal = first_text_node(signal).wholeText
slot = find_elements_by_localName(conn, 'slot')[0]
slot = first_text_node(slot).wholeText
print (' self.connect(self.%s,SIGNAL("%s"),self.%s)' %
(sender, signal, re.sub('\(.*', '', slot)))
if (__name__ == '__main__'):
main()
| NanoCAD-master | cad/src/tools/old/generate_connect_statements.py |
#!/usr/bin/env python
# Copyright 2008 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""
SplitDotInFile.py
Splits an AMBER .in file containing residues with internal coordinates
into multiple .in_frag files, one for each residue.
"""
import sys
def parseInFile(fileName):
file = open(fileName)
lines = file.readlines()
file.close()
inFile = False
nextIndex = -1
line1 = line2 = line3 = line4 = line5 = line6 = ''
for line in lines:
line6 = line5
line5 = line4
line4 = line3
line3 = line2
line2 = line1
line1 = line
columns = line.strip().split()
if (len(columns) < 10):
if (inFile):
# After the last line in a residue, there's a blank
# line, which will get us here.
nextIndex = -1
inFile = False
out.close()
continue
if (columns[0] == '1' and columns[1] == 'DUMM' and columns[2] == 'DU'):
# This is the start of a new residue (dummy atoms for
# defining the internal coordinate system). Earlier lines
# (saved in lineX) contain various info about the residue.
# We extract short and long names to build the filename.
fullName = line6.strip()
fullName = fullName.replace(' ', '_')
fullName = fullName.replace('*', '_x_')
fullName = fullName.replace('/', '_s_')
fullName = fullName.replace("'", '_p_')
fullName = fullName.replace('[', '_os_')
fullName = fullName.replace(']', '_cs_')
fullName = fullName.replace('(', '_op_')
fullName = fullName.replace(')', '_cp_')
cols4 = line4.strip().split()
shortName = cols4[0]
newFileName = "%s_%s.in_frag" % (shortName, fullName)
out = open(newFileName, 'w')
nextIndex = 1
inFile = True
warned = False
if (inFile):
# Within the residue itself, column 0 is an index number
# which usually increments sequentially.
index = int(columns[0])
igraph = columns[1]
isymbl = columns[2]
itree = columns[3]
na = int(columns[4])
nb = int(columns[5])
nc = int(columns[6])
r = float(columns[7])
theta = float(columns[8])
phi = float(columns[9])
print >>out, "%3d %4s %2s %s %3d %3d %3d %10.3f %10.3f %10.3f" % (nextIndex, igraph, isymbl, itree, na, nb, nc, r, theta, phi)
if (index != nextIndex and not warned):
print "%s %s index not sequential" % (fileName, newFileName)
warned = True
nextIndex = nextIndex + 1
if (__name__ == '__main__'):
parseInFile(sys.argv[1])
| NanoCAD-master | cad/src/tools/AMBER/SplitDotInFile.py |
#!/usr/bin/env python
"""
ParseINI.py
Implements a rudimentary parser for config files used by GROMACS to
define force fields, such as the AMBER force field.
Comments start with ; and can appear anywhere.
These files are designed to be processed through cpp, so they may
include #define statements. For the intended use of this module, we
will treat these as comments.
Blank lines are ignored.
Sections are introduced with '[ section_name ]'. Indendation of this
indicates nesting of sections in .rtp files.
Data lines within a section consist of a set of whitespace delimited
fields, the interpretation of which varies depending on the section.
This module parses a single file, and returns a data structure
representing the top level of the file. Each Section is a list of
Elements, each of which could be either another Section, or an Entry.
"""
class INIElement(object):
pass
class Section(INIElement):
def __init__(self, name):
self.name = name
self.elements = []
def addElement(self, element):
self.elements.append(element)
def getElements(self):
return self.elements
def get(self, index):
return self.elements[index]
def write(self, indent):
print "%s[ %s ]" % (indent, self.name)
for element in self.elements:
element.write(indent + " ")
class Entry(INIElement):
def __init__(self, columns):
self.columns = columns
def getColumn(self, col):
return self.columns[col]
def getColumnCount(self):
return len(self.columns)
def write(self, indent):
print "%s%s" % (indent, " ".join(self.columns))
class ParseINI(object):
def __init__(self, filename):
f = open(filename)
self._lines = f.readlines()
f.close()
self._lineNumber = -1
self._sectionIndent = -1
self._sectionName = "default"
self._nextLine()
def _nextLine(self):
self._lineNumber = self._lineNumber + 1
while (self._lineNumber < len(self._lines)):
line = self._lines[self._lineNumber]
semi = line.find(";")
if (semi >= 0):
line = line[:semi]
oct = line.find("#")
if (oct >= 0):
line = line[:oct]
line = line.strip()
if (len(line) == 0):
self._lineNumber = self._lineNumber + 1
continue
self._columns = line.split()
return
self._columns = None
def _parseSectionHeader(self):
cols = self._columns
if (cols != None and cols[0] == "[" and cols[-1] == "]"):
sectionName = " ".join(cols[1:-1])
else:
sectionName = "default"
line = self._lines[self._lineNumber]
spaces = 0
while (line[0] == " "):
line = line[1:]
spaces = spaces + 1
self._sectionIndent = spaces
self._sectionName = sectionName
def parse(self):
sectionName = self._sectionName
indent = self._sectionIndent
contents = Section(sectionName)
while (self._columns != None):
cols = self._columns
if (cols[0] == "["):
self._parseSectionHeader()
while (self._columns != None and self._sectionIndent > indent):
self._nextLine()
nestedSection = self.parse()
contents.addElement(nestedSection)
return contents
else:
thisRecord = Entry(cols)
contents.addElement(thisRecord)
self._nextLine()
return contents
if (__name__ == '__main__'):
import sys
parser = ParseINI(sys.argv[1])
tree = parser.parse()
tree.write("")
| NanoCAD-master | cad/src/tools/AMBER/ParseINI.py |
#!/usr/bin/env python
"""
Reads a set of ...nb.itp, ...bon.itp, and .rtp files representing a
GROMACS force field, and the info for translating a .pdb file into a
GROMACS .top file. Where the .rtp file specifies a named set of
torsion parameters, those parameters are checked against the
parameters which would result from a 4-atom match of the torsion terms
defined in the ...bon.itp file.
The ...nb.itp file contains the following section:
[ atomtypes ]
The ...bon.itp file contains the following sections:
[ bondtypes ]
[ angletypes ]
[ dihedraltypes ]
The .rtp file contains the following sections nested within each
molecule section:
[ **molecule_name** ]
[ atoms ]
[ bonds ]
[ dihedrals ]
[ impropers ]
The terms we want to check are defined in the [ dihedrals ] and
[ impropers ] sections of the .rtp file. These reference specific atom
names which are defined for each residue in a .pdb file. The [ atoms ]
section maps these pdb atom names into AMBER numeric atom types of
the form 'amber99_XX'. The [ atomtypes ] section of the ...nb.itp
file is used to translate these into symbolic AMBER atom types, which
appear in the [ dihedraltypes ] sections of the ...bon.itp file.
The named parameters appear as #defines in the ...bon.itp file, but
these have been extracted into dictionaries which are hard-coded here.
"""
import sys
from ParseINI import ParseINI
def canonicalizeImproper(i, j, k, l):
"""
Since the i, j, and l atoms are all interchangable in an improper
torsion, we need to put them in a canonical order to look them up
in a dictionary of torsions. Here we just sort them.
"""
a = [ i, j, l ]
a.sort()
can = [ a[0], a[1], k, a[2] ]
return "-".join(can)
def canonicalizeProper(i, j, k, l):
"""
Canonicalize a proper torsion. First, sort the inner pair. If
they're the same, sort the outer pair.
"""
if (cmp(j, k) < 0):
can = [ i, j, k, l ]
elif (cmp(j, k) == 0):
if (cmp(i, l) <= 0):
can = [ i, j, k, l ]
else:
can = [ l, k, j, i ]
else:
can = [ l, k, j, i ]
return "-".join(can)
def findImproper(torsions, i, j, k, l):
"""
Look up an improper torsion, where some of the atoms could be
wildcards. First match the exact set, then with one wildcard in
each position, then with two.
"""
can = canonicalizeImproper(i, j, k, l)
if (torsions.has_key(can)):
return can, torsions[can]
can = canonicalizeImproper('X', j, k, l)
if (torsions.has_key(can)):
return can, torsions[can]
can = canonicalizeImproper(i, 'X', k, l)
if (torsions.has_key(can)):
return can, torsions[can]
can = canonicalizeImproper(i, j, k, 'X')
if (torsions.has_key(can)):
return can, torsions[can]
can = canonicalizeImproper('X', 'X', k, l)
if (torsions.has_key(can)):
return can, torsions[can]
can = canonicalizeImproper('X', j, k, 'X')
if (torsions.has_key(can)):
return can, torsions[can]
can = canonicalizeImproper(i, 'X', k, 'X')
if (torsions.has_key(can)):
return can, torsions[can]
return None, None
def findProper(torsions, i, j, k, l):
"""
Look up a proper torsion. The outer two atoms could both be
wildcards.
"""
can = canonicalizeProper(i, j, k, l)
if (torsions.has_key(can)):
return can, torsions[can]
can = canonicalizeProper('X', j, k, 'X')
if (torsions.has_key(can)):
return can, torsions[can]
return None, None
definedImpropers = {
'urea_improper_1': '43.93200',
'nucleic_imp_10': '4.18400',
'nucleic_imp_11': '4.60240',
}
definedPropers = {
'backbone_prop_1': '20.92000 0.00000 -20.92000 0.00000 0.00000 0.00000',
'backbone_prop_2': '29.28800 -8.36800 -20.92000 0.00000 0.00000 0.00000',
'backbone_prop_3': '9.82361 -1.36942 -7.39396 3.79907 0.00000 0.00000',
'backbone_prop_4': '8.08349 -1.41503 -2.88780 -3.78066 0.00000 0.00000',
'backbone_prop_5': '12.42271 -1.91418 -10.50853 0.00000 0.00000 0.00000',
'backbone_prop_6': '4.43797 4.43797 0.09205 0.00000 0.00000 0.00000',
'sidechain_prop_1': '20.08320 0.00000 -20.08320 0.00000 0.00000 0.00000',
'proline_prop_1': '9.82361 -1.36942 -7.39396 3.79907 0.00000 0.00000',
'hyp_prop_1': '0.65270 1.95811 12.46832 -2.61082 0.00000 0.00000',
'aromatic_prop_1': '30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000',
'aromatic_prop_2': '19.24640 0.00000 -19.24640 0.00000 0.00000 0.00000',
'aromatic_prop_3': '11.71520 0.00000 -11.71520 0.00000 0.00000 0.00000',
'aromatic_prop_3a': '20.08320 0.00000 -20.08320 0.00000 0.00000 0.00000',
'aromatic_prop_4': '12.55200 0.00000 -12.55200 0.00000 0.00000 0.00000',
'aromatic_prop_4a': '20.08320 0.00000 -20.08320 0.00000 0.00000 0.00000',
'aromatic_prop_5': '19.45560 0.00000 -19.45560 0.00000 0.00000 0.00000',
'aromatic_prop_5a': '41.84000 0.00000 -41.84000 0.00000 0.00000 0.00000',
'aromatic_prop_6': '44.97800 0.00000 -44.97800 0.00000 0.00000 0.00000',
'aromatic_prop_6a': '43.09520 0.00000 -43.09520 0.00000 0.00000 0.00000',
'aromatic_prop_7': '54.60120 0.00000 -54.60120 0.00000 0.00000 0.00000',
'aromatic_prop_8': '14.01640 0.00000 -14.01640 0.00000 0.00000 0.00000',
'aromatic_prop_9': '12.76120 0.00000 -12.76120 0.00000 0.00000 0.00000',
'aromatic_prop_10': '25.10400 0.00000 -25.10400 0.00000 0.00000 0.00000',
'aromatic_prop_11': '30.33400 0.00000 -30.33400 0.00000 0.00000 0.00000',
'aromatic_prop_12': '29.28800 0.00000 -29.28800 0.00000 0.00000 0.00000',
'proper_X_CT_N*_X': '0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000',
'proper_X_CM_CT_X': '0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000',
'proper_X_CK_N*_X': '14.22560 0.00000 -14.22560 0.00000 0.00000 0.00000',
'proper_X_CB_N*_X': '13.80720 0.00000 -13.80720 0.00000 0.00000 0.00000',
'proper_X_CA_NC_X': '40.16640 0.00000 -40.16640 0.00000 0.00000 0.00000',
'proper_X_CQ_NC_X': '56.90240 0.00000 -56.90240 0.00000 0.00000 0.00000',
'proper_X_C_N*_X': '12.13360 0.00000 -12.13360 0.00000 0.00000 0.00000',
'proper_X_CM_CM_X': '55.64720 0.00000 -55.64720 0.00000 0.00000 0.00000',
'proper_X_C_NC_X': '33.47200 0.00000 -33.47200 0.00000 0.00000 0.00000',
'proper_X_CA_CM_X': '21.33840 0.00000 -21.33840 0.00000 0.00000 0.00000',
'proper_X_C_NA_X': '11.29680 0.00000 -11.29680 0.00000 0.00000 0.00000',
'proper_X_CA_NA_X': '12.55200 0.00000 -12.55200 0.00000 0.00000 0.00000',
'proper_X_CK_NB_X': '83.68000 0.00000 -83.68000 0.00000 0.00000 0.00000',
'proper_X_C_CM_X': '18.20040 0.00000 -18.20040 0.00000 0.00000 0.00000',
'proper_CM_CM_C_O': '19.45560 3.76560 -18.20040 -5.02080 0.00000 0.00000',
'proper_HC_CT_CM_CM': '6.40152 -9.58136 0.00000 6.35968 0.00000 0.00000',
'proper_X_CA_N2_X': '20.08320 0.00000 -20.08320 0.00000 0.00000 0.00000',
'proper_X_N*_CM_X': '15.48080 0.00000 -15.48080 0.00000 0.00000 0.00000',
'proper_H_CT_CT_O': '1.696840 0.90653 0.00000 -2.60338 0.00000 0.00000',
}
if (__name__ == '__main__'):
prefix = sys.argv[1]
# extract numeric to symbolic atom type mapping from nb.itp file
nonbonded_tree = ParseINI(prefix + "nb.itp").parse()
numeric2symbolic = {}
atomtypes = nonbonded_tree.get(0)
for elt in atomtypes.getElements():
numeric = elt.getColumn(0)
type = elt.getColumn(1)
numeric2symbolic[numeric] = type
bond_tree = ParseINI(prefix + "bon.itp").parse()
# extract improper torsions from bon.itp file
improperTorsions = {}
impropers = bond_tree.get(2)
for imp in impropers.getElements():
i = imp.getColumn(0)
j = imp.getColumn(1)
k = imp.getColumn(2)
l = imp.getColumn(3)
kd = imp.getColumn(6)
can = canonicalizeImproper(i, j, k, l)
improperTorsions[can] = kd
# extract proper torsions from bon.itp file
properTorsions = {}
propers = bond_tree.get(3)
for prop in propers.getElements():
i = prop.getColumn(0)
j = prop.getColumn(1)
k = prop.getColumn(2)
l = prop.getColumn(3)
a = prop.getColumn(5)
b = prop.getColumn(6)
c = prop.getColumn(7)
d = prop.getColumn(8)
e = prop.getColumn(9)
f = prop.getColumn(10)
can = canonicalizeProper(i, j, k, l)
properTorsions[can] = " ".join([a, b, c, d, e, f])
rtp_tree = ParseINI(prefix + ".rtp").parse()
first = True
for mol in rtp_tree.getElements():
# ignore first section, it's not a molecule
if (first):
first = False
continue
name = mol.name
print "[ %s ]" % name
PDBName2AmberNumericType = {}
for section in mol.getElements():
sectionName = section.name
if (sectionName == 'atoms'):
PDBName2AmberNumericType['CB'] = 'amber99_11' # appears in GLY dihedral, but not defined there
for atomRecord in section.getElements():
pdb = atomRecord.getColumn(0)
amber = atomRecord.getColumn(1)
PDBName2AmberNumericType[pdb] = amber
# these represent atoms in neighboring residues:
PDBName2AmberNumericType['+N'] = 'amber99_34'
PDBName2AmberNumericType['+H'] = 'amber99_17'
PDBName2AmberNumericType['+CA'] = 'amber99_11'
PDBName2AmberNumericType['-CA'] = 'amber99_11'
PDBName2AmberNumericType['-CH3'] = 'amber99_11'
PDBName2AmberNumericType['-C'] = 'amber99_2'
PDBName2AmberNumericType['-O'] = 'amber99_41'
if (sectionName == 'dihedrals'):
for properRecord in section.getElements():
i = properRecord.getColumn(0)
i = numeric2symbolic[PDBName2AmberNumericType[i]]
j = properRecord.getColumn(1)
j = numeric2symbolic[PDBName2AmberNumericType[j]]
k = properRecord.getColumn(2)
k = numeric2symbolic[PDBName2AmberNumericType[k]]
l = properRecord.getColumn(3)
l = numeric2symbolic[PDBName2AmberNumericType[l]]
if (properRecord.getColumnCount() > 4):
defined = properRecord.getColumn(4)
whichMatch, value = findProper(properTorsions, i, j, k, l)
rtpValue = definedPropers[defined]
if (value == None):
print "need to define proper: %s %s" % (canonicalizeProper(i, j, k, l), rtpValue)
else:
if (value != rtpValue):
print "proper mismatch: %s: %s != %s" % (canonicalizeProper(i, j, k, l), value, rtpValue)
else:
#print "proper match: %s %s %s" % (canonicalizeProper(i, j, k, l), whichMatch, value)
pass
if (sectionName == 'impropers'):
for improperRecord in section.getElements():
i = improperRecord.getColumn(0)
i = numeric2symbolic[PDBName2AmberNumericType[i]]
j = improperRecord.getColumn(1)
j = numeric2symbolic[PDBName2AmberNumericType[j]]
k = improperRecord.getColumn(2)
k = numeric2symbolic[PDBName2AmberNumericType[k]]
l = improperRecord.getColumn(3)
l = numeric2symbolic[PDBName2AmberNumericType[l]]
if (improperRecord.getColumnCount() > 4):
defined = improperRecord.getColumn(4)
whichMatch, value = findImproper(improperTorsions, i, j, k, l)
rtpValue = definedImpropers[defined]
if (value == None):
print "need to define improper: %s %s" % (canonicalizeImproper(i, j, k, l), rtpValue)
else:
if (value != rtpValue):
print "improper mismatch: %s: %s != %s" % (canonicalizeImproper(i, j, k, l), value, rtpValue)
else:
#print "improper match: %s %s %s" % (canonicalizeImproper(i, j, k, l), whichMatch, value)
pass
| NanoCAD-master | cad/src/tools/AMBER/CheckForceField.py |
# Copyright 2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""
This script produces the sponsors.md5 file. It assumes the sponsors.xml file is
in the same directory as it is being run in.
Usage: python generateMD5.py
"""
import md5, base64
m = md5.new()
m.update(open('sponsors.xml').read())
digest = "md5:" + base64.encodestring(m.digest())
open('sponsors.md5', 'w').write(digest)
| NanoCAD-master | cad/src/tools/SponsorLogos/generateMD5.py |
# Copyright 2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""
This script encodes the .png file piped in to text suitable for use in the
sponsors.xml file.
Usage: cat logo.png | python encodeLogo.py > logo.xml
"""
import base64, sys
if (__name__ == '__main__'):
R = base64.encodestring(sys.stdin.read())
lines = filter(lambda x: x, R.split('\n'))
lines = map(lambda x: " "+x, lines)
lines[0] = lines[0][:4] + "<logo>" + lines[0][4:]
lines[-1] += "</logo>"
print """ <sponsor>
<name>Sponsor name</name>
<keywords>KeyWord</keywords>"""
for L in lines:
print L
print """ <text>Text, including a URL</text>
</sponsor>"""
| NanoCAD-master | cad/src/tools/SponsorLogos/encodeLogo.py |
#!/usr/bin/env python
"""
tokenize-python.py -- print tokenization of one or more input .py files
$Id$
History:
bruce 080616 drafted this from an old script I had at home, py-tokenize.py
russ 080617 Added options to format whitespace and to remove certain kinds of
output, to make it more useful for comparing source files for important changes
while ignoring unimportant changes.
"""
import sys
from os.path import basename
from getopt import getopt, GetoptError
from tokenize import generate_tokens, tok_name
from pprint import pprint
usageMsg = '''usage: %s [-t] [-a] [-l] [-c] [-d] [-s n] [-o] files...
When multiple files are given, "======= file" separators are inserted.
-t - Print raw token types and strings. (The default is to print
tokens in an indented text form with generated whitespace.)
-a - Suppress all, same as "-lcd".
-l - Suppress printing line breaks within a statement (NL tokens.)
-c - Suppress printing comments.
-d - Suppress printing doc strings.
-s n - Print just the "signature" of each line (the first n words.)
-o - Suppress printing operators in the signature.
Examples:
To check on changes other than comments and file formatting, use the "-a"
option on the before-and-after versions and diff them. You can do a whole
directory with *.py .
cd before; %s -a *.py > ../before.pytok
cd ../after; %s -a *.py > ../after.pytok
cd ..; diff -C 1 before.pytok after.pytok > pytok.diffs
Use "-aos 2" to concentrate more closely on statement indentation changes.
indent-diff.gawk filters out *just* indentation changes from the diffs.
indent-diff.gawk pytok.diffs > pytok.indent-diff
'''
def usage():
pgm = basename(sys.argv[0])
print >> sys.stderr, usageMsg % (3*(pgm,))
return
# Option variables.
printToks = False
noNLs = False
noComments = False
noDocStrs = False
sigWords = 0
noOps = False
filenames = None
def doOpts():
global printToks, noNLs, noComments, noDocStrs, sigWords, noOps, filenames
try:
opts, filenames = getopt(sys.argv[1:], "talcds:o")
except GetoptError, err:
# print help information and exit:
print str(err) # will print something like "option -a not recognized"
usage()
sys.exit(2)
pass
for opt, val in opts:
if opt == "-t":
printToks = True
elif opt == "-a":
noNLs = noComments = noDocStrs = True
elif opt == "-l":
noNLs = True
elif opt == "-c":
noComments = True
elif opt == "-d":
noDocStrs = True
elif opt == "-s":
sigWords = int(val)
pass
elif opt == "-o":
noOps = True
else:
usage()
continue
return
def improve(tup5):
typ, text, s, t, line = tup5
tokname = tok_name[typ]
if tokname == 'INDENT':
text = ''
return (tokname, text)
def py_tokenize(filename_in, file_out):
## file_out = open(filename_out, "w")
file_in = open(filename_in, 'rU')
g = generate_tokens(file_in.readline)
li = list(g)
file_in.close()
li2 = map(improve, li)
if printToks:
pprint(li2, file_out)
else:
doText(li2, file_out)
pass
return
def doText(tokStrs, file_out):
prevTok = 'NEWLINE' # Start out at the beginning of a line.
prevString = ''
firstTok = True
prevUnary = False
nTok = 1 # Token number in the line.
nWords = 0 # Number of words in the line.
indent = 0
nlIndent = 0 # Second-level indent within a statement.
commentIndent = 0
lineBuff = ""
nlToks = ('NEWLINE', 'NL', 'COMMENT') # Comments have a newline at the end.
wordToks = ('NAME', 'NUMBER', 'STRING')
noSpaceOps = ('.', ':', '(', '[', '{', '}', ']', ')')
for (tok, tokString) in tokStrs:
# Various things to ignore.
if (tok == 'NL' and noNLs or
tok == 'COMMENT' and noComments or
prevTok == 'NEWLINE' and tok == 'STRING' and noDocStrs or
tok != 'NEWLINE' and sigWords > 0 and nWords >= sigWords or
tok == 'OP' and noOps):
continue
# Alter the indentation level. (These may occur after a NEWLINE token.)
if tok == 'INDENT':
indent += 4
continue
if tok == 'DEDENT':
indent -= 4
continue
# NEWLINE is the logical end of statement, as opposed to NL, which is
# mere formatting whitespace. Comments also end lines.
if tok in nlToks:
if not firstTok or tok == 'COMMENT':
# Indentation for comments.
if tok == 'COMMENT':
if nTok == 1:
lineBuff += (indent + commentIndent) * " "
else:
lineBuff += " "
pass
pass
# Output the last token on the line, and then the line.
lineBuff += tokString
# Output the line.
if not noNLs or lineBuff != "\n":
file_out.write(lineBuff)
lineBuff = ""
pass
# Second-level indent within a statement, after a NL token
# that isn't at the beginning of a line.
if tok == 'NL' and nTok > 1:
nlIndent = 4
else:
nlIndent = 0
pass
pass
else:
# Generate indentation at the beginning of a line.
if lineBuff == "":
lineBuff = (indent + nlIndent) * " "
# Put spaces around word tokens, but not before commas, after unary
# ops, or around some special binary ops.
if (nTok > 1 and # Never before the first token in the line.
# When we might put out a space before this token.
(prevTok in wordToks or tok in wordToks or tok == 'OP') and
# When we wouldn't put out a space before this token.
not ( prevUnary or
(prevTok == 'OP' and (prevString in noSpaceOps
and tok != 'OP')) or
tok == 'OP' and (tokString == ','
or tokString in noSpaceOps)) ):
lineBuff += " "
pass
# Output the token.
lineBuff += tokString
pass
# Carry over a little bit of context from the last two tokens.
prevUnary = (tok == 'OP' and tokString != ',' and
tokString not in noSpaceOps and
prevTok == 'OP' and prevString not in noSpaceOps)
# Bug: Comments tokens after a colon appear *before* the INDENT, and
# similarly after pass, continue, and return, *before* the DEDENT.
if tok in nlToks:
if prevTok == 'OP' and prevString == ':':
commentIndent = 4
elif (prevTok == 'NAME' and
prevString in ('pass', 'continue', 'return')):
commentIndent = -4
else:
commentIndent = 0
pass
# The current token becomes the previous.
prevTok = tok
prevString = tokString
firstTok = False # So we know there really was a previous token.
# Reset the token and word counters after a newline.
if tok in nlToks:
nTok = 1
nWords = 0
else:
nTok += 1
if tok in wordToks:
nWords += 1
pass
continue
return
def dofiles(filenames):
for filename in filenames:
if len(filenames) > 1:
print "\n======= [%s]\n" % (filename,)
py_tokenize(filename, sys.stdout)
return
def run():
doOpts()
if filenames:
dofiles(filenames)
else:
usage()
return
if __name__ == '__main__':
run()
# end
| NanoCAD-master | cad/src/tools/Refactoring/tokenize-python.py |
#!/usr/bin/env python
# Copyright 2008 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""
make_gl_imports.py - make import statements for OpenGL identifiers,
which look like:
from OpenGL.GL import GL_MODELVIEW_MATRIX
from OpenGL.GLU import gluUnProject
@author: Bruce
@version: $Id$
@copyright: 2008 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
Algorithm:
tokenize the input, and for each unique identifier
matching gl* or GL*, make an import statement based on its initial
characters, handling gl vs glu appropriately.
BUGS:
It thinks identifiers in import statements are in code,
so it will never remove imports when run on an entire file,
and it can get confused and suggest unnecessary ones
such as "from OpenGL.GL import GL" (from seeing the "GL"
in "OpenGL.GL" in an existing import statement).
It doesn't verify the symbol is available in the module
it proposes to import, so it will get confused by local
variables that start with 'gl' or classnames that
start with 'GL' (e.g. "GLPane"), for example.
TODO:
generalize to a tool which fixes up all toplevel imports
after you move some code around among several files,
by copying or moving imports to new files as needed,
and removing old ones, and warning if anything suspicious
might need manual checking (like a runtime import).
History:
bruce 080912 made this from tools/Refactoring/tokenize-python.py.
"""
import sys
from os.path import basename
from getopt import getopt, GetoptError
from tokenize import generate_tokens, tok_name
from pprint import pprint
_found = None
_PREFIX_FOR_KIND = {
'glu': 'from OpenGL.GLU import',
'gl': 'from OpenGL.GL import',
}
def process_token(tup5):
typ, text, s, t, line = tup5
tokname = tok_name[typ]
if tokname == 'NAME':
# keyword or identifier
if text[:2] in ('gl', 'GL'):
if text == 'global':
return
kind = 'gl' # might be modified
if text[:3] in ('glu', 'GLU'):
kind = 'glu'
_found[text] = kind
return
def process_found(found):
"""
@type found: dict mapping identifier names to their kind
"""
items = found.items()
items.sort()
for name, kind in items:
print _PREFIX_FOR_KIND[kind], name
return
def py_tokenize(filename_in):
if filename_in is None:
file_in = sys.stdin
else:
file_in = open(filename_in, 'rU')
g = generate_tokens(file_in.readline)
li = list(g)
file_in.close()
li2 = map(process_token, li)
del li2
return
def dofiles(filenames):
for filename in filenames:
py_tokenize(filename)
return
def run():
global _found
_found = {}
filenames = sys.argv[1:]
if filenames:
dofiles(filenames)
else:
dofiles([None]) # None means use stdin
print
process_found(_found)
_found = None
return
if __name__ == '__main__':
run()
# end
| NanoCAD-master | cad/src/tools/Refactoring/make_gl_imports.py |
#!/usr/bin/env python
# Copyright 2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""
Iterate over all modules in source tree.
Useful as a framework for any portions of a refactoring which need to
be executed for every module. The iterator created by
ModuleIterator() produces (fileName, moduleName) pairs for each python
source file in or below the current working directory. Tools using
this should generally run in cad/src.
Typical usage::
for (fileName, moduleName) in ModuleIterator():
code for each module...
The fileNames produced look like "./directory/Module.py", with a
corresponding moduleName of "directory.Module".
@author: Eric Messick
@copyright: 2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
@version: $Id$
"""
import os
_dirsToExclude = set([
"experimental",
"outtakes",
"scratch",
])
"""
Directory names which will be excluded from the search. These are
simple directory names, not full path names. Any directory with any
of these names will not be descended into during the iteration.
"""
class ModuleIterator(object):
"""
Scan the current directory and its subdirectories for python
source files. The list of files is frozen in place when the
object is created. Multiple iteration runs can be started from
this same object, and will cover the same set of files, even if
files are added or removed between runs.
Typical usage::
for (fileName, moduleName) in ModuleIterator():
code for each module...
"""
def __init__(self, doExclude=False):
self._fileList = []
for (dirpath, dirnames, filenames) in os.walk("."):
i = len(dirnames)
while (i>0):
i = i - 1
if (dirnames[i].startswith(".") or
(doExclude and dirnames[i] in _dirsToExclude)):
del dirnames[i]
for s in filenames:
if (s.lower().endswith(".py")):
path = dirpath + os.sep + s
self._fileList = self._fileList + [path]
self._fileList.sort()
def __iter__(self):
return _Iterator(self._fileList)
class _Iterator(object):
def __init__(self, initialList):
self._remaining = initialList
def next(self):
if (len(self._remaining) > 0):
path = self._remaining[0]
self._remaining = self._remaining[1:]
mod = path
if (mod.startswith("." + os.sep)):
mod = mod[2:]
if (mod.lower().endswith(".py")):
mod = mod[:-3]
mod = mod.replace(os.sep, ".")
return (path, mod)
raise StopIteration
if (__name__ == '__main__'):
for (fileName, moduleName) in ModuleIterator():
print "file: %s, module: %s" % (fileName, moduleName)
| NanoCAD-master | cad/src/tools/Refactoring/ModuleIterator.py |
#!/usr/bin/env python
# Copyright 2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""
Update imports to reflect the renaming of a module.
Usage::
tools/Refactoring/RenameModule.py [options] old/path.py new/pathname.py
or
tools/Refactoring/RenameModule.py old/path.py new/
Finds all instances where a module is imported and changes them to
reference the module at it's new location. The caller needs to
arrange for the module to be found at the new location, and for any
edits to the module itself.
The --dry-run option reports warnings, but does not change any files.
The --ignore-bare-module option disables substitution of oldModule
where it is not preceded by oldPackage. This option has no effect if
oldPackage is empty.
Warnings are in a format that can be processed by M-x compile in
emacs.
The following remappings are done::
# import oldname --> import newdir.newname as oldname
# import olddir.oldname as othername --> import newdir.newname as othername
# from olddir.oldname import symbol --> from newdir.newname import symbol
# from olddir import oldname --> from newdir import newname as oldname
# from olddir.oldname import symbol as othername
# --> from newdir.newname import symbol as othername
# from olddir import oldname as othername
# --> from newdir import newname as othername
Where either 'olddir.' or 'newdir.' appear (note the dots), either may
be empty. In the some cases, an empty newdir would remove the entire
from clause.
Note that python considers::
# import a.b as c.d
to be a syntax error, so::
# import olddir.oldname --> import newdir.newname
with all occurrences of olddir.oldname in the program text being
changed to newdir.newname. This is a specific enough change to be
unlikely to introduce errors, while simply changing oldname to newname
everywhere could change some unrelated variables.
Where an 'import as' remains after this refactoring, a further
refactoring should be done to remove the 'as' clause.
Steps for moving a module:
1) make the new location, if necessary:
$ svn mkdir newpackage
2) update the imports:
$ tools/Refactoring/RenameModule.py path.py newpackage
3) actually move the module:
$ svn mv path.py newpackage/path.py
$ rm path.pyc
4) check to see that everything works.
@author: Eric Messick
@copyright: 2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
@version: $Id$
"""
import sys
import os
import os.path
import re
from ModuleIterator import ModuleIterator
importStatementRegex = re.compile(r'^(\s*)(from\s+(\S+)\s+)?import\s')
importClauseRegex = re.compile(r'\s*([\w_.]+)(\s+as\s+([\w_.]+))?')
SubstituteBareModule = True
def pathToModule(path):
"""
Convert a string representing a file path name into a module path.
Removes a trailing .py, and changes os.sep into dot.
"""
mod = path
if (mod.startswith("." + os.sep)):
mod = mod[2:]
if (mod.lower().endswith(".py")):
mod = mod[:-3]
mod = mod.replace(os.sep, ".")
return mod
def moduleToPath(mod):
"""
Convert a string representing a module path into a file path name.
Used to check for directories, so doesn't add .py to the end, just
replaces dot with os.sep.
"""
path = mod
path = path.replace(".", os.sep)
return path
def separatePath(whole):
"""
Converts a whole module path name into it's package and module
components, returning them as a tuple.
"""
index = whole.rfind(".")
if (index < 0):
package = ""
module = whole
else:
if (index < 1):
package = ""
else:
package = whole[:index]
module = whole[index+1:]
return (package, module)
class _OutputStream(object):
"""
Accumulates the text of a file being processed. Lines that are to
be passed through unchanged are written via writeLine(). Import
statements, which may or may not end up changing are collected in
pieces.
The collected contents are stored in a string, and the whole file
is rewritten only if it different from the original file.
"""
def __init__(self, fileName):
self._fileName = fileName
self._fileChanged = False
self._contents = ""
self._lineNumber = 1
def error(self, message):
"""
Identifies the file and line number where the message occurred.
"""
print "%s:%d: %s" % (self._fileName, self._lineNumber, message)
def fileChanged(self):
"""
Sets the file modification flag, so it will be written on close.
"""
self._fileChanged = True
def _write(self, line):
self._contents = self._contents + line
self._lineNumber += 1
def writeLine(self, line):
"""
Output one line of text without any modifications.
"""
self._write(line)
def startImportLine(self, prefixFromImport, prefixOriginalFromImport):
"""
Start collecting data for an import statement. Arguments
consist of all characters though the first whitespace
character after the word import. First argument is the
modified from clause, second is the original from clause.
Both are needed in case the line must be split into two
because some of the import clauses need to be changed, while
others do not.
"""
self._newLineOne = prefixFromImport
self._newLineTwo = prefixOriginalFromImport
self._changedOne = False
self._changedTwo = False
self._commaOne = ""
self._commaTwo = ""
self._bothSame = (prefixFromImport == prefixOriginalFromImport)
def collectImportClause(self, moduleName, asModuleName = "",
originalFrom = False, isEdit = True):
"""
Handle one import clause. Set originalFrom if this clause
should be associated with the original from clause. Clear
isEdit if this clause by itself would not result in any change
to the file.
"""
if (asModuleName != "" and moduleName != asModuleName):
clause = moduleName + " as " + asModuleName
else:
clause = moduleName
if (self._bothSame):
originalFrom = False
if (originalFrom):
self._newLineTwo += self._commaTwo + clause
if (isEdit):
self._changedTwo = True
self._commaTwo = ", "
else:
self._newLineOne += self._commaOne + clause
if (isEdit):
self._changedOne = True
self._commaOne = ", "
def endImportLine(self, trailer, originalLine):
"""
After the last import clause, handle any remaining characters
on the line (usually a comment). We need the original line as
well, in case no modifications were made to any of the import
clauses.
"""
if (self._commaOne != "" and self._commaTwo != ""):
self._changedOne = True
self._changedTwo = True
if (self._changedTwo):
if (self._commaOne != ""):
self._write(self._newLineOne + "\n")
print self._newLineOne
if (DryRun):
self._lineNumber = self._lineNumber - 1
self._write(self._newLineTwo + trailer)
print self._newLineTwo + trailer
self.fileChanged()
else:
if (self._changedOne):
self._write(self._newLineOne + trailer)
print self._newLineOne + trailer
self.fileChanged()
else:
self.writeLine(originalLine)
def close(self, whichAction):
"""
Write the file if it has changed. Report if a file is being
written, tagged by whichAction.
"""
if (self._fileChanged):
print "%s: changed renaming %s" % (self._fileName, whichAction)
if (not DryRun):
newFile = open(self._fileName, 'w')
newFile.write(self._contents)
newFile.close()
def renameModule(oldPackage, oldModule, newPackage, newModule):
"""
Iterate through all files in the current directory (recursively),
renaming oldPackage.oldModule to newPackage.newModule.
"""
if (oldPackage == ""):
oldPackageDot = ""
else:
oldPackageDot = oldPackage + "."
oldPath = oldPackageDot + oldModule
if (newPackage == ""):
newPackageDot = ""
else:
newPackageDot = newPackage + "."
newPath = newPackageDot + newModule
whichAction = "%s -> %s" % (oldPath, newPath)
# oldPath surrounded by something that can't be in an identifier:
oldPathRegex = re.compile(r'(^|[^\w_])' +
re.escape(oldPath) + r'($|[^\w_])')
oldPathSubstitution = r'\1' + newPath + r'\2'
newPathRegex = re.compile(r'(^|[^\w_])' +
re.escape(newPath) + r'($|[^\w_])')
for (fileName, moduleName) in ModuleIterator():
f = open(fileName)
out = _OutputStream(fileName)
# Set to True when we encounter "import oldPackage.oldModule"
# Triggers substitution of the full path wherever it occurs in
# the file.
globalSubstitute = False
for line in f:
m = newPathRegex.search(line)
if (m):
out.error("%s in original, replacement could be ambiguous"
% newPath)
m = importStatementRegex.match(line)
if (m):
gotFrom = "None"
groups = m.groups()
prefixFromImport = groups[0]
fromPath = ""
if (groups[2]):
fromPath = groups[2]
gotFrom = "Other"
if (oldPackage != ""):
if (fromPath == oldPackage):
if (newPackage != ""):
prefixFromImport += "from " + newPackage + " "
gotFrom = "Package"
elif (fromPath == oldPath):
prefixFromImport += "from " + newPath + " "
gotFrom = "Path"
elif (fromPath == oldModule and SubstituteBareModule):
prefixFromImport += "from " + newPath + " "
gotFrom = "Path"
else:
if (fromPath == oldModule):
prefixFromImport += "from " + newPath + " "
gotFrom = "Path"
if (gotFrom == "Other"):
# The from clause we've seen cannot result in any
# substitutions.
out.writeLine(line)
continue
prefixFromImport = prefixFromImport + "import "
# At this point, prefixFromImport has accumulated any
# leading spaces, an optional from clause, and always
# the word import.
prefixOriginalFromImport = line[m.start():m.end()]
# Same as prefixFromImport, but with the original from
# clause intact.
out.startImportLine(prefixFromImport, prefixOriginalFromImport)
importList = line[m.end():]
while (True):
m = importClauseRegex.match(importList)
if (m):
groups = m.groups()
importPath = groups[0]
asClause = ""
if (groups[2]):
asClause = groups[2]
if (gotFrom == "None"):
if (importPath == oldModule
and SubstituteBareModule):
if (asClause == ""):
# import oldModule
out.collectImportClause(newPath, oldModule)
else:
# import oldModule as asClause
out.collectImportClause(newPath, asClause)
elif (importPath == oldPath):
if (asClause == ""):
# import oldPath
out.collectImportClause(newPath)
globalSubstitute = True
else:
# import oldPath as asClause
out.collectImportClause(newPath, asClause)
else:
# import other (as asClause)
out.collectImportClause(importPath,
asClause,
originalFrom = True,
isEdit = False)
elif (gotFrom == "Package"):
if (importPath == oldModule):
if (asClause == ""):
# from oldPackage import oldModule
out.collectImportClause(newModule,
oldModule)
else:
# from oldPackage import oldMod as asClause
out.collectImportClause(newModule, asClause)
else:
# from oldPackage import other (as asClause)
out.collectImportClause(importPath,
asClause,
originalFrom = True,
isEdit = False)
elif (gotFrom == "Path"):
# from oldPath import symbol (as asClause)
out.collectImportClause(importPath, asClause)
importList = importList[m.end():]
if (len(importList) > 0 and importList[0] == ","):
importList = importList[1:]
else:
break
else:
break
out.endImportLine(importList, line)
else: # not an import statement
if (oldPackage != ""):
m = oldPathRegex.search(line)
if (m):
(newLine, substitutionCount) = re.subn(
oldPathRegex, oldPathSubstitution, line)
if (substitutionCount > 0):
if (globalSubstitute):
out.writeLine(newLine)
out.fileChanged()
else:
out.error("%s referenced before import"
% oldPath)
out.writeLine(line)
else:
out.writeLine(line)
else:
out.writeLine(line)
out.close(whichAction)
def usage():
print >>sys.stderr, "usage: %s old/path.py new/pathname.py" % sys.argv[0]
print >>sys.stderr, " --dry-run disables writing changed files"
print >>sys.stderr, " --ignore-bare-module disables substituting a module"
print >>sys.stderr, " without accompanying package name"
sys.exit(1)
def findOption(optionString):
"""
Return a boolean indicating weather or not optionString is one of
the elements of sys.argv. It's removed from the argument list
wherever it is found.
"""
ret = False
# Run the loop backwards so we can look at earlier indicies after
# deleting a later one.
for i in range(len(sys.argv)-1, 0, -1):
if (optionString == sys.argv[i]):
ret = True
del sys.argv[i]
return ret
if (__name__ == '__main__'):
DryRun = findOption("--dry-run")
SubstituteBareModule = not findOption("--ignore-bare-module")
if (len(sys.argv) != 3):
print "len(sys.argv): %d" % len(sys.argv)
usage()
oldPath = sys.argv[1]
newPath = sys.argv[2]
(oldPackage, oldModule) = separatePath(pathToModule(oldPath))
(newPackage, newModule) = separatePath(pathToModule(newPath))
if (oldModule == ""):
print >>sys.stderr, "old module name is missing"
usage()
if (oldPackage == ""):
pass
#if (os.path.isdir(moduleToPath(oldModule))):
#print >>sys.stderr, "old module name is a package"
#usage()
else:
if (os.path.isdir(moduleToPath(oldPackage + "." + oldModule))):
print >>sys.stderr, "old module path is a package"
usage()
if (newPackage == ""):
if (os.path.isdir(moduleToPath(newModule))):
newPackage = newModule
newModule = oldModule
else:
if (newModule != ""):
if (os.path.isdir(moduleToPath(newPackage + "." + newModule))):
newPackage = newPackage + "." + newModule
newModule = oldModule
else:
newModule = oldModule
if (oldPackage == newPackage and oldModule == newModule):
print >>sys.stderr, "old and new modules are the same"
usage()
renameModule(oldPackage, oldModule, newPackage, newModule)
| NanoCAD-master | cad/src/tools/Refactoring/RenameModule.py |
NanoCAD-master | cad/src/analysis/__init__.py |
|
# -*- coding: utf-8 -*-
# Copyright 2006-2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
# Form implementation generated from reading ui file 'ESPImagePropDialog.ui'
#
# Created: Wed Sep 27 14:24:14 2006
# by: PyQt4 UI code generator 4.0.1
#
# WARNING! All changes made in this file will be lost!
from PyQt4 import QtCore, QtGui
from utilities.icon_utilities import geticon
class Ui_ESPImagePropDialog(object):
def setupUi(self, ESPImagePropDialog):
ESPImagePropDialog.setObjectName("ESPImagePropDialog")
ESPImagePropDialog.resize(QtCore.QSize(QtCore.QRect(0,0,299,700).size()).expandedTo(ESPImagePropDialog.minimumSizeHint()))
self.gridlayout = QtGui.QGridLayout(ESPImagePropDialog)
self.gridlayout.setMargin(11)
self.gridlayout.setSpacing(6)
self.gridlayout.setObjectName("gridlayout")
self.groupBox1 = QtGui.QGroupBox(ESPImagePropDialog)
self.groupBox1.setObjectName("groupBox1")
self.vboxlayout = QtGui.QVBoxLayout(self.groupBox1)
self.vboxlayout.setMargin(11)
self.vboxlayout.setSpacing(6)
self.vboxlayout.setObjectName("vboxlayout")
self.show_esp_bbox_checkbox = QtGui.QCheckBox(self.groupBox1)
self.show_esp_bbox_checkbox.setChecked(True)
self.show_esp_bbox_checkbox.setObjectName("show_esp_bbox_checkbox")
self.vboxlayout.addWidget(self.show_esp_bbox_checkbox)
self.highlight_atoms_in_bbox_checkbox = QtGui.QCheckBox(self.groupBox1)
self.highlight_atoms_in_bbox_checkbox.setChecked(False)
self.highlight_atoms_in_bbox_checkbox.setObjectName("highlight_atoms_in_bbox_checkbox")
self.vboxlayout.addWidget(self.highlight_atoms_in_bbox_checkbox)
self.select_atoms_btn = QtGui.QPushButton(self.groupBox1)
self.select_atoms_btn.setAutoDefault(False)
self.select_atoms_btn.setObjectName("select_atoms_btn")
self.vboxlayout.addWidget(self.select_atoms_btn)
self.gridlayout.addWidget(self.groupBox1,1,0,1,1)
self.hboxlayout = QtGui.QHBoxLayout()
self.hboxlayout.setMargin(0)
self.hboxlayout.setSpacing(6)
self.hboxlayout.setObjectName("hboxlayout")
spacerItem = QtGui.QSpacerItem(92,20,QtGui.QSizePolicy.Expanding,QtGui.QSizePolicy.Minimum)
self.hboxlayout.addItem(spacerItem)
self.ok_btn = QtGui.QPushButton(ESPImagePropDialog)
self.ok_btn.setMinimumSize(QtCore.QSize(0,30))
self.ok_btn.setAutoDefault(False)
self.ok_btn.setDefault(False)
self.ok_btn.setObjectName("ok_btn")
self.hboxlayout.addWidget(self.ok_btn)
self.cancel_btn = QtGui.QPushButton(ESPImagePropDialog)
self.cancel_btn.setMinimumSize(QtCore.QSize(0,30))
self.cancel_btn.setAutoDefault(False)
self.cancel_btn.setObjectName("cancel_btn")
self.hboxlayout.addWidget(self.cancel_btn)
self.gridlayout.addLayout(self.hboxlayout,4,0,1,1)
spacerItem1 = QtGui.QSpacerItem(101,20,QtGui.QSizePolicy.Minimum,QtGui.QSizePolicy.MinimumExpanding)
self.gridlayout.addItem(spacerItem1,3,0,1,1)
self.groupBox5 = QtGui.QGroupBox(ESPImagePropDialog)
self.groupBox5.setObjectName("groupBox5")
self.gridlayout1 = QtGui.QGridLayout(self.groupBox5)
self.gridlayout1.setMargin(11)
self.gridlayout1.setSpacing(6)
self.gridlayout1.setObjectName("gridlayout1")
self.hboxlayout1 = QtGui.QHBoxLayout()
self.hboxlayout1.setMargin(0)
self.hboxlayout1.setSpacing(6)
self.hboxlayout1.setObjectName("hboxlayout1")
self.calculate_esp_btn = QtGui.QPushButton(self.groupBox5)
self.calculate_esp_btn.setAutoDefault(False)
self.calculate_esp_btn.setObjectName("calculate_esp_btn")
self.hboxlayout1.addWidget(self.calculate_esp_btn)
self.textLabel1_6 = QtGui.QLabel(self.groupBox5)
self.textLabel1_6.setObjectName("textLabel1_6")
self.hboxlayout1.addWidget(self.textLabel1_6)
self.xaxis_spinbox = QtGui.QSpinBox(self.groupBox5)
self.xaxis_spinbox.setMaximum(1)
self.xaxis_spinbox.setMinimum(-1)
self.xaxis_spinbox.setObjectName("xaxis_spinbox")
self.hboxlayout1.addWidget(self.xaxis_spinbox)
self.gridlayout1.addLayout(self.hboxlayout1,0,0,1,1)
self.hboxlayout2 = QtGui.QHBoxLayout()
self.hboxlayout2.setMargin(0)
self.hboxlayout2.setSpacing(6)
self.hboxlayout2.setObjectName("hboxlayout2")
self.load_btn = QtGui.QToolButton(self.groupBox5)
self.load_btn.setObjectName("load_btn")
self.hboxlayout2.addWidget(self.load_btn)
self.clear_btn = QtGui.QToolButton(self.groupBox5)
self.clear_btn.setObjectName("clear_btn")
self.hboxlayout2.addWidget(self.clear_btn)
self.textLabel1_6_2 = QtGui.QLabel(self.groupBox5)
self.textLabel1_6_2.setObjectName("textLabel1_6_2")
self.hboxlayout2.addWidget(self.textLabel1_6_2)
self.yaxis_spinbox = QtGui.QSpinBox(self.groupBox5)
self.yaxis_spinbox.setMaximum(1)
self.yaxis_spinbox.setMinimum(-1)
self.yaxis_spinbox.setProperty("value",QtCore.QVariant(0))
self.yaxis_spinbox.setObjectName("yaxis_spinbox")
self.hboxlayout2.addWidget(self.yaxis_spinbox)
self.gridlayout1.addLayout(self.hboxlayout2,1,0,1,1)
self.hboxlayout3 = QtGui.QHBoxLayout()
self.hboxlayout3.setMargin(0)
self.hboxlayout3.setSpacing(6)
self.hboxlayout3.setObjectName("hboxlayout3")
self.png_fname_linedit = QtGui.QLineEdit(self.groupBox5)
sizePolicy = QtGui.QSizePolicy(QtGui.QSizePolicy.Policy(7),QtGui.QSizePolicy.Policy(7))
sizePolicy.setHorizontalStretch(0)
sizePolicy.setVerticalStretch(0)
sizePolicy.setHeightForWidth(self.png_fname_linedit.sizePolicy().hasHeightForWidth())
self.png_fname_linedit.setSizePolicy(sizePolicy)
self.png_fname_linedit.setReadOnly(False)
self.png_fname_linedit.setObjectName("png_fname_linedit")
self.hboxlayout3.addWidget(self.png_fname_linedit)
self.choose_file_btn = QtGui.QToolButton(self.groupBox5)
self.choose_file_btn.setIcon(
geticon("ui/actions/Properties Manager/Open.png"))
self.choose_file_btn.setObjectName("choose_file_btn")
self.hboxlayout3.addWidget(self.choose_file_btn)
self.gridlayout1.addLayout(self.hboxlayout3,2,0,1,1)
self.hboxlayout4 = QtGui.QHBoxLayout()
self.hboxlayout4.setMargin(0)
self.hboxlayout4.setSpacing(6)
self.hboxlayout4.setObjectName("hboxlayout4")
self.rotate_ccw_btn = QtGui.QToolButton(self.groupBox5)
self.rotate_ccw_btn.setObjectName("rotate_ccw_btn")
self.hboxlayout4.addWidget(self.rotate_ccw_btn)
self.rotate_cw_btn = QtGui.QToolButton(self.groupBox5)
self.rotate_cw_btn.setObjectName("rotate_cw_btn")
self.hboxlayout4.addWidget(self.rotate_cw_btn)
self.flip_btn = QtGui.QToolButton(self.groupBox5)
self.flip_btn.setObjectName("flip_btn")
self.hboxlayout4.addWidget(self.flip_btn)
self.mirror_btn = QtGui.QToolButton(self.groupBox5)
self.mirror_btn.setObjectName("mirror_btn")
self.hboxlayout4.addWidget(self.mirror_btn)
spacerItem2 = QtGui.QSpacerItem(40,20,QtGui.QSizePolicy.Expanding,QtGui.QSizePolicy.Minimum)
self.hboxlayout4.addItem(spacerItem2)
self.gridlayout1.addLayout(self.hboxlayout4,3,0,1,1)
self.gridlayout.addWidget(self.groupBox5,2,0,1,1)
self.hboxlayout5 = QtGui.QHBoxLayout()
self.hboxlayout5.setMargin(0)
self.hboxlayout5.setSpacing(6)
self.hboxlayout5.setObjectName("hboxlayout5")
self.vboxlayout1 = QtGui.QVBoxLayout()
self.vboxlayout1.setMargin(0)
self.vboxlayout1.setSpacing(6)
self.vboxlayout1.setObjectName("vboxlayout1")
self.textLabel1_4 = QtGui.QLabel(ESPImagePropDialog)
self.textLabel1_4.setAlignment(QtCore.Qt.AlignRight|QtCore.Qt.AlignTrailing|QtCore.Qt.AlignVCenter)
self.textLabel1_4.setObjectName("textLabel1_4")
self.vboxlayout1.addWidget(self.textLabel1_4)
self.colorTextLabel_3 = QtGui.QLabel(ESPImagePropDialog)
self.colorTextLabel_3.setAlignment(QtCore.Qt.AlignRight|QtCore.Qt.AlignTrailing|QtCore.Qt.AlignVCenter)
self.colorTextLabel_3.setObjectName("colorTextLabel_3")
self.vboxlayout1.addWidget(self.colorTextLabel_3)
self.colorTextLabel_4 = QtGui.QLabel(ESPImagePropDialog)
self.colorTextLabel_4.setAlignment(QtCore.Qt.AlignRight|QtCore.Qt.AlignTrailing|QtCore.Qt.AlignVCenter)
self.colorTextLabel_4.setObjectName("colorTextLabel_4")
self.vboxlayout1.addWidget(self.colorTextLabel_4)
self.textLabel1 = QtGui.QLabel(ESPImagePropDialog)
self.textLabel1.setAlignment(QtCore.Qt.AlignRight|QtCore.Qt.AlignTrailing|QtCore.Qt.AlignVCenter)
self.textLabel1.setObjectName("textLabel1")
self.vboxlayout1.addWidget(self.textLabel1)
self.textLabel1_3 = QtGui.QLabel(ESPImagePropDialog)
self.textLabel1_3.setAlignment(QtCore.Qt.AlignRight|QtCore.Qt.AlignTrailing|QtCore.Qt.AlignVCenter)
self.textLabel1_3.setObjectName("textLabel1_3")
self.vboxlayout1.addWidget(self.textLabel1_3)
self.textLabel1_5 = QtGui.QLabel(ESPImagePropDialog)
self.textLabel1_5.setAlignment(QtCore.Qt.AlignRight|QtCore.Qt.AlignTrailing|QtCore.Qt.AlignVCenter)
self.textLabel1_5.setObjectName("textLabel1_5")
self.vboxlayout1.addWidget(self.textLabel1_5)
self.textLabel1_2 = QtGui.QLabel(ESPImagePropDialog)
self.textLabel1_2.setAlignment(QtCore.Qt.AlignRight|QtCore.Qt.AlignTrailing|QtCore.Qt.AlignVCenter)
self.textLabel1_2.setObjectName("textLabel1_2")
self.vboxlayout1.addWidget(self.textLabel1_2)
self.textLabel1_2_2 = QtGui.QLabel(ESPImagePropDialog)
self.textLabel1_2_2.setAlignment(QtCore.Qt.AlignRight|QtCore.Qt.AlignTrailing|QtCore.Qt.AlignVCenter)
self.textLabel1_2_2.setObjectName("textLabel1_2_2")
self.vboxlayout1.addWidget(self.textLabel1_2_2)
self.hboxlayout5.addLayout(self.vboxlayout1)
self.vboxlayout2 = QtGui.QVBoxLayout()
self.vboxlayout2.setMargin(0)
self.vboxlayout2.setSpacing(6)
self.vboxlayout2.setObjectName("vboxlayout2")
self.name_linedit = QtGui.QLineEdit(ESPImagePropDialog)
self.name_linedit.setAlignment(QtCore.Qt.AlignLeading)
self.name_linedit.setObjectName("name_linedit")
self.vboxlayout2.addWidget(self.name_linedit)
self.hboxlayout6 = QtGui.QHBoxLayout()
self.hboxlayout6.setMargin(0)
self.hboxlayout6.setSpacing(6)
self.hboxlayout6.setObjectName("hboxlayout6")
self.vboxlayout3 = QtGui.QVBoxLayout()
self.vboxlayout3.setMargin(0)
self.vboxlayout3.setSpacing(6)
self.vboxlayout3.setObjectName("vboxlayout3")
self.hboxlayout7 = QtGui.QHBoxLayout()
self.hboxlayout7.setMargin(0)
self.hboxlayout7.setSpacing(6)
self.hboxlayout7.setObjectName("hboxlayout7")
self.fill_color_pixmap = QtGui.QLabel(ESPImagePropDialog)
sizePolicy = QtGui.QSizePolicy(QtGui.QSizePolicy.Policy(5),QtGui.QSizePolicy.Policy(5))
sizePolicy.setHorizontalStretch(1)
sizePolicy.setVerticalStretch(0)
sizePolicy.setHeightForWidth(self.fill_color_pixmap.sizePolicy().hasHeightForWidth())
self.fill_color_pixmap.setSizePolicy(sizePolicy)
self.fill_color_pixmap.setMinimumSize(QtCore.QSize(40,0))
self.fill_color_pixmap.setFrameShape(QtGui.QFrame.Box)
self.fill_color_pixmap.setFrameShadow(QtGui.QFrame.Plain)
self.fill_color_pixmap.setScaledContents(True)
self.fill_color_pixmap.setObjectName("fill_color_pixmap")
self.hboxlayout7.addWidget(self.fill_color_pixmap)
self.choose_fill_color_btn = QtGui.QPushButton(ESPImagePropDialog)
self.choose_fill_color_btn.setEnabled(True)
self.choose_fill_color_btn.setAutoDefault(False)
self.choose_fill_color_btn.setObjectName("choose_fill_color_btn")
self.hboxlayout7.addWidget(self.choose_fill_color_btn)
spacerItem3 = QtGui.QSpacerItem(16,20,QtGui.QSizePolicy.Expanding,QtGui.QSizePolicy.Minimum)
self.hboxlayout7.addItem(spacerItem3)
self.vboxlayout3.addLayout(self.hboxlayout7)
self.hboxlayout8 = QtGui.QHBoxLayout()
self.hboxlayout8.setMargin(0)
self.hboxlayout8.setSpacing(6)
self.hboxlayout8.setObjectName("hboxlayout8")
self.border_color_pixmap = QtGui.QLabel(ESPImagePropDialog)
sizePolicy = QtGui.QSizePolicy(QtGui.QSizePolicy.Policy(5),QtGui.QSizePolicy.Policy(5))
sizePolicy.setHorizontalStretch(1)
sizePolicy.setVerticalStretch(0)
sizePolicy.setHeightForWidth(self.border_color_pixmap.sizePolicy().hasHeightForWidth())
self.border_color_pixmap.setSizePolicy(sizePolicy)
self.border_color_pixmap.setMinimumSize(QtCore.QSize(40,0))
self.border_color_pixmap.setFrameShape(QtGui.QFrame.Box)
self.border_color_pixmap.setFrameShadow(QtGui.QFrame.Plain)
self.border_color_pixmap.setScaledContents(True)
self.border_color_pixmap.setObjectName("border_color_pixmap")
self.hboxlayout8.addWidget(self.border_color_pixmap)
self.choose_border_color_btn = QtGui.QPushButton(ESPImagePropDialog)
self.choose_border_color_btn.setEnabled(True)
self.choose_border_color_btn.setAutoDefault(False)
self.choose_border_color_btn.setObjectName("choose_border_color_btn")
self.hboxlayout8.addWidget(self.choose_border_color_btn)
spacerItem4 = QtGui.QSpacerItem(16,20,QtGui.QSizePolicy.Expanding,QtGui.QSizePolicy.Minimum)
self.hboxlayout8.addItem(spacerItem4)
self.vboxlayout3.addLayout(self.hboxlayout8)
self.hboxlayout9 = QtGui.QHBoxLayout()
self.hboxlayout9.setMargin(0)
self.hboxlayout9.setSpacing(6)
self.hboxlayout9.setObjectName("hboxlayout9")
self.width_linedit = QtGui.QLineEdit(ESPImagePropDialog)
self.width_linedit.setMaximumSize(QtCore.QSize(80,32767))
self.width_linedit.setObjectName("width_linedit")
self.hboxlayout9.addWidget(self.width_linedit)
self.textLabel2 = QtGui.QLabel(ESPImagePropDialog)
self.textLabel2.setObjectName("textLabel2")
self.hboxlayout9.addWidget(self.textLabel2)
spacerItem5 = QtGui.QSpacerItem(16,20,QtGui.QSizePolicy.Expanding,QtGui.QSizePolicy.Minimum)
self.hboxlayout9.addItem(spacerItem5)
self.vboxlayout3.addLayout(self.hboxlayout9)
self.hboxlayout10 = QtGui.QHBoxLayout()
self.hboxlayout10.setMargin(0)
self.hboxlayout10.setSpacing(6)
self.hboxlayout10.setObjectName("hboxlayout10")
self.image_offset_linedit = QtGui.QLineEdit(ESPImagePropDialog)
self.image_offset_linedit.setMaximumSize(QtCore.QSize(80,32767))
self.image_offset_linedit.setObjectName("image_offset_linedit")
self.hboxlayout10.addWidget(self.image_offset_linedit)
self.textLabel2_2 = QtGui.QLabel(ESPImagePropDialog)
self.textLabel2_2.setObjectName("textLabel2_2")
self.hboxlayout10.addWidget(self.textLabel2_2)
spacerItem6 = QtGui.QSpacerItem(16,20,QtGui.QSizePolicy.Expanding,QtGui.QSizePolicy.Minimum)
self.hboxlayout10.addItem(spacerItem6)
self.vboxlayout3.addLayout(self.hboxlayout10)
self.hboxlayout11 = QtGui.QHBoxLayout()
self.hboxlayout11.setMargin(0)
self.hboxlayout11.setSpacing(6)
self.hboxlayout11.setObjectName("hboxlayout11")
self.edge_offset_linedit = QtGui.QLineEdit(ESPImagePropDialog)
self.edge_offset_linedit.setMaximumSize(QtCore.QSize(80,32767))
self.edge_offset_linedit.setObjectName("edge_offset_linedit")
self.hboxlayout11.addWidget(self.edge_offset_linedit)
self.textLabel2_3 = QtGui.QLabel(ESPImagePropDialog)
self.textLabel2_3.setObjectName("textLabel2_3")
self.hboxlayout11.addWidget(self.textLabel2_3)
spacerItem7 = QtGui.QSpacerItem(16,20,QtGui.QSizePolicy.Expanding,QtGui.QSizePolicy.Minimum)
self.hboxlayout11.addItem(spacerItem7)
self.vboxlayout3.addLayout(self.hboxlayout11)
self.hboxlayout12 = QtGui.QHBoxLayout()
self.hboxlayout12.setMargin(0)
self.hboxlayout12.setSpacing(6)
self.hboxlayout12.setObjectName("hboxlayout12")
self.resolution_spinbox = QtGui.QSpinBox(ESPImagePropDialog)
self.resolution_spinbox.setMaximum(512)
self.resolution_spinbox.setMinimum(1)
self.resolution_spinbox.setProperty("value",QtCore.QVariant(20))
self.resolution_spinbox.setObjectName("resolution_spinbox")
self.hboxlayout12.addWidget(self.resolution_spinbox)
spacerItem8 = QtGui.QSpacerItem(95,20,QtGui.QSizePolicy.Expanding,QtGui.QSizePolicy.Minimum)
self.hboxlayout12.addItem(spacerItem8)
self.vboxlayout3.addLayout(self.hboxlayout12)
self.hboxlayout13 = QtGui.QHBoxLayout()
self.hboxlayout13.setMargin(0)
self.hboxlayout13.setSpacing(6)
self.hboxlayout13.setObjectName("hboxlayout13")
self.opacity_linedit = QtGui.QLineEdit(ESPImagePropDialog)
self.opacity_linedit.setMaximumSize(QtCore.QSize(40,32767))
self.opacity_linedit.setMaxLength(5)
self.opacity_linedit.setReadOnly(True)
self.opacity_linedit.setObjectName("opacity_linedit")
self.hboxlayout13.addWidget(self.opacity_linedit)
self.opacity_slider = QtGui.QSlider(ESPImagePropDialog)
self.opacity_slider.setMaximum(100)
self.opacity_slider.setObjectName("opacity_slider")
self.hboxlayout13.addWidget(self.opacity_slider)
self.vboxlayout3.addLayout(self.hboxlayout13)
self.hboxlayout6.addLayout(self.vboxlayout3)
spacerItem9 = QtGui.QSpacerItem(16,20,QtGui.QSizePolicy.Expanding,QtGui.QSizePolicy.Minimum)
self.hboxlayout6.addItem(spacerItem9)
self.vboxlayout2.addLayout(self.hboxlayout6)
self.hboxlayout5.addLayout(self.vboxlayout2)
self.gridlayout.addLayout(self.hboxlayout5,0,0,1,1)
self.retranslateUi(ESPImagePropDialog)
QtCore.QObject.connect(self.ok_btn,QtCore.SIGNAL("clicked()"),ESPImagePropDialog.accept)
QtCore.QObject.connect(self.cancel_btn,QtCore.SIGNAL("clicked()"),ESPImagePropDialog.reject)
QtCore.QMetaObject.connectSlotsByName(ESPImagePropDialog)
ESPImagePropDialog.setTabOrder(self.name_linedit,self.choose_fill_color_btn)
ESPImagePropDialog.setTabOrder(self.choose_fill_color_btn,self.choose_border_color_btn)
ESPImagePropDialog.setTabOrder(self.choose_border_color_btn,self.resolution_spinbox)
ESPImagePropDialog.setTabOrder(self.resolution_spinbox,self.show_esp_bbox_checkbox)
ESPImagePropDialog.setTabOrder(self.show_esp_bbox_checkbox,self.highlight_atoms_in_bbox_checkbox)
ESPImagePropDialog.setTabOrder(self.highlight_atoms_in_bbox_checkbox,self.select_atoms_btn)
ESPImagePropDialog.setTabOrder(self.select_atoms_btn,self.ok_btn)
ESPImagePropDialog.setTabOrder(self.ok_btn,self.cancel_btn)
def retranslateUi(self, ESPImagePropDialog):
ESPImagePropDialog.setWindowTitle(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "ESP Image Properties", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
ESPImagePropDialog.setWindowIcon(QtGui.QIcon("ui/border/EspImage"))
self.groupBox1.setTitle(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "ESP Image Bounding Box", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.show_esp_bbox_checkbox.setText(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "Show Bounding Box", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.highlight_atoms_in_bbox_checkbox.setText(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "Highlight Atoms Inside Bounding Box", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.select_atoms_btn.setText(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "Select Atoms Inside Volume", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.ok_btn.setText(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "&OK", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.ok_btn.setShortcut(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "Alt+O", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.cancel_btn.setText(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "&Cancel", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.cancel_btn.setShortcut(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "Alt+C", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.groupBox5.setTitle(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "ESP Results Image", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.calculate_esp_btn.setText(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "Calculate ESP", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.textLabel1_6.setText(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "xaxisOrient :", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.load_btn.setText(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "Load", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.clear_btn.setText(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "Clear", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.textLabel1_6_2.setText(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "yaxisOrient :", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.rotate_ccw_btn.setToolTip(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "Rotate 90 degrees counter clock-wisely.", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.rotate_ccw_btn.setText(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "+90", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.rotate_cw_btn.setToolTip(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "Rotate 90 degrees clock-wisely.", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.rotate_cw_btn.setText(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "-90", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.flip_btn.setToolTip(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "Flip the image vertically (top to bottom).", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.flip_btn.setText(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "Flip", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.mirror_btn.setToolTip(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "Flip image horizontally (left to right).", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.mirror_btn.setText(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "Mirror", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.textLabel1_4.setText(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "Name :", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.colorTextLabel_3.setText(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "Fill Color :", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.colorTextLabel_4.setText(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "Border Color :", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.textLabel1.setText(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "Width :", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.textLabel1_3.setText(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "Height Offset :", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.textLabel1_5.setText(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "Edge Offset :", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.textLabel1_2.setText(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "Resolution :", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.textLabel1_2_2.setText(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "Opacity:", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.choose_fill_color_btn.setToolTip(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "Change color", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.choose_fill_color_btn.setText(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "Choose...", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.choose_border_color_btn.setToolTip(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "Change color", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.choose_border_color_btn.setText(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "Choose...", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.textLabel2.setText(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "Angstroms", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.textLabel2_2.setText(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "Angstroms", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.textLabel2_3.setText(QtGui.QApplication.translate("ESPImagePropDialog", "Angstroms", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
| NanoCAD-master | cad/src/analysis/ESP/ESPImagePropDialog.py |
# Copyright 2004-2009 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""
ESPImage.py - display an Electrostatic Potential Image (or any OpenGL texture)
Note: keep this around, even if ESPImage per se becomes obsolete,
since it's also our only working Node for directly displaying an image in
the 3d model space.
@author: Huaicai, Bruce
@version: $Id$
@copyright: 2004-2009 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
History:
bruce 071215 split class ESPImage into its own file, out of jigs_planes.py.
TODO: refactor into a general texture image jig (and perhaps
some texture helpers, but merge those with the ones in texture_*.py
which were partly derived from these methods),
and a specific ESPImage jig.
Module classification: model, though contains operations/simulation
and perhaps other code. Probably part of an ESP package.
"""
import os
import math
import shutil
from OpenGL.GL import glPushMatrix
from OpenGL.GL import glTranslatef
from OpenGL.GL import glRotatef
from OpenGL.GL import glPopMatrix
from OpenGL.GL import glPushName, glPopName
from OpenGL.GL import GL_CLAMP
from OpenGL.GL import GL_TEXTURE_WRAP_S
from OpenGL.GL import glTexParameterf
from OpenGL.GL import GL_TEXTURE_WRAP_T
from OpenGL.GL import GL_REPEAT
from OpenGL.GL import GL_LINEAR
from OpenGL.GL import GL_TEXTURE_MAG_FILTER
from OpenGL.GL import GL_LINEAR_MIPMAP_LINEAR
from OpenGL.GL import GL_TEXTURE_MIN_FILTER
from OpenGL.GL import GL_NEAREST
from OpenGL.GL import GL_DECAL
from OpenGL.GL import GL_TEXTURE_ENV
from OpenGL.GL import GL_TEXTURE_ENV_MODE
from OpenGL.GL import glTexEnvf
from OpenGL.GL import glGenTextures
from OpenGL.GL import GL_TEXTURE_2D
from OpenGL.GL import glBindTexture
from OpenGL.GL import GL_UNPACK_ALIGNMENT
from OpenGL.GL import glPixelStorei
from OpenGL.GL import GL_RGBA
from OpenGL.GL import GL_UNSIGNED_BYTE
from OpenGL.GL import glTexImage2D
from OpenGL.GLU import gluBuild2DMipmaps
from PyQt4.Qt import QMessageBox
from PyQt4.Qt import QFileDialog
import foundation.env as env
from utilities import debug_flags
from foundation.state_utils import DataMixin
from model.chunk import Chunk
from model.chem import Atom
from graphics.drawing.drawers import drawPlane
from graphics.drawing.drawers import drawwirecube
from graphics.drawing.drawers import drawLineLoop
from geometry.VQT import V, Q, A
from graphics.rendering.povray.povheader import povpoint
from graphics.behaviors.shape import SelectionShape
from geometry.Slab import Slab
from utilities.Log import redmsg, greenmsg
from utilities.debug_prefs import debug_pref, Choice_boolean_False
from model.jigs import Jig # REVIEW: all uses of this are suspicious!
from graphics.images.ImageUtils import nEImageOps
from utilities.constants import black
from utilities.constants import ave_colors
from utilities.constants import green
from utilities.constants import START_NEW_SELECTION
from utilities.constants import SUBTRACT_FROM_SELECTION
from model.jigs_planes import RectGadget
from model.jigs_planes import povStrVec
from analysis.ESP.ESPImageProp import ESPImageProp
from platform_dependent.PlatformDependent import find_or_make_Nanorex_subdir
from analysis.ESP.NanoHiveUtils import get_nh_espimage_filename
from analysis.ESP.NanoHiveUtils import run_nh_simulation
from analysis.ESP.NanoHive_SimParameters import NanoHive_SimParameters
from utilities.debug import print_compact_traceback
# ==
class ESPImage(RectGadget):
"""
Electrostatic potential image, displayed as a translucent square in 3D.
"""
#bruce 060212 use separate own_mutable_attrs and mutable_attrs to work
#around design flaws in attrlist inheritance scheme (also including
#superclass mutable_attrs center,quat -- might fix some bugs -- and adding
#image_mods)
own_mutable_attrs = ('fill_color', 'image_mods', )
mutable_attrs = RectGadget.mutable_attrs + own_mutable_attrs
copyable_attrs = RectGadget.copyable_attrs + own_mutable_attrs + \
('resolution', 'opacity', 'show_esp_bbox', 'image_offset',
'edge_offset', 'espimage_file', 'highlightChecked',
'xaxis_orient', 'yaxis_orient', 'multiplicity' )
#bruce 060212 added 'espimage_file', 'highlightChecked',
#'xaxis_orient', 'yaxis_orient', 'multiplicity' (not sure adding
#'multiplicity' is correct)
sym = "ESPImage" #bruce 070604 removed space (per Mark decision)
icon_names = ["modeltree/ESP_Image.png", "modeltree/ESP_Image-hide.png"]
mmp_record_name = "espimage"
featurename = "ESP Image" #Renamed from ESP Window. mark 060108
def __init__(self, assy, list1, READ_FROM_MMP = False):
RectGadget.__init__(self, assy, list1, READ_FROM_MMP)
self.assy = assy
self.color = black # Border color
self.normcolor = black
self.fill_color = 85/255.0, 170/255.0, 255/255.0 # a nice blue
# This specifies the resolution of the ESP Image. The total number of
# ESP data points in the image will number resolution^2.
self.resolution = 32
# Keep it small so sim run doesn't take so long. Mark 050930.
self.show_esp_bbox = True
# Show/Hide ESP Image Volume (Bbox). All atoms inside this volume
# are used by the MPQC ESP Plane plug-in to calculate the ESP
# points.
self.image_offset = 1.0
# the perpendicular (front and back) image offset used to create
# the depth of the bbox
self.edge_offset = 1.0
# the edge offset used to create the edge boundary of the bbox
self.opacity = 0.6 # float, from 0.0 (transparent) to 1.0 (opaque)
self.image_obj = None
# helper object for texture image, or None if no texture is ready
# [bruce 060207 revised comment]
self.image_mods = image_mod_record()
# accumulated modifications to the file's image [bruce 060210
# bugfix] ##e need to use self.image_mods in writepov, too, perhaps
# via a temporary image file
self.tex_name = None # OpenGL texture name for image_obj, if we have one
# [bruce 060207 for fixing bug 1059]
self.espimage_file = '' # ESP Image (png) filename
self.highlightChecked = False # Flag if highlight is turned on or off
###e does this need storing in mmp file? same Q for xaxis_orient,
###etc. [bruce 060212 comment]
self.xaxis_orient = 0 # ESP Image X Axis orientation
# [bruce comment 060212: used by external code in files_nh.py]
self.yaxis_orient = 0 # ESP Image Y Axis orientation
self.multiplicity = 1 # Multiplicity of atoms within self's bbox volume
self.pickCheckOnly = False #This is used to notify drawing code if
# it's just for picking purpose
### REVIEW/TODO: understanding how self.pickCheckOnly might be
# left over from one drawing call to another (potentially causing
# bugs) is a mess. It needs to be refactored so that it's just an
# argument to all methods it's passed through. This involves some
# superclass methods; maybe they can be overridden so the argument
# is only needed in local methods, I don't know. This is done in
# several Node classes, so I added this comment to all of them.
# [bruce 090310 comment]
return
def _initTextureEnv(self): # called during draw method
glTexParameterf(GL_TEXTURE_2D, GL_TEXTURE_WRAP_S, GL_CLAMP)
# [looks like a bug that we overwrite clamp with repeat, just
# below? bruce 060212 comment]
glTexParameterf(GL_TEXTURE_2D, GL_TEXTURE_WRAP_T, GL_CLAMP)
glTexParameterf(GL_TEXTURE_2D, GL_TEXTURE_WRAP_S, GL_REPEAT)
glTexParameterf(GL_TEXTURE_2D, GL_TEXTURE_WRAP_T, GL_REPEAT)
if debug_pref("smoother textures", Choice_boolean_False,
prefs_key = True):
#bruce 060212 new feature (only visible in debug version so far);
# ideally it'd be controllable per-jig for side-by-side comparison;
# also, changing its menu item ought to gl_update but doesn't ##e
glTexParameterf(GL_TEXTURE_2D, GL_TEXTURE_MAG_FILTER, GL_LINEAR)
if self.have_mipmaps:
glTexParameterf(GL_TEXTURE_2D, GL_TEXTURE_MIN_FILTER,
GL_LINEAR_MIPMAP_LINEAR)
else:
glTexParameterf(GL_TEXTURE_2D, GL_TEXTURE_MIN_FILTER, GL_LINEAR)
else:
glTexParameterf(GL_TEXTURE_2D, GL_TEXTURE_MAG_FILTER, GL_NEAREST)
glTexParameterf(GL_TEXTURE_2D, GL_TEXTURE_MIN_FILTER, GL_NEAREST)
glTexEnvf(GL_TEXTURE_ENV, GL_TEXTURE_ENV_MODE, GL_DECAL)
return
def _create_PIL_image_obj_from_espimage_file(self):
"""
Creates a PIL image object from the jig's ESP image (png) file.
"""
if self.espimage_file:
self.image_obj = nEImageOps(self.espimage_file)
self.image_mods.do_to( self.image_obj)
#bruce 060210 bugfix: stored image_mods in mmp file, so we can
# reuse them here
return
def _loadTexture(self):
"""
Load texture data from current image object
"""
ix, iy, image = self.image_obj.getTextureData()
# allocate texture object if never yet done
# [bruce 060207 revised all related code, to fix bug 1059]
if self.tex_name is None:
self.tex_name = glGenTextures(1)
# note: by experiment (iMac G5 Panther), this returns a single
# number (1L, 2L, ...), not a list or tuple, but for an argument
# >1 it returns a list of longs. We depend on this behavior here.
# [bruce 060207]
# initialize texture data
glBindTexture(GL_TEXTURE_2D, self.tex_name) # 2d texture (x and y size)
glPixelStorei(GL_UNPACK_ALIGNMENT, 1)
self.have_mipmaps = False
if debug_pref("smoother tiny textures", Choice_boolean_False,
prefs_key = True):
#bruce 060212 new feature; only takes effect when image is
# reloaded for some reason (like "load image" button)
gluBuild2DMipmaps(GL_TEXTURE_2D, GL_RGBA, ix, iy, GL_RGBA,
GL_UNSIGNED_BYTE, image)
self.have_mipmaps = True
else:
glTexImage2D(GL_TEXTURE_2D, 0, GL_RGBA, ix, iy, 0, GL_RGBA,
GL_UNSIGNED_BYTE, image)
# 0 is mipmap level, GL_RGBA is internal format, ix, iy is
# size, 0 is borderwidth, and (GL_RGBA, GL_UNSIGNED_BYTE,
# image) describe the external image data.
# [bruce 060212 comment]
## self._initTextureEnv() #bruce 060207 do this in draw method, not here
self.assy.o.gl_update()
return
def setProps(self, name, border_color, width, height, resolution,
center, wxyz, trans, fill_color, show_bbox,
win_offset, edge_offset ):
"""
Set the properties for an ESP Image read from a (MMP) file.
"""
self.name = name
self.color = self.normcolor = border_color
self.width = width
self.height = height
self.resolution = resolution
self.center = center
self.quat = Q(wxyz[0], wxyz[1], wxyz[2], wxyz[3])
self.opacity = trans
self.fill_color = fill_color
self.show_esp_bbox = show_bbox
self.image_offset = win_offset
self.edge_offset = edge_offset
def _getinfo(self):
c = self.center * 1e-10
ctr_pt = (float(c[0]), float(c[1]), float(c[2]))
centerPoint = '%1.2e %1.2e %1.2e' % ctr_pt
n = c + (self.planeNorm * 1e-10)
np = (float(n[0]), float(n[1]), float(n[2]))
normalPoint = '%1.2e %1.2e %1.2e' % np
return "[Object: ESP Image] [Name: " + str(self.name) + "] " + \
"[centerPoint = " + centerPoint + "] " + \
"[normalPoint = " + normalPoint + "]"
def getstatistics(self, stats):
stats.num_espimage += 1
def set_cntl(self):
self.cntl = ESPImageProp(self, self.assy.o)
def _createShape(self, selSense = START_NEW_SELECTION):
"""
"""
# REVIEW: this is used during drawing. Is that too slow?
# [bruce 090310 question]
hw = self.width/2.0
wo = self.image_offset
eo = self.edge_offset
shape = SelectionShape(self.right, self.up, self.planeNorm)
slab = Slab(self.center - self.planeNorm * wo, self.planeNorm, 2 * wo)
pos = [V(-hw - eo, hw + eo, 0.0), V(hw + eo, -hw - eo, 0.0)]
p3d = []
for p in pos:
p3d += [self.quat.rot(p) + self.center]
# selSense used to highlight (not select) atoms inside the jig's volume.
shape.pickrect(p3d[0], p3d[1], self.center, selSense, slab = slab)
return shape
def pickSelected(self, pick):
"""
Select atoms inside the ESP Image bounding box. (Actually this works
for chunk too.)
"""
# selSense is used to highlight (not select) atoms inside the jig's
# volume.
if not pick:
selSense = SUBTRACT_FROM_SELECTION
else:
selSense = START_NEW_SELECTION
shape = self._createShape(selSense)
shape.select(self.assy)
return
def _findObjsInside(self):
"""
Find objects [atoms or chunks] inside the shape
"""
# note: this is used during drawing. [bruce 090310 comment]
shape = self._createShape()
return shape.findObjInside(self.assy)
def _highlightObjsInside(self):
"""
highlight atoms covered by self
"""
# Note: I refactored how this is called [and also renamed it
# from highlightAtomChunks], so it doesn't slow down
# every draw of every model by a complete scan of nodes just for
# this (even when this rarely-used Node class is not present
# in the model). It used to be called by its own model scanner,
# _highlightAtoms, in SelectAtoms_basicGraphicsMode, called during
# graphicsMode.Draw. Now it's called directly by self.draw (which is
# also called during .Draw, or after today's refactoring of .Draw,
# by .Draw_model).
#
# This is predicted to cause one observable change: we'll call this
# during all modes, not only subclasses of SelectAtoms mode.
# This is not obviously bad, and is hard to change, and this Node
# is no longer considered very important, so I'm not worrying about
# it for now. If you want to change it, don't reintroduce
# anything that slows down all drawing, like the old code did!
#
# [bruce 090310]
if not self.highlightChecked:
return
color = ave_colors( 0.8, green, black)
atomChunks = self._findObjsInside() # atoms or chunks
for m in atomChunks:
if isinstance(m, Chunk):
for a in m.atoms.itervalues():
a.overdraw_with_special_color(color)
else:
m.overdraw_with_special_color(color)
return
def edit(self): # in class ESPImage
"""
Force into 'Build' mode before opening the dialog
"""
#bruce 060403 changes: force Build, not Select Atoms as before; only
# do this if current mode is not Build. (But why do we need to force it
# into any particular mode? I don't know. [bruce 070608])
commandSequencer = self.assy.w.commandSequencer #bruce 071008
commandSequencer.userEnterCommand('DEPOSIT')
Jig.edit(self)
def make_selobj_cmenu_items(self, menu_spec):
"""
Add ESP Image specific context menu items to <menu_spec> list when
self is the selobj. Currently not working since ESP Image jigs do not
get highlighted.
"""
# mark 060312
item = ('Hide', self.Hide)
menu_spec.append(item)
menu_spec.append(None) # Separator
item = ('Properties...', self.edit)
menu_spec.append(item)
item = ('Calculate ESP', self.__CM_Calculate_ESP)
menu_spec.append(item)
item = ('Load ESP Image', self.__CM_Load_ESP_Image)
menu_spec.append(item)
return
def writepov(self, file, dispdef):
if self.hidden or self.is_disabled():
return
hw = self.width/2.0
## wo = self.image_offset
## eo = self.edge_offset
corners_pos = [V(-hw, hw, 0.0),
V(-hw, -hw, 0.0),
V( hw, -hw, 0.0),
V( hw, hw, 0.0)]
povPlaneCorners = []
for v in corners_pos:
povPlaneCorners += [self.quat.rot(v) + self.center]
strPts = ' %s, %s, %s, %s ' % tuple(map(povpoint, povPlaneCorners))
if self.image_obj:
imgName = os.path.basename(self.espimage_file)
imgPath = os.path.dirname(self.espimage_file)
file.write('\n // Before you render, please set this '
'command option: Library_Path="%s"\n\n' % (imgPath,))
file.write('esp_plane_texture(' + strPts + ', "'+ imgName + '") \n')
else:
color = '%s %f>' % (povStrVec(self.fill_color), self.opacity)
file.write('esp_plane_color(' + strPts + ', ' + color + ') \n')
return
def draw(self, glpane, dispdef):
"""
Most drawing is done after the main drawing code is
done. (i.e. in self.draw_after_highlighting()).
"""
#bruce 090310 revised this; it used to do nothing.
# See comment in the following method for details.
self._highlightObjsInside()
def draw_after_highlighting(self,
glpane,
dispdef,
pickCheckOnly = False):
"""
For ESPImage class, this does all the drawing. (Does it after main
drawing code is finished drawing.) This method ensures that the
ESP image jig gets selected even when you click inside the
rectangular box (i.e. not just along the edges of the box).
"""
anythingDrawn = False
if self.hidden:
return anythingDrawn
self.pickCheckOnly = pickCheckOnly
anythingDrawn = True
glPushName(self.glname)
try:
self._draw(glpane, dispdef) #calls self._draw_jig()
except:
anythingDrawn = False
msg = "ignoring exception when drawing Jig %r" % self
print_compact_traceback(msg + ": ")
glPopName()
return anythingDrawn
def _draw_jig(self, glpane, color, highlighted = False):
"""
Draw an ESPImage jig (self) as a plane with an edge and a bounding box.
@note: this is not called during graphicsMode.Draw_model as with most
Jigs, but during graphicsMode.Draw_after_highlighting.
"""
glPushMatrix()
glTranslatef( self.center[0], self.center[1], self.center[2])
q = self.quat
glRotatef( q.angle*180.0/math.pi, q.x, q.y, q.z)
#bruce 060207 extensively revised texture code re fixing bug 1059
if self.tex_name is not None and self.image_obj:
# self.image_obj cond is needed, for clear_esp_image() to work
textureReady = True
glBindTexture(GL_TEXTURE_2D, self.tex_name)
# review: maybe this belongs in draw_plane instead?
self._initTextureEnv() # sets texture params the way we want them
else:
textureReady = False
drawPlane(self.fill_color, self.width, self.width, textureReady,
self.opacity, SOLID = True,
pickCheckOnly = self.pickCheckOnly )
hw = self.width/2.0
corners_pos = [V(-hw, hw, 0.0),
V(-hw, -hw, 0.0),
V( hw, -hw, 0.0),
V( hw, hw, 0.0)]
drawLineLoop(color, corners_pos)
# Draw the ESP Image bbox.
if self.show_esp_bbox:
wo = self.image_offset
eo = self.edge_offset
drawwirecube(color, V(0.0, 0.0, 0.0), V(hw + eo, hw + eo, wo), 1.0)
#drawwirebox
# This is for debugging purposes. This draws a green normal vector
# using local space coords. [Mark 050930]
if 0:
from graphics.drawing.CS_draw_primitives import drawline
drawline(green, V(0.0, 0.0, 0.0), V(0.0, 0.0, 1.0), 0, 3)
glpane.kluge_reset_texture_mode_to_work_around_renderText_bug()
glPopMatrix()
# This is for debugging purposes. This draws a yellow normal vector
# using model space coords. [Mark 050930]
if 0:
from graphics.drawing.CS_draw_primitives import drawline
from utilities.constants import yellow
drawline(yellow, self.center, self.center + self.planeNorm, 0, 3)
def writemmp(self, mapping):
"""
[extends Jig method]
"""
_super = Jig
_super.writemmp(self, mapping)
# Write espimage "info" record.
line = "info espimage espimage_file = " + self.espimage_file + "\n"
mapping.write(line)
#bruce 060210 bugfix: write image_mods if we have any
if self.image_mods:
line = "info espimage image_mods = %s\n" % (self.image_mods,)
mapping.write(line)
return
def mmp_record_jigspecific_midpart(self):
color = map(int, A(self.fill_color) * 255)
dataline = "%.2f %.2f %d (%f, %f, %f) (%f, %f, %f, %f) " \
"%.2f (%d, %d, %d) %d %.2f %.2f" % \
(self.width, self.height, self.resolution,
self.center[0], self.center[1], self.center[2],
self.quat.w, self.quat.x, self.quat.y, self.quat.z,
self.opacity, color[0], color[1], color[2],
self.show_esp_bbox, self.image_offset, self.edge_offset )
return " " + dataline
def readmmp_info_espimage_setitem( self, key, val, interp ):
"""
This is called when reading an mmp file, for each "info espimage"
record which occurs right after this node is read and no other
(espimage jig) node has been read.
Key is a list of words, val a string; the entire record format is
presently [060108] "info espimage <key> = <val>", and there is exactly
one word in <key>, "espimage_file". <val> is the espimage filename.
<interp> is not currently used.
"""
if len(key) != 1:
if debug_flags.atom_debug:
print "atom_debug: fyi: info espimage with unrecognized " \
"key %r (not an error)" % (key,)
return
if key[0] == 'espimage_file':
if val:
if os.path.exists(val):
self.espimage_file = val
self.image_mods.reset()
# also might be done in load_espimage_file, but needed
# here even if it's not
self.load_espimage_file()
else:
msg = redmsg("info espimage espimage_file = " + val +
". File does not exist. No image loaded.")
env.history.message(msg)
# BUG: I think it's a bug to go on to interpret image_mods if the
# file doesn't exist. Not sure how to fix that. [bruce 060210]
pass
elif key[0] == 'image_mods': #bruce 060210
try:
self.image_mods.set_to_str(val)
except ValueError:
print "mmp syntax error in esp image modifications:", val
else:
if self.image_obj:
self.image_mods.do_to( self.image_obj)
self._loadTexture()
pass
return
def get_sim_parms(self):
sim_parms = NanoHive_SimParameters()
sim_parms.desc = 'ESP Calculation from MT Context Menu for ' + self.name
sim_parms.iterations = 1
sim_parms.spf = 1e-17 # Steps per Frame
sim_parms.temp = 300 # Room temp
# Get updated multiplicity from this ESP image jig bbox
atomList = self._findObjsInside()
self.multiplicity = getMultiplicity(atomList)
sim_parms.esp_image = self
return sim_parms
def calculate_esp(self):
cmd = greenmsg("Calculate ESP: ")
errmsgs = [ # warning: their indices in this list matter.
"Error: Nano-Hive plug-in not enabled.",
"Error: Nano-Hive Plug-in path is empty.",
"Error: Nano-Hive plug-in path points to a file that does not exist.",
"Error: Nano-Hive plug-in is not Version 1.2b.",
"Error: Couldn't connect to Nano-Hive instance.",
"Error: Load command failed.",
"Error: Run command failed.",
"Simulation Aborted"
]
sim_parms = self.get_sim_parms()
sims_to_run = ["MPQC_ESP"]
results_to_save = [] # Results info included in write_nh_mpqc_esp_rec()
# Temporary file name of ESP image file.
nhdir = find_or_make_Nanorex_subdir("Nano-Hive")
tmp_espimage_file = os.path.join(nhdir, "%s.png" % (self.name))
# Destination (permanent) file name of ESP image file.
espimage_file = get_nh_espimage_filename(self.assy, self.name)
msg = "Running ESP calculation on [%s]. " \
"Results will be written to: [%s]" % (self.name, espimage_file)
env.history.message( cmd + msg )
r = run_nh_simulation(self.assy, 'CalcESP',
sim_parms, sims_to_run, results_to_save)
if r:
msg = redmsg(errmsgs[r - 1])
env.history.message( cmd + msg )
return
msg = "ESP calculation on [%s] finished." % (self.name)
env.history.message( cmd + msg )
# Move tmp file to permanent location. Make sure the tmp file is there.
if os.path.exists(tmp_espimage_file):
shutil.move(tmp_espimage_file, espimage_file)
else:
print "Temporary ESP Image file ", tmp_espimage_file, \
" does not exist. Image not loaded."
return
self.espimage_file = espimage_file
self.load_espimage_file()
self.assy.changed()
self.assy.w.win_update()
return
def __CM_Calculate_ESP(self):
"""
Method for "Calculate ESP" context menu
"""
self.calculate_esp()
def __CM_Load_ESP_Image(self):
"""
Method for "Load ESP Image" context menu
"""
self.load_espimage_file()
def load_espimage_file(self, choose_new_image = False, parent = None):
"""
Load the ESP (.png) image file pointed to by self.espimage_file. If
the file does not exist, or if choose_new_image is True, the user will
be prompted to choose a new image, and if the file chooser dialog is
not cancelled, the new image will be loaded and its pathname stored in
self.espimage_file.
Return value is None if user cancels the file chooser, but is
self.espimage_file (which has just been reloaded, and a history
message emitted, whether or not it was newly chosen) in all other
cases.
If self.espimage_file is changed (to a different value), this marks
assy as changed.
"""
#bruce 060207 revised docstring. I suspect this routine has several
# distinct purposes which should not be so intimately mixed (i.e. it
# should be several routines). Nothing presently uses the return
# value.
old_espimage_file = self.espimage_file
if not parent:
parent = self.assy.w
cmd = greenmsg("Load ESP Image: ")
## print "load_espimage_file(): espimage_file = ", self.espimage_file
if choose_new_image or not self.espimage_file:
choose_new_image = True
elif not os.path.exists(self.espimage_file):
msg = "The ESP image file:\n" + self.espimage_file + \
"\ndoes not exist.\n\nWould you like to select one?"
choose_new_image = True
QMessageBox.warning( parent, "Choose ESP Image", \
msg, QMessageBox.Ok, QMessageBox.Cancel)
#bruce 060207 question: shouldn't we check here whether they said
#ok or cancel?? Looks like a bug. ####@@@@
if choose_new_image:
cwd = self.assy.get_cwd()
fn = QFileDialog.getOpenFileName(
parent,
"Load an ESP Image File",
cwd,
"Portable Network Graphics (*.png);;All Files (*.*);;"
) #bruce 060212 added All Files option
if not fn:
env.history.message(cmd + "Cancelled.")
return None
self.espimage_file = str(fn)
if old_espimage_file != self.espimage_file:
self.changed() #bruce 060207 fix of perhaps-unreported bug
pass
if self.image_mods:
self.image_mods.reset()
self.changed()
self._create_PIL_image_obj_from_espimage_file()
self._loadTexture()
#bruce 060212 comment: this does gl_update, but when we're called
# from dialog's open file button, the glpane doesn't show the new
# texture until the dialog is closed (which is a bug, IMHO), even
# if we call env.call_qApp_processEvents() before returning from
# this method (load_espimage_file). I don't know why.
# Bug fix 1041-1. Mark 051003
msg = "ESP image loaded: [" + self.espimage_file + "]"
env.history.message(cmd + msg)
return self.espimage_file
def clear_esp_image(self):
"""
Clears the image in the ESP Image.
"""
self.image_obj = None
# don't self.image_mods.reset(); but when we load again, that might
# clear it
self.assy.o.gl_update()
def flip_esp_image(self): # slot method
if self.image_obj:
self.image_obj.flip()
self.image_mods.flip() #bruce 060210
self.changed() #bruce 060210
self._loadTexture()
def mirror_esp_image(self):
if self.image_obj:
self.image_obj.mirror()
self.image_mods.mirror() #bruce 060210
self.changed() #bruce 060210
self._loadTexture()
def rotate_esp_image(self, deg):
if self.image_obj:
self.image_obj.rotate(deg)
self.image_mods.rotate(deg) #bruce 060210
self.changed() #bruce 060210
self._loadTexture()
pass # end of class ESPImage
def getMultiplicity(objList): # only used in this file
"""
@param objList: A list of Atom/Chunk objects
@return: If the total number of electron is odd, return 2, otherwise return 1.
@note: not correct for PAM atoms, but doesn't check for the error of using one.
"""
#Huaicai 10/04/05 -- see also the test code at EOF
# [bruce 071120 moved this from chem.py to jigs_planes.py]
numElectrons = 0
for m in objList:
if isinstance(m, Atom):
numElectrons += m.element.eltnum
elif isinstance(m, Chunk):
for a in m.atoms.itervalues():
numElectrons += a.element.eltnum
if numElectrons % 2:
return 2
else:
return 1
pass
class image_mod_record(DataMixin):
"""
record the mirror/flip/rotate history of an image in a short canonical form,
and be able to write/read/do this
"""
#bruce 060210; maybe should be refiled in ImageUtils.py, though only used
#in this file
def __init__(self, mirror = False, ccwdeg = 0):
"""
whether to mirror it, and (then) how much to rotate it
counterclockwise, in degrees
"""
#k haven't verified it's ccw and not cw, in terms of how it's
# used, but this code should work either way
self.mirrorQ = not not mirror # boolean
self.rot = ccwdeg % 360 # float or int (I think)
def reset(self):
"""reset self to default values"""
self.mirrorQ = False
self.rot = 0
def __str__(self):
"""
[WARNING (kluge, sorry): this format is required by the code,
which uses it to print parts of mmp records]
"""
return "%s %s" % (self.mirrorQ, self.rot)
def __repr__(self):
return "<%s at %#x; mirrorQ, rot == %r>" % \
(self.__class__.__name__, id(self), (self.mirrorQ, self.rot))
def set_to_str(self, str1):
"""
set self to the values encoded in the given string, which should
have been produced by str(self); debug print on syntax error
"""
try:
mir, rot = str1.split() # e.g. "False", "180"
## mir = bool(mir) # wrong -- bool("False") is True!!!
# mir should be "True" or "False" (unrecognized mirs are
# treated as False)
mir = (mir == 'True')
rot = float(rot)
except:
raise ValueError, "syntax error in %r" % (str1,)
# (note: no guarantee str1 is even a string, in principle)
else:
self.mirrorQ = mir
self.rot = rot
return
def mirror(self):
"""
left-right mirroring
"""
self.mirrorQ = not self.mirrorQ
self.rot = (- self.rot) % 360
def flip(self):
"""
vertical flip (top-bottom mirroring)
"""
self.rotate(90)
self.mirror()
self.rotate(-90)
def rotate(self, deg):
self.rot = (self.rot + deg) % 360
def do_to(self, similar):
"""
do your mods to another object that also has mirror/flip/rotate methods
"""
if self.mirrorQ:
similar.mirror()
if self.rot:
similar.rotate(self.rot)
return
def __nonzero__(self):
# Python requires this to return an int; i think a boolean should be ok
return not not (self.mirrorQ or self.rot)
# only correct since we always canonicalize rot by % 360
def _copyOfObject(self): # (in class image_mod_record [bruce circa 060210])
"""
[override abstract method of DataMixin]
"""
return self.__class__(self.mirrorQ, self.rot)
def __eq__(self, other): #bruce 060222 for Undo; in class image_mod_record
"""
[override abstract method of DataMixin]
"""
# note: defining __eq__ is sufficient, but only because we inherit
# from DataMixin, which defines __ne__ based on __eq__
return self.__class__ is other.__class__ and \
(self.mirrorQ, self.rot) == (other.mirrorQ, other.rot)
pass # end of class image_mod_record
# == test code
if __name__ == '__main__':
nopos = V(0,0,0)
#bruce 060308 replaced 'no' with nopos (w/o knowing if it was correct
#in the first place)
alist = [Atom('C', nopos, None),
Atom('C', nopos, None),
Atom('H', nopos, None),
Atom('O', nopos, None),
]
assert getMultiplicity(alist) == 2
alist += [Atom('N', nopos, None), ]
assert getMultiplicity(alist) == 1
print "Test succeed, no assertion error."
#end
| NanoCAD-master | cad/src/analysis/ESP/ESPImage.py |
# Copyright 2005-2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""
NanoHive_SimParameters.py - provide class NanoHive_SimParameters
@author: Mark
@version: $Id$
@copyright: 2005-2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
History:
Bruce 071215 split this out of NanoHive.py to remove
an import cycle, and renamed its class NH_Sim_Parameters
to the same name as the module, NanoHive_SimParameters.
Module classification:
model; for ESP package.
[bruce 071215]
TODO:
Document the parameters.
"""
class NanoHive_SimParameters:
"""
Hold parameters for a NanoHive simulation.
(Parameters are externally set public attributes.)
"""
pass
# end
| NanoCAD-master | cad/src/analysis/ESP/NanoHive_SimParameters.py |
NanoCAD-master | cad/src/analysis/ESP/__init__.py |
|
# Copyright 2004-2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""
ESPImageProp.py
$Id$
"""
from PyQt4.Qt import QWidget
from PyQt4.Qt import SIGNAL
from PyQt4.Qt import QColorDialog
from PyQt4.Qt import QDialog
from analysis.ESP.ESPImagePropDialog import Ui_ESPImagePropDialog
from widgets.widget_helpers import RGBf_to_QColor, QColor_to_RGBf, get_widget_with_color_palette
class ESPImageProp(QDialog, Ui_ESPImagePropDialog):
def __init__(self, esp_image, glpane):
QWidget.__init__(self)
self.setupUi(self)
self.connect(self.ok_btn,SIGNAL("clicked()"),self.accept)
self.connect(self.cancel_btn,SIGNAL("clicked()"),self.reject)
self.connect(self.choose_border_color_btn,SIGNAL("clicked()"),self.change_border_color)
self.connect(self.choose_fill_color_btn,SIGNAL("clicked()"),self.change_fill_color)
self.connect(self.show_esp_bbox_checkbox,SIGNAL("toggled(bool)"),self.show_esp_bbox)
self.connect(self.select_atoms_btn,SIGNAL("clicked()"),self.select_atoms_inside_esp_bbox)
self.connect(self.highlight_atoms_in_bbox_checkbox,SIGNAL("toggled(bool)"),self.highlight_atoms_in_bbox)
self.connect(self.calculate_esp_btn,SIGNAL("clicked()"),self.calculate_esp)
self.connect(self.rotate_ccw_btn,SIGNAL("clicked()"),self.rotate_90)
self.connect(self.rotate_cw_btn,SIGNAL("clicked()"),self.rotate_neg_90)
self.connect(self.flip_btn,SIGNAL("clicked()"),self.flip_esp_image)
self.connect(self.mirror_btn,SIGNAL("clicked()"),self.mirror_esp_image)
self.connect(self.opacity_slider,SIGNAL("valueChanged(int)"),self.change_opacity)
self.connect(self.choose_file_btn,SIGNAL("clicked()"),self.change_esp_image)
self.connect(self.load_btn,SIGNAL("clicked()"),self.load_esp_image)
self.connect(self.clear_btn,SIGNAL("clicked()"),self.clear_esp_image)
self.connect(self.xaxis_spinbox,SIGNAL("valueChanged(int)"),self.change_xaxisOrient)
self.connect(self.yaxis_spinbox,SIGNAL("valueChanged(int)"),self.change_yaxisOrient)
self.connect(self.width_linedit,SIGNAL("returnPressed()"),self.change_jig_size)
self.connect(self.edge_offset_linedit,SIGNAL("returnPressed()"),self.change_jig_size)
self.connect(self.image_offset_linedit,SIGNAL("returnPressed()"),self.change_jig_size)
self.jig = esp_image
self.glpane = glpane
def setup(self):
#Default state for atoms selection
self.selected = False
self.jig_attrs = self.jig.copyable_attrs_dict() # Save the jig's attributes in case of Cancel.
# Jig color
self.fill_QColor = RGBf_to_QColor(self.jig.fill_color) # Used as default color by Color Chooser
self.border_QColor = RGBf_to_QColor(self.jig.normcolor) # Used as default color by Color Chooser
self.fill_color_pixmap = get_widget_with_color_palette(
self.fill_color_pixmap, self.fill_QColor)
self.border_color_pixmap = get_widget_with_color_palette(
self.border_color_pixmap,self.border_QColor)
self.name_linedit.setText(self.jig.name)
self.width_linedit.setText(str(self.jig.width))
self.image_offset_linedit.setText(str(self.jig.image_offset))
self.edge_offset_linedit.setText(str(self.jig.edge_offset))
self.resolution_spinbox.setValue(self.jig.resolution)
self.show_esp_bbox_checkbox.setChecked(self.jig.show_esp_bbox)
opacity = '%1.2f ' % self.jig.opacity
self.opacity_linedit.setText(opacity)
self.opacity_slider.setValue(int (self.jig.opacity * 100))
self.highlight_atoms_in_bbox_checkbox.setChecked(self.jig.highlightChecked)
self._updateSelectButtonText()
self.xaxis_spinbox.setValue(self.jig.xaxis_orient)
self.yaxis_spinbox.setValue(self.jig.yaxis_orient)
self.png_fname_linedit.setText(self.jig.espimage_file)
def change_fill_color(self):
"""
Slot method to change fill color.
"""
color = QColorDialog.getColor(self.fill_QColor, self)
if color.isValid():
self.fill_QColor = color
self.fill_color_pixmap = get_widget_with_color_palette(
self.fill_color_pixmap, self.fill_QColor)
self.jig.fill_color = QColor_to_RGBf(color)
self.glpane.gl_update()
def change_border_color(self):
"""
Slot method change border color.
"""
color = QColorDialog.getColor(self.border_QColor, self)
if color.isValid():
self.border_QColor = color
self.border_color_pixmap = get_widget_with_color_palette(
self.border_color_pixmap,self.border_QColor)
self.jig.color = self.jig.normcolor = QColor_to_RGBf(color)
self.glpane.gl_update()
def change_jig_size(self, gl_update=True):
"""
Slot method to change the jig's length, radius and/or spoke radius.
"""
self.jig.width = float(str(self.width_linedit.text()))
self.jig.image_offset = float(str(self.image_offset_linedit.text()))
self.jig.edge_offset = float(str(self.edge_offset_linedit.text()))
if gl_update:
self.glpane.gl_update()
def change_opacity(self, val):
"""
Slot for opacity slider
"""
self.jig.opacity = val/100.0
opacity = '%1.2f ' % self.jig.opacity
self.opacity_linedit.setText(opacity)
self.glpane.gl_update()
def show_esp_bbox(self, val):
"""
Slot for Show ESP Image Volume checkbox
"""
self.jig.show_esp_bbox = val
self.glpane.gl_update()
def highlight_atoms_in_bbox(self, val):
"""
Slot for Highlight Atoms Inside Volume checkbox
"""
self.jig.highlightChecked = val
self.glpane.gl_update()
def _updateSelectButtonText(self):
if self.selected:
self.select_atoms_btn.setText("Deselect Atoms Inside Volume")
else:
self.select_atoms_btn.setText("Select Atoms Inside Volume")
def select_atoms_inside_esp_bbox(self):
"""
Slot for Select Atoms Inside Volume button,
which selects all the atoms inside the bbox
"""
self.selected = not self.selected
self._updateSelectButtonText()
self.jig.pickSelected(self.selected)
self.glpane.gl_update()
def calculate_esp(self):
self.jig.calculate_esp()
def load_esp_image(self):
self.jig.load_espimage_file()
self.png_fname_linedit.setText(self.jig.espimage_file)
def change_esp_image(self):
self.jig.load_espimage_file(choose_new_image = True, parent=self)
self.png_fname_linedit.setText(self.jig.espimage_file)
def clear_esp_image(self):
self.jig.clear_esp_image()
def change_xaxisOrient(self, val):
self.jig.xaxis_orient = val
def change_yaxisOrient(self, val):
self.jig.yaxis_orient = val
def rotate_90(self):
"""
CCW rotate 90 degrees.
"""
self.jig.rotate_esp_image(90)
def rotate_neg_90(self):
"""
CW rotate 90 degrees.
"""
self.jig.rotate_esp_image(-90)
def flip_esp_image(self):
"""
Flip esp image.
"""
self.jig.flip_esp_image()
def mirror_esp_image(self):
"""
Mirror esp image.
"""
self.jig.mirror_esp_image()
def accept(self):
"""
Slot for the 'OK' button
"""
self.jig.cancelled = False
self.jig.try_rename(self.name_linedit.text())
self.change_jig_size(gl_update=False)
self.jig.resolution = float(self.resolution_spinbox.value())
# Before exit the dialog, turn off the highlighting and selection
#self.jig.highlightChecked = False # Let's try leaving highlighted atoms on. It's useful. Mark 051004.
self.jig.pickSelected(False)
self.jig.assy.w.win_update() # Update model tree
self.jig.assy.changed()
QDialog.accept(self)
def reject(self):
"""
Slot for the 'Cancel' button
"""
self.jig.attr_update(self.jig_attrs) # Restore attributes of the jig.
# Before exit the dialog, turn off the highlighting and selection
self.jig.highlightChecked = False
self.jig.pickSelected(False)
self.glpane.gl_update()
QDialog.reject(self)
| NanoCAD-master | cad/src/analysis/ESP/ESPImageProp.py |
# Copyright 2005-2008 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""
NanoHiveUtils.py
@author: Brian, Mark
@version: $Id$
@copyright: 2005-2008 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
History:
Brian wrote the NH_Connection class.
Mark wrote everything else.
Module classification:
Mostly control & io code. Some model & ui code (via assy arg & assy.w).
Probably "simulation". [bruce 071214]
"""
import foundation.env as env, os, sys, time
from platform_dependent.PlatformDependent import find_or_make_Nanorex_subdir
from utilities.prefs_constants import nanohive_path_prefs_key, nanohive_enabled_prefs_key
from PyQt4.Qt import Qt, QApplication, QCursor
from widgets.StatusBar import NanoHiveProgressReporter
def get_nh_simspec_filename(basename):
"""
Return the full path of the Nano-Hive simulation specification file.
"""
if basename:
nhdir = find_or_make_Nanorex_subdir("Nano-Hive")
fn = os.path.normpath(os.path.join(nhdir,str(basename)+"-sim.xml"))
#print "get_nh_simspec_filename(): filename=", fn
return fn
else:
return None
def get_nh_workflow_filename(basename):
"""
Return the full path of the Nano-Hive workflow file.
"""
if basename:
nhdir = find_or_make_Nanorex_subdir("Nano-Hive")
fn = os.path.normpath(os.path.join(nhdir,str(basename)+"-flow.tcl"))
#print "get_nh_workflow_filename(): filename=", fn
return fn
else:
return None
def get_nh_mmp_filename(basename):
"""
Return the full path of the Nano-Hive MMP input file.
"""
if basename:
nhdir = find_or_make_Nanorex_subdir("Nano-Hive")
fn = os.path.normpath(os.path.join(nhdir,str(basename)+".mmp"))
#print "get_nh_mmp_filename(): filename=", fn
return fn
else:
return None
def get_nh_espimage_filename(assy, jigname):
"""
Returns the filename of the ESP Image's png given assy and ESP Image's jigname,
to be stored in the ESP Image's MMP info record.
The filename format is "assyname-jigname.png"
"""
cwd = os.path.join(assy.get_cwd(), assy.name + "-" + jigname + ".png")
return os.path.normpath(cwd)
def get_nh_home_ORIG():
"""
Return the Nano-Hive home directory
"""
nanohive_exe = env.prefs[nanohive_path_prefs_key]
# On Windows, the default location of the Nano-Hive executable is
# C:\Program Files\Nano-Hive\bin\win32-x86\NanoHive.exe
# The home directory is retreived by stripping off the last two directories
# from the Nano-Hive executable path, which is
# C:\Program Files\Nano-Hive
if sys.platform == 'win32':
head, tail = os.path.split(nanohive_exe)
head, tail = os.path.split(head)
nh_home, tail = os.path.split(head)
return nh_home
def get_nh_home():
"""
Returns the Nano-Hive home (base) directory for each platform, if it exists. Otherwise, return None.
"""
if sys.platform == "win32": # Windows
basedir = "C:\Program Files\Nano-Hive"
else: # Linux and MacOS
basedir = "/usr/local/share/Nano-Hive"
if not os.path.exists(basedir): return None
return basedir
def get_nh_config_filename():
"""
Return the full path of the Nano-Hive config.txt file.
"""
if sys.platform == "win32": # Windows
fn = os.path.normpath(get_nh_home() + "/conf/configs.txt")
else: # Linxus and MacOS
fn = os.path.normpath(os.path.expanduser("~/.Nano-Hive/conf/configs.txt"))
if not os.path.exists(fn): return None
return fn
def run_nh_simulation(assy, sim_id, sim_parms, sims_to_run, results_to_save):
"""
Run a Nano-Hive simulation on the part (assy). Only the MPQC_ESP plug-in
used for creating an ESP Image file is supported in A7.
sim_id is the simulation id of the simulation. It is used to construct the
basename of all the simulation files and is the name of the Nano-Hive simulation run.
sims_to_run is a list of simulations to run, where:
MPQC_ESP = MPQC ESP Plane
MPQC_GD = MPQC Gradient Dynamics (not supported in A7)
AIREBO = AIREBO (not supported in A7)
results_to_save is a list of results to save, where:
MEASUREMENTS = Measurements to file
POVRAYVIDEO = POVRay Video
NETCDF = NetCDF
Return values:
0 = successful
1 = Nano-Hive plug-in not enabled
2 = Nano-Hive plug-in path is empty
3 = Nano-Hive plug-in path points to a file that does not exist
4 = Nano-Hive plug-in is not Version 1.2b
5 = Couldn't connect to Nano-Hive instance
6 = "load" command failed
7 = "run" command failed
8 = Simulation aborted
"""
if not sims_to_run:
return # No simulations to run in the list.
# Validate that the Nano-Hive plug-in is enabled.
if not env.prefs[nanohive_enabled_prefs_key]:
r = activate_nh_plugin(assy.w)
if r:
return 1 # Nano-Hive plug-in not enabled.
if not env.prefs[nanohive_path_prefs_key]:
return 2 # Nano-Hive plug-in path is empty
if not os.path.exists(env.prefs[nanohive_path_prefs_key]):
return 3 # Nano-Hive plug-in path points to a file that does not exist
r = verify_nh_program()
if r:
return 4 # Nano-Hive plug-in is not Version 1.2b
if not sim_id:
sim_id = get_sim_id()
output_dir = find_or_make_Nanorex_subdir("Nano-Hive") # ~/Nanorex/Nano-Hive
# Put up the wait cursor. The cursor will be restored by exit_nh().
QApplication.setOverrideCursor( assy.w.ArrowWaitCursor )
# 1. Try to connect to Nano-Hive, get socket.
# 99% of the time, no socket will be returned since Nano-Hive hasn't been started yet.
# Let's check, just in case this is a Nano-Hive instance running.
nh_socket = connect_to_nh()
if nh_socket:
kill_nh = False
else: # No Nano-Hive instance is running. Start it.
kill_nh = True
r = start_nh() # Start Nano-Hive server (instance).
if r:
print "Nano-Hive startup aborted."
# It may take a second or two to connect to the new Nano-Hive instance.
# Keep trying until we get a socket. Give up if we haven't connected within 4 seconds.
start = time.time()
while not nh_socket:
time.sleep(0.25)
nh_socket = connect_to_nh()
duration = time.time() - start
if duration > 4.0: # Give up after 4 seconds
exit_nh(nh_socket, kill_nh) # Only restore's the cursor
return 5 # Couldn't connect to Nano-Hive socket.
# 2. Write the MMP file that Nano-Hive will use for the sim run.
assy.writemmpfile(get_nh_mmp_filename(sim_id))
# 3. Write the sim-spec file using the parameters from the Nano-Hive dialog widgets
from analysis.ESP.files_nh import write_nh_simspec_file
write_nh_simspec_file(sim_id, sim_parms, sims_to_run, results_to_save, output_dir)
# 4. Write the Sim Workflow file
from analysis.ESP.files_nh import write_nh_workflow_file
write_nh_workflow_file(sim_id)
# 5. Send commands to Nano-Hive. There can be no spaces in partname. Need to fix this.
cmd = 'load simulation -f "' + get_nh_simspec_filename(sim_id) + '" -n ' + sim_id
#print "NanoHiveUtils.run_nh_simulation(): N-H load command: ", cmd
success, response = nh_socket.sendCommand(cmd) # Send "load" command.
if not success:
print success, response
exit_nh(nh_socket, kill_nh)
return 6 # "load" command failed
cmd = "run " + sim_id
#print "NanoHiveUtils.run_nh_simulation(): N-H run command: ", cmd
success, response = nh_socket.sendCommand(cmd) # Send "run" command.
if not success:
print success, response
exit_nh(nh_socket, kill_nh)
return 7 # "run" command failed
statusBar = assy.w.statusBar()
progressReporter = NanoHiveProgressReporter(nh_socket, sim_id)
r = statusBar.show_progressbar_and_stop_button(progressReporter, "NanoHive", True)
if r:
stop_nh_sim(sim_id)
exit_nh(nh_socket, kill_nh)
return 8 # simulation aborted
exit_nh(nh_socket, kill_nh)
return 0
def activate_nh_plugin(win):
"""
Opens a message box informing the user that the Nano-Hive plugin
needs to be enabled and asking if they wish to do so.
win is the main window object.
"""
from PyQt4.Qt import QMessageBox
ret = QMessageBox.warning( win, "Activate Nano-Hive Plug-in",
"Nano-Hive plug-in not enabled. Please select <b>OK</b> to \n" \
"activate the Nano-Hive plug-in from the Preferences dialog.",
"&OK", "Cancel", "",
0, 1 )
if ret == 0: # OK
win.userPrefs.showDialog('Plug-ins') # Show Preferences | Plug-in.
if not env.prefs[nanohive_enabled_prefs_key]:
return 1 # Nano-Hive was not enabled by user.
elif ret == 1: # Cancel
return 1
return 0
def verify_nh_program():
"""
Returns 0 if nanohive_path_prefs_key is the path to the Nano-Hive v1.2b executable.
Otherwise, returns 1.
"""
vstring = "Nano-Hive version 1.2.0-beta-1 Copyright (C) 2004,2005 Nano-Hive, LLC"
r = verify_program(env.prefs[nanohive_path_prefs_key], '-v', vstring)
return r
# This is a general function that should be moved to utilities
def verify_program(program, version_flag, vstring):
"""
Verifies a program by running it with the version_flag and matching the output to vstring.
Returns 0 if there is a match. Otherwise, returns 1
"""
if not program:
return 1
if not os.path.exists(program):
return 1
args = [version_flag]
from processes.Process import Process
arguments = []
for arg in args:
if arg != "":
arguments.append(arg)
print
print "arguments:", arguments
p = Process()
p.start(program, arguments)
if not p.waitForFinished (10000): # Wait for 10000 milliseconds = 10 seconds
return 1
output = 'Not vstring'
output = str(p.readAllStandardOutput())
#print "output=", output
#print "vstring=", vstring
if output.find(vstring) == -1:
return 1
else:
return 0 # Match found.
def start_nh():
"""
Starts Nano-Hive server in the background.
Returns 1 if Nano-Hive path is not set or if the path does not exist.
Returns 2 if Nano-Hive config file does not exist.
"""
# Get Nano-Hive executable path from the prefs db.
nanohive_exe = env.prefs[nanohive_path_prefs_key]
if not nanohive_exe:
return 1
if not os.path.exists(nanohive_exe):
return 1
nanohive_config = get_nh_config_filename()
if not nanohive_config:
return 2
args = ['-f', nanohive_config]
#print "start_nh(): args=", args
from processes.Process import Process
arguments = []
for arg in args:
if arg != "":
arguments.append(arg)
nhProcess = Process()
nhProcess.start(nanohive_exe, args)
return 0
def stop_nh_sim(nh_socket, sim_id=None):
"""
Stops a running Nano-Hive simulation.
<sim_id> - the id (name) of the simulator to stop.
"""
if nh_socket:
if sim_id:
success, response = nh_socket.sendCommand("stop " + sim_id) # Send "stop" command.
QApplication.restoreOverrideCursor() # Restore the cursor
def exit_nh(nh_socket, kill_nh):
"""
Exits (kills) the Nano-Hive instance if kill_nh is True,
closes the socket and restores the cursor."
"""
if nh_socket:
if kill_nh:
success, response = nh_socket.sendCommand("exit") # Send "exit" command.
nh_socket.close()
QApplication.restoreOverrideCursor() # Restore the cursor
def connect_to_nh():
"""
Connects to a Nano-Hive instance.
Returns NH_Connection socket if successful, None if failure.
"""
hostIP = "127.0.0.1"
port = 3000 # Nano-Hive 1.2b uses port 3000, not 3002 as 1.2a did. mark 2006-01-04.
serverTimeout = 5.0
clientTimeout = 30.0
method = "NanoHiveUtils.connect_to_nh()"
nh_conn = NH_Connection() # Obtain connection object
# Try connecting the Nano-Hive instance.
success, msg = nh_conn.connect(hostIP, port, serverTimeout, clientTimeout)
if success:
success, result = nh_conn.sendCommand("status 1") # Send status command.
if success:
msg = method + ": Success: " + str(success) + "\nMessage: " + str(result)
#env.history.message(msg)
#print msg
return nh_conn
else:
msg = method + ": Command Error:\nSuccess=" + str(success) + "\nMessage: " + str(result)
#env.history.message(msg)
#print msg
return None
else:
msg = method + ": Connection Failed:\nSuccess=" + str(success) + "\nMessage: " + str(msg)
#env.history.message(msg)
#print msg
return None
# Version 2
import socket
class NH_Connection:
"""
A sockets connection to a Nano-Hive instance.
"""
def connect(self, hostIP, port, serverTimeout, clientTimeout):
"""
Connects to the specified N-H instance.
Parameters:
hostIP
The IP address of the N-H host
port
The port listened to by the SocketsControl plugin of the N-H host
serverTimeout
A float specifying how long, in seconds, to give when reading
from, and writing to, N-H
clientTimeout
A float specifying the timeout period of the SocketsControl
plugin of the N-H host. Not implemented yet, but this will
keep the N-H connection alive with "ping" commands
Returns:
success indicator
A one if the N-H instance was successfully connected to, or a
zero if an error occurred and connection failed
error message
If connection failed, describes the problem
"""
try:
self.connectionHandle = \
socket.socket(socket.AF_INET, socket.SOCK_STREAM)
self.connectionHandle.connect((hostIP, port))
self.connectionHandle.settimeout(serverTimeout)
except socket.error, errorMessage:
return 0, errorMessage
return 1, ""
def close(self):
"""
Closes the connection to the N-H instance.
"""
self.connectionHandle.close()
def sendCommand(self, command):
"""
Sends a command to the N-H instance and returns the response.
Parameters:
command
The command to send to the N-H instance
Returns:
success indicator
A one if the command was successfully sent and a response was
received
response or error message
If all was successful, the encoded N-H instance response, or a
description of the error if unsuccessful. The encoded response
can be decoded with the
Nano-Hive/data/local/en_resultCodes.txt file
"""
# Send command
success = 1
try:
self.connectionHandle.send(command)
except socket.error, errorMessage:
success = 0
# Read response length
if success:
try:
responseLengthChars = self.connectionHandle.recv(4)
except socket.error, errorMessage:
success = 0
if success:
responseLength = ord(responseLengthChars[0])
responseLength |= ord(responseLengthChars[1]) << 8
responseLength |= ord(responseLengthChars[2]) << 16
responseLength |= ord(responseLengthChars[3]) << 24;
# Read response
try:
response = self.connectionHandle.recv(responseLength)
except socket.error, errorMessage:
success = 0
if success:
return 1, response
else:
return 0, errorMessage
| NanoCAD-master | cad/src/analysis/ESP/NanoHiveUtils.py |
# Copyright 2005-2009 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""
NanoHive.py - dialog and control code for running ESP (and other?)
calculations using NanoHive
@author: Mark
@version: $Id$
@copyright: 2005-2009 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
Module classification: has ui/control/ops code; put in ui for now.
"""
from PyQt4.Qt import QWidget
from PyQt4.Qt import SIGNAL
from PyQt4.Qt import QDialog
from PyQt4.Qt import QString
import foundation.env as env
from utilities.constants import filesplit
from utilities.Log import redmsg, greenmsg, orangemsg
from analysis.ESP.NanoHiveDialog import Ui_NanoHiveDialog
from analysis.ESP.ESPImage import ESPImage
from analysis.ESP.NanoHiveUtils import run_nh_simulation
from analysis.ESP.NanoHive_SimParameters import NanoHive_SimParameters
cmd = greenmsg("Nano-Hive: ")
# _get_partname() should be a global function. Mark 050915.
# [or, better, refile it as an assy method. bruce 071215]
def _get_partname(assy):
"""
Returns the base name of the part. If the filename is not set,
returns "Untitled".
"""
if assy.filename:
junk, basename, ext = filesplit(assy.filename)
return basename
else:
return "Untitled"
def _find_all_ESPImage_jigs_under( root):
"""
Returns a list of ESPImage jigs.
"""
# Code copied from node_indices.find_all_jigs_under(). Mark 050919.
res = []
def grab_if_ESP_Image_jig(node):
if isinstance(node, ESPImage):
res.append(node)
root.apply2all( grab_if_ESP_Image_jig)
return res
class NanoHive(QWidget, Ui_NanoHiveDialog):
"""
The Nano-Hive dialog
"""
def __init__(self, assy):
QWidget.__init__(self)
self.setupUi(self)
self.connect(self.run_sim_btn, SIGNAL("clicked()"), self.accept)
self.connect(self.cancel_btn, SIGNAL("clicked()"), self.reject)
self.connect(self.MPQC_ESP_checkbox, SIGNAL("toggled(bool)"), self.update_ESP_window_combox)
self.connect(self.MPQC_GD_checkbox, SIGNAL("toggled(bool)"), self.update_MPQC_GD_options_btn)
self.connect(self.ESP_image_combox, SIGNAL("activated(int)"), self.set_ESP_window)
self.connect(self.MPQC_GD_options_btn, SIGNAL("clicked()"), self.show_MPQC_GD_options_dialog)
self.assy = assy
self.part = assy.part
self.esp_image_list = [] # List of ESP Image jigs.
self.esp_image = None # The currently selected ESP Image.
# This is where What's This descriptions should go for the Nano-Hive dialog.
# Mark 050831.
from ne1_ui.WhatsThisText_for_MainWindow import create_whats_this_descriptions_for_NanoHive_dialog
create_whats_this_descriptions_for_NanoHive_dialog(self)
return
def showDialog(self, assy):
"""
Display the dialog
"""
self.assy = assy
self.part = assy.part
# Make sure there is something to simulate.
if not self.part.molecules: # Nothing in the part to simulate.
msg = redmsg("Nothing to simulate.")
env.history.message(cmd + msg)
return
env.history.message(cmd + "Enter simulation parameters and select <b>Run Simulation.</b>")
self._init_dialog()
self.exec_()
return
def _init_dialog(self):
# Fill in the name_linedit widget.
self.name_linedit.setText(_get_partname(self.assy))
self.MPQC_ESP_checkbox.setChecked(False)
self.MPQC_GD_checkbox.setChecked(False)
self.AIREBO_checkbox.setChecked(False)
self.populate_ESP_image_combox() # Update the ESP Image combo box.
self.Measurements_to_File_checkbox.setChecked(False)
self.POVRayVideo_checkbox.setChecked(False)
# == Slots for Nano-Hive Dialog
def accept(self):
"""
The slot method for the 'OK' button.
"""
if self.run_nanohive():
return
QDialog.accept(self)
def reject(self):
"""
The slot method for the "Cancel" button.
"""
QDialog.reject(self)
def update_ESP_image_combox(self, toggle):
"""
Enables/disables the ESP Image combo box.
"""
if self.esp_image_list:
self.ESP_image_combox.setEnabled(toggle)
else:
env.history.message("No ESP Image Jigs")
self.MPQC_ESP_checkbox.setChecked(False)
self.ESP_image_combox.setEnabled(False)
def populate_ESP_image_combox(self):
"""
Populates the ESP Image combo box with the names of all ESPImage jigs
in the current part.
"""
self.esp_image_list = _find_all_ESPImage_jigs_under(self.assy.tree)
self.ESP_image_combox.clear()
for jig in self.esp_image_list:
self.ESP_image_combox.insertItem(100, jig.name)
# 100 makes sure item is appended to list. [mark 2007-05-04]
if self.esp_image_list:
# Set default ESP Image to the first one in the list.
self.esp_image = self.esp_image_list[0]
else:
# Must have at least one ESP Image in the part to select this plugin
# self.MPQC_ESP_checkbox.setEnabled(False) # Disable the ESP Plane plugin.
self.ESP_image_combox.setEnabled(False)
def set_ESP_image(self, indx):
"""
Slot for the ESP Image combo box.
"""
print "Index = ", indx
if indx:
self.esp_image = self.esp_image_list[indx]
print "ESP Image Name =", self.esp_image.name
else:
self.esp_image = None
print "ESP Image Name =", self.esp_image
def update_MPQC_GD_options_btn(self, toggle):
"""
Enables/disables the MPQC Gradient Dynamics Options button.
"""
self.MPQC_GD_options_btn.setEnabled(toggle)
def show_MPQC_GD_options_dialog(self):
"""
Show the MPQC Gradient Dynamics Options dialog.
"""
print "MPQC Gradient Dynamics Options dialog is not implemented yet."
# ==
def get_sim_id(self):
"""
Return the simulation id (name) from the dialog's Name widget.
If it is empty, return "Untitled" as the sim_name.
"""
name = QString(self.name_linedit.text())
bname = name.stripWhiteSpace() # make sure suffix is not just whitespaces
if bname:
sim_name = str(bname)
# Brian H. says that "name" cannot have any whitespace characters.
# He suggests that we replace whitespace chars with underscores.
# It is late and I don't have time to look up the Python function for this.
# DON'T FORGET. Mark 050915 at 11:45PM. ZZZ.
else:
sim_name = "Untitled"
return sim_name
def get_sims_to_run(self):
"""
Returns a list of the simulations to run.
"""
sims_to_run = []
if self.MPQC_ESP_checkbox.isChecked():
sims_to_run.append("MPQC_ESP")
if self.MPQC_GD_checkbox.isChecked():
sims_to_run.append("MPQC_GD")
if self.AIREBO_checkbox.isChecked():
sims_to_run.append("AIREBO")
return sims_to_run
def get_results_to_save(self):
"""
Returns a list of the simulations to run.
"""
results_to_save = []
if self.Measurements_to_File_checkbox.isChecked():
results_to_save.append("MEASUREMENTS_TO_FILE")
if self.POVRayVideo_checkbox.isChecked():
results_to_save.append("POVRAYVIDEO")
# NetCDF Plugin. COMMENTED OUT FOR TESTING.
if 0:
results_to_save.append("NETCDF")
return results_to_save
def get_sim_data(self):
"""
Return the set of parameters and data needed to run the Nano-Hive simulation.
"""
sp = NanoHive_SimParameters()
sp.desc = self.description_textedit.toPlainText()
sp.iterations = self.nframes_spinbox.value() # Iterations = Frames
sp.spf = self.stepsper_spinbox.value() * 1e-17 # Steps per Frame
sp.temp = self.temp_spinbox.value() # Temp in Kelvin
sp.esp_image = self.esp_image
return sp
def run_nanohive(self):
"""
Slot for "Run Simulation" button.
"""
sim_name = self.get_sim_name()
sim_parms = self.get_sim_data()
sims_to_run = self.get_sims_to_run()
results_to_save = self.get_results_to_save()
run_nh_simulation(self.assy, sim_name, sim_parms, sims_to_run, results_to_save)
pass
# end
| NanoCAD-master | cad/src/analysis/ESP/NanoHive.py |
# -*- coding: utf-8 -*-
# Copyright 2005-2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
# Form implementation generated from reading ui file 'NanoHiveDialog.ui'
#
# Created: Wed Sep 20 10:17:46 2006
# by: PyQt4 UI code generator 4.0.1
#
# WARNING! All changes made in this file will be lost!
from PyQt4 import QtCore, QtGui
class Ui_NanoHiveDialog(object):
def setupUi(self, NanoHiveDialog):
NanoHiveDialog.setObjectName("NanoHiveDialog")
NanoHiveDialog.resize(QtCore.QSize(QtCore.QRect(0,0,355,782).size()).expandedTo(NanoHiveDialog.minimumSizeHint()))
NanoHiveDialog.setModal(True)
self.gridlayout = QtGui.QGridLayout(NanoHiveDialog)
self.gridlayout.setMargin(11)
self.gridlayout.setSpacing(21)
self.gridlayout.setObjectName("gridlayout")
self.hboxlayout = QtGui.QHBoxLayout()
self.hboxlayout.setMargin(0)
self.hboxlayout.setSpacing(6)
self.hboxlayout.setObjectName("hboxlayout")
self.vboxlayout = QtGui.QVBoxLayout()
self.vboxlayout.setMargin(0)
self.vboxlayout.setSpacing(6)
self.vboxlayout.setObjectName("vboxlayout")
self.namelbl = QtGui.QLabel(NanoHiveDialog)
self.namelbl.setAlignment(QtCore.Qt.AlignRight|QtCore.Qt.AlignTrailing|QtCore.Qt.AlignVCenter)
self.namelbl.setObjectName("namelbl")
self.vboxlayout.addWidget(self.namelbl)
self.vboxlayout1 = QtGui.QVBoxLayout()
self.vboxlayout1.setMargin(0)
self.vboxlayout1.setSpacing(6)
self.vboxlayout1.setObjectName("vboxlayout1")
self.desclbl = QtGui.QLabel(NanoHiveDialog)
self.desclbl.setAlignment(QtCore.Qt.AlignRight|QtCore.Qt.AlignTrailing|QtCore.Qt.AlignVCenter)
self.desclbl.setObjectName("desclbl")
self.vboxlayout1.addWidget(self.desclbl)
spacerItem = QtGui.QSpacerItem(20,16,QtGui.QSizePolicy.Minimum,QtGui.QSizePolicy.Expanding)
self.vboxlayout1.addItem(spacerItem)
self.vboxlayout.addLayout(self.vboxlayout1)
self.hboxlayout.addLayout(self.vboxlayout)
self.vboxlayout2 = QtGui.QVBoxLayout()
self.vboxlayout2.setMargin(0)
self.vboxlayout2.setSpacing(6)
self.vboxlayout2.setObjectName("vboxlayout2")
self.name_linedit = QtGui.QLineEdit(NanoHiveDialog)
self.name_linedit.setObjectName("name_linedit")
self.vboxlayout2.addWidget(self.name_linedit)
self.description_textedit = QtGui.QTextEdit(NanoHiveDialog)
self.description_textedit.setMinimumSize(QtCore.QSize(0,0))
self.description_textedit.setTextFormat(QtCore.Qt.PlainText)
self.description_textedit.setObjectName("description_textedit")
self.vboxlayout2.addWidget(self.description_textedit)
self.hboxlayout.addLayout(self.vboxlayout2)
self.gridlayout.addLayout(self.hboxlayout,0,0,1,1)
self.parms_grpbox = QtGui.QGroupBox(NanoHiveDialog)
self.parms_grpbox.setObjectName("parms_grpbox")
self.gridlayout1 = QtGui.QGridLayout(self.parms_grpbox)
self.gridlayout1.setMargin(11)
self.gridlayout1.setSpacing(6)
self.gridlayout1.setObjectName("gridlayout1")
self.hboxlayout1 = QtGui.QHBoxLayout()
self.hboxlayout1.setMargin(0)
self.hboxlayout1.setSpacing(6)
self.hboxlayout1.setObjectName("hboxlayout1")
self.vboxlayout3 = QtGui.QVBoxLayout()
self.vboxlayout3.setMargin(0)
self.vboxlayout3.setSpacing(6)
self.vboxlayout3.setObjectName("vboxlayout3")
self.textLabel5 = QtGui.QLabel(self.parms_grpbox)
self.textLabel5.setAlignment(QtCore.Qt.AlignRight|QtCore.Qt.AlignTrailing|QtCore.Qt.AlignVCenter)
self.textLabel5.setObjectName("textLabel5")
self.vboxlayout3.addWidget(self.textLabel5)
self.textLabel2 = QtGui.QLabel(self.parms_grpbox)
self.textLabel2.setAlignment(QtCore.Qt.AlignRight|QtCore.Qt.AlignTrailing|QtCore.Qt.AlignVCenter)
self.textLabel2.setObjectName("textLabel2")
self.vboxlayout3.addWidget(self.textLabel2)
self.textLabel3 = QtGui.QLabel(self.parms_grpbox)
self.textLabel3.setAlignment(QtCore.Qt.AlignRight|QtCore.Qt.AlignTrailing|QtCore.Qt.AlignVCenter)
self.textLabel3.setObjectName("textLabel3")
self.vboxlayout3.addWidget(self.textLabel3)
self.hboxlayout1.addLayout(self.vboxlayout3)
self.vboxlayout4 = QtGui.QVBoxLayout()
self.vboxlayout4.setMargin(0)
self.vboxlayout4.setSpacing(6)
self.vboxlayout4.setObjectName("vboxlayout4")
self.nframes_spinbox = QtGui.QSpinBox(self.parms_grpbox)
self.nframes_spinbox.setMaximum(90000)
self.nframes_spinbox.setMinimum(1)
self.nframes_spinbox.setSingleStep(15)
self.nframes_spinbox.setProperty("value",QtCore.QVariant(900))
self.nframes_spinbox.setObjectName("nframes_spinbox")
self.vboxlayout4.addWidget(self.nframes_spinbox)
self.stepsper_spinbox = QtGui.QSpinBox(self.parms_grpbox)
self.stepsper_spinbox.setMaximum(99999)
self.stepsper_spinbox.setMinimum(1)
self.stepsper_spinbox.setProperty("value",QtCore.QVariant(10))
self.stepsper_spinbox.setObjectName("stepsper_spinbox")
self.vboxlayout4.addWidget(self.stepsper_spinbox)
self.temp_spinbox = QtGui.QSpinBox(self.parms_grpbox)
self.temp_spinbox.setMaximum(99999)
self.temp_spinbox.setProperty("value",QtCore.QVariant(300))
self.temp_spinbox.setObjectName("temp_spinbox")
self.vboxlayout4.addWidget(self.temp_spinbox)
self.hboxlayout1.addLayout(self.vboxlayout4)
self.vboxlayout5 = QtGui.QVBoxLayout()
self.vboxlayout5.setMargin(0)
self.vboxlayout5.setSpacing(6)
self.vboxlayout5.setObjectName("vboxlayout5")
spacerItem1 = QtGui.QSpacerItem(255,20,QtGui.QSizePolicy.Expanding,QtGui.QSizePolicy.Minimum)
self.vboxlayout5.addItem(spacerItem1)
self.textLabel2_2 = QtGui.QLabel(self.parms_grpbox)
self.textLabel2_2.setObjectName("textLabel2_2")
self.vboxlayout5.addWidget(self.textLabel2_2)
self.textLabel3_2 = QtGui.QLabel(self.parms_grpbox)
self.textLabel3_2.setObjectName("textLabel3_2")
self.vboxlayout5.addWidget(self.textLabel3_2)
self.hboxlayout1.addLayout(self.vboxlayout5)
self.gridlayout1.addLayout(self.hboxlayout1,0,0,1,1)
self.gridlayout.addWidget(self.parms_grpbox,1,0,1,1)
self.buttonGroup1 = QtGui.QGroupBox(NanoHiveDialog)
self.buttonGroup1.setObjectName("buttonGroup1")
self.gridlayout2 = QtGui.QGridLayout(self.buttonGroup1)
self.gridlayout2.setMargin(11)
self.gridlayout2.setSpacing(6)
self.gridlayout2.setObjectName("gridlayout2")
self.hboxlayout2 = QtGui.QHBoxLayout()
self.hboxlayout2.setMargin(0)
self.hboxlayout2.setSpacing(6)
self.hboxlayout2.setObjectName("hboxlayout2")
self.MPQC_GD_checkbox = QtGui.QCheckBox(self.buttonGroup1)
self.MPQC_GD_checkbox.setObjectName("MPQC_GD_checkbox")
self.hboxlayout2.addWidget(self.MPQC_GD_checkbox)
self.MPQC_GD_options_btn = QtGui.QPushButton(self.buttonGroup1)
self.MPQC_GD_options_btn.setEnabled(False)
self.MPQC_GD_options_btn.setObjectName("MPQC_GD_options_btn")
self.hboxlayout2.addWidget(self.MPQC_GD_options_btn)
self.gridlayout2.addLayout(self.hboxlayout2,1,0,1,1)
self.hboxlayout3 = QtGui.QHBoxLayout()
self.hboxlayout3.setMargin(0)
self.hboxlayout3.setSpacing(6)
self.hboxlayout3.setObjectName("hboxlayout3")
self.MPQC_ESP_checkbox = QtGui.QCheckBox(self.buttonGroup1)
self.MPQC_ESP_checkbox.setObjectName("MPQC_ESP_checkbox")
self.hboxlayout3.addWidget(self.MPQC_ESP_checkbox)
self.ESP_image_combox = QtGui.QComboBox(self.buttonGroup1)
self.ESP_image_combox.setEnabled(False)
self.ESP_image_combox.setObjectName("ESP_image_combox")
self.hboxlayout3.addWidget(self.ESP_image_combox)
self.gridlayout2.addLayout(self.hboxlayout3,0,0,1,1)
self.AIREBO_checkbox = QtGui.QCheckBox(self.buttonGroup1)
self.AIREBO_checkbox.setObjectName("AIREBO_checkbox")
self.gridlayout2.addWidget(self.AIREBO_checkbox,2,0,1,1)
self.gridlayout.addWidget(self.buttonGroup1,2,0,1,1)
self.buttonGroup1_2 = QtGui.QGroupBox(NanoHiveDialog)
self.buttonGroup1_2.setObjectName("buttonGroup1_2")
self.vboxlayout6 = QtGui.QVBoxLayout(self.buttonGroup1_2)
self.vboxlayout6.setMargin(11)
self.vboxlayout6.setSpacing(6)
self.vboxlayout6.setObjectName("vboxlayout6")
self.Measurements_to_File_checkbox = QtGui.QCheckBox(self.buttonGroup1_2)
self.Measurements_to_File_checkbox.setObjectName("Measurements_to_File_checkbox")
self.vboxlayout6.addWidget(self.Measurements_to_File_checkbox)
self.POVRayVideo_checkbox = QtGui.QCheckBox(self.buttonGroup1_2)
self.POVRayVideo_checkbox.setObjectName("POVRayVideo_checkbox")
self.vboxlayout6.addWidget(self.POVRayVideo_checkbox)
self.gridlayout.addWidget(self.buttonGroup1_2,3,0,1,1)
self.nh_instance_grpbox = QtGui.QGroupBox(NanoHiveDialog)
self.nh_instance_grpbox.setObjectName("nh_instance_grpbox")
self.gridlayout3 = QtGui.QGridLayout(self.nh_instance_grpbox)
self.gridlayout3.setMargin(11)
self.gridlayout3.setSpacing(6)
self.gridlayout3.setObjectName("gridlayout3")
self.nh_instance_combox = QtGui.QComboBox(self.nh_instance_grpbox)
self.nh_instance_combox.setObjectName("nh_instance_combox")
self.gridlayout3.addWidget(self.nh_instance_combox,0,0,1,1)
spacerItem2 = QtGui.QSpacerItem(40,20,QtGui.QSizePolicy.Expanding,QtGui.QSizePolicy.Minimum)
self.gridlayout3.addItem(spacerItem2,0,1,1,1)
self.gridlayout.addWidget(self.nh_instance_grpbox,4,0,1,1)
spacerItem3 = QtGui.QSpacerItem(20,16,QtGui.QSizePolicy.Minimum,QtGui.QSizePolicy.Expanding)
self.gridlayout.addItem(spacerItem3,5,0,1,1)
self.hboxlayout4 = QtGui.QHBoxLayout()
self.hboxlayout4.setMargin(0)
self.hboxlayout4.setSpacing(6)
self.hboxlayout4.setObjectName("hboxlayout4")
self.run_sim_btn = QtGui.QPushButton(NanoHiveDialog)
self.run_sim_btn.setDefault(True)
self.run_sim_btn.setObjectName("run_sim_btn")
self.hboxlayout4.addWidget(self.run_sim_btn)
self.cancel_btn = QtGui.QPushButton(NanoHiveDialog)
self.cancel_btn.setDefault(False)
self.cancel_btn.setObjectName("cancel_btn")
self.hboxlayout4.addWidget(self.cancel_btn)
self.gridlayout.addLayout(self.hboxlayout4,6,0,1,1)
self.retranslateUi(NanoHiveDialog)
QtCore.QObject.connect(self.run_sim_btn,QtCore.SIGNAL("clicked()"),NanoHiveDialog.accept)
QtCore.QObject.connect(self.cancel_btn,QtCore.SIGNAL("clicked()"),NanoHiveDialog.reject)
QtCore.QMetaObject.connectSlotsByName(NanoHiveDialog)
def retranslateUi(self, NanoHiveDialog):
NanoHiveDialog.setWindowTitle(QtGui.QApplication.translate("NanoHiveDialog", "Nano-Hive Setup", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.namelbl.setText(QtGui.QApplication.translate("NanoHiveDialog", "Name :", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.desclbl.setText(QtGui.QApplication.translate("NanoHiveDialog", "Description :", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.parms_grpbox.setTitle(QtGui.QApplication.translate("NanoHiveDialog", "Parameters", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.textLabel5.setText(QtGui.QApplication.translate("NanoHiveDialog", "Total Frames:", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.textLabel2.setText(QtGui.QApplication.translate("NanoHiveDialog", "Steps per Frame :", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.textLabel3.setText(QtGui.QApplication.translate("NanoHiveDialog", "Temperature :", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.textLabel2_2.setText(QtGui.QApplication.translate("NanoHiveDialog", "0.1 femtosecond", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.textLabel3_2.setText(QtGui.QApplication.translate("NanoHiveDialog", "Kelvin", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.buttonGroup1.setTitle(QtGui.QApplication.translate("NanoHiveDialog", "Physical Interaction Plugins", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.MPQC_GD_checkbox.setText(QtGui.QApplication.translate("NanoHiveDialog", "MPQC - Gradient Dynamics", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.MPQC_GD_options_btn.setText(QtGui.QApplication.translate("NanoHiveDialog", "Options...", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.MPQC_ESP_checkbox.setText(QtGui.QApplication.translate("NanoHiveDialog", "MPQC - ESP Plane", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.ESP_image_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("NanoHiveDialog", "(No ESP Image jigs)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.AIREBO_checkbox.setText(QtGui.QApplication.translate("NanoHiveDialog", "AIREBO", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.buttonGroup1_2.setTitle(QtGui.QApplication.translate("NanoHiveDialog", "Results Plugins", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.Measurements_to_File_checkbox.setText(QtGui.QApplication.translate("NanoHiveDialog", "Measurement Set to File", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.POVRayVideo_checkbox.setText(QtGui.QApplication.translate("NanoHiveDialog", "POV-Ray Video", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.nh_instance_grpbox.setTitle(QtGui.QApplication.translate("NanoHiveDialog", "Nano-Hive Instance", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.nh_instance_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("NanoHiveDialog", "My Computer", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.run_sim_btn.setText(QtGui.QApplication.translate("NanoHiveDialog", "Run Simulation", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.cancel_btn.setText(QtGui.QApplication.translate("NanoHiveDialog", "Cancel", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
| NanoCAD-master | cad/src/analysis/ESP/NanoHiveDialog.py |
# Copyright 2005-2009 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""
files_nh.py
@author; Mark
@version: $Id$
@copyright: 2005-2009 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
History:
Created by Mark.
"""
from analysis.ESP.NanoHiveUtils import get_nh_simspec_filename
from analysis.ESP.NanoHiveUtils import get_nh_workflow_filename
from analysis.ESP.NanoHiveUtils import get_nh_mmp_filename
from analysis.ESP.NanoHiveUtils import get_nh_home
def write_nh_simspec_file(sim_name, sim_parms, sims_to_run, results_to_save, output_dir):
"""
Writes the Nano-Hive Sim specification file, which is an XML file that describes the
simulation environment, plugin selection and plugin parameters.
"""
# The Nano-Hive Sim Spec file has 4 different sections that must be written in the following order:
# 1. Header Section
# 2. Physical Interaction Plugin(s) Section
# 3. Results Plugin(s) Section
# 4. Footer Section.
# Mark 050915.
simspec_fname = get_nh_simspec_filename(sim_name)
workflow_fname = get_nh_workflow_filename(sim_name)
mmp_fname = get_nh_mmp_filename(sim_name)
f = open(simspec_fname,'w') # Open Nano-Hive Sim Spec file.
sp = sim_parms
write_nh_header(f, sp.desc, sp.iterations, sp.spf, sp.temp, workflow_fname, mmp_fname)
# Need to ask Brian about conditions for Bond record to be written.
if 0:
write_nh_bond_calc_rec(f)
# Physical Interaction Plugins ########################################
if "MPQC_ESP" in sims_to_run:
write_nh_mpqc_esp_plane_rec(f, sp.esp_image, output_dir)
if "MPQC_GD" in sims_to_run:
write_nh_mpqc_gd_rec(f)
if "AIREBO" in sims_to_run:
write_nh_airebo_rec(f)
# Results Plugins ########################################
if "MEASUREMENTS_TO_FILE" in results_to_save:
write_nh_measurements_to_file_results_rec(f, output_dir)
if "POVRAYVIDEO" in results_to_save:
write_nh_povrayvideo_results_rec(f, sim_name, output_dir)
if "NETCDF" in results_to_save:
write_nh_netcdf_results_rec(f, output_dir)
# Footer ########################################
write_nh_footer(f)
f.close()
def write_nh_workflow_file(sim_name):
"""
Writes the Nano-Hive Workflow file, which is a TCL script used by Nano-Hive to
run the simulation. It describes the workflow of the simulation.
"""
workflow_fname = get_nh_workflow_filename(sim_name)
f = open(workflow_fname,'w')
f.write ('NH_Import $inFile\n\n')
f.write ('NH_Calculate 0 $traverser\n')
f.write ('NH_Calculate 0 $espImage $traverser\n')
f.write ('NH_Intermediate 0 $simResult\n\n')
f.write ('NH_Final $simResult\n')
f.close()
def write_nh_header(f, desc, iter, spf, temp, workflow_fname, mmp_fname):
"""
Writes the Nano-Hive Sim specification file, which is an XML file that describes the
simulation environment, plugin selection and plugin parameters.
"""
nh_home = get_nh_home()
#print "files_nh.write_nh_header(): Nano-Hive Home:", nh_home
# Write SimSpec header ########################################
f.write ('<simulation>\n')
f.write(' <description>%s</description>\n' % desc)
f.write('\n')
f.write(' <parameter name="timeQuantumLength" value="%e" />\n' % spf)
f.write(' <parameter name="environmentTemperature" value="%d" />\n' % temp)
f.write(' <parameter name="startIteration" value="0" />\n')
f.write(' <parameter name="iterations" value="%d" />\n' % iter)
f.write('\n')
f.write(' <simulationFlow file="%s">\n' % workflow_fname)
f.write(' <input name="inFile" type="nanorexMMP" file="%s" />\n' % mmp_fname)
# This traverser is for the local machine.
f.write(' <traverser name="traverser" plugin="RC_Traverser" />\n')
def write_nh_footer(f):
f.write('\n')
f.write(' </simulationFlow>\n')
f.write('</simulation>\n')
def write_nh_bond_calc_rec(f):
f.write(' <calculator name="bondCalculator" plugin="BondCalculator" />\n')
# == Physical Interaction Plug-ins ==========================
def write_nh_mpqc_esp_plane_rec(f, esp_image, output_dir):
nh_home = get_nh_home()
cpnt = esp_image.center * 1e-10
centerPoint = (float(cpnt[0]), float(cpnt[1]), float(cpnt[2]))
#print "ESP Image CenterPoint =", centerPoint
npnt = cpnt + (esp_image.planeNorm * 1e-10)
# This is a temporary workaround until Brian fixes the normalPoint Y value issue (must be positive).
# This forces ESP Images to be oriented in the X-Z plane until it is fixed.
# Mark 050927.
# normalPoint = (0.0, 0.0, 1.0) + cpnt
normalPoint = (float(npnt[0]), float(npnt[1]), float(npnt[2])) # KEEP THIS!!!
#print "ESP Image NormalPoint =", normalPoint
resolution = esp_image.resolution
# print "ESP Image Resolution =", resolution
cutoffHeight = esp_image.image_offset * 1e-10
#print "ESP Image cutoffHeight =", cutoffHeight
cutoffWidth = esp_image.edge_offset * 1e-10
#print "ESP Image cutoffWidth =", cutoffWidth
outputLength = esp_image.width * 1e-10
#print "ESP Image outputLength =", outputLength
multi = esp_image.multiplicity
f.write('\n')
f.write(' <calculator name="espImage" plugin="MPQC_SClib">\n')
f.write(' <parameter name="logDirectory" value="%s/log" />\n' % nh_home)
f.write(' <parameter name="dataDirectory" value="%s/data/MPQC_SClib" />\n' % nh_home)
f.write(' <parameter name="basis" value="STO-3G" />\n')
f.write(' <parameter name="method" value="HF" />\n')
f.write(' <parameter name="desiredEnergyAccuracy" value="1.0e-5" />\n')
f.write(' <parameter name="multiplicity" value="%d" />\n' % multi)
f.write('\n')
f.write(' <parameter name="outputType" value="ESPplane" />\n')
f.write(' <parameter name="resolution" value="%d" />\n' % resolution)
f.write('\n')
f.write(' <parameter name="centerPoint" value="%.2e %.2e %.2e" />\n' % centerPoint)
f.write(' <parameter name="normalPoint" value="%.2e %.2e %.2e" />\n' % normalPoint)
f.write(' <parameter name="cutoffHeight" value="%.2e" />\n' % cutoffHeight)
f.write(' <parameter name="cutoffWidth" value="%.2e" />\n' % cutoffWidth)
f.write(' <parameter name="outputLength" value="%.2e" />\n' % outputLength)
f.write(' </calculator>\n')
f.write('\n')
f.write(' <result name="simResult" plugin="_ESP_Image">\n')
f.write(' <parameter name="outputFilename" value="%s\\%s.png" />\n' % (output_dir, esp_image.name))
f.write(' <parameter name="xaxisOrient" value="%d" />\n' % esp_image.xaxis_orient)
f.write(' <parameter name="yaxisOrient" value="%d" />\n' % esp_image.yaxis_orient)
f.write(' </result>\n')
def write_nh_mpqc_gd_rec(f):
nh_home = get_nh_home()
f.write('\n')
f.write(' <calculator name="qmDynamicsInteraction" plugin="MPQC_SClib">\n')
f.write(' <parameter name="logDirectory" value="%s/log" />\n' % nh_home)
f.write(' <parameter name="dataDirectory" value="%s/data/MPQC_SClib" />\n' % nh_home)
f.write(' <parameter name="basis" value="STO-3G" />\n')
f.write(' <parameter name="method" value="HF" />\n')
f.write(' <parameter name="gradientDynamics" value="yes" />\n')
f.write(' <parameter name="deltaTbyTau" value="1.0" />\n')
f.write(' </calculator>\n')
def write_nh_mpqc_gd_rec(f):
nh_home = get_nh_home()
f.write('\n')
f.write(' <calculator name="physicalInteraction" plugin="REBO_MBM">\n')
f.write(' <parameter name="dataDirectory" value="%s/data/REBO_MBM" />\n' % nh_home)
f.write(' </calculator>\n')
#== Results Plug-ins ==========================
def write_nh_measurements_to_file_results_rec(f, output_dir):
f.write('\n')
f.write(' <result name="MeasurementSetToFile" plugin="MeasurementSetToFile">\n')
f.write(' <parameter name="outputInterval" value="1" />\n')
f.write(' <parameter name="outputFile"\n')
f.write(' value="%s/data.txt" />\n' % output_dir)
f.write(' <parameter name="datumSeparator" value="\t" />\n')
f.write(' </result>\n')
def write_nh_povrayvideo_results_rec(f, output_dir, partname):
nh_home = get_nh_home()
# Need subdirectory for all the POV-Ray pov files.
# Also need to add lighting, scene setup, background color, etc.
f.write('\n')
f.write(' <result name="POVRayVideo" plugin="POVRayVideo">\n')
f.write(' <parameter name="outputInterval" value="1" />\n')
f.write(' <parameter name="lengthMultiplier" value="1e10" />\n')
f.write(' <parameter name="outputDirectory"\n')
f.write(' value="%s/povray" />\n' % output_dir)
f.write(' <parameter name="outputIdentifier" value="%s" />\n' % partname)
# POV-Ray template. Mark needs to write the include file for lighting and camera angle(s)
# and put that file in the appropriate place (outdir/povray).
f.write(' <parameter name="povTemplateFilename"\n')
f.write(' value="%s/data/pov.tmplt" />')
f.write(' <parameter name="mpegTemplateFilename"\n')
f.write(' value="%s/data/mpeg_encode.param.tmplt" />\n' % nh_home)
f.write(' </result>\n')
def write_nh_netcdf_results_rec(f, output_dir):
f.write('\n')
f.write(' <result name="simResult" plugin="NetCDF_DataSet">\n')
f.write(' <parameter name="outputInterval" value="1" />\n')
f.write(' <parameter name="outputDirectory"\n')
f.write(' value="%s" />\n' % output_dir)
f.write(' <parameter name="maxDataSets" value="-1" />\n')
f.write(' </result>\n')
# end
| NanoCAD-master | cad/src/analysis/ESP/files_nh.py |
# Copyright 2005-2009 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""
GamessProp.py
@author: Mark
@version: $Id$
@copyright: 2005-2009 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""
import os
from PyQt4.Qt import QDialog
from PyQt4.Qt import QButtonGroup
from PyQt4.Qt import QAbstractButton
from PyQt4.Qt import SIGNAL
from PyQt4.Qt import QMessageBox
from PyQt4.Qt import QColorDialog
import foundation.env as env
from analysis.GAMESS.GamessPropDialog import Ui_GamessPropDialog
from processes.ServerManager import ServerManager
from utilities.Log import redmsg
##from files_gms import insertgms
from utilities.debug import print_compact_traceback
from widgets.widget_helpers import RGBf_to_QColor, QColor_to_RGBf, get_widget_with_color_palette
from utilities.qt4transition import qt4todo
# Ask Bruce where all this should ultimately live.
# This is the GAMESS UI widget default settings (for energy).
ui={'comment':'','runtyp':0,'scftyp':0, 'icharg':0, 'mult':0, 'gbasis':0, 'ecm':0, 'dfttyp':0, 'gridsize':1, 'ncore':0,
'conv':1, 'rmsdconv':1, 'iterations':50, 'memory':70, 'extrap':1, 'dirscf':1, 'damp':0, 'shift':0, 'diis':0,'soscf':0,'rstrct':0,
'gbasisname':'AM1'}
# These are the GAMESS parms set defaults (for energy).
# $CONTRL group section ####################################
#
# The general form for the $CONTRL group is (keyword order does not matter):
#
# $CONTRL
# runtyp=energy coord=unique scftyp=rhf icharg=1 mult=1 mplevl=0
# maxit=200 inttyp=pople icut=11 qmttol=1.0E-6
# $END
#
# $CONTRL group keywords and their default values.
contrl={'runtyp':'energy', 'coord':'unique', 'scftyp':'RHF', 'icharg':0, 'mult':1, 'mplevl':'0',
'maxit':50, 'icut':11, 'inttyp':'hondo', 'qmttol':'1.0E-6', 'dfttyp':0, 'nprint':9}
# Note: The 'dfttyp' keyword in the $CONTRL group is only valid for PC GAMESS.
# $CONTRL keywords and their optional values
runtyp=['energy', 'optimize'] # RUNTYP
scftyp=['RHF', 'UHF', 'ROHF'] # SCFTYP
mplevl=[ 0, 0, '2'] # MPLEVL: None=0, DFT=0, MP2='2'
inttyp=['pople', 'pople', 'hondo'] # Set by EMC, None=POPLE, DFT=POPLE, MP2=HONDO
nprint=-5,-2,7,8,9 # Not currently used. nprint is always 9 for now.
# $SCF group section ####################################
#
# The general form for the $SCF group is (keyword order does not matter):
#
# $SCF
# conv=10E-05 coord=unique extrap=.T. dirscf=.T. damp=.F shift=.F. diis=.T. soscf=.F. rstrct=.F.
# $END
#
# $SCF group keywords and their default values.
scf={'conv':1, 'nconv':1, 'extrap':'.T.','dirscf':'.T.', 'damp':'.F.', 'shift':'.F.', 'diis':'.T.',
'soscf':'.F.','rstrct':'.F.'}
# Note: Keyword 'conv' is used by GAMESS, 'nconv' is used by PC GAMESS.
# CONV keyword and its optional values
conv='10E-04','10E-05','10E-06','10E-07' # Density Convergence
# Useful true or false tuple.
tf='.F.', '.T.' # True/False for SCF parameters
# $SYSTEM group section ####################################
#
# The general form for the $SYSTEM group is:
#
# $SYSTEM
# timlim=1000 memory=70000000
# $END
#
# $SYSTEM group keywords and their default values.
system={'timlim':1000, 'memory':70000000}
# $MP2 group section ####################################
#
# The general form for the $MP2 group is (keyword order does not matter):
#
# $MP2
# ncore=0
# $END
#
# The $MP2 group is written only when the Electron Correlation Method = MP2.
# To include core electrons, we add the keyword NCORE=0.
# To exclude core electrons, we leave NCORE out of the $MP2 group altogether.
# So, with the checkbox not checked, ncore=0, and the NCORE keyword isn't written.
# With the checkbox checked, ncore='0' (string type), NCORE=0 is written. Mark 050528.
mp2={'ncore':0} # Core electrons for MP2
ncore=[0, '0'] # Core electrons: Not included=0, Included='0'.
# Useful Electron Correlation Method variables.
ecm=['None', 'DFT', 'MP2']
DFT=1
MP2=2
# $DFT group section (GAMESS only) ##############################
#
# The general form for the $DFT group is (keyword order does not matter):
#
# $DFT
# dfttyp=SLATER nrad=96 nthe=12 nphi=24 switch=3.0E-04
# $END
#
# $DFT group keywords and their default values.
dft={'dfttyp':0, 'nrad':0}
# Note: In PC GAMESS, the $DFT group contains the grid size parameters
# only, and the DFTTYP keyword is placed in the $CONTRL group.
# DFTTYP functions for GAMESS, specified by the DFTTYP keyword in the $DFT group.
# The PC GAMESS DFTTYP functions are different (see pcgms_dfttyp_items).
# The DFTTYP keyword values are the same without the '(x)' text. The selected
# item is written to the $DFT group like this: dfttyp=SLATER
gms_dfttyp_items='SLATER (E)','BECKE (E)','GILL (E)','PBE (E)','VWN (C)', \
'LYP (C)', 'OP (C)', 'SVWN (E+C)', 'SLYP (E+C)', 'SOP (E+C)', 'BVWN (E+C)', \
'BLYP (E+C)', 'BOP (E+C)', 'GVWN (E+C)', 'GLYP (E+C)', 'GOP (E+C)', \
'PBEVWN (E+C)', 'PBELYP (E+C)', 'PBEOP (E+C)', 'BHHLYP (H)', 'B3LYP (H)'
# DFTTYP functions for PC GAMESS. These are different for GAMESS.
# The DFTTYP keyword values are the same without the '(x)' text.
pcgms_dfttyp_items = 'SLATER (E)','B88 (E)','GILL96 (E)','XPBE96 (E)','LYP (C)', \
'VWN1RPA (C)','VWN5 (C)','PW91LDA (C)','CPBE96 (C)','CPW91 (C)', \
'SLYP (E+C)','BLYP (E+C)','GLYP (E+C)','SVWN1RPA (E+C)', \
'BVWN1RPA (E+C)','VWN5 (E+C)','BVWN5 (E+C)','PBE96 (E+C)', \
'PBEPW91 (E+C)','B3LYP1 (H)','BELYP5 (H)','BHHLYP (H)','PBE0 (H)', \
'PBE1PW91 (H)','B3PW91 (H)'
# The 5 DFT grid size parameters for:
# - Course
# - Default,
# - Fine
# - Very Fine
# - Army Grade.
# These are the $DFT grid size parameters for GAMESS.
gms_gridsize= '=48 nthe=12 nphi=24 switch=1.0E-03', \
'96 nthe=12 nphi=24 switch=3.0E-04', \
'96 nthe=24 nphi=48 switch=3.0E-04', \
'96 nthe=36 nphi=72 switch=3.0E-04', \
'96 nthe=36 nphi=72 switch=3.0E-04'
# Note: the first number is the 'nrad' parm. 'nrad=' is printed by the prin1 method.
# Also, Damian needs to supply parameters for "Very Fine" (Army Grade used twice).
# These are the $DFT grid size parameters for PC GAMESS.
pcgms_gridsize='48 lmax=19', \
'63 lmax=29', \
'63 lmax=53', \
'95 lmax=89', \
'128 lmax=131'
# Note: the first number is the 'nrad' parm. 'nrad=' is printed by the prin1 method.
# $GUESS group section ##############################
#
# The general form for the $GUESS group is:
#
# $GUESS
# guess=huckel
# $END
#
# $GUESS group keywords and their default values.
guess={'guess':'huckel'}
# The GUESS keyword and its optional values
guess_keyword=['huckel', 'moread']
# Note: Writing the 'guess' keyword requires special case code in the prin1 method
# since its group name is the same ('guess'). Mark 050529
# $STATPT group section ##############################
#
# The general form for the $STATPT group is:
#
# $STATPT
# hess=guess
# $END
#
# $STATPT group keywords and their default values.
statpt={'hess':'guess', 'opttol':1}
# The HESS keyword and its optional values
hess=['guess', 'read']
# OPTTOL keyword and its optional values
opttol=[0.0001, 0.00001, 0.000001, 0.0000001] # RMSD Convergence
# $BASIS group section ##############################
#
# The general form for the $BASIS group is:
#
# $BASIS
# gbasis=AM1 NGAUSS=0 NDFUNC=0 NPFUNC=0 NFFUNC=0 DIFFSP=.F. DIFFS=.F.
# $END
#
# $BASIS group keywords and their default values.
basis={'gbasis':'AM1'}
# The GBASIS keyword and its optional values
gbasis='AM1 NGAUSS=0 NDFUNC=0 NPFUNC=0 NFFUNC=0 DIFFSP=.F. DIFFS=.F.', \
'PM3 NGAUSS=0 NDFUNC=0 NPFUNC=0 NFFUNC=0 DIFFSP=.F. DIFFS=.F.', \
'STO NGAUSS=3 NDFUNC=0 NPFUNC=0 NFFUNC=0 DIFFSP=.F. DIFFS=.F.', \
'STO NGAUSS=6 NDFUNC=0 NPFUNC=0 NFFUNC=0 DIFFSP=.F. DIFFS=.F.', \
'N21 NGAUSS=3 NDFUNC=0 NPFUNC=0 NFFUNC=0 DIFFSP=.F. DIFFS=.F.', \
'N21 NGAUSS=3 NDFUNC=1 NPFUNC=0 NFFUNC=0 DIFFSP=.F. DIFFS=.F.', \
'N31 NGAUSS=6 NDFUNC=0 NPFUNC=0 NFFUNC=0 DIFFSP=.F. DIFFS=.F.', \
'N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 NPFUNC=0 NFFUNC=0 DIFFSP=.F. DIFFS=.F.', \
'N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 NPFUNC=1 NFFUNC=0 DIFFSP=.F. DIFFS=.F.', \
'N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 NPFUNC=0 NFFUNC=0 DIFFSP=.T. DIFFS=.F.', \
'N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 NPFUNC=1 NFFUNC=0 DIFFSP=.T. DIFFS=.F.', \
'N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 NPFUNC=0 NFFUNC=0 DIFFSP=.T. DIFFS=.T.', \
'N31 NGAUSS=6 NDFUNC=1 NPFUNC=1 NFFUNC=0 DIFFSP=.T. DIFFS=.T.', \
'N311 NGAUSS=6 NDFUNC=0 NPFUNC=0 NFFUNC=0 DIFFSP=.F. DIFFS=.F.', \
'N311 NGAUSS=6 NDFUNC=1 NPFUNC=0 NFFUNC=0 DIFFSP=.F. DIFFS=.F.', \
'N311 NGAUSS=6 NDFUNC=1 NPFUNC=1 NFFUNC=0 DIFFSP=.F. DIFFS=.F.', \
'N311 NGAUSS=6 NDFUNC=1 NPFUNC=0 NFFUNC=0 DIFFSP=.T. DIFFS=.F.', \
'N311 NGAUSS=6 NDFUNC=1 NPFUNC=1 NFFUNC=0 DIFFSP=.T. DIFFS=.F.', \
'N311 NGAUSS=6 NDFUNC=1 NPFUNC=0 NFFUNC=0 DIFFSP=.T. DIFFS=.T.', \
'N311 NGAUSS=6 NDFUNC=1 NPFUNC=1 NFFUNC=0 DIFFSP=.T. DIFFS=.T.'
class GamessProp(QDialog, Ui_GamessPropDialog):
"""
The Gamess Jig Properties dialog used for:
- running a GAMESS energy calculation on a structure (group of atoms).
- running a GAMESS optimization on a structure.
- setting and saving the GAMESS parameters used for an energy calculation or optimization.
"""
def __init__(self):
QDialog.__init__(self)
self.setModal(True)
self.setupUi(self)
self.ecm_btngrp = QButtonGroup()
self.ecm_btngrp.setExclusive(True)
objId = 0
for obj in self.ecm_grpbox.children():
if isinstance(obj, QAbstractButton):
self.ecm_btngrp.addButton(obj)
self.ecm_btngrp.setId(obj, objId)
objId +=1
self.scftyp_btngrp = QButtonGroup()
self.scftyp_btngrp.setExclusive(True)
objId = 0
for obj in self.scftyp_grpbox.children():
if isinstance(obj, QAbstractButton):
self.scftyp_btngrp.addButton(obj)
self.scftyp_btngrp.setId(obj, objId)
objId +=1
self.connect(self.cancel_btn,SIGNAL("clicked()"),self.reject)
self.connect(self.ecm_btngrp,SIGNAL("buttonPressed(int)"),self.set_ecmethod)
self.connect(self.multi_combox,SIGNAL("activated(int)"),self.set_multiplicity)
self.connect(self.run_job_btn,SIGNAL("clicked()"),self.run_job)
self.connect(self.save_btn,SIGNAL("clicked()"),self.accept)
self.connect(self.runtyp_combox,SIGNAL("activated(int)"),self.calculate_changed)
self.connect(self.choose_color_btn,SIGNAL("clicked()"),self.change_jig_color)
self.connect(self.whats_this_btn,SIGNAL("clicked()"),self.whats_this)
##self.connect(self.new_btn,SIGNAL("clicked()"),self.addServer)
##self.connect(self.exit_btn,SIGNAL("clicked()"),self.close)
##self.connect(self.server_listview,SIGNAL("currentChanged(QListViewItem*)"),self.changeServer)
##self.connect(self.engine_combox,SIGNAL("activated(const QString&)"),self.engineChanged)
##self.connect(self.del_btn,SIGNAL("clicked()"),self.deleteServer)
self.sManager = ServerManager()
self.servers = self.sManager.getServers()
self.server = self.servers[0]
self.name_linedit.setWhatsThis("""Name of the GAMESS jig.""")
self.runtyp_combox.setWhatsThis("""Type of calculation, where "Energy" calculates the Energy Minima,and "Optimization" calculates the "Equilibrium Geometry".""")
self.comment_linedit.setWhatsThis("""Description, also placed in the comment line of the $DATA section of the INP file.""")
self.choose_color_btn.setWhatsThis("""Change the GAMESS jig color.""")
self.rhf_radiobtn.setWhatsThis("""Restricted Hartree-Fock. All electrons are paired and each spatial orbital is doubly occupied. Cannot be used with multiplicities greater than 1.""")
self.uhf_radiobtn.setWhatsThis("""Unrestricted Hartree-Fock. All electrons are unpaired and spatial (spin) orbitals are uniquely defined for each electron. More time consuming, but more accurate, than ROHF. """)
self.rohf_radiobtn.setWhatsThis("""Restricted Open-shell Hartree-Fock. Spin-paired electrons are assigned to doubly-occupied spatial orbitals, while electrons with unpaired spins are provided unique spatial orbitals.""")
self.icharg_spinbox.setWhatsThis("""The total charge of the structure to be treated quantum mechanically (ICHARG).""")
self.multi_combox.setWhatsThis("""N + 1, where N is the number of unpaired electrons (MULT).""")
self.memory_spinbox.setWhatsThis("""System memory reserved for calculation""")
self.dirscf_checkbox.setWhatsThis("""Check this box to run the calculation in RAM and avoid hard disk usage for integral storage.""")
self.gbasis_combox.setWhatsThis("""Select from among the standard Gaussian-type basis sets and semi-empirical parameters in GAMESS.""")
self.checkBox10_3_2.setWhatsThis("""Reads the $HESS group from the output file of a previous GAMESS calculation. Only valid for identical molecules.""")
self.checkBox10_2_2_2.setWhatsThis("""Reads the $VEC group from the output of a previous GAMESS calculation. Requires that both the molecule and basis set be identical. Useful for restarted calculations and starting orbitals for electron correlation methods.""")
self.none_radiobtn.setWhatsThis("""Select this button to neglect electron correlation in the calculation.""")
self.dft_radiobtn.setWhatsThis("""Select this button to perform a density functional theory calculation.""")
self.mp2_radiobtn.setWhatsThis("""Select this button to perform a Second-Order Moeller Plesset calculation.""")
self.dfttyp_combox.setWhatsThis("""Select an available density functional in GAMESS.""")
self.gridsize_combox.setWhatsThis("""Select the grid spacing for the DFT calculation.""")
self.core_electrons_checkbox.setWhatsThis("""Check this box to include both the valence and core electrons in the MP2 calculation.""")
self.density_conv_combox.setWhatsThis("""Selects the accuracy of the electron density convergence for the calculation (CONV).""")
self.rmsd_combox.setWhatsThis("""Gradient convergence tolerance (OPTTOL), in Hartree/Bohr. Convergence of a geometry search requires the largest component of the gradient to be less than this value, and the root mean square gradient less than 1/3 of OPTTOL. (default=0.0001)""")
self.iterations_spinbox.setWhatsThis("""Maximum number of SCF iteration cycles (MAXIT).""")
self.edit_input_file_cbox.setWhatsThis("""Opens the INP file generated by NanoEngineer-1 in a text editor.""")
self.whats_this_btn.setWhatsThis("""What's This Help Utility""")
self.run_job_btn.setWhatsThis("""Save GAMESS parameters, generates the INP file and launches the GAMESS job.""")
self.save_btn.setWhatsThis("""Save GAMESS parameters and generates the INP file. It does not launch the GAMESS job.""")
self.cancel_btn.setWhatsThis("""Cancels changes and closes dialog.""")
def showDialog(self, job):
"""
Display the GAMESS Jig Properties dialog
"""
self.gamessJig = job.gamessJig
self.job = job
self.pset = self.gamessJig.pset
self.win = self.gamessJig.assy.w
self.glpane = self.gamessJig.assy.o
if self._setup(): return
self.exec_()
######Private or helper methods###############################
def _setup(self):
"""
Setup widgets to initial (default or defined) values. Return True on error.
"""
#To fix bug 684
#if gamess.is_disabled():
# self.run_job_btn.setEnabled(False)
#else:
# self.run_job_btn.setEnabled(True)
self.jig_attrs = self.gamessJig.copyable_attrs_dict() # Save the jig's attributes in case of Cancel.
# Jig color
self.original_normcolor = self.gamessJig.normcolor
self.jig_QColor = RGBf_to_QColor(self.gamessJig.normcolor) # Used as default color by Color Chooser
self.jig_color_pixmap = get_widget_with_color_palette(
self.jig_color_pixmap, self.jig_QColor)
# Init the top widgets (name, runtyp drop box, comment)
self.name_linedit.setText(self.gamessJig.name)
self.runtyp_combox.setCurrentIndex(self.pset.ui.runtyp) # RUNTYP
self.calculate_changed(self.pset.ui.runtyp)
self.comment_linedit.setText(self.pset.ui.comment)
# Electronic Structure Properties section.
btn = self.scftyp_btngrp.button(self.pset.ui.scftyp)# RHF, UHF, or ROHF
btn.setChecked(True)
self.icharg_spinbox.setValue(self.pset.ui.icharg) # Charge
self.multi_combox.setCurrentIndex(self.pset.ui.mult) # Multiplicity
# Disable RHF if multiplicity is not the first item.
if self.pset.ui.mult == 0:
self.rhf_radiobtn.setEnabled(1) # Enable RHF
else:
self.rhf_radiobtn.setEnabled(0) # Disable RHF
# System Memory and Usage
self.dirscf_checkbox.setChecked(self.pset.ui.dirscf) # DIRSCF
self.memory_spinbox.setValue(self.pset.ui.memory) # Memory
# Electron Correlation Method and Basis Set
ecm = self.pset.ui.ecm
btn = self.ecm_btngrp.button(self.pset.ui.ecm)# None, DFT or MP2
btn.setChecked(True)
self.set_ecmethod(self.pset.ui.ecm) # None, DFT or MP2
self.gbasis_combox.setCurrentIndex(self.pset.ui.gbasis) # Basis set
# Load the combo box with all the valid DFT functions.
self._load_dfttyp_combox()
self.dfttyp_combox.setCurrentIndex(self.pset.ui.dfttyp) # DFT Functional
self.gridsize_combox.setCurrentIndex(self.pset.ui.gridsize) # Grid Size
self.core_electrons_checkbox.setChecked(self.pset.ui.ncore) # Include core electrons
# Convergence Criteria
self.density_conv_combox.setCurrentIndex(self.pset.ui.conv) # Density Convergence
self.rmsd_combox.setCurrentIndex(self.pset.ui.rmsdconv) # RMSD Convergence
self.iterations_spinbox.setValue(self.pset.ui.iterations) # Iterations
# These have been removed per discussions with Damian.
# Mark 050628
# self.extrap_checkbox.setChecked(self.pset.ui.extrap) # EXTRAP
# self.damp_checkbox.setChecked(self.pset.ui.damp) # DAMP
# self.diis_checkbox.setChecked(self.pset.ui.diis) # DIIS
# self.shift_checkbox.setChecked(self.pset.ui.shift) # SHIFT
# self.soscf_checkbox.setChecked(self.pset.ui.soscf) # SOSCF
# self.rstrct_checkbox.setChecked(self.pset.ui.rstrct) # RSTRCT
# Load the server combo box
#self._reloadServerList() # Not used in A6. Mark.
# If there is an error, return 1. NIY.
return 0
def _reloadServerList(self):
"""
Load the server combo box
"""
self.server_combox.clear()
for s in self.servers:
self.server_combox.insertItem(100, s.hostname + "-" + s.engine)
# 100 makes sure item is appended to list. [mark 2007-05-04]
if self.server not in self.servers:
self.server = self.servers[0]
indx = self.servers.index(self.server)
self.server_combox.setCurrentIndex(indx)
def _load_dfttyp_combox(self):
"""
Load list of DFT function in a combobox widget
"""
self.dfttyp_combox.clear() # Clear all combo box items
if self.server.engine == 'GAMESS':
for f in gms_dfttyp_items:
self.dfttyp_combox.insertItem(100, f)
# 100 makes sure item is appended to list. [mark 2007-05-04]
elif self.server.engine == 'PC GAMESS':
for f in pcgms_dfttyp_items:
self.dfttyp_combox.insertItem(100, f)
# 100 makes sure item is appended to list. [mark 2007-05-04]
else:
print "load_dfttyp_combox: Unknown GAMESS Version. Loading GAMES DFT functionals."
for f in gms_dfttyp_items:
self.dfttyp_combox.insertItem(100, f)
# 100 makes sure item is appended to list. [mark 2007-05-04]
def _update_gbasis_list(self, val):
"""
Add/remove AM1 and PM3 to/from the gbasis list.
"""
citem = self.gbasis_combox.currentIndex()
if val == DFT or val == MP2:
if self.gbasis_combox.count() == 18:
self.gbasis_combox.removeItem(0)
self.gbasis_combox.removeItem(0)
self.gbasis_combox.setCurrentIndex(max(0, citem-2))
else:
if self.gbasis_combox.count() != 18:
self.gbasis_combox.insertItem(0,"PM3") # 0 prepends item to list.
self.gbasis_combox.insertItem(0,"AM1")
self.gbasis_combox.setCurrentIndex(citem+2)
def _save_ui_settings(self):
"""
Save the UI settings in the Gamess jig pset.
There is one setting for each pset.
"""
self.pset.ui.comment = str(self.comment_linedit.text()) # Description
self.pset.ui.runtyp = self.runtyp_combox.currentIndex() # RUNTYP = Energy or Optimize
# Electronic Structure Props and Basis Set section.
self.pset.ui.scftyp = self.scftyp_btngrp.checkedId() # SCFTYP = RHF, UHF, or ROHF
self.pset.ui.icharg = self.icharg_spinbox.value() # Charge
self.pset.ui.mult = self.multi_combox.currentIndex() # Multiplicity
# System Memory and Usage
self.pset.ui.memory = self.memory_spinbox.value() # Memory
self.pset.ui.dirscf = self.dirscf_checkbox.isChecked() # DIRSCF
# Electron Correlation Method
self.pset.ui.ecm = self.ecm_btngrp.checkedId() # None, DFT or MP2
#self.pset.ui.inttyp = self.ecm_btngrp.selectedId() # INTTYP
self.pset.ui.gbasis = self.gbasis_combox.currentIndex() # Basis Set
self.pset.ui.gbasisname = str(self.gbasis_combox.currentText())
self.pset.ui.dfttyp = self.dfttyp_combox.currentIndex() # DFT Functional Type
self.pset.ui.gridsize = self.gridsize_combox.currentIndex() # Grid Size
self.pset.ui.ncore = self.core_electrons_checkbox.isChecked() # Include core electrons
# Convergence Criteria
self.pset.ui.conv = self.density_conv_combox.currentIndex() # Density Convergence
self.pset.ui.rmsdconv = self.rmsd_combox.currentIndex() # RMSD Convergence
self.pset.ui.iterations = self.iterations_spinbox.value() # Iterations
# self.pset.ui.extrap = self.extrap_checkbox.isChecked() # EXTRAP
# self.pset.ui.damp = self.damp_checkbox.isChecked() # DAMP
# self.pset.ui.diis = self.diis_checkbox.isChecked() # DIIS
# self.pset.ui.shift = self.shift_checkbox.isChecked() # SHIFT
# self.pset.ui.soscf = self.soscf_checkbox.isChecked() # SOSCF
# self.pset.ui.rstrct = self.rstrct_checkbox.isChecked() # RSTRCT
def _save_job_parms(self):
calculate = ['Energy', 'Optimization']
self.job.Calculation = calculate[self.pset.ui.runtyp]
self.job.Description = self.pset.ui.comment
self.job.server = self.server
##Copy some attributes from the server object to job description
self.job.Server_id = self.server.server_id
self.job.Engine = self.server.engine
######End of private or helper methods.########################
###### Unused methods ###############
def openServerManager(self):
"""
Pop up ServerManagerDialog to edit the properties of the servers.
"""
self.sManager.showDialog(self.server)
self.servers = self.sManager.getServers()
self._reloadServerList()
def serverChanged(self, si):
"""
User has changed server, so update the DFT comboBox. Currently not used.
"""
self.server = self.servers[si]
self._load_dfttyp_combox()
###### End of unused methods ###############
##########Slot methods for some GUI controls################
def calculate_changed(self, val):
"""
"""
if val == 0: # Energy
self.rmsd_lbl.setEnabled(0)
self.rmsd_combox.setEnabled(0)
self.iterations_lbl.setEnabled(0)
self.iterations_spinbox.setEnabled(0)
# self.extrap_checkbox.setEnabled(0)
# self.rstrct_checkbox.setEnabled(0)
# self.damp_checkbox.setEnabled(0)
# self.diis_checkbox.setEnabled(0)
# self.shift_checkbox.setEnabled(0)
# self.soscf_checkbox.setEnabled(0)
else: # Optimization
self.rmsd_lbl.setEnabled(1)
self.rmsd_combox.setEnabled(1)
self.iterations_lbl.setEnabled(1)
self.iterations_spinbox.setEnabled(1)
# self.extrap_checkbox.setEnabled(1)
# self.rstrct_checkbox.setEnabled(1)
# self.damp_checkbox.setEnabled(1)
# self.diis_checkbox.setEnabled(1)
# self.shift_checkbox.setEnabled(1)
# self.soscf_checkbox.setEnabled(1)
def set_multiplicity(self, val):
"""
Enable/disable widgets when user changes Multiplicity.
"""
if val != 0:
qt4todo("if scftyp[self.scftyp_btngrp.selectedId()] != 'RHF':")
#if scftyp[self.scftyp_btngrp.selectedId()] != 'RHF':
# self.rhf_radiobtn.setEnabled(0)
# return
ret = QMessageBox.warning( self, "Multiplicity Conflict",
"If Multiplicity is greater than 1, then <b>UHF</b> or <b>ROHF</b> must be selected.\n"
"Select Cancel to keep <b>RHF</b>.",
"&UHF", "&ROHF", "Cancel",
0, 2 )
if ret == 0: # UHF
self.uhf_radiobtn.toggle()
self.rhf_radiobtn.setEnabled(0)
elif ret == 1: # ROHF
self.rohf_radiobtn.toggle()
self.rhf_radiobtn.setEnabled(0)
elif ret == 2: # Cancel
self.multi_combox.setCurrentIndex(0)
elif val == 0:
self.rhf_radiobtn.setEnabled(1)
def set_ecmethod(self, val):
"""
Enable/disable widgets when user changes Electron Correlation Method.
"""
#print "set_ecmethod = ", val
if val == DFT:
self.dfttyp_label.setEnabled(1)
self.dfttyp_combox.setEnabled(1)
self.gridsize_label.setEnabled(1)
self.gridsize_combox.setEnabled(1)
self.core_electrons_checkbox.setChecked(0)
self.core_electrons_checkbox.setEnabled(0)
elif val == MP2:
self.core_electrons_checkbox.setEnabled(1)
self.dfttyp_label.setEnabled(0)
self.dfttyp_combox.setEnabled(0)
self.gridsize_label.setEnabled(0)
self.gridsize_combox.setEnabled(0)
else: # None = Hartree-Fock
self.dfttyp_label.setEnabled(0)
self.dfttyp_combox.setEnabled(0)
self.gridsize_label.setEnabled(0)
self.gridsize_combox.setEnabled(0)
self.core_electrons_checkbox.setChecked(0)
self.core_electrons_checkbox.setEnabled(0)
# AM1 and PM3 are not options for DFT or MP2.
# We have to remove or add them from the combo box.
self._update_gbasis_list(val)
def open_tmp_inputfile(self):
"""
Writes a temporary GAMESS inputfile of the current Gamess jig and opens the
file in an editor.
"""
# Make tmp_inputfile filename (i.e. ~/Nanorex/temp/jigname_parms_info.inp)
from platform_dependent.PlatformDependent import find_or_make_Nanorex_subdir
tmpdir = find_or_make_Nanorex_subdir('temp')
basename = self.gamessJig.name + "-" + self.gamessJig.gms_parms_info('_')
tmp_inputfile = os.path.join(tmpdir, "%s.inp" % basename)
# Write INP file (in ~/Nanorex/temp subdirectory)
from analysis.GAMESS.files_gms import writegms_inpfile
writegms_inpfile(tmp_inputfile, self.gamessJig)
from platform_dependent.PlatformDependent import open_file_in_editor
open_file_in_editor(tmp_inputfile)
def run_job(self):
"""
Slot method for the 'Save and Run' button
"""
self.accept()
# Run GAMESS job. Return value r:
# 0 = success
# 1 = job cancelled
# 2 = job failed.
r = self.job.launch()
if r == 1: # Job was cancelled
env.history.message( redmsg( "GAMESS job cancelled."))
return
if r == 2: # Job failed.
env.history.message( redmsg( "GAMESS job failed. Maybe you didn't set the right Gamess executable file. Make sure you can run the same job manually."))
return
# Job success.
fn = self.gamessJig.outputfile
# Print energy or move atoms
if self.pset.ui.runtyp == 0: #Energy
self.gamessJig.print_energy()
else: # Optimize
try:
r = self.gamessJig.move_optimized_atoms()
# r = insertgms(self.gamessJig.assy, fn)
except:
print_compact_traceback( "GamessProp.run_job(): error reading GAMESS OUT file [%s]: " % fn )
env.history.message( redmsg( "Internal error while inserting GAMESS geometry: " + fn) )
else:
if r:
env.history.message(redmsg( "Atoms not adjusted."))
else:
self.gamessJig.assy.changed() # The file and the part are not the same.
self.gamessJig.print_energy() # Print the final energy from the optimize OUT file, too.
env.history.message( "Atoms adjusted.")
def change_jig_color(self):
"""
Slot method to change the jig's color.
"""
color = QColorDialog.getColor(self.jig_QColor, self)
if color.isValid():
self.jig_QColor = color
self.jig_color_pixmap = get_widget_with_color_palette(
self.jig_color_pixmap, self.jig_QColor)
self.gamessJig.color = self.gamessJig.normcolor = QColor_to_RGBf(color)
self.glpane.gl_update()
def accept(self):
"""
The slot method for the 'Save' button.
"""
QDialog.accept(self)
self.gamessJig.try_rename(self.name_linedit.text())
self._save_ui_settings()
self.gamessJig.update_gamess_parms() # Update all the GAMESS parameters.
self._save_job_parms()
if self.edit_input_file_cbox.isChecked():
self.open_tmp_inputfile()
def reject(self):
"""
The slot method for the 'Cancel' button.
"""
QDialog.reject(self)
self.gamessJig.attr_update(self.jig_attrs) # Restore attributes of the jig.
# self.gamessJig.color = self.gamessJig.normcolor = self.original_normcolor
self.gamessJig.cancelled = True
self.glpane.gl_update()
def whats_this(self):
from PyQt4.Qt import QWhatsThis, QDialog
QWhatsThis.enterWhatsThisMode()
| NanoCAD-master | cad/src/analysis/GAMESS/GamessProp.py |
# Copyright 2004-2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""
files_gms.py -- reading and writing GAMESS files
@author: Mark
@version: $Id$
@copyright: 2004-2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
History:
GAMESS file IO was part of GamessJob.py until I moved it here
to make it more modular and consistent.
"""
import os, re, time
from model.chunk import Chunk
from model.chem import Atom
from string import capitalize
from model.elements import PeriodicTable
from platform_dependent.PlatformDependent import get_gms_name
from utilities.Log import redmsg, orangemsg
from geometry.VQT import A
import foundation.env as env
failpat = re.compile("ABNORMALLY")
errorPat = re.compile("Fatal error")
noconvpat = re.compile("GEOMETRY SEARCH IS NOT CONVERGED")
irecpat = re.compile(" (\w+) +\d+\.\d* +([\d\.E+-]+) +([\d\.E+-]+) +([\d\.E+-]+)")
def _readgms(assy, filename, isInsert=False):
"""
Read the atoms from a GAMESS DAT file into a single new chunk, which is returned,
unless there are no atoms in the file, in which case a warning is printed
and None is returned. (The new chunk (if returned) is in assy, but is not
yet added into any Group or Part in assy -- caller must do that.)
"""
fi = open(filename,"rU")
lines = fi.readlines()
fi.close()
dir, nodename = os.path.split(filename)
ndix = {}
mol = Chunk(assy, nodename)
countdown = 0
equilibruim_found = False
atoms_found = False
for card in lines:
if failpat.search(card): # GAMESS Aborted. No atom data will be found.
print card
break
# If this card is found:
# "1 ***** EQUILIBRIUM GEOMETRY LOCATED *****\n"
# we know we have a successfully optimized structure/set of atoms.
# If this card is not found, the optimization failed for some reason.
# Atom positions begin soon after this card.
if card == "1 ***** EQUILIBRIUM GEOMETRY LOCATED *****\n":
equilibruim_found = True
continue
# The atom positions we want ALWAYS begin 2 lines after this card:
# " COORDINATES OF ALL ATOMS ARE (ANGS)\n"
# which follows the previous card.
# This is one way to fix the problem mentioned above.
# I've commented the code below out since it needs further work to do what
# we need, and there is a chance we will not need this if GAMESS-US has
# the same number of lines (6) after the "EQUILIBRIUM" card above.
#
# P.S. The reason we do not just look for this card by itself is that there
# can be many of them. There is only one "EQUILIBRIUM" card, and the
# good atoms follow that card.
# 050624 Mark
if equilibruim_found:
if card == " COORDINATES OF ALL ATOMS ARE (ANGS)\n":
atoms_found = True
reading_atoms = True
countdown = 2
continue
if not equilibruim_found or not atoms_found:
continue
if countdown:
countdown -= 1
# print countdown, card # for debugging only.
continue
# The current card contains atom type and position.
n = 0
if reading_atoms:
if len(card)<10:
reading_atoms = False # Finished reading atoms.
break
m=irecpat.match(card)
sym = capitalize(m.group(1))
try:
PeriodicTable.getElement(sym)
except:
env.history.message( redmsg( "Warning: GAMESS DAT file: unknown element %s in: %s" % (sym,card) ))
else:
xyz = map(float, (m.group(2),m.group(3), m.group(4)))
a = Atom(sym, A(xyz), mol)
ndix[n] = a
n += 1
# Don't return an empty chunk.
if not mol.atoms:
msg = "Warning: GAMESS file contains no equilibrium geometry. No atoms read into part."
env.history.message( redmsg(msg))
return None
# Need to compute and add bonds for this chunk. I'll ask Bruce how to best accomplish this.
# In the meantime, let's warn the user that no bonds have been formed since it
# is impossible to see this in vdW display mode.
# Mark 050623.
msg = "Warning: Equilibrium geometry found. Atoms read into part, but there are no bonds."
env.history.message( orangemsg(msg))
return mol
# Read a GAMESS DAT file into a single chunk
def readgms(assy,filename):
"""
Reads a GAMESS DAT file.
Returns: 0 = Success
1 = Failed
"""
mol = _readgms(assy, filename, isInsert = False)
if mol is not None:
assy.addmol(mol)
return 0
else:
return 1
# Insert a GAMESS DAT file into a single chunk.
def insertgms(assy,filename):
"""
Reads a GAMESS DAT file and inserts it into the existing model.
Returns: 0 = Success
1 = Failed
"""
mol = _readgms(assy, filename, isInsert = True)
if mol is not None:
assy.addmol(mol)
return 0
else:
return 1
# Insert a GAMESS DAT file into a single chunk.
def insertgms_new(assy,filename):
"""
Reads a GAMESS DAT file and inserts it into the existing model.
Returns: 0 = Success
1 = Failed
"""
gmsAtomList = _get_atomlist_from_gms_outfile(assy, filename)
if not gmsAtomList:
return 1 # No atoms read.
dir, nodename = os.path.split(filename)
mol = Chunk(assy, nodename)
ndix = {}
n = 0
for a in gmsAtomList:
print a
pos = a.posn()
fpos = (float(pos[0]), float(pos[1]), float(pos[2]))
na = Atom(a.element.symbol, fpos, mol)
ndix[n] = na
n += 1
if mol is not None:
assy.addmol(mol)
return 0
else:
return 1
# This was copied from _readgms and is mainly the same. This will live, _readgms will
# be deleted eventually, after I ask Bruce how to get an alist from the mol (dict) in the same order
# as it was read from the file. Since Python stores dict items in any order it chooses,
# I created a list with the same order that the atoms are read from the GAMESS OUT file.
# Mark 050712.
def _get_atomlist_from_gms_outfile(assy, filename):
"""
Read the atoms from a GAMESS OUT file into an atom list, which is returned,
unless there are no atoms in the file, in which case a warning is printed
and None is returned.
"""
fi = open(filename,"rU")
lines = fi.readlines()
fi.close()
dir, nodename = os.path.split(filename)
mol = Chunk(assy, nodename)
newAtomList = []
countdown = 0
equilibruim_found = False
atoms_found = False
for card in lines:
if failpat.search(card): # GAMESS Aborted. No atom data will be found.
print card
env.history.message( redmsg( card ))
break
if noconvpat.search(card): # Geometry search is not converged.
print card
env.history.message( redmsg( card ))
break
# If this card is found:
# "1 ***** EQUILIBRIUM GEOMETRY LOCATED *****\n"
# we know we have a successfully optimized structure/set of atoms.
# If this card is not found, the optimization failed for some reason.
# Atom positions begin soon after this card.
if card == "1 ***** EQUILIBRIUM GEOMETRY LOCATED *****\n":
equilibruim_found = True
continue
# The atom positions we want ALWAYS begin 2 lines after this card:
# " COORDINATES OF ALL ATOMS ARE (ANGS)\n"
# which follows the previous card.
# This is one way to fix the problem mentioned above.
# I've commented the code below out since it needs further work to do what
# we need, and there is a chance we will not need this if GAMESS-US has
# the same number of lines (6) after the "EQUILIBRIUM" card above.
#
# P.S. The reason we do not just look for this card by itself is that there
# can be many of them. There is only one "EQUILIBRIUM" card, and the
# good atoms follow that card.
# 050624 Mark
if equilibruim_found:
if card == " COORDINATES OF ALL ATOMS ARE (ANGS)\n":
atoms_found = True
reading_atoms = True
countdown = 2
continue
if not equilibruim_found or not atoms_found:
continue
if countdown:
countdown -= 1
# print countdown, card # for debugging only.
continue
# The current card contains atom type and position.
n = 0
if reading_atoms:
# print "_get_atomlist_from_gms_outfile:", card
if len(card)<10:
reading_atoms = False # Finished reading atoms.
break
m=irecpat.match(card)
sym = capitalize(m.group(1))
try:
PeriodicTable.getElement(sym)
except:
env.history.message( redmsg( "Warning: GAMESS OUT file: unknown element %s in: %s" % (sym,card) ))
else:
xyz = map(float, (m.group(2),m.group(3), m.group(4)))
a = Atom(sym, A(xyz), mol)
newAtomList += [a]
# Let caller handle history msgs. Mark 050712
# if not newAtomList:
# msg = "Warning: GAMESS file contains no equilibrium geometry. No atoms read into part."
# env.history.message( redmsg(msg))
# return None
return newAtomList
# Read a GAMESS OUT file into a single chunk
def get_atompos_from_gms_outfile(assy, filename, atomList):
"""
Reads a GAMESS DAT file and returns the xyz positions of the atoms.
"""
gmsAtomList = _get_atomlist_from_gms_outfile(assy, filename)
if not gmsAtomList:
msg = "No atoms read from file " + filename
print msg
return msg
newAtomsPos = []
atomIndex = 0
for a in gmsAtomList:
# print atomIndex + 1, a.element.symbol, atomList[atomIndex].element.symbol
if a.element.symbol != atomList[atomIndex].element.symbol:
msg = "The atom type (%s) of atom # %d from %s is not matching with the Gamess jig (%s)." % \
(a.element.symbol, atomIndex + 1, filename, atomList[atomIndex].element.symbol)
print msg
return msg
pos = a.posn()
newAtomsPos += [map(float, pos)]
atomIndex += 1
if (len(newAtomsPos) != len(atomList)):
msg = "The number of atoms from %s (%d) is not matching with the Gamess jig (%d)." % \
(filename, len(newAtomsPos), len(atomList))
print msg
return msg
return newAtomsPos
# File Writing Methods.
def writegms_inpfile(filename, gamessJig):
"""
Writes a GAMESS INP file from a GAMESS Jig.
"""
pset = gamessJig.pset
f = open(filename,'w') # Open GAMESS input file.
# Write header
f.write ('!\n! INP file created by NanoEngineer-1 on ')
timestr = "%s\n!\n" % time.strftime("%Y-%m-%d at %H:%M:%S")
f.write(timestr)
gmstr = "! " + get_gms_name() + " parameter summary: " + gamessJig.gms_parms_info() + "\n!\n"
f.write(gmstr)
# This method should be moved to the GAMESS Jig.
pset.prin1(f) # Write GAMESS Jig parameters.
# $DATA Section keyword
f.write(" $DATA\n")
# Comment (Description) line from UI
f.write(pset.ui.comment + "\n")
# Schoenflies symbol
f.write("C1\n")
for a in gamessJig.atoms:
pos = a.posn()
fpos = (float(pos[0]), float(pos[1]), float(pos[2]))
f.write("%2s" % a.element.symbol)
f.write("%8.1f" % a.element.eltnum)
##Huaicai 8/15/05: to fix bug 892
#f.write("%8.3f%8.3f%8.3f\n" % fpos)
f.write(" %.3f %.3f %.3f\n" % fpos)
# $END
f.write(' $END\n')
def writegms_batfile(filename, gamessJob):
"""
Write PC GAMESS BAT file
"""
f = open(filename,'w') # Open new BAT file.
# Get the script comment character(s) for this platform.
rem = gamessJob.get_comment_character()
# Write Header
f.write (rem + '\n' + rem + 'File created by NanoEngineer-1 on ')
timestr = "%s\n" % time.strftime("%Y-%m-%d at %H:%M:%S")
f.write(timestr)
f.write (rem + '\n')
gamessJob.write_parms(f) # write_parms is a method in superclass (SimJob)
if gamessJob.server.engine == 'PC GAMESS': # Windows
f.write(gamessJob.server.program + ' -i ' + gamessJob.job_inputfile + ' -o ' + gamessJob.job_outputfile + '\n')
else: # GAMESS on Linux/Mac OS
f.write(gamessJob.server.program + ' "' + gamessJob.job_inputfile + '" >& > "' + gamessJob.job_outputfile + '"\n')
f.close() # Close BAT file.
def get_energy_from_gms_outfile(filename):
"""
Returns a string containing the final energy value from a GAMESS OUT file.
Works for both PC GAMESS and GAMESS-US.
"""
# Method: Process the output file line by line backwards. Since there are multiple
# "FINAL ENERGY IS" lines in the output file of an Optimization run (one for each iteration),
# it is the last line that contains the final energy value we need. This fixes an undocumented
# bug I discovered on 060112. Mark.
if not os.path.exists(filename):
return 2, None
elist = []
lines = open(filename,"rU").readlines()
gamessEnergyStr = re.compile(r'\bFINAL R.+ ENERGY IS')
for line in lines[::-1]: # Read file backwards.
if failpat.search(line): # GAMESS Aborted. Final energy will not be found.
return 1, line
break
elif errorPat.search(line):
return 1, line
break
elif line.find('FINAL ENERGY IS') >= 0:
elist = line.split()
# print elist
return 0, elist[3] # Return final energy value as a string.
elif gamessEnergyStr.search(line):# line.find('FINAL R-AM1 ENERGY IS') >= 0:
elist = line.split()
# print elist
return 0, elist[4] # Return final energy value as a string.
else: continue
return 1, None
# end
| NanoCAD-master | cad/src/analysis/GAMESS/files_gms.py |
# -*- coding: utf-8 -*-
# Copyright 2005-2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
# Form implementation generated from reading ui file 'JobManagerDialog.ui'
#
# Created: Wed Sep 20 08:10:41 2006
# by: PyQt4 UI code generator 4.0.1
#
# WARNING! All changes made in this file will be lost!
from PyQt4 import QtCore, QtGui
class Ui_JobManagerDialog(object):
def setupUi(self, JobManagerDialog):
JobManagerDialog.setObjectName("JobManagerDialog")
JobManagerDialog.resize(QtCore.QSize(QtCore.QRect(0,0,1009,258).size()).expandedTo(JobManagerDialog.minimumSizeHint()))
self.vboxlayout = QtGui.QVBoxLayout(JobManagerDialog)
self.vboxlayout.setMargin(11)
self.vboxlayout.setSpacing(6)
self.vboxlayout.setObjectName("vboxlayout")
self.groupBox1 = QtGui.QGroupBox(JobManagerDialog)
self.groupBox1.setObjectName("groupBox1")
self.vboxlayout1 = QtGui.QVBoxLayout(self.groupBox1)
self.vboxlayout1.setMargin(11)
self.vboxlayout1.setSpacing(6)
self.vboxlayout1.setObjectName("vboxlayout1")
self.job_table = QtGui.QTableWidget(self.groupBox1)
self.job_table.setNumRows(1)
self.job_table.setNumCols(8)
self.job_table.setSorting(False)
self.job_table.setSelectionMode(QtGui.QTable.SingleRow)
self.job_table.setObjectName("job_table")
self.vboxlayout1.addWidget(self.job_table)
self.hboxlayout = QtGui.QHBoxLayout()
self.hboxlayout.setMargin(0)
self.hboxlayout.setSpacing(6)
self.hboxlayout.setObjectName("hboxlayout")
self.start_btn = QtGui.QPushButton(self.groupBox1)
self.start_btn.setEnabled(False)
self.start_btn.setObjectName("start_btn")
self.hboxlayout.addWidget(self.start_btn)
self.stop_btn = QtGui.QPushButton(self.groupBox1)
self.stop_btn.setEnabled(False)
self.stop_btn.setObjectName("stop_btn")
self.hboxlayout.addWidget(self.stop_btn)
self.edit_btn = QtGui.QPushButton(self.groupBox1)
self.edit_btn.setEnabled(False)
self.edit_btn.setObjectName("edit_btn")
self.hboxlayout.addWidget(self.edit_btn)
self.view_btn = QtGui.QPushButton(self.groupBox1)
self.view_btn.setEnabled(False)
self.view_btn.setObjectName("view_btn")
self.hboxlayout.addWidget(self.view_btn)
self.delete_btn = QtGui.QPushButton(self.groupBox1)
self.delete_btn.setEnabled(False)
self.delete_btn.setObjectName("delete_btn")
self.hboxlayout.addWidget(self.delete_btn)
self.move_btn = QtGui.QPushButton(self.groupBox1)
self.move_btn.setEnabled(False)
self.move_btn.setObjectName("move_btn")
self.hboxlayout.addWidget(self.move_btn)
spacerItem = QtGui.QSpacerItem(280,20,QtGui.QSizePolicy.Expanding,QtGui.QSizePolicy.Minimum)
self.hboxlayout.addItem(spacerItem)
self.vboxlayout1.addLayout(self.hboxlayout)
self.vboxlayout.addWidget(self.groupBox1)
self.hboxlayout1 = QtGui.QHBoxLayout()
self.hboxlayout1.setMargin(0)
self.hboxlayout1.setSpacing(6)
self.hboxlayout1.setObjectName("hboxlayout1")
self.refresh_btn = QtGui.QPushButton(JobManagerDialog)
self.refresh_btn.setObjectName("refresh_btn")
self.hboxlayout1.addWidget(self.refresh_btn)
self.filter_btn = QtGui.QPushButton(JobManagerDialog)
self.filter_btn.setObjectName("filter_btn")
self.hboxlayout1.addWidget(self.filter_btn)
spacerItem1 = QtGui.QSpacerItem(40,20,QtGui.QSizePolicy.Expanding,QtGui.QSizePolicy.Minimum)
self.hboxlayout1.addItem(spacerItem1)
self.close_btn = QtGui.QPushButton(JobManagerDialog)
self.close_btn.setObjectName("close_btn")
self.hboxlayout1.addWidget(self.close_btn)
self.vboxlayout.addLayout(self.hboxlayout1)
self.retranslateUi(JobManagerDialog)
QtCore.QObject.connect(self.close_btn,QtCore.SIGNAL("clicked()"),JobManagerDialog.close)
QtCore.QMetaObject.connectSlotsByName(JobManagerDialog)
def retranslateUi(self, JobManagerDialog):
JobManagerDialog.setWindowTitle(QtGui.QApplication.translate("JobManagerDialog", "NanoEngineer-1 Job Manager", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.groupBox1.setTitle(QtGui.QApplication.translate("JobManagerDialog", "Jobs", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.job_table.clear()
self.job_table.setColumnCount(0)
self.job_table.setRowCount(0)
self.start_btn.setText(QtGui.QApplication.translate("JobManagerDialog", "Start", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.stop_btn.setText(QtGui.QApplication.translate("JobManagerDialog", "Stop", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.edit_btn.setText(QtGui.QApplication.translate("JobManagerDialog", "Edit", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.view_btn.setText(QtGui.QApplication.translate("JobManagerDialog", "View", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.delete_btn.setText(QtGui.QApplication.translate("JobManagerDialog", "Delete", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.move_btn.setText(QtGui.QApplication.translate("JobManagerDialog", "Move", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.refresh_btn.setText(QtGui.QApplication.translate("JobManagerDialog", "Refresh", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.filter_btn.setText(QtGui.QApplication.translate("JobManagerDialog", "Filter...", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.close_btn.setText(QtGui.QApplication.translate("JobManagerDialog", "Close", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
| NanoCAD-master | cad/src/analysis/GAMESS/JobManagerDialog.py |
# Copyright 2005-2009 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""
GamessJob.py -- This is the GAMESS Job parms default settings.
@author: Mark
@version: $Id$
@copyright: 2005-2009 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
Module classification: this is a kind of SimJob specialized
for running a GAMESS simulation. So it is probably an operation,
though it has a progress dialog, and does recursive event processing
(which could be considered higher-level), and contains io code
(which might be desirable to move to a gamess_io module or package).
[bruce 071213 comment]
"""
import os, sys, time, re
from PyQt4.Qt import QDialog
from PyQt4.Qt import QProcess
from PyQt4.Qt import QStringList
from PyQt4.Qt import QProgressDialog
from PyQt4.Qt import QProgressBar
from PyQt4.Qt import QMessageBox
from PyQt4.Qt import QVBoxLayout
from PyQt4.Qt import QLabel
from PyQt4.Qt import QPushButton
from PyQt4.Qt import QSize
from PyQt4.Qt import SIGNAL
from PyQt4.Qt import QTimer
from PyQt4.Qt import SLOT
from PyQt4.Qt import QThread
from PyQt4.Qt import QMutex
from simulation.SimJob import SimJob
from analysis.GAMESS.GamessProp import GamessProp
from analysis.GAMESS.files_gms import writegms_inpfile
## from files_gms import writegms_batfile
import foundation.preferences as preferences
import foundation.env as env # for setting prefs and doing recursive event processing
from utilities.icon_utilities import geticon
from processes.ServerManager import ServerManager
## from PlatformDependent import open_file_in_editor
from utilities.debug import print_compact_traceback
from ne1_ui.prefs.Preferences import get_filename_and_save_in_prefs
from platform_dependent.PlatformDependent import hhmmss_str
from utilities.prefs_constants import gmspath_prefs_key
from utilities.prefs_constants import gamess_enabled_prefs_key
failpat = re.compile("-ABNORMALLY-")
irecpat = re.compile(" (\w+) +\d+\.\d* +([\d\.E+-]+) +([\d\.E+-]+) +([\d\.E+-]+)")
# ==
class GamessJob(SimJob):
"""
A Gamess job is a setup used to run Gamess simulation.
Two ways exist to create a Gamess Job:
(1). Create a Gamess Jig.
(2). A gamess job coming from a set of existing files
in a particular location.
"""
def __init__(self, job_parms, **job_prop):
"""
To support the 2 ways of gamess job creation.
"""
name = "Gamess Job 1"
[self.job_batfile, self.job_outputfile] = job_prop.get('job_from_file', [None, None])
if self.job_outputfile:
self.job_outputfile = self.job_outputfile.strip('"')
self.gamessJig = job_prop.get('jig', None)
if self.job_batfile:
server_id = job_parms['Server_id']
self.server = ServerManager().getServerById(int(server_id))
if not self.server:
raise ValueError, "The server of %d can't be found." % server_id
SimJob.__init__(self, name, job_parms)
self.edit_cntl = GamessProp()
#Huaicai 7/6/05: try to fix the problem when run a gamess jig coming from mmp file
#and without opening the jig property windows and save it.
if not self.__dict__.has_key('server'):
sManager = ServerManager()
self.server = sManager.getServers()[0]
return
def edit(self):
self.edit_cntl.showDialog(self)
return
def launch(self): # this method should probably exist in the superclass API too [bruce 071216 comment]
"""
Launch GAMESS job.
Returns: 0 = Success
1 = Cancelled
2 = Failed
"""
# Get a unique Job Id and the Job Id directory for this run.
from analysis.GAMESS.JobManager import get_job_manager_job_id_and_dir
### this causes an import cycle.
### FIX - pass in an obj providing this func? or just move this func into SimJob.py?
# [bruce 071216 comment]
job_id, job_id_dir = get_job_manager_job_id_and_dir()
self.Job_id = job_id
self.Status = 'Queued'
basename = self.gamessJig.name + "-" + self.gamessJig.gms_parms_info('_')
# GAMESS Job INP, OUT and BAT files.
self.job_inputfile = os.path.join(job_id_dir, "%s.inp" % basename)
self.job_outputfile = os.path.join(job_id_dir, "%s.out" % basename)
self.job_batfile = os.path.join(job_id_dir, "%s.bat" % basename)
# Write INP file (in ~/Nanorex/JobManager/Job Id subdirectory)
writegms_inpfile(self.job_inputfile, self.gamessJig)
# Create BAT file (in ~/Nanorex/JobManager/Job Id subdirectory)
## writegms_batfile(self.job_batfile, self)
# Open INP file in editor if user checked checkbox in GAMESS jig properties UI.
# if self.edit_cntl.edit_input_file_cbox.isChecked():
# open_file_in_editor(self.job_inputfile)
self.starttime = time.time() # Save the start time for this job.
# Validate Gamess Program
r = self._validate_gamess_program()
if r: # Gamess program was not valid.
return 1 # Job Cancelled.
try:
if sys.platform == 'win32': # Windows
return self._launch_pcgamess()
else: # Linux or MacOS
return self._launch_gamess()
except:
print_compact_traceback("Exception happened when run gamess")
return
def _validate_gamess_program(self):
"""
Private method:
Checks that the GAMESS program path exists in the user pref database
and that the file it points to exists. If the GAMESS path does not exist, the
user will be prompted with the file chooser to select the GAMESS executable.
This function does not check whether the GAMESS path is actually GAMESS
or if it is the correct version of GAMESS for this platform (i.e. PC GAMESS for Windows).
Returns: 0 = Valid
1 = Invalid
"""
# Get GAMESS executable path from the user preferences
prefs = preferences.prefs_context()
self.server.program = prefs.get(gmspath_prefs_key)
if not self.server.program:
msg = "The GAMESS executable path is not set.\n"
elif os.path.exists(self.server.program):
return 0
else:
msg = self.server.program + " does not exist.\n"
# GAMESS Prop Dialog is the parent for messagebox and file chooser.
parent = self.edit_cntl
ret = QMessageBox.warning( parent, "GAMESS Executable Path",
msg + "Please select OK to set the location of GAMESS for this computer.",
"&OK", "Cancel", "",
0, 1 )
if ret == 0: # OK
self.server.program = \
get_filename_and_save_in_prefs(parent, gmspath_prefs_key, "Choose GAMESS Executable")
if not self.server.program:
return 1 # Cancelled from file chooser.
# Enable GAMESS Plug-in. Mark 060112.
env.prefs[gamess_enabled_prefs_key] = True
elif ret == 1: # Cancel
return 1
return 0
def _readFromStdout(self):
"""
Slot method to read stdout of the gamess process
"""
#while self.process.canReadLineStdout():
# lineStr = str(self.process.readLineStdout()) + '\n'
# self.outputFile.write(lineStr)
bytes = self.process.readStdout()
self.outputFile.writeBlock(bytes)
return
def startFileWriting(self):
self.fwThread.start()
return
def readOutData(self):
bytes = self.process.readStdout()
if bytes:
self.fwThread.putData(bytes)
return
def processTimeout(self):
if self.process.isRunning():
if not self.progressDialog.isShown() or self.progressDialog.Rejected:
return
msgLabel = self.progressDialog.getMsgLabel()
duration = time.time() - self.stime
elapmsg = "Elapsed Time: " + hhmmss_str(int(duration))
msgLabel.setText(elapmsg)
####bytes = self.process.readStdout()
####if bytes:
#### self.fwThread.putData(bytes)
return
def processDone(self):
#self.fwThread.stop()
self.jobTimer.stop()
if self.process.normalExit():
print "The process is done!"
QDialog.accept(self.progressDialog)
else:
print "The process is cancelled!"
QDialog.reject(self.progressDialog)
return
def _launch_gamess(self):
oldir = os.getcwd() # Save current directory
####self.outputFile = QFile(self.job_outputfile)
####self.outputFile.open( IO_WriteOnly | IO_Append )
jobInputfile = os.path.basename(self.job_inputfile)
jobInputFile = jobInputfile[:-4]
jobOutputfile = self.job_outputfile #os.path.basename(self.job_outputfile)
### Notes: The following way to get the 'bin' works by assuming user didn't change the
### working directory after the atom runs, otherwise it will get problem.
filePath = os.path.dirname(os.path.abspath(sys.argv[0]))
program = os.path.normpath(filePath + '/../bin/rungms')
jobDir = os.path.dirname(self.job_batfile)
os.chdir(jobDir) # Change directory to the GAMESS temp directory.
# print "Current directory is: ", jobDir
executableFile = self.server.program
args = [program, jobInputFile, jobOutputfile, executableFile]#, '01', '1']
self.process = QProcess()
for s in args:
self.process.addArgument(s)
####self.process.setCommunication(QProcess.Stdout)
print "The params for the QProcess run are: ", args
####self.fwThread = _FileWriting(self.outputFile)
self.jobTimer = QTimer(self)
self.progressDialog = JobProgressDialog(self.process, self.Calculation)
self.connect(self.process, SIGNAL('processExited ()'), self.processDone)
#self.connect(self.process, SIGNAL('readyReadStdout()'), self.readOutData)
####self.fwThread.start()
if not self.process.start():
print "The process can't be started."
return 2
self.connect(self.jobTimer, SIGNAL('timeout()'), self.processTimeout)
self.stime = time.time()
self.jobTimer.start(1)
ret = self.progressDialog.exec_()
if ret == QDialog.Accepted:
retValue = 0
else:
retValue = 1
####self.fwThread.wait()
####bytes = self.process.readStdout()
####if bytes:
#####self.outputFile.writeBlock(bytes)
#####self.outputFile.flush()
self.process = None
####self.outputFile.close()
os.chdir(oldir)
self.gamessJig.outputfile = self.job_outputfile
return retValue
def _launch_pcgamess(self):
"""
Run PC GAMESS (Windows only).
PC GAMESS creates 2 output files:
- the DAT file, called "PUNCH", is written to the directory from which
PC GAMESS is started. This is why we chdir to the Gamess temp directory
before we run PC GAMESS.
- the OUT file (aka the log file), which we name jigname.out.
Returns: 0 = Success
1 = Cancelled
2 = Failed
"""
oldir = os.getcwd() # Save current directory
jobDir = os.path.dirname(self.job_batfile)
os.chdir(jobDir) # Change directory to the GAMESS temp directory.
## print "Current directory is: ", jobDir
DATfile = os.path.join(jobDir, "PUNCH")
if os.path.exists(DATfile): # Remove any previous DAT (PUNCH) file.
print "run_pcgamess: Removing DAT file: ", DATfile
os.remove(DATfile)
# Hours wasted testing this undocumented tripe. Here's the deal: When using spawnv
# on Windows, any args that might have spaces must be delimited by double quotes.
# Mark 050530.
#program = "\"" + self.job_batfile + "\""
#args = [program, ]
# Here's the infuriating part. The 2nd arg to spawnv cannot have double quotes, but the
# first arg in args (the program name) must have the double quotes if there is a space in
# self.gms_program.
#print "program = ", program
#print "Spawnv args are %r" % (args,) # this %r remains (see above)
#os.spawnv(os.P_WAIT, self.job_batfile, args)
arg_list = ['-i', self.job_inputfile, '-o', self.job_outputfile]
args = QStringList()
for s in arg_list:
args.append(str(s))
process = QProcess()
process.start(self.server.program, args)
# Blocks for n millisconds until the process has started and started()
# signal is emitted. Returns true if the process was started successfullly.
if not process.waitForStarted(2000):
print "The process can't be started."
return 2
progressDialog = self.showProgress()
progressDialog.show()
i = 55
pInc = True
while process.state() == QProcess.Running:
env.call_qApp_processEvents() #bruce 050908 replaced qApp.processEvents()
if progressDialog.wasCanceled():
process.kill()
os.chdir(oldir)
return 1 # Job cancelled.
progressDialog.setValue(i)
if pInc:
if i < 75: i += 1
else: pInc = False
else:
if i > 55: i -= 1
else: pInc = True
# Do sth here
time.sleep(0.05)
if not process.state() == QProcess.Running:
break
progressDialog.setValue(100)
progressDialog.accept()
os.chdir(oldir)
self.gamessJig.outputfile = self.job_outputfile
return 0 # Success
def showProgress(self, modal = True):
"""
Open the progress dialog to show the current job progress.
"""
#Replace "self.edit_cntl.win" with "None"
#---Huaicai 7/7/05: To fix bug 751, the "win" may be none.
#Feel awkward for the design of our code.
simProgressDialog = QProgressDialog()
simProgressDialog.setModal(True)
simProgressDialog.setObjectName("progressDialog")
simProgressDialog.setWindowIcon(geticon('ui/border/MainWindow.png'))
if self.Calculation == 'Energy':
simProgressDialog.setWindowTitle("Calculating Energy ...Please Wait")
else:
simProgressDialog.setWindowTitle("Optimizing ...Please Wait")
progBar = QProgressBar(simProgressDialog)
progBar.setMaximum(0)
progBar.setMinimum(0)
progBar.setValue(0)
progBar.setTextVisible(False)
simProgressDialog.setBar(progBar)
simProgressDialog.setAutoReset(False)
simProgressDialog.setAutoClose(False)
return simProgressDialog
# Added by Mark 050919 for bug #915. Not used yet.
def _job_cancelation_confirmed(self):
ret = QMessageBox.warning( None, "Confirm",
"Please confirm you want to abort the GAMESS simulation.\n",
"Confirm",
"Cancel",
"",
1, # The "default" button, when user presses Enter or Return (1 = Cancel)
1) # Escape (1= Cancel)
if ret == 0: # Confirmed
print "CONFIRMED"
return True
else:
print "CANCELLED"
return False
pass # end of class GamessJob
# ==
class JobProgressDialog(QDialog): # review: should any of this be refiled into SimJob? [bruce 071216 Q]
"""
"""
def __init__(self, process, calculation):
"""
"""
QDialog.__init__(self, None, None, True)
self.process = process
self.setCaption("Please Wait")
pbVBLayout = QVBoxLayout(self,11,6,"ProgressBarDialogLayout")
msgLabel = QLabel(self,"msgLabel")
msgLabel.setAlignment(QLabel.AlignCenter)
if calculation == 'Energy':
msgLabel.setText("Calculating Energy ...")
else:
msgLabel.setText("Optimizing ...")
pbVBLayout.addWidget(msgLabel)
self.msgLabel2 = QLabel(self,"msgLabel2")
self.msgLabel2.setAlignment(QLabel.AlignCenter)
self.msgLabel2.setText('')
pbVBLayout.addWidget(self.msgLabel2)
cancelButton = QPushButton(self,"canel")
cancelButton.setText("Cancel")
pbVBLayout.addWidget(cancelButton)
self.resize(QSize(248,146).expandedTo(self.minimumSizeHint()))
self.connect(cancelButton, SIGNAL("clicked()"), self.reject)
return
def reject(self):
"""
"""
if self.process.isRunning():
self.process.tryTerminate()
QTimer.singleShot( 5000, self.process, SLOT('kill()') )
#self.process.kill()
print "I asked to kill the process."
return
def getMsgLabel(self):
return self.msgLabel2
def launchProgressDialog(self):
"""
"""
stime = time.time()
self.show()
while 1:
env.call_qApp_processEvents()
if self.Rejected:
break
duration = time.time() - stime
elapmsg = "Elapsed Time: " + hhmmss_str(int(duration))
self.msgLabel2.setText(elapmsg)
time.sleep(0.01)
return
pass # end of class JobProgressDialog
# == no code after this
# define class _FileWriting(QThread), when QThread is available;
# no longer used [noticed by bruce 071213, so commenting this out]
#
##try:
## # bruce 050701 (committed 050910) put this inside a try/except clause,
## # so this file can be imported by developers whose Qt installations
## # don't have QThread compiled in, even though it won't run there.
## class _FileWriting(QThread):
## def __init__(self, output):
## QThread.__init__(self)
## self.output = output
## self.end = False
## self.mutex = QMutex()
## self.data = None
##
## def run(self):
## while not self.end:
## self.mutex.lock()
## if self.data:
## self.output.writeBlock(self.data)
## self.output.flush()
## self.data = None
## self.mutex.unlock()
##
## self.sleep(0.01)
##
##
## def putData(self, data):
## self.mutex.lock()
## self.data = data
## self.mutex.unlock()
##
##
## def stop(self):
## self.end = True
## pass # end of class _FileWriting
##
##except:
## print
## print "WARNING: unable to define class _FileWriting(QThread) in this Qt installation."
## print "Some GamessJob functions won't work."
## pass
# end
| NanoCAD-master | cad/src/analysis/GAMESS/GamessJob.py |
NanoCAD-master | cad/src/analysis/GAMESS/__init__.py |
|
# -*- coding: utf-8 -*-
# Copyright 2005-2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
# Form implementation generated from reading ui file 'C:\Atom\qt4\cad\src\GamessPropDialog.ui'
#
# Created: Fri May 04 10:49:03 2007
# by: PyQt4 UI code generator 4.1.1
#
# WARNING! All changes made in this file will be lost!
import sys
from PyQt4 import QtCore, QtGui
class Ui_GamessPropDialog(object):
def setupUi(self, GamessPropDialog):
GamessPropDialog.setObjectName("GamessPropDialog")
GamessPropDialog.resize(QtCore.QSize(QtCore.QRect(0,0,450,512).size()).expandedTo(GamessPropDialog.minimumSizeHint()))
self.gridlayout = QtGui.QGridLayout(GamessPropDialog)
self.gridlayout.setMargin(9)
self.gridlayout.setSpacing(6)
self.gridlayout.setObjectName("gridlayout")
self.gridlayout1 = QtGui.QGridLayout()
self.gridlayout1.setMargin(0)
self.gridlayout1.setSpacing(6)
self.gridlayout1.setObjectName("gridlayout1")
self.runtyp_combox = QtGui.QComboBox(GamessPropDialog)
self.runtyp_combox.setObjectName("runtyp_combox")
self.gridlayout1.addWidget(self.runtyp_combox,1,1,1,1)
spacerItem = QtGui.QSpacerItem(231,20,QtGui.QSizePolicy.Expanding,QtGui.QSizePolicy.Minimum)
self.gridlayout1.addItem(spacerItem,1,2,1,2)
self.hboxlayout = QtGui.QHBoxLayout()
self.hboxlayout.setMargin(0)
self.hboxlayout.setSpacing(6)
self.hboxlayout.setObjectName("hboxlayout")
self.jig_color_pixmap = QtGui.QLabel(GamessPropDialog)
sizePolicy = QtGui.QSizePolicy(QtGui.QSizePolicy.Policy(5),QtGui.QSizePolicy.Policy(5))
sizePolicy.setHorizontalStretch(1)
sizePolicy.setVerticalStretch(0)
sizePolicy.setHeightForWidth(self.jig_color_pixmap.sizePolicy().hasHeightForWidth())
self.jig_color_pixmap.setSizePolicy(sizePolicy)
self.jig_color_pixmap.setMinimumSize(QtCore.QSize(40,0))
self.jig_color_pixmap.setScaledContents(True)
self.jig_color_pixmap.setObjectName("jig_color_pixmap")
self.hboxlayout.addWidget(self.jig_color_pixmap)
self.choose_color_btn = QtGui.QPushButton(GamessPropDialog)
self.choose_color_btn.setEnabled(True)
sizePolicy = QtGui.QSizePolicy(QtGui.QSizePolicy.Policy(1),QtGui.QSizePolicy.Policy(0))
sizePolicy.setHorizontalStretch(0)
sizePolicy.setVerticalStretch(0)
sizePolicy.setHeightForWidth(self.choose_color_btn.sizePolicy().hasHeightForWidth())
self.choose_color_btn.setSizePolicy(sizePolicy)
self.choose_color_btn.setAutoDefault(False)
self.choose_color_btn.setObjectName("choose_color_btn")
self.hboxlayout.addWidget(self.choose_color_btn)
self.gridlayout1.addLayout(self.hboxlayout,3,1,1,2)
self.vboxlayout = QtGui.QVBoxLayout()
self.vboxlayout.setMargin(0)
self.vboxlayout.setSpacing(6)
self.vboxlayout.setObjectName("vboxlayout")
self.psetslbl_2_2 = QtGui.QLabel(GamessPropDialog)
self.psetslbl_2_2.setAlignment(QtCore.Qt.AlignRight|QtCore.Qt.AlignTrailing|QtCore.Qt.AlignVCenter)
self.psetslbl_2_2.setObjectName("psetslbl_2_2")
self.vboxlayout.addWidget(self.psetslbl_2_2)
self.textLabel1_2_3 = QtGui.QLabel(GamessPropDialog)
self.textLabel1_2_3.setAlignment(QtCore.Qt.AlignRight|QtCore.Qt.AlignTrailing|QtCore.Qt.AlignVCenter)
self.textLabel1_2_3.setObjectName("textLabel1_2_3")
self.vboxlayout.addWidget(self.textLabel1_2_3)
self.textLabel1_3 = QtGui.QLabel(GamessPropDialog)
self.textLabel1_3.setAlignment(QtCore.Qt.AlignRight|QtCore.Qt.AlignTrailing|QtCore.Qt.AlignVCenter)
self.textLabel1_3.setObjectName("textLabel1_3")
self.vboxlayout.addWidget(self.textLabel1_3)
self.textLabel1_3_2 = QtGui.QLabel(GamessPropDialog)
self.textLabel1_3_2.setAlignment(QtCore.Qt.AlignRight|QtCore.Qt.AlignTrailing|QtCore.Qt.AlignVCenter)
self.textLabel1_3_2.setObjectName("textLabel1_3_2")
self.vboxlayout.addWidget(self.textLabel1_3_2)
self.gridlayout1.addLayout(self.vboxlayout,0,0,4,1)
self.name_linedit = QtGui.QLineEdit(GamessPropDialog)
self.name_linedit.setObjectName("name_linedit")
self.gridlayout1.addWidget(self.name_linedit,0,1,1,3)
self.comment_linedit = QtGui.QLineEdit(GamessPropDialog)
self.comment_linedit.setMaxLength(80)
self.comment_linedit.setObjectName("comment_linedit")
self.gridlayout1.addWidget(self.comment_linedit,2,1,1,3)
spacerItem1 = QtGui.QSpacerItem(191,25,QtGui.QSizePolicy.Expanding,QtGui.QSizePolicy.Minimum)
self.gridlayout1.addItem(spacerItem1,3,3,1,1)
self.gridlayout.addLayout(self.gridlayout1,0,0,1,5)
self.hboxlayout1 = QtGui.QHBoxLayout()
self.hboxlayout1.setMargin(0)
self.hboxlayout1.setSpacing(6)
self.hboxlayout1.setObjectName("hboxlayout1")
self.scftyp_grpbox = QtGui.QGroupBox(GamessPropDialog)
self.scftyp_grpbox.setObjectName("scftyp_grpbox")
self.gridlayout2 = QtGui.QGridLayout(self.scftyp_grpbox)
self.gridlayout2.setMargin(9)
self.gridlayout2.setSpacing(6)
self.gridlayout2.setObjectName("gridlayout2")
self.hboxlayout2 = QtGui.QHBoxLayout()
self.hboxlayout2.setMargin(0)
self.hboxlayout2.setSpacing(6)
self.hboxlayout2.setObjectName("hboxlayout2")
self.rhf_radiobtn = QtGui.QRadioButton(self.scftyp_grpbox)
self.rhf_radiobtn.setChecked(True)
self.rhf_radiobtn.setObjectName("rhf_radiobtn")
self.hboxlayout2.addWidget(self.rhf_radiobtn)
self.uhf_radiobtn = QtGui.QRadioButton(self.scftyp_grpbox)
self.uhf_radiobtn.setObjectName("uhf_radiobtn")
self.hboxlayout2.addWidget(self.uhf_radiobtn)
self.rohf_radiobtn = QtGui.QRadioButton(self.scftyp_grpbox)
self.rohf_radiobtn.setObjectName("rohf_radiobtn")
self.hboxlayout2.addWidget(self.rohf_radiobtn)
self.gridlayout2.addLayout(self.hboxlayout2,0,0,1,1)
self.hboxlayout3 = QtGui.QHBoxLayout()
self.hboxlayout3.setMargin(0)
self.hboxlayout3.setSpacing(6)
self.hboxlayout3.setObjectName("hboxlayout3")
self.textLabel1_4 = QtGui.QLabel(self.scftyp_grpbox)
self.textLabel1_4.setAlignment(QtCore.Qt.AlignRight|QtCore.Qt.AlignTrailing|QtCore.Qt.AlignVCenter)
self.textLabel1_4.setObjectName("textLabel1_4")
self.hboxlayout3.addWidget(self.textLabel1_4)
self.icharg_spinbox = QtGui.QSpinBox(self.scftyp_grpbox)
self.icharg_spinbox.setMaximum(1)
self.icharg_spinbox.setMinimum(-1)
self.icharg_spinbox.setObjectName("icharg_spinbox")
self.hboxlayout3.addWidget(self.icharg_spinbox)
self.textLabel1_2_2 = QtGui.QLabel(self.scftyp_grpbox)
self.textLabel1_2_2.setAlignment(QtCore.Qt.AlignRight|QtCore.Qt.AlignTrailing|QtCore.Qt.AlignVCenter)
self.textLabel1_2_2.setObjectName("textLabel1_2_2")
self.hboxlayout3.addWidget(self.textLabel1_2_2)
self.multi_combox = QtGui.QComboBox(self.scftyp_grpbox)
self.multi_combox.setObjectName("multi_combox")
self.hboxlayout3.addWidget(self.multi_combox)
self.gridlayout2.addLayout(self.hboxlayout3,1,0,1,1)
self.hboxlayout1.addWidget(self.scftyp_grpbox)
self.groupBox8 = QtGui.QGroupBox(GamessPropDialog)
self.groupBox8.setObjectName("groupBox8")
self.gridlayout3 = QtGui.QGridLayout(self.groupBox8)
self.gridlayout3.setMargin(9)
self.gridlayout3.setSpacing(6)
self.gridlayout3.setObjectName("gridlayout3")
self.hboxlayout4 = QtGui.QHBoxLayout()
self.hboxlayout4.setMargin(0)
self.hboxlayout4.setSpacing(6)
self.hboxlayout4.setObjectName("hboxlayout4")
self.textLabel2_2 = QtGui.QLabel(self.groupBox8)
self.textLabel2_2.setAlignment(QtCore.Qt.AlignRight|QtCore.Qt.AlignTrailing|QtCore.Qt.AlignVCenter)
self.textLabel2_2.setObjectName("textLabel2_2")
self.hboxlayout4.addWidget(self.textLabel2_2)
self.memory_spinbox = QtGui.QSpinBox(self.groupBox8)
self.memory_spinbox.setMaximum(1024)
self.memory_spinbox.setMinimum(70)
self.memory_spinbox.setObjectName("memory_spinbox")
self.hboxlayout4.addWidget(self.memory_spinbox)
self.textLabel1 = QtGui.QLabel(self.groupBox8)
self.textLabel1.setObjectName("textLabel1")
self.hboxlayout4.addWidget(self.textLabel1)
self.gridlayout3.addLayout(self.hboxlayout4,0,0,1,1)
self.dirscf_checkbox = QtGui.QCheckBox(self.groupBox8)
self.dirscf_checkbox.setChecked(True)
self.dirscf_checkbox.setObjectName("dirscf_checkbox")
self.gridlayout3.addWidget(self.dirscf_checkbox,1,0,1,1)
self.hboxlayout1.addWidget(self.groupBox8)
self.gridlayout.addLayout(self.hboxlayout1,1,0,1,5)
self.edit_input_file_cbox = QtGui.QCheckBox(GamessPropDialog)
self.edit_input_file_cbox.setObjectName("edit_input_file_cbox")
self.gridlayout.addWidget(self.edit_input_file_cbox,4,0,1,5)
self.run_job_btn = QtGui.QPushButton(GamessPropDialog)
self.run_job_btn.setAutoDefault(False)
self.run_job_btn.setObjectName("run_job_btn")
self.gridlayout.addWidget(self.run_job_btn,5,2,1,1)
self.cancel_btn = QtGui.QPushButton(GamessPropDialog)
self.cancel_btn.setAutoDefault(False)
self.cancel_btn.setDefault(False)
self.cancel_btn.setObjectName("cancel_btn")
self.gridlayout.addWidget(self.cancel_btn,5,4,1,1)
self.save_btn = QtGui.QPushButton(GamessPropDialog)
self.save_btn.setAutoDefault(False)
self.save_btn.setObjectName("save_btn")
self.gridlayout.addWidget(self.save_btn,5,3,1,1)
spacerItem2 = QtGui.QSpacerItem(121,27,QtGui.QSizePolicy.Expanding,QtGui.QSizePolicy.Minimum)
self.gridlayout.addItem(spacerItem2,5,1,1,1)
self.whats_this_btn = QtGui.QToolButton(GamessPropDialog)
self.whats_this_btn.setMinimumSize(QtCore.QSize(30,27))
self.whats_this_btn.setIcon(QtGui.QIcon("ui/actions/Properties Manager/WhatsThis.png"))
self.whats_this_btn.setObjectName("whats_this_btn")
self.gridlayout.addWidget(self.whats_this_btn,5,0,1,1)
self.groupBox3 = QtGui.QGroupBox(GamessPropDialog)
self.groupBox3.setObjectName("groupBox3")
self.gridlayout4 = QtGui.QGridLayout(self.groupBox3)
self.gridlayout4.setMargin(9)
self.gridlayout4.setSpacing(6)
self.gridlayout4.setObjectName("gridlayout4")
spacerItem3 = QtGui.QSpacerItem(40,20,QtGui.QSizePolicy.Expanding,QtGui.QSizePolicy.Minimum)
self.gridlayout4.addItem(spacerItem3,0,3,1,1)
spacerItem4 = QtGui.QSpacerItem(40,20,QtGui.QSizePolicy.Expanding,QtGui.QSizePolicy.Minimum)
self.gridlayout4.addItem(spacerItem4,0,5,1,1)
self.vboxlayout1 = QtGui.QVBoxLayout()
self.vboxlayout1.setMargin(0)
self.vboxlayout1.setSpacing(6)
self.vboxlayout1.setObjectName("vboxlayout1")
self.iterations_lbl = QtGui.QLabel(self.groupBox3)
self.iterations_lbl.setEnabled(False)
self.iterations_lbl.setObjectName("iterations_lbl")
self.vboxlayout1.addWidget(self.iterations_lbl)
self.iterations_spinbox = QtGui.QSpinBox(self.groupBox3)
self.iterations_spinbox.setEnabled(False)
self.iterations_spinbox.setProperty("value",QtCore.QVariant(50))
self.iterations_spinbox.setObjectName("iterations_spinbox")
self.vboxlayout1.addWidget(self.iterations_spinbox)
self.gridlayout4.addLayout(self.vboxlayout1,0,4,1,1)
self.vboxlayout2 = QtGui.QVBoxLayout()
self.vboxlayout2.setMargin(0)
self.vboxlayout2.setSpacing(6)
self.vboxlayout2.setObjectName("vboxlayout2")
self.rmsd_lbl = QtGui.QLabel(self.groupBox3)
self.rmsd_lbl.setEnabled(False)
self.rmsd_lbl.setObjectName("rmsd_lbl")
self.vboxlayout2.addWidget(self.rmsd_lbl)
self.rmsd_combox = QtGui.QComboBox(self.groupBox3)
self.rmsd_combox.setEnabled(False)
font = QtGui.QFont(self.rmsd_combox.font())
font.setFamily("Sans Serif")
font.setPointSize(9)
font.setWeight(50)
font.setItalic(False)
font.setUnderline(False)
font.setStrikeOut(False)
font.setBold(False)
self.rmsd_combox.setFont(font)
self.rmsd_combox.setObjectName("rmsd_combox")
self.vboxlayout2.addWidget(self.rmsd_combox)
self.gridlayout4.addLayout(self.vboxlayout2,0,2,1,1)
spacerItem5 = QtGui.QSpacerItem(40,20,QtGui.QSizePolicy.Expanding,QtGui.QSizePolicy.Minimum)
self.gridlayout4.addItem(spacerItem5,0,1,1,1)
self.vboxlayout3 = QtGui.QVBoxLayout()
self.vboxlayout3.setMargin(0)
self.vboxlayout3.setSpacing(6)
self.vboxlayout3.setObjectName("vboxlayout3")
self.textLabel3 = QtGui.QLabel(self.groupBox3)
self.textLabel3.setObjectName("textLabel3")
self.vboxlayout3.addWidget(self.textLabel3)
self.density_conv_combox = QtGui.QComboBox(self.groupBox3)
self.density_conv_combox.setObjectName("density_conv_combox")
self.vboxlayout3.addWidget(self.density_conv_combox)
self.gridlayout4.addLayout(self.vboxlayout3,0,0,1,1)
self.gridlayout.addWidget(self.groupBox3,3,0,1,5)
self.groupBox2 = QtGui.QGroupBox(GamessPropDialog)
self.groupBox2.setObjectName("groupBox2")
self.gridlayout5 = QtGui.QGridLayout(self.groupBox2)
self.gridlayout5.setMargin(9)
self.gridlayout5.setSpacing(6)
self.gridlayout5.setObjectName("gridlayout5")
self.hboxlayout5 = QtGui.QHBoxLayout()
self.hboxlayout5.setMargin(0)
self.hboxlayout5.setSpacing(6)
self.hboxlayout5.setObjectName("hboxlayout5")
self.vboxlayout4 = QtGui.QVBoxLayout()
self.vboxlayout4.setMargin(0)
self.vboxlayout4.setSpacing(6)
self.vboxlayout4.setObjectName("vboxlayout4")
self.checkBox10_3_2 = QtGui.QCheckBox(self.groupBox2)
self.checkBox10_3_2.setEnabled(False)
self.checkBox10_3_2.setObjectName("checkBox10_3_2")
self.vboxlayout4.addWidget(self.checkBox10_3_2)
self.checkBox10_2_2_2 = QtGui.QCheckBox(self.groupBox2)
self.checkBox10_2_2_2.setEnabled(False)
self.checkBox10_2_2_2.setObjectName("checkBox10_2_2_2")
self.vboxlayout4.addWidget(self.checkBox10_2_2_2)
self.checkBox35 = QtGui.QCheckBox(self.groupBox2)
self.checkBox35.setEnabled(False)
self.checkBox35.setObjectName("checkBox35")
self.vboxlayout4.addWidget(self.checkBox35)
self.hboxlayout5.addLayout(self.vboxlayout4)
self.ecm_grpbox = QtGui.QGroupBox(self.groupBox2)
self.ecm_grpbox.setObjectName("ecm_grpbox")
self.vboxlayout5 = QtGui.QVBoxLayout(self.ecm_grpbox)
self.vboxlayout5.setMargin(11)
self.vboxlayout5.setSpacing(6)
self.vboxlayout5.setObjectName("vboxlayout5")
self.none_radiobtn = QtGui.QRadioButton(self.ecm_grpbox)
self.none_radiobtn.setChecked(True)
self.none_radiobtn.setObjectName("none_radiobtn")
self.vboxlayout5.addWidget(self.none_radiobtn)
self.dft_radiobtn = QtGui.QRadioButton(self.ecm_grpbox)
self.dft_radiobtn.setObjectName("dft_radiobtn")
self.vboxlayout5.addWidget(self.dft_radiobtn)
self.mp2_radiobtn = QtGui.QRadioButton(self.ecm_grpbox)
self.mp2_radiobtn.setObjectName("mp2_radiobtn")
self.vboxlayout5.addWidget(self.mp2_radiobtn)
self.hboxlayout5.addWidget(self.ecm_grpbox)
self.vboxlayout6 = QtGui.QVBoxLayout()
self.vboxlayout6.setMargin(0)
self.vboxlayout6.setSpacing(6)
self.vboxlayout6.setObjectName("vboxlayout6")
self.hboxlayout6 = QtGui.QHBoxLayout()
self.hboxlayout6.setMargin(0)
self.hboxlayout6.setSpacing(6)
self.hboxlayout6.setObjectName("hboxlayout6")
self.vboxlayout7 = QtGui.QVBoxLayout()
self.vboxlayout7.setMargin(0)
self.vboxlayout7.setSpacing(6)
self.vboxlayout7.setObjectName("vboxlayout7")
self.dfttyp_label = QtGui.QLabel(self.groupBox2)
self.dfttyp_label.setEnabled(False)
self.dfttyp_label.setAlignment(QtCore.Qt.AlignRight|QtCore.Qt.AlignTrailing|QtCore.Qt.AlignVCenter)
self.dfttyp_label.setObjectName("dfttyp_label")
self.vboxlayout7.addWidget(self.dfttyp_label)
self.gridsize_label = QtGui.QLabel(self.groupBox2)
self.gridsize_label.setEnabled(False)
self.gridsize_label.setAlignment(QtCore.Qt.AlignRight|QtCore.Qt.AlignTrailing|QtCore.Qt.AlignVCenter)
self.gridsize_label.setObjectName("gridsize_label")
self.vboxlayout7.addWidget(self.gridsize_label)
self.hboxlayout6.addLayout(self.vboxlayout7)
self.vboxlayout8 = QtGui.QVBoxLayout()
self.vboxlayout8.setMargin(0)
self.vboxlayout8.setSpacing(6)
self.vboxlayout8.setObjectName("vboxlayout8")
self.dfttyp_combox = QtGui.QComboBox(self.groupBox2)
self.dfttyp_combox.setEnabled(False)
self.dfttyp_combox.setObjectName("dfttyp_combox")
self.vboxlayout8.addWidget(self.dfttyp_combox)
self.gridsize_combox = QtGui.QComboBox(self.groupBox2)
self.gridsize_combox.setEnabled(False)
self.gridsize_combox.setObjectName("gridsize_combox")
self.vboxlayout8.addWidget(self.gridsize_combox)
self.hboxlayout6.addLayout(self.vboxlayout8)
self.vboxlayout6.addLayout(self.hboxlayout6)
self.core_electrons_checkbox = QtGui.QCheckBox(self.groupBox2)
self.core_electrons_checkbox.setEnabled(False)
self.core_electrons_checkbox.setObjectName("core_electrons_checkbox")
self.vboxlayout6.addWidget(self.core_electrons_checkbox)
self.hboxlayout5.addLayout(self.vboxlayout6)
self.gridlayout5.addLayout(self.hboxlayout5,1,0,1,1)
self.hboxlayout7 = QtGui.QHBoxLayout()
self.hboxlayout7.setMargin(0)
self.hboxlayout7.setSpacing(6)
self.hboxlayout7.setObjectName("hboxlayout7")
self.textLabel6 = QtGui.QLabel(self.groupBox2)
self.textLabel6.setAlignment(QtCore.Qt.AlignRight|QtCore.Qt.AlignTrailing|QtCore.Qt.AlignVCenter)
self.textLabel6.setObjectName("textLabel6")
self.hboxlayout7.addWidget(self.textLabel6)
self.gbasis_combox = QtGui.QComboBox(self.groupBox2)
self.gbasis_combox.setObjectName("gbasis_combox")
self.hboxlayout7.addWidget(self.gbasis_combox)
spacerItem6 = QtGui.QSpacerItem(20,20,QtGui.QSizePolicy.Expanding,QtGui.QSizePolicy.Minimum)
self.hboxlayout7.addItem(spacerItem6)
self.gridlayout5.addLayout(self.hboxlayout7,0,0,1,1)
self.gridlayout.addWidget(self.groupBox2,2,0,1,5)
self.retranslateUi(GamessPropDialog)
self.runtyp_combox.setCurrentIndex(0)
self.rmsd_combox.setCurrentIndex(1)
self.density_conv_combox.setCurrentIndex(1)
self.gridsize_combox.setCurrentIndex(1)
self.gbasis_combox.setCurrentIndex(0)
QtCore.QObject.connect(self.cancel_btn,QtCore.SIGNAL("clicked()"),GamessPropDialog.reject)
QtCore.QObject.connect(self.save_btn,QtCore.SIGNAL("clicked()"),GamessPropDialog.accept)
QtCore.QMetaObject.connectSlotsByName(GamessPropDialog)
def retranslateUi(self, GamessPropDialog):
if sys.platform == "win32":
gms_str = "PC GAMESS"
else:
gms_str = "GAMESS"
GamessPropDialog.setWindowTitle(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", gms_str + " Properties", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.runtyp_combox.setToolTip(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "\"Energy\" = Energy Minina, \"Optimization\" = Equilibrium Geometry", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.runtyp_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Energy", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.runtyp_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Optimization", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.choose_color_btn.setToolTip(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Change the "+gms_str+" jig color", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.choose_color_btn.setText(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Choose...", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.psetslbl_2_2.setText(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Name :", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.textLabel1_2_3.setText(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Calculate :", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.textLabel1_3.setText(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Description :", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.textLabel1_3_2.setText(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Color :", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.name_linedit.setToolTip(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Name of the "+gms_str+" jig", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.comment_linedit.setToolTip(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Description, also placed in the $DATA section of the INP file", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.scftyp_grpbox.setTitle(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Electronic Structure Properties", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.rhf_radiobtn.setToolTip(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Restricted Hartree-Fock", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.rhf_radiobtn.setText(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "RHF", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.uhf_radiobtn.setToolTip(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Unrestricted Hartree-Fock", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.uhf_radiobtn.setText(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "UHF", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.rohf_radiobtn.setToolTip(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Restricted Open-shell Hartree-Fock", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.rohf_radiobtn.setText(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "ROHF", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.textLabel1_4.setText(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Charge:", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.icharg_spinbox.setToolTip(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "The total charge of the structure (IGHARG)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.textLabel1_2_2.setText(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Multiplicity:", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.multi_combox.setToolTip(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "N + 1, where N is the number of unpaired electrons (MULT)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.multi_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "1", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.multi_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "2", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.multi_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "3", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.multi_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "4", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.multi_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "5", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.multi_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "6", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.multi_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "7", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.groupBox8.setTitle(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "System Memory and Usage", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.textLabel2_2.setText(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Memory :", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.memory_spinbox.setToolTip(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "System memory reserved for calculation", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.textLabel1.setText(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "MB", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.dirscf_checkbox.setToolTip(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Run the calculation in RAM", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.dirscf_checkbox.setText(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "DirectSCF", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.edit_input_file_cbox.setToolTip(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Opens INP file in an editor", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.edit_input_file_cbox.setText(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Open Input File in text editor", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.run_job_btn.setToolTip(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Save "+gms_str+" parameters and launch job", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.run_job_btn.setText(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Save and Run", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.cancel_btn.setToolTip(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Cancel", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.cancel_btn.setText(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Cancel", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.save_btn.setToolTip(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Save "+gms_str+" parameters and generates the INP file", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.save_btn.setText(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Save", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.whats_this_btn.setToolTip(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "What\'s This Help Utility", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.groupBox3.setTitle(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Convergence Criteria", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.iterations_lbl.setText(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Iterations :", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.iterations_spinbox.setToolTip(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Maximum number of SCF iteration cycles (MAXIT)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.rmsd_lbl.setText(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "RMSD:", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.rmsd_combox.setToolTip(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Gradient convergence tolerance (OPTTOL)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.rmsd_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Coarse", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.rmsd_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Medium", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.rmsd_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Fine", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.rmsd_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Very Fine", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.textLabel3.setText(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Energy and Density:", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.density_conv_combox.setToolTip(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Accuracy of the electron density convergence (CONV)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.density_conv_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Coarse", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.density_conv_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Medium", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.density_conv_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Fine", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.density_conv_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Very Fine", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.groupBox2.setTitle(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Electron Correlation Method", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.checkBox10_3_2.setToolTip(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Read $HESS group from previous output file", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.checkBox10_3_2.setText(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Read $HESS Group", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.checkBox10_2_2_2.setToolTip(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Read $VEC group from previous output file", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.checkBox10_2_2_2.setText(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Read $VEC Group", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.checkBox35.setText(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Frequencies", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.none_radiobtn.setToolTip(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Neglect electron correlation", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.none_radiobtn.setText(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "None", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.dft_radiobtn.setToolTip(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Perform a density functional theory calculation", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.dft_radiobtn.setText(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "DFT", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.mp2_radiobtn.setToolTip(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Perform a Second-Order Moeller Plesset calculation", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.mp2_radiobtn.setText(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "MP2", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.dfttyp_label.setText(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Functional:", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.gridsize_label.setText(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Grid Size:", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.dfttyp_combox.setToolTip(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Density functional", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.dfttyp_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "SLATER (E)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.dfttyp_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "BECKE (E)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.dfttyp_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "GILL (E)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.dfttyp_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "PBE (E)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.dfttyp_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "VWN (C)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.dfttyp_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "LYP (C)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.dfttyp_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "OP (C)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.dfttyp_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "SVWN/LDA (E+C)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.dfttyp_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "SLYP (E+C)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.dfttyp_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "SOP (E+C)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.dfttyp_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "BVWN (E+C)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.dfttyp_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "BLYP (E+C)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.dfttyp_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "BOP (E+C)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.dfttyp_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "GVWN (E+C)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.dfttyp_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "GLYP (E+C)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.dfttyp_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "GOP (E+C)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.dfttyp_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "PBEVWN (E+C)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.dfttyp_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "PBELYP (E+C)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.dfttyp_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "PBEOP (E+C)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.dfttyp_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "BHHLYP (H)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.dfttyp_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "B3LYP (H)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.gridsize_combox.setToolTip(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Grid spacing for the DFT calculation", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.gridsize_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Coarse", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.gridsize_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Default", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.gridsize_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Fine", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.gridsize_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Army Grade", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.core_electrons_checkbox.setToolTip(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Include both the valence and core electrons in the MP2 calculation", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.core_electrons_checkbox.setText(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Core electrons?", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.textLabel6.setText(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Basis Set :", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.gbasis_combox.setToolTip(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "Gaussian-type basis sets and semi-empirical parameters", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.gbasis_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "AM1", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.gbasis_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "PM3", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.gbasis_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "STO-3G", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.gbasis_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "STO-6G", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.gbasis_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "3-21G", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.gbasis_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "3-21G*", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.gbasis_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "6-31G", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.gbasis_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "6-31G(d)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.gbasis_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "6-31G(d,p)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.gbasis_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "6-31+G(d)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.gbasis_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "6-31+G(d,p)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.gbasis_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "6-31++G(d)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.gbasis_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "6-31++G(d,p)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.gbasis_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "6-311G", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.gbasis_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "6-311G(d)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.gbasis_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "6-311G(d,p)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.gbasis_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "6-311+G(d,p)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
self.gbasis_combox.addItem(QtGui.QApplication.translate("GamessPropDialog", "6-311++G(d,p)", None, QtGui.QApplication.UnicodeUTF8))
| NanoCAD-master | cad/src/analysis/GAMESS/GamessPropDialog.py |
# Copyright 2005-2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""
JobManager.py -
@author: Mark
@version: $Id$
@copyright: 2005-2007 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
Module classification: [bruce 071214, 080104]
This contains ui code, operations code (on a set of jobs stored
partly in the filesystem, I think), and io code. If it became
real, it would become a separate major component of NE1 and
get factored into those separate parts. I think it is not
real at the moment -- really a scratch file (but I'm not sure).
So I will classify it as some sort of ui file for now.
We can reconsider this when we discuss its status.
It might make sense to classify it into a separate component
even now, though it's a single file and a stub.
Update, bruce 080104: due to an import cycle I'll put it into
the same package as GamessJob. When it's refactored and that's
cleaned up, it should probably go into either processes
or its own toplevel package.
"""
import os
from PyQt4.Qt import QWidget
from PyQt4.Qt import SIGNAL
from utilities.Log import redmsg
# WARNING: lots of imports occur lower down.
# Most or all of them should be moved up here.
# [bruce 071216 comment]
def touch_job_id_status_file(job_id, Status = 'Queued'):
"""
Creates the status file for a given job provided the job_id and status.
It will remove any existing status file(s) in the directory.
Status must be one of: Queued, Running, Completed, Suspended or Failed.
Return values:
0 = Status file created in the Job Id directory.
1 = Job Id directory did not exists. Status file was not created.
2 = Invalid Status.
"""
# Get the Job Manager directory
from platform_dependent.PlatformDependent import find_or_make_Nanorex_subdir
jobdir = find_or_make_Nanorex_subdir('JobManager')
# Job Id dir (i.e. ~/Nanorex/JobManager/123/)
job_id_dir = os.path.join(jobdir, str(job_id))
# Make sure the directory exists
if not os.path.exists(job_id_dir):
print "touch_job_id_status_file error: The directory ", job_id_dir, " does not exist."
return 1
# Make sure Status is valid.
if Status not in ('Queued', 'Running', 'Completed', 'Suspended', 'Failed'):
print "touch_job_id_status_file error: Status is invalid: ", Status
return 2
# Remove any status files (i.e. Status-Running in the directory)
import glob
wildcard_str = os.path.join(job_id_dir, 'Status-*')
status_files = glob.glob(wildcard_str)
# print "Status Files:", status_files # Commented this out for A6. Mark 050712.
for sfile in status_files:
os.remove(sfile)
# Write zero length status file.
status_file = os.path.join(job_id_dir, 'Status-'+Status)
f = open(status_file, 'w')
f.close()
return 0
def get_job_manager_job_id_and_dir():
"""
Returns a unique Job Id number and JobManager subdirectory for this Job Id.
The Job Id is stored in the User Preference db.
"""
from foundation.preferences import prefs_context
prefs = prefs_context()
job_id = prefs.get('JobId')
if not job_id:
job_id = 100 # Start with Job Id 100
##Temporarily comment out by Huaicai 6/22/05
#else:
# job_id += 1 # Increment the Job Id
# Get the Job Manager directory
from platform_dependent.PlatformDependent import find_or_make_Nanorex_subdir
jobdir = find_or_make_Nanorex_subdir('JobManager')
while 1:
# Create Job Id subdir (i.e. ~/Nanorex/JobManager/123/)
job_id_dir = os.path.join(jobdir, str(job_id))
# Make sure there isn't already a Job Id subdir in ~/Nanorex/JobManager/
if os.path.exists(job_id_dir):
job_id += 1 # It is there, so increment the Job Id and try again.
else:
from utilities.debug import print_compact_traceback
try:
os.mkdir(job_id_dir)
except:
print_compact_traceback("exception in creating directory: \"%s\"" % job_id_dir)
return -1, 0
prefs['JobId'] = 100#job_id # Save the most recent Job Id
touch_job_id_status_file(job_id, 'Queued')
return str(job_id), job_id_dir
from analysis.GAMESS.GamessJob import GamessJob # used in two places: value in jobType, constructor in __createJobs
###Huaicai: Temporary fix the problem of bug 754: an older version of PyQt has problem working with
###Qt3.3.3 for the QTable class.
###Will: Hopefully that will be resolved in Qt 4.1.
from analysis.GAMESS.JobManagerDialog import Ui_JobManagerDialog
class JobManager(QWidget, Ui_JobManagerDialog):
"""
"""
jobType = {"GAMESS": GamessJob, "nanoSIM-1": None}
def __init__(self, parent):
"""
"""
QWidget.__init__(self, parent)
self.setupUi(self)
self.connect(self.close_btn,SIGNAL("clicked()"),self.close)
self.connect(self.job_table,SIGNAL("clicked(int,int,int,const QPoint&)"),self.cell_clicked)
self.connect(self.delete_btn,SIGNAL("clicked()"),self.delete_job)
self.connect(self.refresh_btn,SIGNAL("clicked()"),self.refresh_job_table)
self.connect(self.start_btn,SIGNAL("clicked()"),self.startJob)
self.connect(self.stop_btn,SIGNAL("clicked()"),self.stopJob)
self.win = parent
self.jobs = [] # The job object, currently selected in the job table.
self.setup()
self.exec_()
return
def setup(self):
"""
Setup widgets to default (or default) values. Return true on error (not yet possible).
This is not implemented yet.
"""
self.refresh_job_table() # Rebuild the job table from scratch.
self.cell_clicked(0,0,1,0) # This selects row no. 1 as the current job.
def cell_clicked(self, row, col, button, mouse):
"""
"""
print "row =", row, ", column =", col, ", button =", button
# Enable/disable the buttons in the Job Manager based on the Status field.
jobStatus = self.jobInfoList[row][0]['Status']
if jobStatus == "Queued":
self.start_btn.setText("Start")
self.start_btn.setEnabled(1)
self.stop_btn.setEnabled(0)
self.edit_btn.setEnabled(1)
self.view_btn.setEnabled(0)
self.delete_btn.setEnabled(1)
self.move_btn.setEnabled(0)
elif jobStatus == "Running":
self.start_btn.setText("Start")
self.start_btn.setEnabled(0)
self.stop_btn.setEnabled(1)
self.edit_btn.setEnabled(0)
self.view_btn.setEnabled(0)
self.delete_btn.setEnabled(0)
self.move_btn.setEnabled(0)
elif jobStatus == "Completed":
self.start_btn.setText("Start")
self.start_btn.setEnabled(0)
self.stop_btn.setEnabled(0)
self.edit_btn.setEnabled(1)
self.view_btn.setEnabled(1)
self.delete_btn.setEnabled(1)
self.move_btn.setEnabled(1)
elif jobStatus == "Failed":
self.start_btn.setText("Restart")
self.start_btn.setEnabled(1)
self.stop_btn.setEnabled(0)
self.edit_btn.setEnabled(1)
self.view_btn.setEnabled(1)
self.delete_btn.setEnabled(1)
self.move_btn.setEnabled(0)
return
def refresh_job_table(self):
"""
Refreshes the Job Manager table based on the current Job Manager directory.
This method removes all rows in the existing table and rebuilds everything from
scratch by reading the ~/Nanorex/JobManager/ directory.
"""
# Remove all rows in the job table
for r in range(self.job_table.numRows()):
self.job_table.removeRow(0)
# BUILD JOB LIST FROM JobManager Directory Structure and Files.
self.jobInfoList = self.build_job_list()
numjobs = len(self.jobInfoList) # One row for each job.
tabTitles = ['Name', 'Engine', 'Calculation', 'Description', 'Status', 'Server_id', 'Job_id', 'Time']
# The number of columns in the job table (change this if you add/remove columns).
self.jobs = []
for row in range(numjobs):
self.job_table.insertRows(row)
for col in range(len(tabTitles)):
self.job_table.setText(row , col, self.jobInfoList[row][0][tabTitles[col]])
self.jobs = self.__createJobs(self.jobInfoList)
return
def delete_job(self):
"""
"""
self.job_table.removeRow(self.job_table.currentRow())
return
def startJob(self):
"""
Run current job
"""
currentJobRow = self.job_table.currentRow()
self.jobs[currentJobRow].start_job()
return
def build_job_list(self):
"""
Scan Job manager directories to find and return all the list of jobs
"""
from platform_dependent.PlatformDependent import find_or_make_Nanorex_directory
tmpFilePath = find_or_make_Nanorex_directory()
managerDir = os.path.join(tmpFilePath, "JobManager")
jobDirs = os.listdir(managerDir)
jobs = []
try:
for dr in jobDirs:
jobPath = os.path.join(managerDir, dr)
if os.path.isdir(jobPath):
jobParas ={}; status = None
files = os.listdir(jobPath)
for f in files:
if jobParas and status: break
if os.path.isfile(os.path.join(jobPath, f)):
if f.startswith("Status"):
status = f.split('-')[1]
elif f.endswith(".bat"):
batFile = os.path.join(jobPath, f)
lines = open(batFile, 'rU').readlines()
for l in lines:
if l.startswith("#") or l.startswith("REM"):
if l.startswith("#"): commentStr = "#"
else: commentStr = "REM"
l = l.lstrip(commentStr)
if l.strip() == 'Job Parameters':
onejob = jobParas
#elif l.strip() == 'Server Parameters':
# onejob = serverParas
value = l.split(': ')
if len(value) > 1:
onejob[value[0].strip()] = value[1].strip()
else:
items = l.split('-o ')
if len(items) > 1:
outputFile = items[1].strip()
else:
items = l.split('> ')
if len(items) > 1:
outputFile = items[1].strip()
jobParas['Status'] = status
jobs += [(jobParas, batFile, outputFile)]
return jobs
except:
print "Exception: build job lists failed. check the directory/files."
return None
def __createJobs(self, jobInfoList):
"""
Create SimJob objects, return the list of job objects
"""
jobs = []
for j in jobInfoList:
if j[0]['Engine'] in ['GAMESS', 'PC GAMESS']:
#Create GamessJob, call GamessJob.readProp()
jobs += [GamessJob(j[0], job_from_file =j[1:])]
elif j[0]['Engine'] == 'nanoSIM-1':
#Create nanoEngineer-1 MD simulator job
pass
return jobs
pass # end of class JobManager
# end
| NanoCAD-master | cad/src/analysis/GAMESS/JobManager.py |
# Copyright 2005-2008 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""
jig_Gamess.py
@author: Mark
@version: $Id$
@copyright: 2005-2008 Nanorex, Inc. See LICENSE file for details.
"""
import sys
from model.jigs import Jig
from graphics.drawing.drawers import drawwirecube
from graphics.rendering.povray.povheader import povpoint # Fix for bug 692 Mark 050628
from analysis.GAMESS.files_gms import get_energy_from_gms_outfile, get_atompos_from_gms_outfile
from utilities.Log import redmsg, greenmsg
import foundation.env as env
from utilities.Log import redmsg
from operations.move_atoms_and_normalize_bondpoints import move_atoms_and_normalize_bondpoints
import foundation.state_utils as state_utils
from utilities.debug import print_compact_traceback
from analysis.GAMESS.GamessJob import GamessJob
from analysis.GAMESS.GamessProp import (
scftyp,
ecm,
pcgms_dfttyp_items,
gms_dfttyp_items,
runtyp,
mplevl,
inttyp,
pcgms_gridsize,
tf,
conv,
ncore,
gms_gridsize,
opttol,
gbasis,
contrl,
scf,
system,
mp2,
dft,
guess,
statpt,
basis,
ui,
)
from utilities import debug_flags
from utilities.constants import magenta
from files.mmp.files_mmp_registration import MMP_RecordParser
from files.mmp.files_mmp_registration import register_MMP_RecordParser
from files.mmp.files_mmp import mmp_interp_just_for_decode_methods # for a kluge
# == GAMESS
class Gamess(Jig):
"""
A Gamess jig has a list of atoms with one or more parameter sets used to run a GAMESS calcuation.
"""
sym = "GAMESS"
icon_names = ["modeltree/gamess.png", "modeltree/gamess-hide.png"]
featurename = "GAMESS Jig" #bruce 051203
#bruce 050704 added these attrs and related methods, to make copying of this jig work properly
mutable_attrs = ('pset',)
copyable_attrs = Jig.copyable_attrs + () + mutable_attrs
# Default job parameters for a GAMESS job.
job_parms = {
'Engine':'GAMESS',
'Calculation':'',
'Description':"No comments? How about today's weather?",
'Status':'',
'Server_id':'',
'Job_id':'',
'Time':'0.0'}
# create a blank Gamess jig with the given list of atoms
def __init__(self, assy, list):
Jig.__init__(self, assy, list)
self.cancelled = False
# set default color of new gamess jig to magenta
self.color = magenta # This is the "draw" color. When selected, this will become highlighted red.
self.normcolor = magenta # This is the normal (unselected) color.
#bruce 050913 thinks self.history is no longer needed:
## self.history = env.history
#self.psets = [] # list of parms set objects [as of circa 050704, only the first of these is ever defined (thinks bruce)]
self.pset = gamessParms('Parameter Set 1')
self.gmsjob = GamessJob(Gamess.job_parms, jig=self)
## bruce 050701 removing this: self.gmsjob.edit()
self.outputfile = '' # Name of jig's most recent output file. [this attr is intentionally not copied -- bruce 050704]
def edit(self):
self.gmsjob.edit()
# it's drawn as a wire cube around each atom.
def _draw(self, glpane, dispdef):
for a in self.atoms:
# Using dispdef of the atom's chunk instead of the glpane's dispdef fixes bug 373. mark 060122.
chunk = a.molecule
dispdef = chunk.get_dispdef(glpane)
disp, rad = a.howdraw(dispdef)
# wware 060203 selected bounding box bigger, bug 756
if self.picked: rad *= 1.01
drawwirecube(self.color, a.posn(), rad)
# Write "gamess" record to POV-Ray file in the format:
# gamess(<box-center>,box-radius,<r, g, b>)
def writepov(self, file, dispdef):
if self.hidden: return
if self.is_disabled(): return
if self.picked: c = self.normcolor
else: c = self.color
for a in self.atoms:
disp, rad = a.howdraw(dispdef)
grec = "gamess(" + povpoint(a.posn()) + "," + str(rad) + ",<" + str(c[0]) + "," + str(c[1]) + "," + str(c[2]) + ">)\n"
file.write(grec)
def _getinfo(self):
return "[Object: Gamess Jig] [Name: " + str(self.name) + "] [Total Atoms: " + str(len(self.atoms)) + "] [Parameters: " + self.gms_parms_info() + "]"
def _getToolTipInfo(self): #ninad060825
"""
Return a string for display in Dynamic Tool tip
"""
attachedAtomCount = "<font color=\"#0000FF\">Total Atoms: </font>%d"%(len(self.atoms))
return str(self.name) + "<br>" + "<font color=\"#0000FF\"> Jig Type:</font>Gamess Jig"\
+ "<br>" + "<font color=\"#0000FF\"> Parameters:</font>" + self.gms_parms_info()\
+ "<br>" + str(attachedAtomCount)
def getstatistics(self, stats):
stats.ngamess += 1
def gms_parms_info(self, delimeter='/'):
"""
Return a GAMESS parms shorthand string.
"""
# This is something Damian and I discussed to quickly display the parms set for
# a Gamess jig. It is used in the header of the GAMESS INP file and in the naming of
# the new chunk made from a GAMESS optimization. It is also used to display the
# parameter info (along with the energy) when doing an energy calculation.
# Mark 050625.
d = delimeter
pset = self.pset
# SCFTYP (RHF, UHF, or ROHF)
s1 = scftyp[pset.ui.scftyp]
# Hartree-Fock (display nothing), DFT (display functional) or MP2
if ecm[pset.ui.ecm] == 'DFT':
if sys.platform == 'win32': # Windows - PC GAMESS
item = pcgms_dfttyp_items[pset.ui.dfttyp]
else: # Linux or MacOS - GAMESS
item = gms_dfttyp_items[pset.ui.dfttyp]
s2, junk = item.split(' ',1)
s2 = d + s2
elif ecm[pset.ui.ecm] == 'MP2':
s2 = d + 'MP2'
else:
s2 = ''
# Basis Set
s3 = d + pset.ui.gbasisname
# Charge
s4 = d + 'Ch' + str(pset.ui.icharg)
# Multiplicity
s5 = d + 'M' + str(pset.ui.mult + 1)
return s1 + s2 + s3 + s4 + s5
def __CM_Calculate_Energy(self):
"""
Gamess Jig context menu "Calculate Energy"
"""
self.calculate_energy()
def calculate_energy(self):
"""
Calculate energy.
"""
cmd = greenmsg("Calculate Energy: ")
errmsgs = ["GAMESS job aborted.",
"Error: GAMESS job failed."]
pset = self.pset
runtyp = pset.ui.runtyp # Save runtyp (Calculate) setting to restore it later.
pset.ui.runtyp = 0 # Energy calculation
origCalType = self.gmsjob.Calculation
self.gmsjob.Calculation = 'Energy'
self.update_gamess_parms()
# Run GAMESS job. Return value r:
# 0 = success
# 1 = job aborted
# 2 = job failed.
r = self.gmsjob.launch()
pset.ui.runtyp = runtyp # Restore to original value
self.gmsjob.Calculation = origCalType
if r: # Job was aborted or an error occurred.
msg = redmsg(errmsgs[r-1])
env.history.message( cmd + msg )
return
self.print_energy()
def __CM_Optimize_Geometry(self):
"""
Gamess Jig context menu "Optimize Geometry"
"""
self.optimize_geometry()
def optimize_geometry(self):
"""
Optimize geometry
"""
cmd = greenmsg("Optimize Geometry: ")
errmsgs = ["GAMESS job aborted.",
"Error: GAMESS job failed."]
pset = self.pset
runtyp = pset.ui.runtyp # Save runtyp (Calculate) setting to restore it later.
pset.ui.runtyp = 1 # Optimize
origCalType = self.gmsjob.Calculation
self.gmsjob.Calculation = 'Optimize'
self.update_gamess_parms()
# Run GAMESS job. Return value r:
# 0 = success
# 1 = job aborted.
# 2 = job failed.
r = self.gmsjob.launch()
pset.ui.runtyp = runtyp # Restore to original value
self.gmsjob.Calculation = origCalType
if r: # Job was aborted or an error occurred.
msg = redmsg(errmsgs[r-1])
env.history.message( cmd + msg )
return
try:
r2 = self.move_optimized_atoms()
except:
print_compact_traceback( "GamessProp.run_job(): error reading GAMESS OUT file [%s]: " % \
self.outputfile )
env.history.message( redmsg( cmd + "Internal error while inserting GAMESS geometry: " + self.outputfile) )
else:
if r2:
env.history.message(cmd + redmsg( "Atoms not adjusted."))
else:
self.assy.changed() # The file and the part are not the same.
self.print_energy() # Print the final energy from the optimize OUT file, too.
env.history.message( cmd + "Atoms adjusted.")
def __CM_Optimize_Geometry__options(self):
if Jig.is_disabled(self):
return ['disabled']
else:
return []
def __CM_Calculate_Energy__options(self):
if Jig.is_disabled(self):
return ['disabled']
else:
return []
pass
def print_energy(self):
r, final_energy_str = get_energy_from_gms_outfile(self.outputfile)
if r == 1: # GAMESS terminated abnormally.
if final_energy_str:
env.history.message(redmsg(final_energy_str + " Check if you have set the right Gamess executable file. Usually it's called gamess.??.x or ??gamess.exe."))
return
msg = "Final energy value not found. The output file is located at: " + self.outputfile
env.history.message(redmsg(msg))
elif r == 2: # The output file not exist
msg = "The output file %s doesn't exist. The reason is either that Gamess didn't run or the output file has been deleted. " % self.outputfile
env.history.message(redmsg(msg))
else: # Final energy was found.
gmstr = self.gms_parms_info()
msg = "GAMESS finished. The output file is located at: " + self.outputfile
env.history.message(msg)
msg = "Parameters: " + gmstr + ". The final energy is: " + final_energy_str + " Hartree."
env.history.message(msg)
mmp_record_name = "gamess" #bruce 050701
def move_optimized_atoms(self):
newPositions = get_atompos_from_gms_outfile( self.assy, self.outputfile, self.atoms )
# retval is either a list of atom posns or an error message string.
assert type(newPositions) in [type([]),type("")]
if type(newPositions) == type([]):
self.move_atoms(newPositions)
self.assy.changed()
self.assy.o.gl_update()
#self.assy.w.win_update()
return 0
else:
env.history.message(redmsg( newPositions))
return 1
def move_atoms(self, newPositions): # used when reading xyz files
"""
[Borrowed from movie.moveAtoms.]
Move a list of atoms to newPosition. After
all atoms moving, bond updated, update display once.
<parameter>newPosition is a list of atom absolute position,
the list order is the same as self.alist
"""
atomList = self.atoms
if len(newPositions) != len(atomList):
#bruce 050225 added some parameters to this error message
#bruce 050406 comment: but it probably never comes out, since readxyz checks this,
# so I won't bother to print it to history here. But leaving it in is good for safety.
print "move_atoms: The number of atoms from GAMESS file (%d) is not matching with that of the current model (%d)" % \
(len(newPositions), len(atomList))
return
move_atoms_and_normalize_bondpoints(atomList, newPositions)
#bruce 051221 fix a bug analogous to bug 1239 by letting this new function (containing a loop)
# replace a copy (which was right here) of the older buggy version of that loop
self.assy.o.gl_update()
return
def writemmp(self, mapping): #bruce 050701
"[extends Jig method]"
super = Jig
super.writemmp(self, mapping) # this writes the main gamess record, and some general info leaf records valid for all nodes
pset = self.pset
pset.writemmp(mapping, 0)
# This writes the pset's info, as a series of "info gamess" records which modify the last gamess jig;
# in case we ever want to extend this to permit more than one pset per jig in the mmp file,
# each of those records has a "pset index" which we pass here as 0 (and which is written using "%s").
# So if we wanted to write more psets we could say self.psets[i].writemmp(mapping, i) for each one.
return
def readmmp_info_gamess_setitem( self, key, val, interp ): #bruce 050701
"""
This is called when reading an mmp file, for each "info gamess" record
which occurs right after this node is read and no other (gamess jig) node has been read.
Key is a list of words, val a string; the entire record format
is presently [050701] "info gamess <key> = <val>", and there are exactly
two words in <key>, the "parameter set index" (presently always 0) and the "param name".
Interp is an object to help us translate references in <val>
into other objects read from the same mmp file or referred to by it.
See the calls of this or similar methods from files_mmp for the doc of interp methods.
If key is recognized, this method should set the attribute or property
it refers to to val; otherwise it must do nothing.
(An unrecognized key, even if longer than any recognized key,
is not an error. Someday it would be ok to warn about an mmp file
containing unrecognized info records or keys, but not too verbosely
(at most once per file per type of info).)
"""
if len(key) != 2 or not key[0].isdigit():
if debug_flags.atom_debug:
print "atom_debug: fyi: info gamess with unrecognized key %r (not an error)" % (key,)
return
pset_index, name = key
pset_index = int(pset_index)
# pset_index is presently always 0, but this code should work provided self.psets has an element with this index;
try:
pset = self.pset
except:
# not an error -- future mmp formats might use non-existent indices and expect readers to create new psets.
if debug_flags.atom_debug:
print "atom_debug: fyi: info gamess with non-existent pset index in key %r (not an error)" % (key,)
return
# the rest of the work should be done by the pset.
try:
self.pset.info_gamess_setitem( name, val, interp )
except:
print_compact_traceback("bug: exception (ignored) in pset.info_gamess_setitem( %r, %r, interp ): " % (name,val) )
return
pass
def own_mutable_copyable_attrs(self): #bruce 050704
"""
[overrides Node method]
"""
super = Jig
super.own_mutable_copyable_attrs( self)
for attr in self.mutable_attrs:
if attr == 'pset':
# special-case code for this attr, a list of gamessParms objects
# (those objects, and the list itself, are mutable and need to be de-shared)
val = getattr(self, attr)
#assert type(val) == type([])
newval = val.deepcopy()#for item in val]
setattr(self, attr, newval)
else:
print "bug: don't know how to copy attr %r in %r", attr, self
pass
return
def cm_duplicate(self): #bruce 050704.
"""
Make a sibling node in the MT which has the same atoms, and a copy of the params, of this jig.
"""
#e Warning: The API (used by modelTree to decide whether to offer this command) is wrong,
# and the implem should be generalized (to work on any Node or Group). Specifically,
# this should become a Node method which always works (whether or not it's advisable to use it);
# then the MT cmenu should dim it if some other method (which might depend on more than just the class)
# says it's not advisable to use it.
# I think it's advisable only on a Gamess jig, and on a chunk,
# and maybe on a Group -- but what to do about contained jigs in a Group for which
# some but not all atoms are being duplicated, or even other jigs in the Group, is a
# design question, and it might turn out to be too ambiguous to safely offer it at all
# for a Group with jigs in it.
# Some code taken from Jig.copy_full_in_mapping and Jig._copy_fixup_at_end.
copy = self.__class__( self.assy, self.atoms[:] )
orig = self
orig.copy_copyable_attrs_to(copy) # replaces .name set by __init__
copy.name = copy.name + "-copy" #e could improve
copy.own_mutable_copyable_attrs() # eliminate unwanted sharing of mutable copyable_attrs
if orig.picked:
self.color = self.normcolor
orig.addsibling(copy)
if copy.part is None: #bruce 050707 see if this is enough to fix bug 755
self.assy.update_parts()
env.history.message( "Made duplicate Gamess jig on same atoms: [%s]" % copy.name )
# note: the wire cubes from multiple jigs on the sme atoms get overdrawn,
# which will mess up the selection coloring of those wirecubes
# since the order of drawing them is unrelated to which one is selected
# (and since the OpenGL behavior seems a bit unpredictable anyway).
##e Should fix this to only draw one wirecube, of the "maximal color", I guess...
self.assy.w.win_update() # MT and glpane both might need update
return
#def set_disabled_by_user_choice(self, val):
# """Called when users disable/enable the jig"""
# self.gmsjob.edit_cntl.run_job_btn.setEnabled(not val)
# Jig.set_disabled_by_user_choice(self, val)
def is_disabled(self):
"""
Which is called when model tree is updated?
"""
val = Jig.is_disabled(self)
self.gmsjob.edit_cntl.run_job_btn.setEnabled(not val)
return val
def update_gamess_parms(self):
"""
Update the GAMESS parameter set values using the settings in the UI object.
"""
# $CONTRL group ###########################################
# Parms Values
self.pset.contrl.runtyp = runtyp[self.pset.ui.runtyp] # RUNTYP
self.pset.contrl.scftyp = scftyp[self.pset.ui.scftyp] # SCFTYP
self.pset.contrl.icharg = str(self.pset.ui.icharg) # ICHARG
self.pset.contrl.mult = str(self.pset.ui.mult + 1) # MULT
self.pset.contrl.mplevl = mplevl[self.pset.ui.ecm] # MPLEVL
self.pset.contrl.inttyp = inttyp[self.pset.ui.ecm] # INTTYP
self.pset.contrl.maxit = self.pset.ui.iterations # Iterations
# ICUT and QMTTOL
#s = str(self.gbasis_combox.currentText())
m = self.pset.ui.gbasisname.count('+') # If there is a plus sign in the basis set name, we have "diffuse orbitals"
if m: # We have diffuse orbitals
self.pset.contrl.icut = 11
if self.gmsjob.server.engine != 'PC GAMESS': # PC GAMESS does not support QMTTOL. Mark 052105
self.pset.contrl.qmttol = '3.0E-6'
else:
self.pset.contrl.qmttol = None
else: # No diffuse orbitals
self.pset.contrl.icut = 9
if self.gmsjob.server.engine == 'GAMESS':
self.pset.contrl.qmttol = '1.0E-6'
else:
self.pset.contrl.qmttol = None # PC GAMESS does not support QMTTOL. Mark 052105
# DFTTYP (PC GAMESS only)
# For PC GAMESS, the DFTTYP keyword is included in the CONTRL section, not the $DFT group.
if self.gmsjob.server.engine == 'PC GAMESS':
if ecm[self.pset.ui.ecm] == 'DFT':
item = pcgms_dfttyp_items[self.pset.ui.dfttyp] # Item's full text, including the '(xxx)'
self.pset.contrl.dfttyp, junk = item.split(' ',1) # DFTTYPE, removing the '(xxx)'.
self.pset.dft.nrad = pcgms_gridsize[self.pset.ui.gridsize] # Grid Size parameters
else: # None or MP2
self.pset.contrl.dfttyp = 0
self.pset.dft.nrad = 0
# $SCF group ###########################################
self.pset.scf.extrap = tf[self.pset.ui.extrap] # EXTRAP
self.pset.scf.dirscf = tf[self.pset.ui.dirscf] # DIRSCF
self.pset.scf.damp = tf[self.pset.ui.damp] # DAMP
self.pset.scf.diis = tf[self.pset.ui.diis] # DIIS
self.pset.scf.shift = tf[self.pset.ui.shift] # SHIFT
self.pset.scf.soscf = tf[self.pset.ui.soscf] # SOSCF
self.pset.scf.rstrct = tf[self.pset.ui.rstrct] # RSTRCT
# CONV (GAMESS) or
# NCONV (PC GAMESS)
if self.gmsjob.server.engine == 'GAMESS':
self.pset.scf.conv = conv[self.pset.ui.conv] # CONV (GAMESS)
self.pset.scf.nconv = 0 # Turn off NCONV
else: # PC GAMESS
self.pset.scf.nconv = conv[self.pset.ui.conv] # NCONV (PC GAMESS)
self.pset.scf.conv = 0 # Turn off CONV
# $SYSTEM group ###########################################
self.pset.system.timlin = 1000 # Time limit in minutes
self.pset.system.memory = self.pset.ui.memory * 1000000
# $MP2 group ###########################################
self.pset.mp2.ncore = ncore[self.pset.ui.ncore]
# $DFT group ###########################################
# The DFT section record is supported in GAMESS only.
if self.gmsjob.server.engine == 'GAMESS':
if ecm[self.pset.ui.ecm] == 'DFT':
item = gms_dfttyp_items[self.pset.ui.dfttyp]
self.pset.dft.dfttyp, junk = item.split(' ',1) # DFTTYP in $CONTRL
self.pset.dft.nrad = gms_gridsize[self.pset.ui.gridsize] # Grid Size parameters
else: # None or MP2
self.pset.dft.dfttyp = 'NONE'
self.pset.dft.nrad = 0
# $GUESS group ###########################################
# $STATPT group ###########################################
if runtyp[self.pset.ui.runtyp] == 'optimize':
self.pset.statpt.opttol = float(opttol[self.pset.ui.rmsdconv])
else:
self.pset.statpt.opttol = None
# $BASIS group ###########################################
if ecm[self.pset.ui.ecm] == 'None':
self.pset.basis.gbasis = gbasis[self.pset.ui.gbasis] # GBASIS
else:
self.pset.basis.gbasis = gbasis[self.pset.ui.gbasis + 2] # GBASIS
return
pass # end of class Gamess
# ==
class gamessParms(state_utils.DataMixin): #bruce 060306 added superclass
def __init__(self, name):
"""
A GAMESS parameter set contains all the parameters for a Gamess Jig.
The ui ctlRec object is the "master". From it, all the other ctlRec objects
have their parms set/reset, in GamessProp._save_parms(), each time the user
selects "Save and Run" or "Save". The reason for this has to do with
the fact that there is not a one-to-one relationship between UI settings (in the
Gamess Jig Properties dialog) and the parameters written to the GAMESS
input file. There are all sorts of strange combinations and permutations
between the UI settings and what the GAMESS input file parameters end up being.
This is also why it is very difficult (but not impossible) to go from a raw GAMESS
input file to the proper UI settings in the Gamess Jig Properties dialog.
Many parameters have a value for the ui object and another value in one of
the other ctlRec objects. The ui object is used to setup the UI and
read/write parms to/from the MMP file. The values for the other
ctlRec objects are set (and only important) when writing the GAMESS input file.
"""
self.name = name or "" # Parms set name, assumed to be a string by some code
self.ui = ctlRec('UI', ui) # "Master" ui object.
self.contrl = ctlRec('CONTRL',contrl) # $CONTRL group object
self.scf = ctlRec('SCF',scf) # $SCF group object
self.system = ctlRec('SYSTEM',system) # $SYSTEM group object
self.mp2 = ctlRec('MP2',mp2) # $MP2 group object
self.dft = ctlRec('DFT',dft) # $DFT group object
self.guess = ctlRec('GUESS',guess) # $GUESS group object
self.statpt = ctlRec('STATPT',statpt) # $STATPT group object
self.basis = ctlRec('BASIS',basis) # $BASIS group object
def prin1(self, f=None):
"""
Write all parms to input file
"""
self.contrl.prin1(f)
self.scf.prin1(f)
self.system.prin1(f)
self.mp2.prin1(f)
self.dft.prin1(f)
self.guess.prin1(f)
self.statpt.prin1(f)
# self.force.prin1()
self.basis.prin1(f)
def param_names_and_valstrings(self, canonical = False): #bruce 050701; extended by Mark 050704 to return the proper set of params
"""
Return a list of pairs of (<param name>, <param value printable by %s>) for all
gamess params we want to write to an mmp file from this set, sorted by <param name>.
These names and value-strings need to be recognized and decoded by the
info_gamess_setitem method of this class, and they need to strictly follow certain rules
documented in comments in the self.writemmp() method.
"""
# Note: If we implement a "duplicate" context menu command for gamess jigs,
# it should work by generating this same set of items, and feeding them to that
# same info_gamess_setitem method (or an appropriate subroutine it calls)
# of the new jig being made as a copy.
# [Since that was written, we did it differently (see cm_duplicate); we should
# review someday whether this advice is obsolete or should have been taken. -- bruce 060307]
return self.ui.get_mmp_parms(canonical = canonical)
def deepcopy(self, alter_name = True): #bruce 051003 added alter_name, but I don't know if passing False is ever legal. ###@@@
#bruce 050704; don't know whether this is complete [needs review by Mark; is it ok it only sets .ui?]
"""
Make a copy of self (a gamessParms object), which shares no mutable state with self.
(Used to copy a Gamess Jig containing self.)
"""
if alter_name:
newname = self.name + " copy"
# copy needs a different name #e could improve this -- see the code used to rename chunk copies
else:
newname = self.name
new = self.__class__(newname)
interp = mmp_interp_just_for_decode_methods() #kluge
for name, valstring in self.param_names_and_valstrings():
valstring = "%s" % (valstring,)
valstring = valstring.strip()
# we're too lazy to also check whether valstring is multiline or too long, like writemmp does;
# result of this is only that some bugs will show up in writemmp but not in deepcopy (used to copy this kind of jig).
new.info_gamess_setitem( name, valstring, interp, error_if_name_not_known = True )
return new
# override abstract method of DataMixin
def _copyOfObject(self): #bruce 051003, for use by state_utils.copy_val
return self.deepcopy(alter_name = False) ###k I'm not sure alter_name = False can ever be legal,
# or (if it can be) whether it's good here. I think Mark or I should review this,
# and we should not change the code to rely on copy_val alone on this object
# (i.e. we should not remove the mutable_attr decl for pset and the related code that calls deepcopy directly)
# until that's reviewed. [bruce 051003]
# override abstract method of DataMixin
def __eq__(self, other): #bruce 060306-08 for Undo bug 1616
# note: defining __eq__ is sufficient, but only because we inherit
# from DataMixin, which defines __ne__ based on __eq__
if other.__class__ is not self.__class__:
return False
return self.param_names_and_valstrings(canonical = True) == other.param_names_and_valstrings(canonical = True)
# without canonical = True, self has 0/1 where other has False/True, which caused first try of __eq__ to not fix bug 1616.
def writemmp(self, mapping, pset_index): #bruce 050701
mapping.write("# gamess parameter set %s for preceding jig\n" % pset_index)
# you can write any comment starting "# " into an mmp file (if length < 512).
# You always have to explicitly write the newline at the end (when using mapping.write).
# But this is not for comments which need to be read back in and shown in the params dialog!
# Those need to be string-valued params (and not contain newlines, or encode those if they do).
items = self.param_names_and_valstrings()
# Rules for these name/valstring pairs [bruce 050701]:
# param names must not contain whitespace.
# valstrings must not start or end with whitespace, or contain newlines, but they can contain blanks or tabs.
# (if you need to write comments that might contain newlines, these must be encoded somehow as non-newlines.)
# it's ok to append comments "# ..." to valstrings, but only if these are noticed and stripped by the parsing methods
# you also write.
# entire line must be <512 chars in length (this limit applies to any line in any mmp file).
# if valstring might be too long, you have to truncate it or split it into more than one valstring.
for name, valstring in items:
assert type(name) == type("")
assert name and (' ' not in name) and len(name.split()) == 1 and name.strip() == name, "illegal param name %r" % name
# some of these checks are redundant
valstring = "%s" % (valstring,)
# the next bit of code is just to work around bugs in valstrings without completely failing to write them.
valstring = valstring.strip() # the reader does this, so we might as well not fool ourselves and do it now
if '\n' in valstring:
print "error: multiline valstring in gamess writemmp. workaround: writing only the first line."
valstring = valstring.split('\n',1)[0]
valstring = valstring.strip()
line = "info gamess %s %s = %s\n" % (pset_index, name, valstring)
if len(line) > 511:
msg = "can't write this mmp line (too long for mmp format): " + line
#bruce 050913 comment: this restriction might no longer be valid for sim executables as of a few days ago
print msg
env.history.message( redmsg( "Error: " + msg) )
mapping.write("# didn't write too-long valstring for info gamess %s %s = ...\n" % (pset_index, name))
else:
mapping.write(line)
mapping.write("# end of gamess parameter set %s\n" % pset_index)
return
boolparms = ('damp', 'diis', 'dirscf', 'extrap', 'ncore', 'rstrct', 'shift', 'soscf' )
# these MUST MATCH info_gamess_setitem uses of decode_bool [bruce 060307, to help with bug 1616]
def info_gamess_setitem(self, name, val, interp, error_if_name_not_known = False):
#bruce 050701; extended by Mark 050704 to read and set the actual params; bruce 050704 added error_if_name_not_known
"""
This must set the parameter in self with the given name
to the value encoded by the string val
(read from an mmp file from which this parameter set and its gamess jig is being read).
If it doesn't recognize name or can't parse val,
it should do nothing (except possibly print a message if atom_debug is set),
unless error_if_name_not_known is true, in which case it should print an error message reporting a bug.
(If it's too tedious to avoid exceptions in parsing val,
change the caller (which already ignores those exceptions, but always prints a message calling them bugs)
to classify those exceptions as not being bugs (and to only print a message when atom_debug is set).
[See also the docstring of Gamess.readmmp_info_gamess_setitem, which calls this.]
"""
if name == 'comment': # Description/Comment
self.ui.comment = val
elif name == 'conv': # Density and Energy Convergence (1-4)
p = interp.decode_int(val)
if p is not None:
self.ui.conv = p
elif name == 'damp': # DAMP
p = interp.decode_bool(val) # if you add, remove, or rename decode_bool params here, you must also fix boolparms above
if p is not None:
self.ui.damp = p
elif name == 'dfttyp': # DFT Functional Type
p = interp.decode_int(val)
if p is not None:
self.ui.dfttyp = p
elif name == 'diis': # DIIS
p = interp.decode_bool(val)
if p is not None:
self.ui.diis = p
elif name == 'dirscf': # DIRSCF
p = interp.decode_bool(val)
if p is not None:
self.ui.dirscf = p
elif name == 'ecm': # emc = None (0), DFT (1) or MP2 (2)
p = interp.decode_int(val)
if p is not None:
self.ui.ecm = p
elif name == 'extrap': # EXTRAP
p = interp.decode_bool(val)
if p is not None:
self.ui.extrap = p
elif name == 'gbasis': # Basis Set Id
p = interp.decode_int(val)
if p is not None:
self.ui.gbasis = p
elif name == 'gbasisname': # Basis Set Name
self.ui.gbasisname = val
elif name == 'gridsize': # Grid Size
p = interp.decode_int(val)
if p is not None:
self.ui.gridsize = p
elif name == 'icharg': # Charge
p = interp.decode_int(val)
if p is not None:
self.ui.icharg = p
elif name == 'iterations': # Iterations
p = interp.decode_int(val)
if p is not None:
self.ui.iterations = p
elif name == 'memory': # System Memory
p = interp.decode_int(val)
if p is not None:
self.ui.memory = p
elif name == 'mult': # Multiplicity
p = interp.decode_int(val)
if p is not None:
self.ui.mult = p
elif name == 'ncore': # Include core electrons
p = interp.decode_bool(val)
if p is not None:
self.ui.ncore = p
elif name == 'rmsdconv': # RMSD convergence (1-4)
p = interp.decode_int(val)
if p is not None:
self.ui.rmsdconv = p
elif name == 'rstrct': # RSTRCT
p = interp.decode_bool(val)
if p is not None:
self.ui.rstrct = p
elif name == 'runtyp': # RUNTYP = Energy (0), or Optimize (1)
p = interp.decode_int(val)
if p is not None:
self.ui.runtyp = p
elif name == 'scftyp': # SCFTYP = RHF (0), UHF (1), or ROHF (2)
p = interp.decode_int(val)
if p is not None:
self.ui.scftyp = p
elif name == 'shift': # SHIFT
p = interp.decode_bool(val)
if p is not None:
self.ui.shift = p
elif name == 'soscf': # SOSCF
p = interp.decode_bool(val)
if p is not None:
self.ui.soscf = p
# Unused - keeping them for examples.
# Mark 050603
elif name == 'param2':
self.param2 = val.split() # always legal for strings
elif name == 'param3':
p3 = interp.decode_int(val) # use this method for int-valued params
if p3 is not None:
self.param3 = p3
# otherwise it was a val we don't recognize as an int; not an error
# (since the mmp file format might be extended to permit it),
# but a debug message was printed if atom_debug is set.
elif name == 'param4':
p4 = interp.decode_bool(val) # use this method for boolean-valued params
# (they can be written as 0, 1, False, True, or in a few other forms)
if p4 is not None:
self.param4 = p4
else:
if error_if_name_not_known:
#bruce 050704, only correct when this method is used internally to copy an object of this class
print "error: unrecognized parameter name %r in info_gamess_setitem" % (name,)
elif debug_flags.atom_debug:
print "atom_debug: fyi: info gamess with unrecognized parameter name %r (not an error)" % (name,)
# this is not an error, since old code might read newer mmp files which know about more gamess params;
# it's better (in general) to ignore those than for this to make it impossible to read the mmp file.
# If non-debug warnings were added, that might be ok in this case since not many lines per file will trigger them.
return # from info_gamess_setitem
pass # end of class gamessParms
# ==
_boolparms = {} # used in ctlRec [bruce 060308]
for p in gamessParms.boolparms:
_boolparms[p] = None
class ctlRec:
def __init__(self, name, parms):
self.name = name
self.parms = parms.keys()
self.parms.sort() # Sort parms.
# WARNING: Bugs will be caused if any of ctlRec's own methods or
# instance variables had the same name as any of the parameter ('k') values.
for k in self.parms:
self.__dict__[k] = parms[k]
def prin1(self, f):
"""
Write parms group to input file
"""
f.write (" $" + self.name + ' ')
col = len(self.name) + 3
for k in self.parms:
if not self.__dict__[k]: continue # Do not print null parms.
phrase = k + '=' + str(self.__dict__[k])
col += 1 + len(phrase)
if col > 70:
col = len(phrase)
f.write ('\n')
f.write (phrase + ' ')
f.write('$END\n')
def get_mmp_parms(self, canonical = False):
"""
Return a list of pairs (parmname, str(parmvalue)) of all the Gamess jig parms
(and str() of their values) to be stored in the MMP file, sorted by parm name.
If option canonical = True, canonicalize the values for comparison
(i.e. use "False" and "True" rather than "0" and "1", for all booleans).
WARNING: This option is only reviewed for correctness in the instance of this class
stored in the .ui attribute of its gamesParms object.
"""
#bruce 060308 added canonical option, to help fix bug 1616
#bruce 060307 revised docstring to fit code (added str())
items = []
for p in self.parms: # note: self.parms is already sorted [bruce 060307 comment]
val = self.__dict__[p]
if canonical and p in _boolparms:
val = not not val
items.append((p, str(val)))
return items
pass # end of class ctlRec
# ==
class _MMP_RecordParser_for_Gamess( MMP_RecordParser): #bruce 071023
"""
Read the first line of the MMP record for a Gamess Jig.
(Subsequent lines are "info records" which are
read separately and interpreted by methods in the new
Gamess object created by our read_record method.)
"""
def read_record(self, card): #bruce 050701
constructor = Gamess
jig = self.read_new_jig(card, constructor)
# note: this includes a call of self.addmember
# to add the new jig into the model
# for interpreting "info gamess" records:
self.set_info_object('gamess', jig)
return
pass
def register_MMP_RecordParser_for_Gamess():
"""
[call this during init, before reading any mmp files]
"""
register_MMP_RecordParser( 'gamess', _MMP_RecordParser_for_Gamess )
return
# end
| NanoCAD-master | cad/src/analysis/GAMESS/jig_Gamess.py |
NanoCAD-master | cad/src/commandSequencer/__init__.py |
Subsets and Splits
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